genome.fa.s8164.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008164.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110744_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577652

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894469--1894498	15	2.0	15	100	0	60	20	0	0	80	0.72
1894506--1894670	82	2.0	82	88	4	244	43	7	5	43	1.55
1895608--1895674	34	1.9	35	88	8	102	13	17	4	64	1.44
1895672--1895714	17	2.5	17	84	0	59	25	11	4	58	1.52
1895916--1896138	65	3.6	65	85	4	255	32	22	13	30	1.93
1896139--1896432	65	4.5	65	86	0	401	32	22	14	29	1.94
1896139--1896432	129	2.3	129	86	1	399	32	22	14	29	1.94
1896594--1896630	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
1897256--1897316	30	2.0	31	81	9	72	29	19	8	42	1.80
1904574--1904699	46	2.8	44	90	5	191	38	5	23	32	1.78
1906064--1906135	3	25.0	3	79	13	80	61	2	0	36	1.11
1906327--1906433	42	2.6	41	86	1	133	30	22	22	24	1.99
1906361--1906426	20	3.2	20	68	16	53	36	22	22	18	1.95
1906620--1906684	20	3.2	20	69	16	60	36	18	21	23	1.95
1914555--1914607	23	2.3	22	78	15	63	1	16	18	62	1.42
1915130--1915212	3	28.0	3	82	11	100	62	2	0	34	1.08
1916781--1916846	31	2.3	29	80	14	75	33	13	0	53	1.41
1917906--1918049	75	1.9	75	82	2	182	50	11	18	20	1.78
1922133--1922202	22	3.3	21	75	16	72	44	4	1	50	1.30
1922167--1922340	90	2.0	88	91	2	285	45	6	9	38	1.63
1925976--1926017	17	2.5	17	84	3	50	38	16	16	28	1.91
1928807--1928876	20	3.2	22	70	24	58	44	2	5	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935532--1935944	218	1.9	218	99	0	817	34	18	11	35	1.86
1937920--1938064	61	2.3	64	81	10	165	27	26	17	28	1.97
1939535--1939594	31	2.0	31	83	9	79	36	21	6	35	1.80
1943429--1943461	17	1.9	17	93	0	57	21	21	15	42	1.89
1956571--1956606	18	2.0	18	88	0	54	16	19	19	44	1.87
1962119--1962151	17	1.9	17	93	0	57	21	21	15	42	1.89
1968559--1968591	13	2.5	14	90	9	52	33	6	6	54	1.50
1984875--1984903	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
1986688--1986736	16	2.9	16	82	11	53	8	18	8	65	1.44
1986688--1986735	17	2.7	18	84	9	55	8	16	8	66	1.42
1988488--1988532	20	2.2	20	84	7	56	64	0	22	13	1.28
1995396--1995441	23	2.0	23	87	8	67	54	13	2	30	1.50
2008880--2008928	25	2.0	25	84	8	64	63	0	2	34	1.06
2027081--2027106	12	2.2	12	100	0	52	19	23	7	50	1.73
2032654--2032777	61	2.0	61	92	0	203	33	23	12	30	1.91
2035133--2035201	28	2.3	31	80	9	81	28	21	8	40	1.83
2039707--2039747	20	2.0	21	90	4	66	48	19	0	31	1.49
2043799--2043835	17	2.1	18	90	5	58	35	0	32	32	1.58
2043859--2043923	16	4.1	16	73	11	53	63	0	23	13	1.30
2047633--2047713	31	2.7	29	78	10	83	41	3	18	35	1.68
2048986--2049029	21	2.1	21	82	0	52	36	4	22	36	1.75
2053809--2053859	26	2.0	26	88	0	75	13	9	27	49	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059672--2059901	54	4.3	54	87	2	318	33	16	16	32	1.92
2066834--2066913	20	4.1	19	70	12	63	26	16	22	35	1.95
2066973--2067178	92	2.2	92	90	0	313	40	13	16	28	1.87
2067134--2067210	36	2.2	36	86	6	104	38	16	14	29	1.88
2069318--2069546	54	4.3	54	84	2	282	36	17	14	31	1.90
2069316--2069546	107	2.1	108	85	2	304	36	17	15	30	1.90
2073621--2074069	54	8.4	54	86	2	557	36	17	15	30	1.91
2073621--2074067	157	2.8	159	85	3	565	36	17	15	30	1.91
2073639--2074026	211	1.8	211	88	2	600	38	16	14	30	1.89
2080261--2080318	30	1.9	30	92	0	98	39	6	17	36	1.76
2083025--2083064	21	1.9	21	89	0	62	27	0	35	37	1.57
2083766--2083826	23	2.7	23	100	0	122	19	26	29	24	1.99
2087655--2087694	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2094275--2094310	19	1.9	18	88	5	54	63	0	16	19	1.30
2099803--2099852	25	2.0	25	92	0	82	36	16	28	20	1.93
2099960--2100049	38	2.4	38	87	7	121	47	4	15	32	1.65
2099968--2100049	19	4.3	19	76	4	67	47	4	15	31	1.67
2100060--2100115	13	4.4	13	70	20	55	53	0	23	23	1.46
2105513--2105582	18	3.7	18	71	14	59	31	21	25	21	1.98
2119836--2119878	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2121503--2121602	50	2.0	50	100	0	200	42	16	4	38	1.66
2124421--2124474	23	2.3	23	96	0	99	27	31	27	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126885--2126911	13	2.1	13	100	0	54	37	22	18	22	1.95
2128980--2129055	31	2.4	31	79	12	84	32	30	23	13	1.93
2135809--2136177	137	2.7	133	77	8	316	28	18	17	34	1.94
2147214--2147255	12	3.5	12	81	18	52	11	2	9	76	1.12
2147214--2147262	24	2.0	24	84	7	64	10	4	8	77	1.10
2149129--2149185	28	1.9	31	86	10	84	19	19	7	54	1.66
2152033--2152148	36	3.1	36	70	13	117	31	18	12	38	1.87
2151952--2152159	76	2.8	76	87	2	294	34	19	9	36	1.85
2152130--2152493	39	9.4	39	87	3	511	32	16	15	35	1.90
2152054--2152498	78	5.7	78	85	4	521	32	16	14	36	1.89
2152650--2152730	42	2.0	41	87	2	117	30	17	16	35	1.92
2152645--2152737	42	2.2	42	82	1	116	32	19	15	33	1.92
2157404--2157483	19	4.2	19	78	0	79	48	5	13	32	1.64
2157403--2157491	38	2.3	39	83	7	103	49	4	14	31	1.63
2157500--2157569	13	5.5	13	72	6	72	60	0	15	24	1.36
2157480--2157544	25	2.5	27	80	12	73	52	1	18	27	1.54
2157527--2157562	19	1.9	18	88	5	54	63	0	16	19	1.30
2158341--2158388	19	2.5	19	76	10	53	62	0	16	20	1.33
2160015--2160051	20	1.9	19	89	10	58	27	24	18	29	1.98
2161296--2161333	19	2.0	19	100	0	76	31	15	15	36	1.90
2162274--2162423	44	3.4	44	91	2	230	31	23	7	38	1.82
2168293--2168773	81	5.9	81	89	0	694	35	12	21	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178652--2178677	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
2179362--2179389	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2188492--2188592	35	2.9	36	73	8	100	31	11	15	40	1.84
2190826--2190884	30	2.0	30	96	0	109	35	1	16	45	1.58
2191007--2191096	20	4.8	19	68	22	66	32	26	18	22	1.97
2191009--2191152	54	2.6	54	94	1	243	29	29	18	23	1.97
2191117--2191192	21	3.7	21	91	1	118	18	36	15	28	1.92
2191546--2191615	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2192475--2192522	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2193660--2193699	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
2193809--2193868	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
2196978--2197028	26	2.0	26	88	11	79	35	3	3	56	1.36
2197201--2197239	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2205142--2205168	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2210725--2210812	46	1.9	46	95	0	158	21	20	12	45	1.84
2211110--2211536	56	7.7	55	92	1	665	36	18	11	34	1.86
2211109--2211536	111	3.8	111	91	1	660	36	18	10	34	1.86
2216426--2216513	46	1.9	46	85	0	122	22	19	10	47	1.79
2216881--2216959	22	3.6	22	91	0	122	25	13	17	43	1.86
2219240--2219400	21	7.5	21	72	9	119	36	23	17	22	1.95
2219241--2219398	42	3.7	42	75	13	133	36	23	17	23	1.95
2223705--2223758	23	2.2	24	80	9	65	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223712--2223825	23	5.0	23	76	6	72	38	25	15	20	1.92
2223745--2223904	21	7.4	21	74	5	122	38	25	15	21	1.92
2223815--2223904	42	2.1	42	87	0	135	35	24	13	26	1.92
2224066--2224109	23	1.9	23	85	0	61	31	22	2	43	1.66
2229403--2229483	40	2.0	40	83	4	101	24	24	24	25	2.00
2229564--2229765	45	4.5	45	92	0	334	38	6	23	31	1.81
2231757--2231796	14	2.7	15	84	3	55	10	25	0	65	1.24
2233110--2233154	22	2.1	21	87	4	63	53	13	13	20	1.72
2233134--2233177	16	2.8	16	82	0	61	47	18	18	15	1.83
2236993--2237033	16	2.5	17	92	7	68	46	17	19	17	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11