genome.fa.s8164.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008164.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110744_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577652

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663768--663879	37	3.0	37	93	0	188	41	12	12	33	1.81
664211--664247	17	2.0	20	85	15	53	18	5	0	75	0.99
664515--664611	33	2.9	34	77	17	89	19	10	2	68	1.29
664800--664857	25	2.3	25	82	8	64	12	10	5	72	1.26
666383--666538	35	4.5	34	66	13	95	41	24	13	21	1.89
666382--666583	103	2.0	103	88	0	305	41	23	12	22	1.88
677018--677184	38	4.5	38	80	6	144	41	2	7	47	1.46
677049--677198	37	4.0	37	82	6	169	42	4	8	46	1.52
677089--677148	17	3.4	17	68	20	50	40	1	5	53	1.33
689199--689253	3	18.0	3	92	3	92	63	0	0	36	0.95
689673--690436	112	6.8	113	91	2	1088	28	18	13	39	1.89
691251--691284	18	2.0	18	88	11	54	17	17	17	47	1.84
692015--692059	16	2.6	16	82	10	54	53	8	6	31	1.58
692391--692508	1	118.0	1	70	0	83	0	13	0	85	0.64
692391--692511	29	4.5	26	79	16	131	0	14	0	85	0.65
692391--692511	54	2.2	55	85	7	167	0	14	0	85	0.65
692391--692508	58	2.1	57	88	4	175	0	13	0	85	0.64
692397--692497	7	14.6	7	80	13	120	0	14	0	85	0.61
699701--699732	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
705120--705185	3	22.0	3	87	6	98	62	0	0	37	0.96
711613--711642	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
715872--716081	65	3.3	62	75	13	185	28	18	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716540--716566	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
716767--716796	14	2.1	15	93	6	53	63	26	3	6	1.35
722587--722626	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
724542--724590	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
724561--724667	45	2.4	45	85	7	137	29	18	21	29	1.97
724607--724732	65	2.0	63	86	10	175	27	17	22	32	1.96
729839--729912	29	2.6	29	82	4	87	33	4	17	44	1.68
736987--737044	17	3.7	17	78	21	81	17	46	24	12	1.81
736993--737064	12	5.3	12	77	21	63	16	41	25	16	1.89
736991--737051	29	2.1	29	100	0	122	16	45	24	13	1.83
737065--737132	29	2.3	29	87	5	84	35	4	17	42	1.69
745148--745190	3	14.0	3	81	13	52	62	0	0	37	0.95
745411--746631	139	9.0	128	73	13	400	22	15	27	34	1.94
745539--746631	139	8.0	139	78	6	987	22	15	27	35	1.94
745400--746496	278	4.0	276	79	6	1081	22	15	27	35	1.94
745393--746495	417	2.7	414	79	5	1141	22	15	27	35	1.94
747018--747205	73	2.6	73	80	5	195	43	14	11	30	1.80
747018--747205	72	2.6	71	79	5	191	43	14	11	30	1.80
748740--748796	25	2.2	25	81	3	69	56	3	7	33	1.43
750011--750044	3	11.7	3	87	6	52	73	26	0	0	0.83
750014--750046	15	2.2	15	100	0	66	75	24	0	0	0.80
750261--750299	15	2.7	14	84	7	51	41	28	10	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753324--753357	15	2.2	16	89	5	52	32	23	17	26	1.97
758723--758776	3	17.7	3	81	11	65	62	0	1	35	1.06
758728--758776	21	2.3	22	89	7	82	63	0	2	34	1.06
759405--759690	142	2.0	142	97	0	545	37	17	9	35	1.83
760742--760773	15	2.1	15	94	0	55	78	0	6	15	0.95
760776--760841	16	4.1	17	77	16	61	65	0	1	33	1.02
760776--760809	9	3.8	9	85	14	52	67	0	0	32	0.91
760891--760919	9	3.2	9	100	0	58	79	0	0	20	0.74
760939--760978	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
763642--763739	50	1.9	51	85	2	135	16	21	14	47	1.81
770391--770435	23	2.0	23	86	8	65	22	17	17	42	1.89
774169--774271	14	7.4	14	66	18	54	70	2	6	19	1.22
774258--774317	12	4.9	12	72	11	50	65	3	1	30	1.19
774257--774319	8	7.0	9	73	22	53	65	3	1	30	1.18
774270--774317	24	1.9	26	83	8	64	64	4	2	29	1.23
775775--775826	19	2.7	19	87	3	68	13	19	25	42	1.87
775948--776007	24	2.5	24	82	10	70	71	0	8	20	1.11
775965--776004	19	2.1	19	85	0	53	72	0	10	17	1.11
775995--776051	14	4.1	14	71	24	50	63	3	1	31	1.22
783767--783795	6	4.8	6	100	0	58	17	17	0	65	1.27
785319--785348	15	1.9	16	93	6	53	53	3	20	23	1.60
786751--786820	24	2.8	24	86	4	95	65	4	5	24	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788844--788902	20	3.0	20	77	5	57	33	18	22	25	1.96
789729--789798	36	1.9	36	85	0	95	27	20	18	34	1.96
790833--790880	22	2.2	22	84	0	60	27	0	2	70	0.98
790838--790880	18	2.4	18	88	7	61	27	0	0	72	0.85
798433--798597	76	2.2	75	85	3	224	30	3	10	56	1.48
799241--799289	19	2.6	19	93	3	82	22	2	4	71	1.13
799325--799376	22	2.5	20	79	17	61	28	1	0	69	0.99
799332--799375	19	2.3	19	85	11	63	29	2	0	68	1.02
801656--802635	489	2.0	490	91	1	1606	46	10	13	29	1.77
802756--802797	21	2.0	21	85	0	57	38	16	9	35	1.81
802771--802856	22	3.9	22	75	10	68	38	8	12	40	1.73
802817--802865	22	2.2	22	81	3	53	36	6	16	40	1.73
805290--805405	31	3.7	31	81	2	135	30	18	18	32	1.95
807927--808001	21	3.6	21	98	0	141	36	16	22	25	1.94
816670--816707	14	2.7	14	84	11	51	21	10	28	39	1.86
823817--823924	53	2.0	53	100	0	216	42	11	16	29	1.83
824020--824290	84	3.2	84	95	0	488	53	9	5	31	1.56
825158--825188	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
828365--828402	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
833175--833212	20	1.9	20	88	0	58	34	21	18	26	1.96
834378--834422	20	2.2	20	84	0	54	28	24	15	31	1.96
836458--836510	26	2.1	24	86	6	70	15	7	3	73	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836463--836512	13	3.9	13	75	15	50	20	6	4	70	1.25
840694--840751	24	2.4	24	97	0	107	29	17	15	37	1.90
848030--848135	56	1.9	55	88	1	158	49	15	24	11	1.77
848765--848806	22	1.9	22	85	9	59	47	16	14	21	1.82
850113--850153	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
850160--850201	19	2.1	21	78	13	52	23	2	0	73	0.94
850158--850272	10	11.9	9	75	13	61	17	3	3	75	1.08
850419--850556	10	13.2	10	69	13	55	10	6	5	77	1.11
850508--850559	6	8.8	6	77	12	54	19	1	0	78	0.84
850515--850554	14	2.7	15	84	7	55	20	2	0	77	0.88
856677--856726	25	2.0	25	88	7	75	36	20	0	44	1.52
862170--862213	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
862483--862523	15	2.7	15	85	14	57	65	0	0	34	0.93
862477--862518	14	2.9	15	89	6	61	69	0	0	30	0.89
862488--862540	27	2.0	26	85	14	72	62	1	1	33	1.17
862488--862529	15	3.3	12	87	12	50	66	0	0	33	0.92
863831--863886	3	18.0	3	85	7	76	64	0	0	35	0.94
864020--865422	76	18.5	76	96	0	2520	34	22	18	23	1.96
866265--866316	22	2.4	22	100	0	104	40	15	7	36	1.76
866690--866841	50	2.9	54	79	5	170	24	21	15	39	1.91
866687--866841	54	3.0	53	80	6	174	23	20	15	40	1.91
869745--869771	12	2.2	12	100	0	54	0	18	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871381--871416	11	2.9	13	88	12	58	2	16	0	80	0.83
871398--871453	27	2.0	27	90	10	87	5	14	10	69	1.34
874219--874257	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
876985--877028	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
877305--877345	16	2.6	16	88	11	59	65	0	0	34	0.93
878552--878613	3	20.0	3	80	12	72	64	0	0	35	0.94
878545--878597	9	5.6	9	82	10	52	62	0	0	37	0.96
878545--878613	21	3.1	21	84	14	70	62	0	0	37	0.96
878557--878619	15	4.1	16	86	10	80	63	0	0	36	0.95
879513--879551	17	2.2	18	90	4	62	15	2	15	66	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11