genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367185--2367675	192	2.5	192	81	6	560	28	17	14	40	1.88
2369652--2369703	24	2.2	23	80	6	59	36	1	1	59	1.19
2371909--2371955	13	3.6	13	82	0	58	17	2	12	68	1.31
2375404--2375434	16	1.9	16	93	0	53	64	3	3	29	1.25
2377660--2377702	15	2.8	16	75	7	52	30	27	25	16	1.97
2377754--2377804	21	2.4	21	86	0	66	39	17	7	35	1.79
2381485--2381527	18	2.6	16	76	16	52	46	0	13	39	1.44
2381570--2381617	14	3.7	14	73	21	59	64	14	8	12	1.49
2381574--2381620	24	2.0	24	100	0	94	65	12	8	12	1.46
2383280--2383337	22	2.6	22	97	2	107	37	0	10	51	1.36
2383361--2383419	31	1.9	31	89	0	91	44	8	3	44	1.51
2385838--2385961	31	4.0	31	77	7	117	29	18	19	32	1.96
2386958--2387008	18	2.8	18	77	14	50	56	1	1	39	1.22
2393323--2393350	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2394490--2394557	15	4.3	15	68	23	50	32	1	38	27	1.66
2398134--2398177	21	2.0	21	83	12	54	34	0	0	65	0.93
2398805--2398895	32	3.0	29	90	6	85	24	18	31	25	1.97
2398819--2398895	32	2.4	32	100	0	154	24	18	31	25	1.97
2398840--2398903	32	2.2	28	81	15	69	25	20	29	25	1.99
2400386--2400425	20	2.0	20	85	9	55	40	17	2	40	1.63
2404248--2404302	21	2.6	21	91	0	92	38	12	16	32	1.86
2405292--2405401	2	56.0	2	72	16	79	41	3	1	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407596--2407649	20	2.8	20	85	2	56	35	5	18	40	1.74
2407596--2407667	19	3.7	19	81	7	74	34	5	15	44	1.70
2407611--2407667	20	2.9	20	84	7	73	35	7	12	45	1.69
2411141--2411168	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
2411686--2411737	20	2.6	21	78	12	63	38	15	7	38	1.76
2417729--2417792	21	3.0	21	81	4	65	23	35	25	15	1.94
2417731--2417812	21	3.8	21	74	17	62	23	37	24	14	1.92
2425562--2425607	19	2.4	19	85	0	56	10	4	4	80	0.99
2425582--2425617	13	2.7	13	91	4	54	16	0	2	80	0.83
2426999--2427364	55	6.7	55	90	0	543	37	17	10	34	1.84
2429399--2429462	23	2.7	23	85	7	83	25	7	6	60	1.47
2431857--2432215	131	2.7	130	81	4	423	33	10	15	40	1.81
2435304--2435335	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2435961--2435999	12	2.9	15	78	21	50	61	0	0	38	0.96
2436380--2436454	25	2.8	26	84	10	71	56	0	4	40	1.18
2436404--2436454	25	2.0	26	92	3	86	54	0	5	39	1.24
2436403--2436477	25	3.0	25	74	25	79	52	0	5	42	1.24
2437211--2437277	31	2.2	31	88	0	98	50	8	5	34	1.58
2441105--2441156	20	2.5	21	81	3	61	36	25	13	25	1.92
2442651--2443080	57	7.5	57	89	2	621	35	11	19	33	1.87
2442825--2443143	58	5.5	59	88	4	210	34	12	20	33	1.90
2443730--2443844	45	2.6	45	84	0	140	46	5	21	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2445597--2445749	77	2.0	79	80	7	179	45	7	5	40	1.57
2445782--2445817	15	2.4	15	90	0	54	47	5	2	44	1.41
2448967--2449062	20	4.8	19	76	10	84	31	25	15	28	1.96
2450530--2450563	17	2.1	15	89	10	50	5	20	0	73	1.04
2450524--2450577	27	2.0	27	82	13	67	7	22	0	70	1.12
2461825--2461890	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2474796--2474830	18	1.9	18	100	0	70	17	22	34	25	1.96
2475795--2475869	33	2.3	33	90	0	123	33	10	14	41	1.81
2479215--2479257	21	2.0	21	95	0	77	20	4	25	48	1.69
2486779--2486838	21	2.9	21	89	0	84	30	30	18	21	1.97
2493689--2493740	21	2.5	21	93	0	86	28	28	17	25	1.97
2497095--2497420	160	2.0	160	100	0	652	32	17	13	36	1.88
2507920--2507965	19	2.3	21	79	20	55	32	19	0	47	1.50
2508429--2508472	12	3.5	12	76	11	52	6	22	2	68	1.25
2513219--2513260	19	2.2	20	91	4	68	14	11	35	38	1.83
2513537--2513671	36	3.8	36	91	0	198	27	19	16	37	1.93
2513537--2513671	72	1.9	72	92	0	225	27	19	16	37	1.93
2513695--2513788	36	2.6	36	88	6	129	23	19	17	40	1.91
2519858--2519949	45	2.0	47	82	4	116	33	17	10	38	1.85
2523293--2523400	31	3.6	30	83	3	137	45	9	9	36	1.68
2523339--2523394	15	3.7	15	76	7	51	42	10	8	37	1.71
2523675--2523725	19	2.7	19	81	6	59	52	1	1	43	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523849--2523947	13	7.7	13	70	23	52	50	1	0	48	1.07
2523849--2523946	25	3.9	24	72	16	72	51	1	0	47	1.07
2524080--2524184	42	2.5	43	78	10	119	47	15	4	32	1.66
2524558--2524602	23	2.0	23	90	0	72	15	22	13	48	1.79
2524562--2524614	23	2.3	23	83	0	61	13	24	13	49	1.77
2526645--2526676	17	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
2529951--2530088	35	3.9	35	82	3	179	29	18	18	32	1.95
2532513--2532555	22	2.0	22	85	0	59	25	16	25	32	1.96
2543259--2543321	19	3.2	19	76	13	56	58	11	0	30	1.32
2543224--2543414	69	2.8	69	88	6	252	58	12	1	28	1.40
2543949--2544249	46	6.6	46	93	1	507	24	22	10	43	1.84
2543949--2544248	137	2.2	138	93	1	505	24	22	10	43	1.83
2544642--2544695	22	2.6	20	80	11	63	27	27	14	29	1.95
2544737--2544787	20	2.6	18	82	17	66	19	31	19	29	1.97
2546027--2546139	35	3.2	35	73	10	113	30	17	18	33	1.94
2554109--2554473	184	2.0	184	96	0	667	40	5	18	36	1.73
2558056--2558090	19	1.9	19	88	11	56	71	5	0	22	1.07
2558538--2558563	13	2.0	13	100	0	52	7	53	30	7	1.57
2559228--2559459	3	77.3	3	89	1	358	62	1	1	34	1.14
2559705--2560554	112	7.5	113	91	1	1240	29	19	13	37	1.90
2560989--2561043	22	2.5	22	90	0	83	38	14	12	34	1.84
2563435--2563905	83	5.7	82	93	0	726	37	21	12	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568003--2568058	27	2.1	27	86	0	76	60	8	10	19	1.55
2568097--2568149	14	3.7	14	87	2	70	54	9	13	22	1.67
2570528--2570563	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
2571011--2571039	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
2571710--2571951	3	80.3	3	89	0	367	61	1	1	35	1.13
2575528--2575552	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2580011--2580076	33	2.0	33	87	0	96	45	28	6	19	1.74
2582032--2582067	18	2.0	18	100	0	72	22	33	11	33	1.89
2587010--2587090	29	2.8	28	87	7	117	17	20	14	46	1.83
2587486--2587591	45	2.4	45	81	10	119	28	15	19	36	1.92
2588634--2588774	74	1.9	74	89	0	219	35	12	7	43	1.72
2589713--2589871	76	2.1	77	89	3	241	33	16	6	42	1.74
2594536--2594576	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2600060--2600103	13	3.5	13	93	3	72	13	20	47	18	1.82
2603134--2603176	15	2.8	15	75	3	50	44	4	0	51	1.22
2609727--2609786	6	9.7	6	89	7	93	83	0	3	13	0.77
2609806--2609851	17	2.6	17	80	13	58	56	4	0	39	1.19
2609806--2609936	42	3.1	42	77	12	135	50	3	2	43	1.33
2609893--2609931	16	2.4	16	86	4	51	46	2	2	48	1.29
2609911--2609977	22	3.0	22	82	6	82	46	7	0	46	1.31
2610714--2610886	72	2.4	71	81	4	179	24	21	21	31	1.98
2611635--2611688	27	2.0	27	100	0	108	29	7	22	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616519--2616570	16	3.3	16	74	12	54	28	26	11	32	1.91
2619735--2619796	18	3.5	18	86	4	81	6	3	45	45	1.45
2619749--2619796	23	2.1	23	88	0	69	4	2	47	45	1.33
2619746--2619796	6	8.7	6	84	4	68	3	1	49	45	1.32
2620415--2620550	61	2.2	61	88	2	193	36	11	8	44	1.69
2620585--2620702	51	2.3	51	82	2	130	44	5	6	43	1.52
2620636--2620814	18	10.3	18	73	12	135	41	6	5	46	1.52
2620609--2620814	51	4.1	50	75	9	184	42	6	5	44	1.55
2620636--2620812	69	2.6	68	85	4	236	41	6	5	46	1.52
2620980--2621107	18	6.8	18	67	22	77	43	4	7	44	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16