genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3248--3283	18	2.0	18	94	0	63	11	22	47	19	1.80
4260--4302	21	2.0	21	90	0	68	18	4	41	34	1.71
4725--4757	16	2.0	17	88	5	50	54	12	6	27	1.60
4809--5638	409	2.0	406	83	7	1033	39	9	7	43	1.66
6489--6524	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
6803--6861	23	2.8	20	80	14	73	30	3	1	64	1.20
6935--7177	131	1.8	133	90	6	393	39	6	9	44	1.63
10177--10218	15	2.9	14	80	19	59	21	14	7	57	1.61
17356--17912	76	7.5	74	93	2	920	26	17	21	34	1.95
17356--17912	150	3.7	148	94	1	920	26	17	21	34	1.95
17356--17912	226	2.5	223	95	1	972	26	17	21	34	1.95
17874--17993	45	2.7	45	85	1	161	25	19	20	35	1.96
18435--18499	24	2.7	24	90	0	103	20	53	13	12	1.71
19292--19343	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
19612--19688	12	6.7	11	69	21	52	31	3	2	62	1.27
19626--19688	25	2.6	24	76	18	69	31	3	1	63	1.19
19721--20045	140	2.3	141	86	6	460	39	6	6	47	1.55
20023--20061	16	2.3	18	91	8	64	51	0	0	48	1.00
20626--20672	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
27811--27850	21	1.9	21	89	0	62	57	7	20	15	1.61
28340--28382	16	2.7	16	96	0	77	37	6	44	11	1.68
31309--31444	33	4.2	33	74	8	109	50	6	4	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31324--31457	65	2.1	65	80	10	150	52	6	5	35	1.52
33180--33474	43	6.8	43	78	7	195	26	20	23	29	1.98
33196--33402	86	2.4	86	80	5	215	26	20	22	30	1.98
33349--33494	43	3.3	45	81	10	135	28	22	21	27	1.99
33830--33883	21	2.6	21	87	0	72	1	40	16	40	1.59
33852--33928	21	3.7	21	78	0	82	5	40	15	38	1.70
42974--43245	81	3.4	81	87	6	365	32	23	15	28	1.95
43016--43288	41	6.7	41	74	14	201	32	23	15	29	1.95
43032--43240	41	5.2	40	76	12	230	33	23	13	28	1.93
43016--43282	82	3.3	80	84	8	344	31	23	14	29	1.95
42974--43264	41	7.2	41	71	16	196	32	24	15	28	1.95
61130--61348	45	4.9	45	86	2	287	30	19	10	40	1.84
61131--61385	90	2.8	90	80	6	284	30	20	10	39	1.86
61132--61385	135	1.9	135	82	1	321	30	20	10	38	1.86
61352--61553	79	2.6	79	89	0	305	29	24	9	36	1.88
69987--70111	46	2.7	45	80	7	135	44	24	9	21	1.82
70120--70223	32	3.3	31	81	4	118	34	32	15	17	1.91
71922--72108	82	2.2	82	81	8	225	37	14	13	34	1.86
73426--73484	31	1.9	31	92	0	100	40	6	6	45	1.57
73511--73559	22	2.2	22	85	3	62	53	14	0	32	1.41
73499--73966	54	8.5	54	69	21	278	52	13	0	34	1.40
73531--73992	32	16.4	32	71	25	361	52	12	0	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73554--73606	14	3.5	14	76	18	61	56	3	0	39	1.17
73558--73610	15	3.2	18	64	20	51	54	5	0	39	1.24
73514--73915	112	3.6	112	82	6	557	52	13	0	33	1.41
73599--73672	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
73707--73749	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
73709--73757	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
73761--73803	22	2.0	22	90	0	68	48	11	0	39	1.40
73817--73891	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
73563--73990	220	1.9	218	90	5	675	52	12	0	34	1.40
73896--73945	22	2.2	22	82	3	64	56	12	0	32	1.36
73846--74027	54	3.5	54	86	9	245	52	10	0	36	1.37
73972--74103	15	8.5	15	80	13	142	50	2	0	46	1.19
73940--74126	44	4.1	46	77	14	183	50	4	0	44	1.27
74015--74101	29	3.0	29	89	1	129	47	0	1	51	1.08
74949--75001	16	3.4	15	74	7	52	66	0	0	33	0.92
77875--77922	25	1.9	25	95	0	87	35	12	31	20	1.90
79455--79494	18	2.2	18	95	0	71	20	10	32	37	1.85
87473--87504	15	2.1	15	94	0	55	28	12	31	28	1.93
87472--87515	15	2.7	16	82	13	54	29	13	31	25	1.94
89016--89049	13	2.6	13	90	0	50	29	8	41	20	1.82
91529--91574	23	2.0	23	100	0	92	13	13	30	43	1.81
91530--91582	23	2.3	23	90	6	81	13	15	28	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92987--93034	19	2.7	18	77	22	57	45	0	0	54	0.99
99003--99113	23	4.9	23	80	11	106	29	20	20	28	1.98
99003--99084	23	3.6	23	86	6	114	26	23	19	30	1.98
99385--99427	9	4.6	9	94	5	68	0	41	0	58	0.98
100568--100875	150	2.1	150	94	0	537	27	17	20	33	1.96
107603--107912	152	2.1	150	94	1	541	27	17	21	33	1.96
107887--107932	23	2.0	23	82	0	56	19	26	26	28	1.99
112759--112992	117	2.0	115	82	7	285	47	7	7	38	1.60
114358--114418	3	20.7	3	83	9	81	63	0	0	36	0.94
114741--116427	113	14.6	113	86	5	1986	27	19	14	38	1.91
115415--115439	12	2.1	12	100	0	50	48	20	8	24	1.76
116243--116624	159	2.4	159	85	6	491	24	19	13	42	1.87
116528--116628	40	2.5	40	87	4	134	17	20	6	54	1.66
116564--117106	113	4.8	113	87	2	684	27	18	14	39	1.89
118850--119020	76	2.3	76	85	1	227	32	23	13	30	1.93
120156--120615	115	4.0	115	95	0	814	30	20	15	34	1.93
124741--124782	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
126803--127022	113	2.0	111	83	5	275	46	8	6	38	1.60
128351--128410	3	20.7	3	81	13	72	63	0	0	36	0.95
128342--128411	26	2.7	26	84	6	88	60	0	0	40	0.97
130844--130911	23	3.0	23	82	0	64	27	17	22	32	1.96
131911--131942	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138803--138858	24	2.3	24	84	0	76	51	12	5	30	1.61
138803--138839	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
141736--141779	21	2.0	21	95	4	79	52	11	9	27	1.67
141742--142557	200	4.1	200	92	0	1319	31	15	12	39	1.85
146019--146087	18	3.6	18	78	14	75	24	30	23	21	1.99
147599--147755	64	2.5	62	81	10	165	28	17	20	33	1.96
149254--149379	66	1.9	65	86	3	180	23	43	1	31	1.63
151939--152008	21	3.3	21	97	0	131	32	10	18	38	1.84
151958--152468	183	2.8	182	87	4	645	28	13	13	43	1.83
156342--156399	30	1.9	30	85	0	80	39	13	5	41	1.67
158325--158349	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
159331--159382	21	2.5	21	96	0	95	38	26	23	11	1.89
165154--165187	17	2.0	17	88	11	52	47	2	0	50	1.16
165829--165876	25	2.0	25	87	4	71	43	0	8	47	1.33
166558--166582	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
169693--169747	21	2.6	21	91	0	92	30	16	20	32	1.94
170886--171205	160	2.0	161	95	0	570	30	17	16	35	1.93
172545--172572	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
176922--176951	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
182338--182386	3	16.3	3	91	0	80	38	0	0	61	0.96
182346--182403	24	2.5	24	86	8	75	44	0	0	55	0.99
190961--191429	75	6.3	75	85	2	611	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191711--191853	54	2.6	54	91	0	223	37	13	20	28	1.90
192888--193073	99	1.9	98	89	1	291	28	20	19	30	1.97
192975--193487	116	4.4	116	92	0	837	31	21	19	26	1.97
193403--193560	42	3.7	41	75	11	145	35	22	18	23	1.96
193390--193564	89	2.0	89	94	2	307	33	22	18	25	1.97
193274--193926	231	3.0	205	84	8	691	31	21	20	26	1.98
193617--193675	21	2.8	21	72	15	59	35	25	22	16	1.95
193042--193929	440	2.0	436	92	1	1463	31	21	20	26	1.98
193479--194109	116	5.4	116	91	0	976	30	20	21	27	1.98
193847--193906	21	2.9	21	73	14	61	36	25	21	16	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16