genome.fa.s8164.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008164.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110744_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577652

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260415--2260534	32	3.8	32	85	2	134	34	13	20	32	1.91
2285661--2285689	14	2.1	14	100	0	58	37	27	13	20	1.91
2290951--2290975	8	3.1	8	100	0	50	16	0	12	72	1.13
2297468--2297517	17	3.1	17	82	11	68	40	14	14	32	1.85
2297468--2297512	15	2.9	15	86	6	54	37	11	15	35	1.83
2297576--2297643	20	3.5	19	80	6	82	48	13	13	25	1.78
2297564--2297649	40	2.2	39	83	6	102	47	15	12	24	1.80
2297576--2297661	39	2.2	40	87	2	129	46	13	11	27	1.78
2297595--2297661	20	3.4	20	76	12	75	46	13	10	29	1.76
2298614--2298658	24	1.9	23	86	13	65	44	4	6	44	1.50
2298765--2298831	29	2.3	29	94	0	116	52	14	7	25	1.68
2299104--2299137	14	2.3	15	90	5	52	50	0	8	41	1.34
2299848--2299881	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2300867--2301012	29	5.0	30	81	5	158	52	2	7	38	1.42
2302111--2302135	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2302172--2302400	36	6.2	37	90	5	349	48	2	5	43	1.39
2302177--2302400	74	3.0	75	91	2	355	50	2	4	42	1.38
2303525--2303562	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
2303612--2303654	15	2.9	14	86	10	50	25	2	0	72	0.97
2303612--2303654	20	2.1	21	87	12	63	25	2	0	72	0.97
2303634--2303723	46	2.0	46	82	12	114	23	8	2	65	1.32
2304367--2304463	47	2.1	47	94	0	167	28	16	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309348--2309601	85	3.0	85	89	1	357	35	19	18	26	1.95
2309526--2309655	69	1.9	69	93	0	224	32	20	23	23	1.98
2309441--2309752	154	2.0	154	91	2	502	33	20	20	25	1.97
2309595--2309826	85	2.7	85	87	1	286	33	20	19	26	1.97
2309361--2309826	239	1.9	240	85	2	641	34	20	19	26	1.96
2310537--2310564	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2310593--2310885	36	8.1	37	89	6	433	47	2	5	44	1.39
2310593--2310885	73	4.1	73	89	4	436	47	2	5	44	1.39
2310593--2310892	109	2.8	106	88	8	442	48	2	5	44	1.38
2310957--2311005	18	2.7	18	80	3	53	22	6	0	71	1.08
2311800--2311846	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2312261--2312295	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
2323432--2323516	38	2.2	39	83	12	104	61	1	10	27	1.36
2324848--2324913	28	2.4	27	83	13	91	45	6	4	43	1.49
2324798--2324961	67	2.5	64	83	10	194	44	9	4	40	1.59
2324915--2324979	24	2.9	22	76	17	69	47	10	1	40	1.48
2324998--2325064	2	33.0	2	88	8	100	46	2	1	49	1.26
2327713--2327837	62	2.0	62	90	3	198	21	20	20	37	1.94
2327713--2327824	31	3.6	31	93	0	188	20	20	20	38	1.94
2330691--2330727	16	2.2	18	85	9	51	62	0	18	18	1.34
2333376--2333485	31	3.5	31	94	0	184	20	18	20	40	1.91
2333378--2333502	31	4.0	31	89	4	146	22	17	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334196--2334221	12	2.2	12	100	0	52	15	34	26	23	1.94
2334681--2335070	214	1.8	212	93	1	672	24	19	17	39	1.92
2338354--2338390	18	2.0	19	89	5	58	72	5	13	8	1.24
2339662--2339740	21	3.7	21	77	8	79	24	34	20	21	1.97
2339760--2339872	20	5.7	20	93	0	190	16	28	23	30	1.97
2345167--2345195	14	2.0	15	93	6	51	62	0	10	27	1.28
2345270--2345304	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2345313--2345371	20	2.7	23	87	10	79	40	8	6	44	1.61
2348599--2348705	55	2.0	55	92	1	180	38	12	15	33	1.85
2350226--2350257	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2352256--2352313	23	2.6	23	83	5	75	25	22	32	18	1.97
2356118--2356160	21	2.0	22	86	13	63	37	6	2	53	1.41
2360732--2360793	21	2.9	21	88	9	81	25	20	27	25	1.99
2361175--2361247	34	2.1	34	100	0	146	30	13	10	45	1.78
2367081--2367161	40	2.0	40	92	0	135	43	6	16	34	1.72
2375998--2376051	20	2.7	21	82	5	67	37	20	20	22	1.95
2382523--2382608	35	2.5	32	75	17	82	53	9	8	29	1.61
2384917--2384970	25	2.3	23	83	6	72	68	1	1	27	1.10
2385002--2385041	10	4.0	10	86	0	53	40	0	32	27	1.57
2393068--2393191	54	2.3	54	87	0	167	28	19	19	33	1.96
2398809--2399096	54	5.3	54	85	1	353	26	18	20	34	1.96
2400790--2400908	64	1.9	65	84	5	163	35	22	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401585--2401628	23	1.9	23	85	0	61	20	29	22	27	1.99
2408232--2408291	31	2.0	30	87	9	86	36	1	25	36	1.66
2408515--2408573	23	2.6	23	81	10	75	18	25	27	28	1.98
2409985--2410026	22	1.9	22	100	0	84	40	30	4	23	1.75
2411269--2411299	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2414090--2414154	20	3.3	20	72	8	62	33	13	24	27	1.93
2416527--2416589	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
2417454--2417933	45	10.7	45	82	3	473	40	19	15	24	1.90
2417966--2418168	37	5.6	37	72	6	146	45	13	17	23	1.84
2418617--2418679	24	2.6	26	77	22	75	46	0	19	34	1.50
2419803--2419839	16	2.3	16	100	0	74	13	5	40	40	1.67
2421943--2421982	20	2.0	20	100	0	80	40	30	5	25	1.77
2423823--2423851	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2425790--2425847	29	2.0	29	93	0	98	50	6	6	36	1.56
2433648--2433775	59	2.2	59	92	2	213	32	13	25	28	1.93
2433409--2434056	284	2.3	283	84	3	838	32	16	23	27	1.96
2433932--2434068	59	2.3	59	86	2	177	34	18	20	26	1.96
2433966--2434120	59	2.6	58	79	6	150	35	16	21	27	1.94
2434139--2434252	42	2.7	41	81	6	113	28	21	21	28	1.99
2434247--2434312	34	1.9	35	84	3	89	42	21	12	24	1.86
2434932--2435002	36	2.0	36	94	0	124	21	15	25	38	1.92
2436508--2436594	6	12.3	7	76	23	69	2	12	2	82	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436508--2436595	8	11.2	8	73	20	71	2	12	2	82	0.85
2436508--2436595	30	2.9	29	79	12	88	2	12	2	82	0.85
2436522--2436595	21	3.7	19	81	15	87	1	12	1	85	0.74
2436500--2436595	39	2.4	38	80	14	122	3	13	2	81	0.91
2443187--2443252	34	1.9	34	81	6	80	65	6	1	27	1.25
2443244--2443299	11	5.0	11	72	12	51	73	5	3	17	1.17
2443267--2443319	22	2.5	22	87	3	72	64	5	11	18	1.46
2446147--2446228	33	2.5	32	86	7	112	46	24	10	18	1.81
2455488--2455520	13	2.4	14	85	10	50	69	0	0	30	0.88
2455484--2455550	21	3.0	21	80	6	62	68	2	0	28	1.04
2455528--2455561	17	1.9	18	94	5	61	64	8	0	26	1.22
2461861--2461907	22	2.2	21	84	3	58	63	4	12	19	1.44
2464747--2464828	33	2.5	32	84	7	112	47	23	9	19	1.79
2464931--2464986	18	3.1	18	75	12	53	57	1	1	39	1.20
2469935--2469977	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
2470443--2470521	40	2.0	40	85	9	110	30	5	7	56	1.49
2470576--2470644	13	5.2	13	78	13	68	17	7	0	75	1.02
2470576--2470621	22	2.1	22	87	0	65	17	4	0	78	0.91
2470553--2470660	18	6.2	17	75	12	69	16	11	0	71	1.19
2470584--2470625	9	4.7	9	82	11	59	16	2	0	80	0.81
2474936--2474992	18	3.2	18	78	14	64	73	8	15	1	1.16
2476607--2476681	36	2.1	36	92	5	125	25	24	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476853--2476924	37	1.9	37	82	0	90	26	20	11	41	1.86
2477539--2478079	106	5.1	106	87	0	724	36	23	17	22	1.95
2477539--2478073	213	2.5	212	87	1	741	35	23	17	22	1.95
2479363--2479405	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
2479454--2479478	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2479882--2479960	40	2.0	40	85	9	110	30	5	7	56	1.49
2480025--2480049	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2484798--2484831	17	1.9	18	94	5	61	64	8	0	26	1.22
2489394--2489434	20	2.0	20	100	0	82	31	14	4	48	1.65
2489730--2489767	20	1.9	20	94	0	67	23	13	2	60	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11