genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176843--2176975	28	4.9	27	80	10	137	2	19	0	78	0.86
2176851--2176970	8	14.5	8	81	16	97	1	19	0	79	0.82
2176846--2176972	9	14.0	9	82	14	106	2	19	0	77	0.87
2176905--2176937	11	3.1	11	91	4	50	0	30	0	69	0.88
2176851--2176972	52	2.5	51	80	12	130	1	19	0	78	0.83
2179791--2179934	55	2.6	54	82	8	168	24	20	9	45	1.80
2181787--2181860	35	2.1	35	97	0	139	47	5	12	35	1.64
2187443--2187488	12	4.0	12	80	8	51	56	8	10	23	1.61
2192776--2192811	17	2.1	17	89	0	54	50	2	0	47	1.15
2196198--2196444	121	2.0	121	97	0	467	37	17	17	27	1.92
2198672--2198710	20	2.0	20	94	0	69	30	33	7	28	1.85
2201705--2201755	23	2.3	23	90	6	79	49	3	3	43	1.39
2201713--2201766	23	2.3	23	83	0	72	44	5	3	46	1.44
2202435--2202499	23	2.7	23	83	9	69	29	1	1	67	1.09
2202752--2202813	20	3.0	20	81	9	63	30	1	0	67	1.00
2207259--2207317	16	3.7	15	81	16	66	81	6	10	1	0.94
2207282--2207317	15	2.3	15	95	4	63	80	5	13	0	0.88
2207272--2207340	22	3.2	21	76	17	61	76	7	13	2	1.10
2208901--2210176	106	12.0	106	92	0	2045	34	25	18	22	1.96
2210927--2211030	37	2.8	37	86	0	136	41	13	13	31	1.83
2211423--2211467	2	23.5	2	82	8	58	42	0	2	55	1.12
2211749--2211817	23	3.2	20	76	21	68	24	2	0	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211728--2211803	23	3.3	23	80	12	75	28	3	0	67	1.09
2211662--2211815	28	5.7	25	70	19	80	28	3	1	65	1.21
2211750--2211818	22	3.3	20	74	20	61	26	2	0	71	1.00
2211897--2211952	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
2214984--2215047	15	4.4	16	80	20	70	54	0	0	45	0.99
2214984--2215047	28	2.2	28	89	8	94	54	0	0	45	0.99
2214992--2215048	15	3.9	15	80	15	75	54	0	0	45	0.99
2215480--2216010	229	2.3	225	93	1	891	28	19	13	38	1.90
2215480--2216012	113	4.7	112	84	5	705	29	19	13	38	1.90
2216413--2216467	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
2218915--2219162	92	2.7	92	92	0	406	35	22	14	27	1.93
2224759--2224796	14	2.7	15	88	12	62	52	0	13	34	1.40
2228518--2228572	3	18.0	3	78	10	58	58	0	0	41	0.98
2228518--2228576	15	4.0	14	78	18	66	59	0	0	40	0.97
2232292--2232360	35	2.0	35	94	0	120	7	47	2	42	1.46
2235714--2235739	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
2236615--2236677	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
2245290--2245327	18	2.1	18	90	0	58	13	31	18	36	1.89
2247498--2247551	21	2.6	21	90	0	90	22	0	48	29	1.51
2248394--2248437	19	2.4	18	88	11	63	63	0	9	27	1.24
2249411--2249441	13	2.5	13	94	5	55	32	19	6	41	1.77
2249490--2249521	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249853--2249975	60	2.0	60	98	0	237	25	20	10	43	1.83
2250540--2250593	26	2.1	26	100	0	108	31	38	11	18	1.86
2251972--2252021	20	2.5	20	90	6	75	44	14	2	40	1.56
2253775--2253812	14	2.7	14	100	0	76	36	13	0	50	1.42
2253810--2253841	12	2.7	12	100	0	64	68	6	0	25	1.12
2258450--2258569	35	3.3	36	87	5	172	43	20	4	32	1.71
2258501--2258561	21	3.2	21	65	29	64	42	21	3	32	1.69
2262335--2262369	14	2.5	14	100	0	70	31	20	28	20	1.97
2267101--2267133	17	1.9	17	93	0	57	66	15	0	18	1.25
2267472--2267535	33	1.9	34	96	3	121	28	12	15	43	1.83
2268009--2268075	33	2.0	33	94	0	116	17	28	16	37	1.92
2268864--2268908	21	2.1	21	87	0	63	15	0	26	57	1.38
2269405--2269467	11	5.9	11	71	14	60	39	1	1	57	1.18
2273252--2273304	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2273365--2273448	30	2.8	30	77	15	93	66	0	5	27	1.14
2274104--2274178	28	2.6	28	85	2	96	14	9	48	28	1.75
2274487--2275093	36	16.9	36	89	0	863	18	22	22	36	1.95
2275228--2275518	62	4.7	62	82	2	316	35	14	20	29	1.92
2275228--2275518	124	2.3	123	83	3	370	35	14	20	29	1.92
2279572--2279604	14	2.2	16	89	10	52	66	9	12	12	1.44
2281180--2281211	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2281355--2281397	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281522--2281573	23	2.2	24	77	12	56	61	3	11	23	1.46
2283425--2283550	64	2.0	64	85	4	173	29	24	19	26	1.99
2286293--2286341	24	2.0	23	81	14	55	55	2	2	40	1.23
2287633--2287738	3	35.3	3	90	0	158	63	0	4	32	1.15
2287996--2288263	116	2.3	115	89	5	393	30	20	10	38	1.87
2288196--2288328	65	2.0	65	94	0	230	31	19	11	37	1.87
2288292--2288336	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2288097--2288441	178	1.9	178	96	0	636	30	20	11	37	1.89
2288260--2288698	113	3.9	112	93	0	716	29	20	13	37	1.90
2287996--2288554	291	1.9	293	90	3	894	30	20	11	37	1.88
2289508--2289941	83	5.2	81	87	5	591	35	22	13	29	1.92
2289514--2289941	165	2.6	165	88	4	628	35	22	13	28	1.92
2298361--2298393	15	2.3	15	89	5	50	48	3	0	48	1.17
2301728--2301778	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
2302468--2302508	20	2.0	21	85	4	57	53	2	2	41	1.27
2303808--2303907	3	33.3	3	94	0	164	62	0	3	35	1.11
2303808--2303926	6	20.3	6	87	5	64	58	0	5	35	1.22
2309308--2309350	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
2322186--2322234	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2322092--2322240	64	2.3	63	79	10	169	28	23	21	26	1.99
2325194--2325225	5	6.4	5	96	0	55	65	0	0	34	0.93
2325194--2325229	15	2.5	15	86	4	56	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325316--2325374	30	2.0	30	86	6	84	52	6	0	40	1.28
2325308--2325403	27	3.6	26	73	9	77	51	6	0	42	1.27
2325495--2325526	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2325448--2325564	51	2.4	49	85	7	148	44	2	5	47	1.41
2325510--2325749	38	6.4	38	79	13	239	47	2	4	46	1.35
2325510--2325749	37	6.4	36	78	11	209	47	2	4	46	1.35
2328179--2328217	20	2.0	19	85	14	53	76	5	2	15	1.06
2331826--2331872	2	23.5	2	91	0	76	46	0	4	48	1.21
2336778--2336943	2	87.5	2	77	16	151	50	3	1	45	1.25
2337320--2337391	31	2.3	31	85	0	90	37	12	11	38	1.79
2340361--2340413	18	2.8	19	81	16	58	54	0	5	39	1.24
2341265--2342200	316	3.0	315	94	1	1630	30	17	14	38	1.89
2342229--2342287	16	3.9	16	80	10	70	71	0	0	28	0.87
2342250--2342287	8	4.8	8	86	0	58	71	0	0	28	0.87
2342232--2342291	13	4.8	13	74	15	63	70	0	0	30	0.88
2342228--2342301	37	2.0	37	84	5	96	70	2	0	27	1.01
2343566--2343613	25	2.0	25	87	4	71	22	6	2	68	1.23
2343591--2343661	23	3.4	21	83	11	76	21	2	1	74	1.02
2343604--2343673	23	3.2	22	80	7	63	20	5	1	72	1.12
2347825--2347940	32	3.6	32	80	6	112	30	13	23	32	1.93
2348936--2349006	19	3.7	19	100	0	142	30	16	25	26	1.97
2348875--2349069	102	1.9	102	85	4	268	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348973--2349136	64	2.6	64	84	1	204	32	21	20	26	1.97
2349790--2349914	31	4.0	31	92	2	207	18	19	24	38	1.93
2353082--2353185	45	2.3	45	85	6	131	36	19	15	28	1.92
2353127--2353270	64	2.2	64	81	2	164	32	22	18	26	1.97
2353923--2354047	31	4.0	31	92	2	207	19	20	24	36	1.95
2355808--2355912	37	2.9	36	81	4	129	28	17	11	42	1.83
2355750--2356026	138	2.0	139	89	2	423	28	18	11	41	1.85
2355858--2356185	102	3.2	101	86	2	442	27	19	11	41	1.86
2357988--2358075	30	2.9	31	74	17	78	19	6	1	72	1.13
2365046--2365093	19	2.4	20	79	10	53	35	0	8	56	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16