genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973539--1973596	29	2.0	28	80	12	64	29	1	3	65	1.19
1975057--1975618	281	2.0	281	100	0	1124	20	32	22	24	1.98
1976080--1976123	13	3.4	13	80	0	52	15	2	13	68	1.31
1983385--1983824	221	2.0	220	99	0	871	24	29	21	24	1.99
1990863--1990945	40	2.1	39	93	4	141	37	37	9	15	1.81
1991062--1991176	24	4.8	24	84	4	151	40	20	13	25	1.88
1993696--1993725	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
1998754--1999263	54	9.5	54	90	1	749	36	16	13	33	1.88
1998708--1999263	160	3.4	161	88	3	783	36	16	14	32	1.89
2005637--2006083	54	8.3	53	87	3	531	37	16	12	32	1.87
2005606--2006083	108	4.4	108	86	1	645	37	16	13	32	1.88
2005637--2006083	162	2.8	162	89	0	687	37	16	12	32	1.87
2009600--2009653	23	2.3	23	90	0	90	62	18	5	12	1.48
2009593--2009697	33	3.2	32	86	5	104	60	18	6	14	1.54
2009873--2009974	14	7.9	14	71	16	85	60	14	10	13	1.58
2009873--2009922	24	2.1	24	92	0	82	58	14	14	14	1.65
2009873--2009978	38	2.8	38	83	0	131	60	15	10	14	1.59
2009893--2009960	24	2.7	24	88	9	91	60	13	11	14	1.60
2009911--2009978	24	2.8	24	88	4	84	63	14	7	14	1.51
2011410--2011457	20	2.4	20	96	0	87	27	12	22	37	1.90
2013733--2013802	12	5.8	12	73	18	56	52	17	12	17	1.74
2013732--2013839	24	4.5	24	74	2	92	49	16	13	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020040--2020089	23	2.2	23	85	0	64	42	6	20	32	1.76
2020003--2020165	87	1.9	87	96	0	299	41	11	14	32	1.81
2020160--2020890	200	3.6	198	79	8	732	30	15	14	39	1.86
2023325--2023358	17	2.0	17	88	0	50	47	23	0	29	1.52
2024891--2025254	199	1.8	199	88	3	563	33	14	13	38	1.86
2025223--2025262	21	1.9	21	100	0	80	40	15	7	37	1.75
2025976--2026011	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
2025980--2026049	12	5.9	12	86	3	70	20	34	8	37	1.83
2026881--2028039	200	5.8	200	93	0	1935	31	16	15	36	1.90
2026881--2028039	599	1.9	599	93	0	1969	31	16	15	36	1.90
2028281--2028329	19	2.6	19	93	0	80	53	12	2	32	1.50
2028907--2029019	4	28.2	4	100	0	226	49	25	0	24	1.50
2029606--2029671	33	2.0	33	87	0	96	24	43	0	31	1.54
2029705--2029748	21	2.1	21	86	0	61	15	29	11	43	1.82
2029831--2029863	15	2.2	15	100	0	66	12	63	6	18	1.48
2031956--2032430	182	2.6	181	89	2	702	28	16	13	41	1.86
2036795--2036876	14	6.0	13	76	13	67	43	2	2	51	1.28
2036805--2037967	23	43.9	27	68	22	322	41	4	6	48	1.48
2036852--2038001	37	30.8	37	81	14	941	40	4	6	48	1.49
2036829--2038001	118	9.7	118	81	14	1248	40	4	6	48	1.49
2036805--2038032	14	92.9	13	68	20	652	40	4	6	48	1.49
2040215--2040563	171	2.1	169	87	5	499	36	18	4	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041008--2041051	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
2041068--2041121	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
2041504--2041566	19	3.3	19	86	6	92	44	1	0	53	1.10
2041513--2041568	18	3.1	18	77	12	60	48	3	0	48	1.19
2043983--2044016	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2051732--2051814	36	2.3	36	87	0	130	28	14	42	14	1.85
2059682--2059827	53	2.7	51	82	11	170	47	8	19	23	1.78
2062596--2062672	9	9.5	8	72	19	54	80	0	18	1	0.78
2062607--2062711	9	11.4	9	78	11	81	79	0	16	4	0.90
2062594--2062625	13	2.5	13	94	0	55	84	0	15	0	0.63
2062594--2062697	16	6.2	16	71	20	70	80	0	16	2	0.82
2062594--2062633	12	3.4	12	89	3	64	85	0	15	0	0.61
2062620--2062712	34	2.6	36	81	11	102	78	0	15	6	0.94
2062619--2062690	26	2.8	25	85	8	92	80	0	15	4	0.86
2062670--2062717	15	3.3	14	77	8	51	75	0	12	12	1.06
2065516--2065873	40	9.1	40	91	3	514	29	16	12	41	1.85
2065516--2065873	79	4.6	79	90	2	499	29	16	12	41	1.85
2065811--2065981	36	4.6	36	86	3	173	27	20	14	38	1.91
2065887--2065951	21	3.4	21	64	24	61	24	24	12	38	1.90
2065775--2065991	72	2.9	74	78	7	179	29	19	13	37	1.90
2066268--2066737	135	3.5	136	89	3	686	33	17	22	25	1.96
2066661--2066902	105	2.3	105	85	7	312	38	17	20	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072856--2072897	2	21.0	2	90	0	66	45	4	0	50	1.23
2074446--2074667	119	1.9	118	87	2	329	25	21	14	38	1.92
2075163--2075458	154	1.9	155	88	2	452	36	13	14	35	1.86
2075864--2076007	49	2.8	53	77	9	161	40	18	9	31	1.82
2075967--2076150	55	3.4	55	73	7	167	41	17	9	30	1.82
2075967--2076349	205	1.9	206	83	1	509	42	16	9	32	1.80
2076071--2076246	96	1.8	96	90	0	280	44	16	9	29	1.78
2076166--2076349	55	3.4	54	86	5	244	44	16	8	30	1.76
2079895--2079959	21	3.0	21	93	2	103	16	24	32	26	1.96
2088890--2088923	14	2.4	14	85	0	50	26	2	29	41	1.70
2090318--2090378	32	1.9	32	90	6	97	70	3	1	24	1.11
2090676--2090715	21	1.9	21	94	0	71	32	20	20	27	1.97
2090819--2090878	23	2.5	24	86	5	77	56	3	0	40	1.16
2090819--2090880	25	2.5	24	82	10	72	56	3	0	40	1.15
2100985--2101027	13	3.3	13	83	6	52	18	13	6	60	1.55
2100985--2101020	19	1.9	18	94	5	63	19	13	5	61	1.52
2105620--2106207	73	8.1	73	87	3	828	33	18	12	35	1.89
2105618--2106204	36	16.1	36	69	5	338	33	18	12	34	1.89
2106281--2106380	38	2.6	38	85	4	121	39	10	26	25	1.87
2106564--2106620	18	3.1	18	75	14	62	50	8	19	21	1.74
2109332--2109365	17	1.9	18	88	5	52	79	0	14	5	0.91
2111983--2112096	34	3.3	35	82	4	135	27	15	13	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113421--2113457	10	3.5	11	89	7	51	75	0	16	8	1.02
2115988--2116202	112	1.9	112	95	0	385	40	12	10	36	1.77
2116662--2116722	23	2.7	23	83	14	74	52	0	1	45	1.10
2116895--2116959	23	2.7	24	83	11	89	55	0	0	44	0.99
2116856--2116943	29	3.0	29	70	15	83	53	0	1	45	1.07
2116923--2116983	29	2.1	30	84	3	79	60	0	0	39	0.97
2116958--2116991	11	3.2	10	88	12	50	64	0	0	35	0.94
2117723--2117805	34	2.5	33	90	3	139	54	0	13	32	1.39
2119176--2119214	17	2.2	18	90	4	62	56	2	0	41	1.13
2124839--2124865	11	2.5	11	100	0	54	59	18	11	11	1.60
2135598--2135634	14	2.6	14	91	0	56	51	10	8	29	1.65
2142109--2142154	24	1.9	24	90	0	74	32	23	23	19	1.97
2142111--2142162	24	2.2	24	85	0	68	38	21	21	19	1.94
2151076--2151105	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2152264--2152348	28	3.1	28	75	14	86	48	0	10	41	1.38
2152301--2152348	16	3.1	16	85	5	64	47	0	10	41	1.37
2152269--2152344	12	6.3	12	73	14	59	48	0	10	40	1.38
2152264--2152336	20	3.9	19	72	16	64	49	0	9	41	1.35
2152708--2152745	19	2.1	18	90	9	60	39	26	0	34	1.57
2159421--2159460	22	1.9	22	90	10	66	67	12	5	15	1.38
2161487--2161603	35	3.3	35	90	0	171	17	9	17	54	1.69
2165322--2165367	12	4.0	12	80	8	51	56	8	10	23	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166435--2166496	8	7.9	8	77	10	56	1	9	3	85	0.78
2166437--2166498	31	2.0	32	90	3	99	1	11	3	83	0.82
2169578--2169651	35	2.1	35	97	0	139	47	5	12	35	1.64
2172789--2173257	136	3.5	135	89	3	664	25	22	18	34	1.96
2173541--2173722	36	4.9	37	85	5	120	40	13	19	27	1.88
2173571--2173635	21	3.4	21	64	24	61	38	12	24	24	1.90
2173564--2173711	36	4.0	37	89	3	176	37	14	20	27	1.91
2173649--2174012	40	9.1	40	92	1	534	41	11	16	30	1.83
2173935--2174003	23	3.3	23	61	23	60	43	15	10	30	1.80
2176822--2176846	5	5.0	5	100	0	50	20	20	0	60	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16