genome.fa.s8199.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008199.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110819_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2638622

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016238--2016274	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2016230--2016276	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
2016533--2016619	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
2017019--2017082	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2017019--2017091	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2019997--2020029	16	1.9	17	88	11	50	36	9	6	48	1.60
2022146--2022170	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2024210--2024285	39	1.9	39	94	0	134	39	15	23	21	1.92
2024994--2025111	54	2.2	54	92	0	191	34	27	20	16	1.95
2025232--2025262	16	1.9	16	100	0	62	25	19	6	48	1.72
2025464--2025490	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2025530--2025576	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
2025529--2025578	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
2027541--2027600	30	2.0	30	100	0	120	43	23	10	23	1.83
2028634--2028832	102	2.0	102	93	0	344	51	17	8	22	1.72
2029105--2029175	6	12.0	6	75	8	65	2	4	43	49	1.36
2029100--2029139	13	3.2	13	82	7	55	5	0	40	55	1.22
2029105--2029164	11	5.2	11	77	18	59	1	5	45	48	1.34
2029613--2029657	18	2.4	18	81	3	54	53	4	28	13	1.59
2029895--2029948	14	3.8	15	81	16	62	48	1	0	50	1.11
2029906--2029971	28	2.2	31	86	7	93	48	1	0	50	1.10
2029906--2030002	50	1.9	51	83	10	128	46	1	2	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029988--2030114	31	4.1	29	76	20	114	49	3	5	41	1.42
2029995--2030041	24	1.9	25	82	4	60	53	6	2	38	1.39
2030051--2030112	14	4.4	14	76	15	56	45	1	6	46	1.38
2029959--2030162	65	3.1	64	80	10	209	48	3	5	42	1.44
2030182--2030257	21	3.6	21	90	0	116	50	5	6	38	1.51
2030382--2030458	37	2.1	37	85	4	104	40	10	9	40	1.71
2030601--2030674	37	2.1	36	87	5	105	40	10	8	40	1.70
2030871--2031060	2	97.5	2	75	14	130	46	6	1	45	1.36
2030944--2031127	98	1.9	99	90	3	300	47	4	0	47	1.26
2030925--2031155	98	2.4	98	83	5	281	47	8	0	43	1.39
2031149--2031201	21	2.7	19	86	11	72	47	1	5	45	1.37
2031869--2031922	16	3.4	16	97	0	99	27	27	25	18	1.98
2036110--2036153	4	10.0	4	81	18	52	22	4	0	72	1.02
2036110--2036151	14	3.0	14	89	6	59	23	4	0	71	1.05
2036110--2036153	18	2.4	18	100	0	88	22	4	0	72	1.02
2036075--2036164	18	5.3	18	68	20	50	23	8	0	67	1.18
2036174--2036216	8	5.2	8	86	5	52	11	4	0	83	0.78
2036174--2036212	15	2.5	16	91	4	62	10	5	0	84	0.76
2036719--2036824	50	2.1	50	98	1	203	46	1	1	50	1.23
2037338--2037424	31	2.8	31	79	6	88	44	17	3	34	1.65
2040009--2040062	26	2.1	26	100	0	108	37	3	7	51	1.48
2040774--2040800	7	3.9	7	100	0	54	25	44	14	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042646--2042741	28	3.5	28	87	8	135	33	8	0	58	1.28
2042646--2042740	29	3.5	28	90	7	142	32	8	0	58	1.28
2043591--2043657	33	2.0	33	100	0	134	26	14	31	26	1.95
2051299--2051323	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2051633--2051673	14	2.8	15	85	10	50	51	2	0	46	1.14
2053059--2053083	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2056180--2056261	39	2.1	39	86	6	112	42	34	12	10	1.77
2059774--2060729	477	2.0	477	99	0	1894	39	12	10	37	1.78
2061894--2062086	19	9.9	19	75	8	113	22	20	20	35	1.96
2061875--2062064	21	9.7	19	76	8	116	22	20	21	35	1.96
2061969--2062086	40	3.0	40	93	0	200	22	22	22	33	1.97
2062504--2062560	19	3.0	19	94	0	96	36	28	3	31	1.74
2073634--2073689	13	4.2	13	77	13	60	42	1	0	55	1.10
2073637--2073692	2	30.0	2	79	13	66	44	1	0	53	1.11
2073637--2073692	26	2.2	26	87	6	78	44	1	0	53	1.11
2073634--2073694	24	2.6	24	85	12	83	44	1	0	54	1.10
2080545--2080589	17	2.7	17	80	16	58	31	6	4	57	1.44
2097312--2097357	18	2.4	19	78	10	58	50	0	34	15	1.44
2104498--2104554	3	19.7	3	79	13	66	63	0	1	35	1.05
2104498--2104557	11	5.4	11	88	9	86	63	0	1	35	1.05
2104936--2105012	38	2.0	39	97	2	147	44	15	23	16	1.86
2107272--2107318	19	2.5	20	86	10	71	78	4	2	14	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112469--2112509	21	1.9	22	90	5	66	75	0	4	19	0.98
2112965--2112994	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
2113136--2113281	76	1.9	76	87	5	215	58	10	2	27	1.45
2117210--2117242	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2121016--2121069	28	1.9	28	96	0	99	31	5	25	37	1.79
2124586--2124868	142	2.0	142	97	0	530	33	9	23	33	1.87
2126572--2126632	23	2.7	23	89	0	86	26	24	27	21	1.99
2126651--2126867	103	2.1	102	94	0	389	37	25	12	23	1.90
2127351--2127388	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2127416--2127458	21	2.0	21	81	0	50	16	25	30	27	1.97
2131279--2131354	20	3.6	21	75	15	75	23	25	25	26	2.00
2139436--2139471	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
2139436--2139471	10	3.6	10	96	0	63	44	0	5	50	1.25
2155917--2155962	20	2.3	20	96	0	83	23	19	19	36	1.95
2155926--2155969	20	2.2	20	91	0	70	29	22	11	36	1.89
2156398--2156446	25	2.1	23	85	11	64	42	12	8	36	1.72
2158451--2158491	21	2.0	21	100	0	82	26	9	34	29	1.88
2161145--2161202	29	2.0	29	93	0	98	15	36	31	17	1.91
2161213--2161323	10	11.1	10	67	21	63	22	47	19	9	1.79
2161209--2161323	30	3.8	30	94	0	194	22	47	19	10	1.79
2161565--2161605	14	3.1	14	80	20	61	36	0	19	43	1.51
2161638--2161706	11	7.1	11	70	26	50	34	0	17	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161643--2161685	19	2.1	21	83	12	54	37	0	16	46	1.47
2161698--2161889	26	7.6	26	76	12	159	44	2	9	42	1.51
2161722--2161895	37	5.1	36	69	23	115	44	2	10	43	1.51
2161680--2161956	98	2.8	95	90	5	324	42	2	11	43	1.53
2161653--2161889	125	1.9	124	92	4	397	43	2	11	43	1.52
2161718--2161893	12	14.2	12	70	15	101	44	2	10	43	1.50
2162064--2162105	14	3.2	14	77	19	54	38	7	9	45	1.64
2164240--2164270	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
2164245--2164291	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
2164638--2164676	16	2.3	18	86	8	55	56	5	0	38	1.22
2164682--2164731	16	3.2	16	80	5	59	2	38	0	60	1.09
2164889--2165003	49	2.4	49	87	9	159	22	19	36	21	1.95
2165117--2165211	29	3.3	29	95	0	163	13	30	32	23	1.93
2165238--2165354	50	2.4	50	87	8	172	20	37	18	23	1.94
2165703--2165794	46	2.0	48	85	12	129	41	0	10	47	1.38
2165832--2165907	33	2.3	32	82	12	93	40	0	11	47	1.40
2165946--2165992	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
2165967--2165997	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
2168131--2168172	14	3.2	14	77	19	54	45	9	7	38	1.64
2168274--2168536	26	9.7	27	70	22	103	43	11	2	42	1.52
2168307--2168417	11	9.6	11	68	23	50	45	11	1	40	1.51
2168277--2168416	43	3.1	43	67	27	110	45	12	2	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168328--2168454	19	6.6	19	62	28	54	44	10	1	43	1.47
2168344--2168536	26	7.7	26	76	17	151	43	10	2	44	1.52
2168339--2168542	61	3.3	60	73	11	198	43	10	2	43	1.52
2168301--2168453	46	3.3	46	71	22	140	45	11	1	41	1.49
2168434--2168509	37	2.1	37	82	5	91	42	9	2	46	1.50
2168344--2168578	125	1.9	122	91	6	384	43	11	2	42	1.52
2168525--2168593	11	7.1	11	78	18	50	47	17	0	34	1.48
2168280--2168509	98	2.4	95	93	5	317	44	10	2	42	1.51
2168522--2168602	24	3.5	22	73	26	69	46	18	0	34	1.49
2168546--2168602	25	2.6	21	81	15	55	45	17	0	36	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11