genome.fa.s8199.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008199.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110819_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2638622

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168572--2168885	60	5.2	60	89	7	510	44	14	0	40	1.46
2168686--2168726	14	3.1	14	80	20	61	43	19	0	36	1.51
2168567--2168913	124	2.8	123	89	7	582	44	14	0	40	1.46
2168750--2168837	21	4.3	21	66	18	60	44	15	0	39	1.47
2170954--2171007	26	2.0	27	92	3	92	57	12	0	29	1.36
2171625--2171731	30	3.6	30	89	0	178	11	17	47	23	1.80
2171645--2171727	10	8.3	10	67	24	50	10	19	46	22	1.80
2171738--2171853	29	4.0	28	87	2	160	14	30	38	16	1.89
2180653--2180746	28	3.4	28	92	1	154	11	7	37	43	1.69
2181332--2181377	18	2.6	17	82	3	56	30	30	6	32	1.83
2183453--2183575	66	1.9	63	83	9	158	35	18	20	25	1.95
2184163--2184243	22	3.7	22	81	0	90	19	20	28	30	1.97
2184225--2184259	18	1.9	18	88	0	52	22	17	31	28	1.96
2190866--2190917	22	2.4	22	86	0	77	19	21	30	28	1.97
2202410--2202450	20	2.0	22	85	9	59	36	0	4	58	1.20
2203639--2203678	20	2.0	21	85	14	57	30	22	20	27	1.98
2207790--2207864	20	3.7	19	70	15	60	24	18	29	28	1.98
2207788--2207882	43	2.2	43	92	1	156	25	16	30	27	1.97
2207806--2207885	23	3.6	23	73	10	85	28	15	28	27	1.96
2214774--2214816	21	2.0	21	95	0	77	27	27	20	23	1.99
2214927--2214996	34	2.0	36	88	5	108	14	28	34	22	1.93
2215089--2215145	29	2.0	30	89	6	91	42	17	3	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217266--2217320	23	2.4	23	84	0	74	21	18	25	34	1.96
2217307--2217362	24	2.3	24	87	0	76	28	26	14	30	1.95
2224339--2224458	59	2.0	59	88	0	177	41	8	20	30	1.81
2236461--2236503	16	2.8	15	86	6	59	37	0	4	58	1.19
2243011--2243062	2	28.5	2	81	18	69	48	0	0	51	1.00
2243007--2243064	10	6.6	9	83	13	68	46	0	0	53	1.00
2244129--2244165	15	2.3	17	81	9	51	21	2	5	70	1.20
2246960--2247008	24	2.0	24	92	0	80	28	18	18	34	1.94
2248359--2248621	95	2.7	96	87	4	370	32	17	18	31	1.94
2250148--2250203	29	2.1	28	80	12	64	26	19	8	44	1.80
2249914--2250161	36	7.2	34	75	10	156	31	18	10	40	1.84
2249913--2250357	133	3.3	133	84	4	590	30	18	10	41	1.84
2252352--2252388	15	2.3	17	81	9	51	21	2	5	70	1.20
2257458--2257483	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2265809--2265851	2	21.5	2	90	9	70	51	0	2	46	1.13
2265806--2265851	15	3.1	15	93	6	76	52	0	2	45	1.13
2265809--2265851	19	2.3	19	92	8	70	51	0	2	46	1.13
2267604--2267685	36	2.3	36	82	2	103	50	6	7	36	1.55
2271171--2271566	197	2.0	198	95	1	706	32	18	15	33	1.92
2273796--2273838	15	2.9	15	82	0	59	4	41	16	37	1.69
2286531--2286573	21	2.1	21	87	8	63	51	2	4	41	1.35
2287228--2287266	20	1.9	21	89	5	62	38	12	2	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289990--2290190	100	2.0	99	100	0	294	41	1	12	43	1.54
2291448--2291496	13	3.6	13	79	17	55	71	0	8	20	1.11
2301827--2301885	24	2.5	24	86	5	84	22	16	13	47	1.82
2302387--2302515	22	6.2	21	69	17	65	53	13	0	32	1.41
2302374--2302762	54	7.6	53	70	17	252	52	12	0	35	1.41
2302389--2302842	80	5.9	80	80	15	544	52	13	0	34	1.40
2302486--2302941	32	15.4	32	66	28	194	52	11	0	35	1.38
2302549--2302672	22	5.5	22	72	14	92	52	8	0	38	1.33
2302566--2302623	14	3.9	14	70	16	53	55	3	0	41	1.17
2302469--2302941	134	3.4	137	81	12	489	52	12	0	35	1.39
2302612--2302676	22	3.0	22	97	0	121	50	10	0	38	1.37
2302688--2302730	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2302690--2302738	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2302744--2302818	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
2302580--2302941	54	6.8	54	76	13	322	52	11	0	36	1.38
2302822--2302864	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2302824--2302872	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2302876--2302918	22	2.0	22	100	0	86	51	9	0	39	1.34
2302878--2302926	22	2.2	22	88	3	71	55	10	0	34	1.34
2302921--2303023	15	6.5	15	76	15	100	50	2	0	45	1.23
2302867--2303023	67	2.3	67	86	7	203	50	5	0	43	1.28
2302377--2303008	54	12.4	49	74	15	211	51	11	0	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325758--2325868	56	2.0	56	94	0	195	22	15	18	44	1.87
2327966--2328049	41	2.0	41	100	0	168	23	27	23	25	2.00
2331948--2332031	37	2.3	37	97	2	161	54	8	0	36	1.31
2359801--2359838	20	1.9	20	89	10	60	23	31	34	10	1.89
2370699--2370740	17	2.5	17	100	0	84	40	28	19	11	1.87
2376647--2376698	19	2.7	19	91	5	79	40	5	17	36	1.73
2376664--2376703	19	2.1	19	95	0	71	35	5	22	37	1.76
2376693--2376739	25	2.0	22	84	12	58	29	6	31	31	1.83
2376716--2376752	19	1.9	19	100	0	74	37	5	29	27	1.79
2378952--2379368	87	4.8	87	90	0	618	45	11	10	32	1.74
2379040--2379099	23	2.6	23	89	0	93	43	6	11	38	1.68
2379127--2379176	23	2.2	23	85	0	64	42	10	16	32	1.81
2379136--2379184	23	2.1	23	88	0	71	42	8	18	30	1.79
2379214--2379263	23	2.2	23	81	0	55	46	12	8	34	1.70
2379310--2379358	23	2.1	23	84	0	62	38	8	20	32	1.82
2379769--2379826	24	2.5	23	81	13	75	55	5	0	39	1.22
2380100--2380155	24	2.4	23	83	16	80	57	3	0	39	1.16
2379663--2380304	331	1.9	331	98	0	1230	38	11	10	39	1.76
2380155--2380595	200	2.2	198	87	4	620	31	14	13	41	1.84
2380698--2380783	30	2.9	30	80	13	81	47	1	1	50	1.16
2381002--2381042	21	2.0	21	90	0	64	41	19	0	39	1.52
2387280--2387321	22	2.0	21	90	4	66	69	2	0	28	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395444--2395484	20	2.0	20	86	9	57	46	2	17	34	1.61
2409843--2409873	13	2.4	13	94	0	53	6	9	0	83	0.79
2413256--2413315	24	2.4	25	86	5	86	55	0	10	35	1.34
2413266--2413309	12	3.8	11	77	11	52	47	0	11	40	1.39
2428118--2428143	6	4.3	6	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2430413--2430451	17	2.2	19	86	9	55	53	5	7	33	1.51
2433904--2433994	44	2.1	44	100	0	182	41	6	19	31	1.77
2436266--2436291	11	2.4	11	100	0	52	38	7	7	46	1.61
2436605--2436647	21	2.0	22	86	4	61	51	4	9	34	1.55
2437066--2437108	15	2.8	15	85	3	59	44	2	2	51	1.27
2443380--2443433	28	1.9	28	85	7	74	70	0	5	24	1.08
2443636--2443667	13	2.5	13	100	0	64	0	46	12	40	1.42
2444621--2444646	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2444720--2444880	34	4.9	34	81	13	160	44	7	5	42	1.56
2444708--2444880	65	2.6	67	84	9	214	45	7	5	41	1.56
2445475--2446186	85	8.6	83	80	6	741	22	21	26	29	1.99
2445509--2446186	165	4.1	164	90	3	887	22	21	26	29	1.99
2451207--2451273	30	2.2	31	80	17	79	73	0	4	22	1.01
2451638--2451669	13	2.5	13	100	0	64	0	46	12	40	1.42
2452632--2452661	3	9.7	3	92	7	51	70	0	0	30	0.88
2452728--2452917	71	2.7	73	83	9	218	44	7	5	42	1.56
2452815--2452839	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452852--2452876	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2452677--2452942	108	2.4	109	81	11	298	43	7	5	44	1.54
2452745--2452917	34	4.9	34	77	16	176	43	6	5	43	1.55
2463127--2463170	23	1.9	23	85	0	61	54	0	2	43	1.12
2463125--2463183	24	2.5	24	77	5	57	52	3	1	42	1.28
2464149--2464230	6	13.7	6	100	0	164	32	50	17	0	1.46
2464727--2464783	6	9.5	6	96	0	87	5	15	50	28	1.65
2465903--2465942	19	2.2	18	86	4	53	57	5	0	37	1.21
2470333--2470379	17	2.6	18	80	13	60	57	8	0	34	1.29
2472490--2472516	12	2.2	12	100	0	54	7	48	0	44	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11