genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758733--2758837	16	6.7	15	75	20	72	0	12	6	80	0.96
2761475--2761628	73	2.1	72	97	1	290	19	24	31	25	1.98
2761865--2761959	19	5.0	19	72	18	72	75	0	7	16	1.01
2761896--2761963	10	6.6	10	75	18	68	76	0	4	19	0.95
2761877--2761959	16	5.1	16	75	11	62	75	0	7	16	1.01
2761896--2761943	22	2.3	20	89	7	69	77	0	6	16	0.97
2761933--2761970	4	9.2	4	94	5	67	73	0	2	23	0.95
2761865--2761959	38	2.6	35	77	14	93	75	0	7	16	1.01
2762042--2762104	18	3.4	18	78	8	56	73	4	0	22	1.02
2762265--2762331	2	36.5	2	76	16	56	55	1	1	41	1.18
2762267--2762341	37	2.0	37	85	10	100	56	1	4	38	1.27
2764793--2765418	313	2.0	312	99	0	1234	32	29	15	23	1.95
2768225--2768256	11	2.8	11	95	4	55	46	0	0	53	1.00
2769388--2769454	13	5.2	13	71	12	50	13	4	2	79	1.01
2769528--2769614	42	2.1	42	88	0	129	25	0	25	49	1.51
2769642--2769679	12	3.5	11	82	10	51	7	10	0	81	0.87
2769895--2769934	17	2.3	18	82	8	55	25	7	0	67	1.16
2773888--2774089	99	2.0	99	90	1	316	35	17	16	30	1.93
2775508--2775665	57	2.7	59	85	1	194	39	19	15	25	1.91
2775963--2776189	85	2.7	84	84	4	276	33	20	18	27	1.96
2778105--2778243	14	9.8	14	68	16	63	19	2	1	76	0.99
2778197--2778248	1	52.0	1	76	0	50	9	1	0	88	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778197--2778248	7	7.4	7	93	0	86	9	1	0	88	0.59
2778266--2778355	42	2.1	42	89	4	137	26	0	23	50	1.50
2778622--2778665	10	4.3	10	85	5	52	6	6	0	86	0.71
2778778--2778963	92	2.0	92	98	0	363	30	23	19	26	1.98
2781382--2781429	14	3.1	14	73	21	51	45	0	0	54	0.99
2794326--2794359	16	2.2	15	89	5	50	52	11	8	26	1.67
2802811--2802858	20	2.3	21	85	7	62	31	14	27	27	1.95
2803276--2803570	34	7.7	34	67	22	149	34	12	24	28	1.91
2803592--2803660	34	2.0	34	91	0	111	39	7	23	30	1.82
2803221--2803680	79	5.8	79	91	0	731	36	11	24	28	1.90
2803626--2803746	56	2.2	56	83	4	156	36	9	22	32	1.85
2803731--2803871	34	3.8	34	70	21	95	36	11	24	28	1.90
2803553--2803825	135	2.0	135	87	1	386	35	10	23	30	1.88
2803688--2803880	79	2.4	80	88	4	275	36	11	23	28	1.90
2803688--2803892	80	2.6	79	85	3	286	37	11	22	28	1.89
2803688--2803920	80	2.9	80	83	5	197	39	10	22	27	1.87
2823845--2823898	26	2.1	26	96	0	99	37	11	7	44	1.68
2831859--2831909	22	2.3	22	86	0	84	23	17	41	17	1.90
2832026--2832077	20	2.6	20	96	0	95	44	13	15	26	1.84
2832898--2832950	21	2.5	21	81	0	70	18	16	33	30	1.94
2833020--2833059	21	1.9	21	89	0	62	25	12	25	37	1.91
2833347--2833422	21	3.6	21	80	0	89	22	35	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833344--2833425	42	2.0	41	87	2	119	20	36	18	24	1.95
2834907--2835006	29	3.5	29	65	5	69	37	14	21	28	1.91
2835015--2835090	20	3.8	20	76	1	62	17	14	23	44	1.85
2835292--2835327	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
2838560--2838673	20	5.6	21	78	10	87	28	12	22	35	1.91
2839289--2839353	19	3.2	19	72	20	60	50	24	1	23	1.58
2839272--2839353	42	1.9	43	90	2	130	51	24	1	23	1.56
2842563--2842816	49	5.2	48	77	3	258	28	23	14	33	1.93
2842575--2842826	97	2.6	97	89	0	387	29	21	14	34	1.93
2842831--2843121	54	5.4	54	90	0	440	27	20	20	31	1.98
2842893--2842978	27	3.2	27	64	23	72	29	20	19	30	1.97
2849617--2849657	14	2.9	14	96	0	73	17	7	24	51	1.70
2852417--2852442	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
2853119--2853155	14	2.5	15	86	8	58	56	8	0	35	1.29
2864551--2864613	28	2.2	28	97	0	117	41	12	23	22	1.88
2866004--2866128	63	2.0	62	98	1	241	30	14	12	42	1.83
2867237--2867320	29	2.9	29	80	7	82	29	4	20	45	1.71
2868711--2868745	19	1.9	18	88	11	54	34	8	5	51	1.56
2873797--2874238	223	2.0	223	98	1	852	31	27	14	26	1.95
2874374--2874441	33	2.1	33	97	2	129	33	14	19	32	1.92
2874625--2874684	17	3.0	22	74	23	76	18	43	23	15	1.87
2874625--2874672	17	2.8	17	96	0	87	18	45	22	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875718--2876001	117	2.4	117	88	2	410	19	17	32	30	1.94
2876883--2876937	20	2.8	19	88	5	74	36	12	30	20	1.90
2878816--2878916	24	4.2	24	82	7	125	37	18	17	25	1.93
2891070--2891161	34	2.8	32	76	12	80	17	15	8	58	1.61
2891454--2891554	40	2.6	39	81	4	125	38	17	18	24	1.93
2893582--2893632	22	2.4	22	80	6	61	35	21	1	41	1.65
2899126--2899163	3	12.7	3	88	0	58	2	26	0	71	1.00
2899215--2899246	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
2901356--2901388	13	2.4	14	90	5	50	51	0	0	48	1.00
2901797--2901898	45	2.3	45	81	5	120	26	24	11	37	1.90
2901882--2902032	46	3.5	43	70	19	136	21	23	13	41	1.89
2901878--2902039	83	2.0	83	88	4	247	22	23	12	41	1.88
2902575--2902623	22	2.2	22	96	0	89	38	16	14	30	1.88
2902713--2902829	57	2.1	56	87	6	166	31	20	9	38	1.84
2910711--2910918	65	3.2	65	82	9	230	26	18	24	30	1.98
2910883--2910938	20	2.8	20	97	0	103	17	16	35	30	1.92
2913605--2913686	23	3.6	22	78	8	94	24	24	26	24	2.00
2913609--2913706	44	2.2	44	84	10	121	25	22	25	26	2.00
2914831--2915630	398	2.0	398	100	0	1600	36	18	9	35	1.83
2919846--2919967	63	1.9	65	86	3	176	28	18	22	30	1.97
2919844--2919984	65	2.2	65	82	8	173	28	17	22	31	1.97
2922366--2922406	21	2.0	21	90	0	64	12	24	31	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2924655--2924779	64	1.9	64	87	7	182	27	23	19	30	1.98
2933233--2933391	64	2.5	63	83	9	207	30	23	16	29	1.96
2933233--2933411	64	2.8	63	80	9	195	29	24	16	29	1.97
2934292--2934399	36	2.9	36	91	5	162	15	18	16	49	1.81
2937636--2937707	24	3.0	24	81	2	92	50	16	12	20	1.78
2937640--2937708	12	5.8	12	71	10	52	49	17	14	18	1.80
2940217--2940253	18	2.1	18	94	0	65	13	24	45	16	1.83
2940175--2940230	13	4.5	13	80	8	62	19	21	42	16	1.89
2942400--2942485	24	3.6	24	82	6	104	48	17	13	19	1.80
2942404--2942471	12	5.8	12	74	10	59	50	19	13	17	1.78
2943569--2943603	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2944939--2944985	18	2.6	18	96	0	85	10	23	48	17	1.77
2944920--2944962	13	3.3	13	96	0	77	16	23	44	16	1.86
2960807--2960901	33	2.9	33	88	0	136	43	12	17	26	1.85
2961094--2961192	21	4.7	21	76	5	92	25	22	24	28	1.99
2961296--2961372	21	3.6	21	84	6	100	27	22	24	25	2.00
2961469--2961532	30	2.1	30	82	5	76	50	12	10	26	1.73
2961670--2961757	6	14.8	6	72	11	56	39	3	21	35	1.70
2961668--2961802	36	3.8	36	94	1	227	39	4	21	34	1.74
2961671--2961802	18	7.4	18	72	1	113	39	3	21	34	1.72
2964340--2964427	7	11.9	7	77	20	74	85	1	12	1	0.72
2964340--2964428	1	89.0	1	73	0	61	85	1	12	1	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964340--2964428	35	2.7	35	82	6	105	85	1	12	1	0.71
2967475--2967529	19	3.2	19	66	28	59	45	12	16	25	1.83
2967472--2967603	33	4.0	33	95	2	221	44	14	15	25	1.84
2967472--2967603	65	2.0	66	92	1	221	44	14	15	25	1.84
2967796--2967894	21	4.7	21	73	5	101	24	22	26	27	2.00
2967800--2967909	21	5.2	21	74	4	60	23	20	27	28	1.99
2967997--2968039	21	2.0	21	90	0	68	32	23	20	23	1.98
2968008--2968059	23	2.4	21	90	6	77	30	25	19	25	1.98
2968386--2968474	6	14.8	6	73	9	56	40	2	20	37	1.65
2968387--2968522	18	7.6	18	71	0	119	40	2	20	36	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16