genome.fa.s8162.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110733_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3688897

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614094--614124	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
620558--620856	36	8.6	36	73	9	228	32	16	15	35	1.90
620558--620688	67	1.9	68	84	6	176	33	15	15	35	1.89
645804--645854	27	1.9	26	88	4	75	27	0	1	70	0.98
651548--651592	23	2.0	23	90	0	72	26	22	13	37	1.91
657088--657137	18	2.6	19	84	6	66	26	26	20	28	1.99
657006--657200	102	1.9	102	80	9	227	31	18	15	33	1.93
657172--657220	21	2.4	21	83	10	57	26	18	22	32	1.97
664362--664411	20	2.6	19	81	9	66	28	22	18	32	1.97
668479--668632	65	2.4	65	81	4	159	32	19	15	32	1.93
673590--673691	44	2.3	44	83	3	125	34	19	16	29	1.94
675993--676033	14	3.0	14	82	13	50	43	7	4	43	1.53
676965--677149	96	1.9	96	90	3	291	40	20	12	25	1.88
678947--679028	22	3.7	22	77	11	78	36	23	21	18	1.95
680824--680959	5	27.0	5	65	22	54	70	2	4	22	1.18
680824--680909	22	4.0	21	77	14	68	72	2	3	22	1.12
680828--680905	31	2.6	30	80	8	86	70	2	3	23	1.16
680824--680959	18	7.3	18	72	15	82	70	2	4	22	1.18
680862--680966	33	3.1	35	78	14	98	71	2	2	22	1.13
680862--680921	23	2.7	22	82	12	70	73	1	3	21	1.07
680862--680953	9	9.1	9	70	23	51	71	2	3	22	1.11
685270--685402	21	6.3	21	87	3	171	46	20	17	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685259--685345	21	4.0	22	77	7	81	44	21	19	13	1.85
685259--685387	43	3.0	43	86	5	147	45	20	17	15	1.85
687991--688037	14	3.5	13	78	18	51	78	2	17	2	0.94
689284--689554	125	2.2	125	85	3	368	29	17	27	24	1.97
691068--691719	54	12.1	54	86	1	808	34	18	26	21	1.96
691705--691918	55	3.9	55	82	4	261	32	15	23	28	1.95
692113--692172	18	3.2	18	79	9	66	50	3	0	46	1.18
692113--692161	15	3.3	15	82	2	55	51	4	0	44	1.20
719554--719578	11	2.3	11	100	0	50	52	16	12	20	1.75
720329--720386	6	9.3	6	80	15	57	1	15	0	82	0.74
720329--720386	13	4.7	12	81	12	64	1	15	0	82	0.74
720334--720384	26	1.9	26	92	4	84	1	15	0	82	0.76
720329--720380	11	4.8	11	81	13	72	1	15	0	82	0.75
720425--720484	6	9.0	6	81	18	66	0	20	0	80	0.72
720424--720484	14	4.4	14	82	12	81	0	19	0	80	0.72
720424--720484	21	2.9	21	92	4	97	0	19	0	80	0.72
727298--727422	5	25.6	5	71	11	80	73	4	2	19	1.12
727290--727389	35	2.8	35	77	7	103	72	5	3	20	1.17
727296--727416	9	13.6	9	71	16	65	72	4	2	20	1.13
727359--727413	19	2.9	19	83	5	67	70	1	3	23	1.12
727359--727425	18	3.7	18	80	11	66	73	2	2	20	1.10
727514--727542	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727575--727607	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
728777--728813	14	2.6	14	95	4	65	45	13	0	40	1.43
738638--738666	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
741358--741416	21	2.6	23	78	7	68	8	11	13	66	1.45
743468--743646	70	2.6	70	100	0	358	50	16	15	16	1.78
746473--746666	71	2.7	72	89	1	282	36	11	6	45	1.65
750308--750339	15	2.1	15	100	0	64	25	18	6	50	1.70
757669--757706	9	3.7	10	89	10	51	78	0	2	18	0.86
758063--758108	21	2.1	23	88	8	69	34	10	0	54	1.36
758580--759159	123	4.7	123	91	2	959	40	15	18	24	1.90
760494--760685	73	2.7	71	85	7	257	36	11	4	46	1.62
760495--760685	71	2.7	70	84	8	260	36	12	4	46	1.62
761656--761683	14	2.0	14	100	0	56	71	0	7	21	1.09
762956--762990	6	5.8	6	100	0	70	51	34	0	14	1.42
766530--766562	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
775178--775566	196	2.0	197	84	3	516	31	18	15	34	1.93
775395--775713	175	1.8	176	83	4	430	27	18	18	35	1.94
775571--775663	41	2.3	42	79	9	111	25	19	20	34	1.96
775811--775916	42	2.5	42	80	3	106	26	19	20	33	1.97
775570--776233	231	2.9	232	86	2	895	32	15	17	33	1.91
776679--777164	134	3.6	133	83	1	607	31	23	15	29	1.95
776680--777162	266	1.8	268	86	1	711	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800393--800431	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
801160--801199	20	2.0	21	90	5	64	35	7	5	52	1.51
804681--804729	21	2.4	21	80	10	57	65	12	0	22	1.26
808642--808694	26	2.0	26	82	7	63	37	16	16	28	1.91
817387--817452	27	2.4	27	76	16	66	33	9	10	46	1.70
818187--818239	26	2.0	27	85	7	72	75	0	20	3	0.96
820735--820821	31	2.8	31	86	8	106	35	22	4	36	1.75
827868--827931	31	2.1	31	94	2	112	32	21	4	40	1.74
827879--827946	31	2.1	32	86	5	93	29	23	2	44	1.68
839349--839384	3	12.0	3	87	0	54	61	0	0	38	0.96
839343--839382	18	2.2	18	90	0	62	62	0	0	37	0.95
841178--841356	43	4.1	44	76	7	134	25	17	22	34	1.96
841197--841406	43	4.9	42	76	5	170	25	18	23	32	1.97
841199--841408	86	2.4	85	83	3	260	24	18	24	32	1.97
841481--841597	44	2.8	42	80	11	123	30	18	20	29	1.97
841900--841963	21	3.0	21	86	4	76	6	29	18	45	1.74
841915--841981	21	3.2	21	86	0	89	2	34	17	44	1.64
841915--842024	21	5.3	21	75	18	88	1	33	19	45	1.61
842333--842378	21	2.2	21	85	14	60	58	4	13	23	1.52
852702--852752	20	2.5	20	72	12	50	39	17	15	27	1.90
860071--860184	20	5.6	20	73	11	79	32	23	15	28	1.95
865478--866212	367	2.0	368	98	0	1436	33	17	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866721--866765	18	2.5	18	81	0	54	22	13	0	64	1.28
867330--867433	2	54.0	2	82	14	130	45	0	1	52	1.11
870620--870668	19	2.6	19	87	9	66	24	26	20	28	1.99
873233--874050	410	2.0	410	98	0	1564	40	9	26	23	1.86
879022--879059	19	2.0	20	84	5	51	36	13	10	39	1.79
879097--879196	17	5.9	18	76	13	81	42	0	8	50	1.32
879047--879205	12	13.9	12	72	19	87	40	0	8	50	1.37
879095--879211	2	60.0	2	75	18	97	44	0	6	48	1.29
879578--879668	40	2.3	40	86	3	123	30	9	20	38	1.86
881531--881569	21	1.9	20	84	5	51	74	0	5	20	1.01
882147--882188	20	2.2	20	87	12	61	69	7	7	16	1.34
882146--882193	19	2.6	18	81	18	55	68	6	10	14	1.37
882312--882369	23	2.5	22	78	8	62	50	17	5	27	1.67
888132--888176	19	2.4	19	84	0	63	77	8	4	8	1.10
888240--888313	23	3.3	23	81	9	80	48	20	4	27	1.67
889545--889571	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
896405--896449	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
904242--904282	20	2.0	20	85	0	55	56	21	4	17	1.60
906800--906976	39	4.6	39	79	6	191	33	22	25	18	1.96
907621--907661	15	2.6	16	78	17	50	14	17	51	17	1.77
913650--913857	39	5.4	39	88	0	274	32	24	27	15	1.96
914609--914702	11	10.0	11	67	32	76	38	27	17	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914603--914714	18	6.2	18	97	0	206	38	26	16	17	1.92
924900--924991	37	2.4	39	80	8	109	67	1	3	28	1.13
924892--924968	23	3.5	22	73	26	67	70	1	3	24	1.12
924912--924991	29	2.7	29	81	14	85	67	1	3	27	1.15
924890--925024	36	3.6	37	76	15	118	68	2	3	25	1.18
924879--925028	39	4.0	36	77	15	112	68	2	3	26	1.15
925824--925950	40	3.2	42	78	14	117	28	3	3	64	1.26
925914--925998	25	3.5	23	69	23	59	14	7	1	77	1.03
925865--926008	34	4.1	34	73	18	84	21	6	1	70	1.17
925843--925964	41	3.2	36	73	18	95	22	4	2	69	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16