genome.fa.s8103.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008103.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110633_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1996589

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723078--723202	64	2.0	60	90	6	196	43	9	13	33	1.77
723181--723236	24	2.4	24	93	3	96	30	14	19	35	1.91
723266--723730	200	2.3	198	87	4	668	30	15	14	39	1.88
723831--723924	30	3.2	30	79	11	81	48	1	2	47	1.20
723861--723924	28	2.2	30	78	10	71	51	1	1	45	1.20
724572--724655	42	2.0	43	81	6	100	51	0	1	47	1.08
724609--724693	30	2.8	31	80	15	83	48	1	1	49	1.16
724620--724705	14	6.2	14	69	11	52	47	1	1	50	1.16
724720--724781	24	2.6	25	82	17	78	46	0	1	51	1.10
723676--726626	774	3.8	771	89	5	4208	39	7	7	44	1.62
725370--725422	16	3.4	16	76	10	56	52	0	0	47	1.00
725342--725424	42	2.0	40	81	9	96	50	0	1	48	1.08
725379--725465	30	2.9	31	80	15	87	49	1	1	48	1.16
725364--725470	37	3.0	36	75	15	98	48	0	0	49	1.13
725337--725476	14	9.8	14	64	12	52	48	0	1	49	1.15
725379--725465	28	2.9	31	82	15	96	49	1	1	48	1.16
725404--725472	28	2.5	28	79	6	79	50	1	1	46	1.19
725491--725559	24	2.9	25	79	18	76	43	1	2	52	1.25
725881--725935	19	2.8	20	91	5	94	61	12	10	14	1.56
726153--726248	30	3.2	31	78	8	92	50	1	1	47	1.15
726153--726225	31	2.4	30	82	11	78	49	1	0	49	1.09
731389--731501	42	2.7	42	91	1	183	17	18	15	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731674--731734	23	2.7	21	82	12	68	52	0	0	47	1.00
731759--731815	25	2.2	26	78	6	62	43	0	1	54	1.10
731754--731854	27	3.5	28	72	15	82	45	0	1	51	1.19
731994--732029	17	2.0	19	89	10	58	61	0	0	38	0.96
732177--732226	20	2.5	20	93	0	82	34	14	10	42	1.78
732177--732235	20	3.0	20	87	0	55	33	15	8	42	1.77
732225--732290	15	4.4	15	80	0	87	39	16	4	39	1.69
732209--732290	30	2.8	30	84	1	94	36	15	7	40	1.76
732209--732296	15	5.9	15	73	12	83	34	17	6	42	1.75
736635--736686	26	2.0	26	88	7	79	44	11	13	30	1.79
743853--743905	23	2.3	23	83	6	63	20	18	1	58	1.49
744055--744124	5	13.8	5	80	16	58	18	5	1	74	1.09
746557--746593	19	1.9	19	94	0	65	8	18	0	72	1.08
749364--749558	99	2.0	99	93	0	336	33	17	17	30	1.94
751649--751700	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
755774--755825	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
757154--757284	68	1.9	68	90	0	208	35	21	19	23	1.95
757220--757401	85	2.1	85	87	0	265	32	22	17	26	1.96
759275--759319	5	9.4	5	88	7	51	35	2	0	62	1.08
763917--763996	42	1.9	42	89	2	126	36	20	21	22	1.95
763917--764018	42	2.5	41	75	9	107	35	20	21	22	1.96
764170--764276	42	2.6	41	80	2	133	28	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763840--764667	258	3.2	258	88	3	1211	35	16	14	33	1.90
766751--766847	19	4.9	18	77	20	88	3	15	1	80	0.89
766751--766848	29	3.2	31	80	12	98	3	16	1	79	0.91
766780--766837	25	2.3	26	80	14	68	3	15	1	79	0.95
774646--774749	2	52.0	2	88	5	140	49	2	1	46	1.28
774599--774740	54	2.6	54	91	4	180	47	8	2	40	1.48
782700--782739	21	1.9	21	84	0	53	45	20	10	25	1.81
793807--794396	294	2.0	295	97	0	1128	39	13	10	37	1.79
796864--796902	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
797421--797454	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
798115--798226	53	2.1	53	98	0	215	34	34	5	25	1.79
803560--803684	60	2.1	60	85	8	166	32	13	19	35	1.90
803560--803702	60	2.4	60	82	5	155	30	13	21	34	1.92
806537--806616	29	2.8	29	75	11	83	40	3	23	32	1.73
806477--806630	60	2.6	58	82	2	173	39	5	22	32	1.76
806477--806648	58	2.9	58	81	3	184	40	5	21	31	1.77
806818--806868	17	2.9	17	72	13	50	45	0	1	52	1.12
806830--806880	17	3.1	16	75	13	50	45	0	3	50	1.20
806817--806889	36	2.0	36	86	5	103	46	0	4	49	1.21
814641--814674	6	5.7	6	100	0	68	0	32	17	50	1.47
817849--817966	21	5.7	21	71	6	80	33	25	19	22	1.97
817973--818162	41	4.7	41	92	0	285	38	24	18	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817973--818162	20	9.4	20	79	7	195	38	24	18	18	1.93
819744--819822	33	2.4	34	93	2	133	45	17	22	13	1.84
819840--819929	33	2.7	34	82	3	110	14	22	18	44	1.86
820031--820064	14	2.4	14	90	0	50	47	20	0	32	1.51
820343--820383	21	2.0	21	85	0	55	14	17	17	51	1.77
820378--820418	20	2.0	20	95	0	73	17	14	12	56	1.68
820979--821148	20	8.4	20	76	8	173	19	17	25	37	1.93
820979--821148	41	4.2	41	89	1	261	19	17	25	37	1.93
820979--821148	81	2.1	82	92	3	281	19	17	25	37	1.93
821157--821209	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
820979--821170	81	2.4	81	88	6	255	19	17	25	36	1.94
821177--821270	42	2.3	42	76	9	95	21	21	22	35	1.96
821259--821312	20	2.7	19	75	8	63	14	18	33	33	1.92
821300--821353	19	2.8	19	97	0	99	12	16	18	51	1.75
822645--822692	3	16.0	3	83	16	64	66	0	0	33	0.92
822645--822692	15	3.2	15	94	5	80	66	0	0	33	0.92
824024--824109	35	2.5	35	82	0	91	41	19	1	37	1.59
824078--824120	21	2.0	21	95	0	77	44	13	2	39	1.57
824243--824276	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
825259--825332	37	2.0	37	100	0	148	37	16	2	43	1.62
825794--825917	67	1.9	65	91	5	205	43	16	31	8	1.77
827538--827604	21	3.2	21	70	4	64	23	19	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827534--827716	41	4.5	41	89	2	244	21	21	22	34	1.96
827803--827834	6	5.5	6	96	3	57	31	53	15	0	1.43
828321--828374	6	9.0	6	95	0	99	0	18	48	33	1.49
828454--828639	41	4.5	41	95	0	336	38	25	22	14	1.92
831046--831083	12	3.0	13	84	7	60	7	10	13	68	1.39
831330--831388	29	2.0	31	90	6	95	35	5	16	42	1.71
831455--831501	19	2.5	19	89	0	67	46	6	8	38	1.60
831624--831665	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
831694--831733	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
831948--832016	34	2.1	31	86	7	93	31	15	30	21	1.95
832529--832592	6	10.2	6	83	12	76	78	1	0	20	0.84
832530--832600	10	6.5	11	74	22	51	74	2	0	22	0.94
832786--833258	135	3.5	135	86	2	628	32	17	19	30	1.95
837681--837706	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
838824--838870	11	4.4	10	80	20	51	59	0	2	38	1.09
839001--839457	174	2.6	171	86	5	601	24	20	15	39	1.91
839561--839719	20	8.0	20	83	4	169	38	21	12	27	1.89
844408--844441	11	3.0	11	91	4	50	29	2	0	67	1.05
846164--846234	36	2.0	36	94	5	126	38	18	14	29	1.90
846817--846856	21	1.9	21	94	0	71	17	20	7	55	1.66
852175--852234	22	2.7	22	87	5	86	35	15	11	38	1.83
852676--852986	123	2.5	123	91	1	498	38	14	21	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852921--853259	136	2.5	134	83	5	405	40	14	19	25	1.90
853539--853570	14	2.3	14	94	0	55	31	0	3	65	1.08
857360--857399	21	1.9	21	84	0	53	17	17	10	55	1.69
862301--862407	54	2.0	53	94	1	187	32	12	28	27	1.92
863226--863672	123	3.7	121	85	5	611	38	14	21	26	1.92
863587--863947	138	2.6	136	82	5	431	41	14	17	26	1.88
864190--864254	3	23.0	3	84	12	66	35	0	0	64	0.94
864190--864254	11	5.8	12	75	10	66	35	0	0	64	0.94
864190--864254	14	4.6	14	79	5	78	35	0	0	64	0.94
865541--865591	21	2.5	20	78	9	57	27	3	0	68	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11