genome.fa.s8199.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008199.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110819_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2638622

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781089--781128	19	2.0	20	85	4	55	45	0	7	47	1.31
783609--783690	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
787678--787759	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
797203--797323	60	2.0	60	85	0	161	38	16	14	29	1.89
802806--802864	19	3.0	18	79	16	55	35	1	1	61	1.16
802824--802869	22	2.0	23	84	12	60	43	0	2	54	1.12
803740--803771	16	2.0	17	88	11	50	65	15	6	12	1.44
807448--807503	24	2.3	24	90	0	85	35	19	21	23	1.96
807496--807534	11	3.5	11	89	0	60	25	25	17	30	1.97
808964--809072	7	15.3	7	71	7	58	47	30	0	22	1.51
808964--809029	28	2.4	28	79	5	71	46	34	0	18	1.49
808990--809073	21	3.9	21	83	12	91	50	25	0	25	1.50
809018--809084	23	3.0	23	91	4	102	46	25	0	28	1.53
809062--809142	29	2.8	29	83	1	110	43	28	1	27	1.63
809854--809894	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
813304--813353	21	2.3	21	86	3	64	60	2	0	38	1.09
813336--813370	18	1.9	17	88	11	52	68	5	0	25	1.11
813336--813387	16	3.0	18	78	16	56	67	5	0	26	1.13
813348--813392	16	2.9	15	80	3	54	66	4	0	28	1.11
819584--819639	24	2.3	24	96	0	103	30	14	17	37	1.90
819767--819846	33	2.4	33	89	0	124	31	13	27	27	1.94
820537--821580	201	5.2	200	79	3	937	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821192--821269	39	2.0	39	87	7	113	24	23	21	30	1.99
833610--833650	21	1.9	22	85	5	57	51	2	2	43	1.28
837884--838006	50	2.5	50	74	1	131	19	31	26	22	1.98
838125--838164	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
838288--838620	111	3.0	111	98	0	630	36	8	11	44	1.70
844255--844291	12	3.2	12	81	14	51	32	2	51	13	1.55
844438--844560	49	2.5	49	83	10	135	21	26	34	17	1.95
846092--846157	29	2.3	29	89	5	98	37	9	3	50	1.50
847218--847293	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
847943--847975	17	2.0	17	88	5	50	60	21	12	6	1.53
849999--850120	61	2.0	61	82	6	149	53	8	2	36	1.44
855381--855449	23	3.0	23	77	8	70	57	5	15	20	1.58
858853--858924	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
859195--859228	17	2.1	16	88	5	50	61	5	17	14	1.52
862431--862490	23	2.6	23	97	0	111	23	31	26	18	1.97
863114--863250	67	2.0	67	94	0	238	16	29	25	28	1.97
863230--863272	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
869310--869369	23	2.6	23	91	0	102	25	31	25	18	1.97
869982--870153	66	2.6	66	89	3	247	16	26	27	29	1.97
870111--870153	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
872829--872862	17	2.1	16	88	5	50	61	5	17	14	1.52
881415--881472	31	1.9	30	82	10	73	32	5	20	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887376--887434	18	3.3	17	78	4	55	23	10	1	64	1.34
887378--887425	22	2.2	22	81	7	53	25	8	2	64	1.32
889293--889397	52	2.0	52	98	0	201	34	14	15	36	1.87
901855--901880	6	4.3	6	100	0	52	0	34	0	65	0.93
903571--903646	19	3.8	19	85	14	100	22	35	19	22	1.96
903667--903722	21	2.8	20	86	2	67	21	26	23	28	1.99
903667--903749	41	2.0	41	84	9	107	21	26	24	27	1.99
903667--903740	20	3.7	20	78	7	78	21	27	21	29	1.99
903843--903882	20	1.9	21	90	10	64	37	35	10	17	1.83
906984--907042	30	2.0	30	93	3	102	37	6	11	44	1.68
907122--907220	21	4.7	21	78	12	87	22	34	20	23	1.97
907241--907296	21	2.8	20	88	2	76	19	26	25	28	1.99
907241--907323	41	2.0	41	88	4	123	21	27	24	26	1.99
907241--907314	20	3.7	20	80	10	87	21	28	21	28	1.99
907427--907466	20	1.9	21	90	10	64	37	35	10	17	1.83
907680--907773	35	2.7	35	88	1	136	29	15	27	26	1.96
910176--910265	19	4.4	19	75	16	90	36	5	27	30	1.80
915396--915443	13	3.5	13	75	10	51	58	2	0	39	1.10
915440--915486	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
921699--921809	56	2.0	56	98	0	213	35	13	23	27	1.92
925984--926041	31	1.9	30	83	13	75	56	1	0	41	1.09
927476--927535	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935037--935066	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
939229--939269	21	2.0	21	85	9	57	26	21	14	36	1.93
939356--939391	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
942770--942820	19	2.7	19	78	0	57	23	1	5	68	1.22
943175--943213	20	2.0	19	85	5	51	58	2	12	25	1.47
943495--943541	18	2.7	18	83	3	60	38	8	25	27	1.85
954308--954391	29	2.9	28	92	3	132	23	29	30	15	1.95
954454--954489	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
954792--954844	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
954791--954855	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
954971--955025	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
955053--955092	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
955271--955374	30	3.4	30	80	12	106	38	2	10	48	1.53
957686--957733	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
957685--957733	25	2.0	25	95	0	89	46	16	0	36	1.47
957685--957743	25	2.6	22	86	10	75	49	13	0	37	1.43
957685--957754	21	3.1	22	80	12	63	50	11	0	38	1.39
957705--958688	49	18.4	49	70	20	438	46	11	0	41	1.44
957847--958636	60	13.2	60	91	2	1275	46	11	0	41	1.44
957847--958736	179	5.0	180	90	3	1357	46	11	0	41	1.44
957701--958736	239	4.5	239	90	6	1525	46	11	0	41	1.44
958200--958226	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958254--958302	24	2.0	24	84	7	64	44	14	0	40	1.45
958350--958455	35	3.2	35	66	22	102	48	9	0	42	1.35
958385--958421	14	2.6	14	95	0	65	51	10	0	37	1.37
958423--958508	18	4.6	18	64	21	50	45	10	0	44	1.38
958495--958543	24	2.0	24	84	7	64	44	14	0	40	1.45
958653--958736	21	4.1	21	65	20	52	45	13	1	40	1.51
958505--958736	109	2.1	108	87	4	340	46	11	0	40	1.46
961808--961861	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
961804--961868	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
961838--961886	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
962526--962661	29	4.6	29	68	10	85	17	24	32	25	1.97
967893--967918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
975132--975206	32	2.3	32	79	0	87	49	2	14	33	1.58
981934--982007	31	2.4	31	76	0	76	36	14	10	37	1.82
990285--990364	35	2.2	36	88	4	117	33	3	18	43	1.68
990806--990839	16	2.1	17	94	5	61	41	5	17	35	1.74
994845--994960	35	3.3	35	89	4	162	31	5	19	43	1.73
996782--996830	19	2.8	17	73	11	53	42	26	10	20	1.84
999023--999086	28	2.4	26	78	14	67	14	20	3	62	1.45
1000277--1000327	28	1.9	28	84	11	72	76	1	7	13	1.09
1009982--1010049	29	2.3	30	82	10	77	51	1	8	38	1.42
1010563--1010595	16	1.9	18	88	11	52	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010652--1010696	17	2.5	18	82	10	56	55	0	0	44	0.99
1011096--1011121	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1018892--1018930	15	2.6	15	84	11	53	46	2	2	48	1.29
1024268--1024295	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
1027298--1027347	20	2.5	20	90	0	73	36	24	18	22	1.95
1027525--1027571	22	2.1	22	88	0	67	21	42	14	21	1.88
1028894--1028956	30	2.1	30	96	0	117	19	19	22	39	1.92
1029606--1029655	21	2.4	21	82	0	64	22	14	32	32	1.93
1029672--1029721	21	2.4	21	80	6	57	20	12	38	30	1.88
1030065--1030156	42	2.2	42	90	0	139	22	36	20	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11