genome.fa.s8310.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008310.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3887810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290583--2290612	1	30.0	1	93	0	51	96	3	0	0	0.21
2290583--2290619	14	2.7	14	91	4	58	91	8	0	0	0.41
2290583--2290619	12	3.1	12	92	7	58	91	8	0	0	0.41
2300283--2301019	366	2.0	366	93	0	1269	30	24	14	30	1.94
2307955--2307994	22	1.9	22	90	10	66	45	10	20	25	1.81
2318556--2318630	26	3.0	26	75	16	77	17	18	0	64	1.30
2328001--2328043	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
2328451--2328528	21	3.2	23	72	20	70	17	17	0	64	1.30
2328454--2328528	26	3.0	26	77	16	86	18	17	0	64	1.30
2330216--2330271	24	2.3	23	82	17	69	7	19	5	67	1.34
2330229--2330285	22	2.6	22	82	17	66	3	19	3	73	1.12
2330216--2330269	25	2.2	24	83	9	65	7	20	3	68	1.30
2330508--2330547	19	2.0	20	95	4	73	62	0	15	22	1.32
2333533--2333583	26	1.9	27	84	11	70	58	15	17	7	1.60
2333571--2333602	13	2.4	14	90	10	50	71	0	21	6	1.07
2337737--2337787	26	1.9	27	84	11	70	58	15	17	7	1.60
2337775--2337806	13	2.4	14	90	10	50	71	0	21	6	1.07
2341888--2341938	26	1.9	27	84	11	70	58	15	17	7	1.60
2341926--2341957	13	2.4	14	90	10	50	71	0	21	6	1.07
2347710--2347745	15	2.4	15	90	0	54	44	0	5	50	1.25
2351968--2352003	15	2.4	15	90	0	54	44	0	5	50	1.25
2355906--2355956	26	1.9	27	84	11	70	58	15	17	7	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355944--2355975	13	2.4	14	90	10	50	71	0	21	6	1.07
2360056--2360106	26	1.9	27	84	11	70	58	15	17	7	1.60
2360094--2360125	13	2.4	14	90	10	50	71	0	21	6	1.07
2369759--2369907	54	2.8	54	82	0	190	35	19	16	28	1.94
2371812--2371840	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
2378888--2378929	22	2.0	21	90	4	66	23	2	33	40	1.68
2389029--2389094	16	4.0	16	73	21	64	4	16	6	72	1.21
2389037--2389065	15	2.0	15	93	6	51	0	20	0	79	0.74
2392024--2392070	20	2.5	18	83	10	58	80	2	12	4	0.94
2392023--2392092	26	2.6	26	79	6	77	80	4	10	5	1.02
2397806--2397876	24	3.3	23	75	23	66	52	4	5	38	1.45
2403833--2403899	32	2.1	33	81	13	77	59	0	25	14	1.36
2414165--2414213	16	2.9	16	84	9	53	65	2	18	14	1.37
2414415--2414458	6	7.2	6	82	12	54	0	18	2	79	0.83
2414415--2414458	13	3.6	12	82	11	54	0	18	2	79	0.83
2414419--2414464	15	3.1	15	76	14	51	0	15	4	80	0.86
2414834--2414900	35	2.0	34	82	5	82	29	1	38	29	1.66
2420426--2422344	957	2.0	956	93	0	3250	30	23	22	23	1.99
2427058--2427099	21	2.0	21	81	9	50	28	14	23	33	1.94
2430444--2430569	47	2.8	45	85	5	173	31	22	7	38	1.83
2430679--2430805	59	2.2	59	88	0	182	29	25	18	27	1.98
2435492--2435516	6	4.2	6	100	0	50	32	36	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437246--2437370	47	2.8	45	85	7	173	32	22	8	37	1.83
2437479--2437607	59	2.2	59	87	0	177	29	22	17	30	1.97
2444203--2444265	25	2.4	26	75	20	67	63	12	17	6	1.49
2455264--2455440	54	3.3	54	88	0	264	33	20	18	27	1.96
2461638--2461681	23	1.9	23	95	0	79	25	27	25	22	2.00
2466352--2466403	19	2.6	21	87	6	72	46	3	13	36	1.62
2466746--2466785	16	2.5	16	100	0	80	32	10	27	30	1.89
2470747--2470797	19	2.8	18	82	5	59	1	17	3	76	1.03
2471046--2471094	19	2.5	20	78	21	59	67	0	8	24	1.18
2471507--2471557	19	2.6	20	84	3	68	43	5	13	37	1.69
2472454--2472513	30	2.0	31	83	3	77	51	10	8	30	1.64
2474644--2474677	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2477421--2477477	24	2.5	24	86	11	75	12	10	1	75	1.12
2477729--2477768	21	1.9	21	85	10	55	65	0	15	20	1.28
2477791--2477831	22	1.9	21	90	5	64	26	2	34	36	1.70
2493679--2493715	17	2.2	17	95	0	65	29	32	0	37	1.58
2502683--2502723	14	3.1	13	89	3	55	21	39	0	39	1.54
2502681--2502724	13	3.4	13	84	9	54	22	40	0	36	1.54
2503110--2503153	16	2.7	16	85	3	52	81	2	15	0	0.78
2506307--2506347	21	2.0	21	95	0	73	36	36	0	26	1.57
2528683--2528736	27	2.0	27	92	0	90	22	20	27	29	1.98
2531501--2531543	19	2.3	19	87	0	59	23	32	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536553--2536585	17	1.9	17	93	0	57	33	30	0	36	1.58
2544551--2544595	24	1.9	24	86	4	65	11	28	0	60	1.31
2547941--2547970	14	2.1	14	100	0	60	86	0	13	0	0.57
2550208--2550251	20	2.2	20	80	4	54	38	9	6	45	1.63
2551050--2551085	6	5.8	6	87	6	54	86	0	13	0	0.58
2551050--2551088	16	2.6	14	84	15	51	87	0	12	0	0.55
2551050--2551088	12	3.2	12	88	3	60	87	0	12	0	0.55
2554314--2554356	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
2570833--2570875	6	7.2	6	84	10	61	2	16	0	81	0.79
2582959--2583013	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
2585675--2585728	24	2.3	23	81	9	65	62	12	14	9	1.53
2590206--2590246	22	1.9	21	90	5	64	19	2	36	41	1.65
2594569--2594621	24	2.2	24	96	0	97	58	16	16	7	1.60
2595856--2595898	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
2600063--2600117	24	2.3	24	96	0	101	60	16	16	7	1.57
2602863--2602922	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
2603820--2603889	19	3.6	19	90	1	95	37	14	5	42	1.69
2604987--2605029	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
2615333--2615371	18	2.2	18	90	0	60	46	33	7	12	1.71
2616976--2617016	22	1.9	21	90	5	64	19	2	36	41	1.65
2618245--2618289	23	2.0	23	82	8	56	53	2	6	37	1.40
2619892--2619949	26	2.3	26	85	8	75	8	17	12	62	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628307--2628353	14	3.3	14	82	11	51	2	17	2	78	0.94
2628343--2628396	23	2.3	24	84	9	76	9	12	12	64	1.49
2628437--2628463	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
2641958--2642009	28	1.9	28	88	7	81	1	11	9	76	1.09
2648820--2648861	5	8.8	5	84	10	52	83	0	4	11	0.79
2648815--2648862	20	2.4	19	80	16	53	83	0	4	12	0.79
2653075--2653117	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
2664478--2664520	19	2.2	20	91	4	70	51	6	9	32	1.61
2672262--2672291	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
2675142--2675229	32	2.8	31	72	8	81	21	28	23	26	1.99
2680017--2680093	31	2.5	31	78	2	82	14	25	32	27	1.94
2682765--2682805	19	2.2	19	86	8	57	9	17	4	68	1.35
2683662--2683704	19	2.2	20	91	4	70	48	4	9	37	1.56
2686301--2686377	29	2.6	29	82	10	93	35	14	27	23	1.93
2687192--2687223	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2694203--2694239	19	1.9	19	89	10	58	67	0	13	18	1.23
2694246--2694335	45	2.0	45	91	0	144	34	5	37	22	1.77
2701897--2701925	9	3.2	9	100	0	58	24	34	0	41	1.55
2705408--2705490	29	2.8	30	76	10	98	28	19	28	22	1.98
2711909--2711963	25	2.1	27	80	16	71	5	18	12	63	1.47
2711915--2711972	26	2.3	26	85	8	75	8	17	12	62	1.54
2722614--2722652	11	3.5	11	85	0	60	0	5	5	89	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728077--2728116	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
2734725--2734783	23	2.6	23	89	5	84	10	15	11	62	1.54
2736552--2736602	17	3.0	17	82	5	59	39	7	13	39	1.74
2736614--2736679	17	3.8	17	67	11	53	40	10	19	28	1.85
2737758--2737805	8	5.8	8	81	15	53	66	0	18	14	1.25
2737742--2737800	17	3.2	18	83	16	77	66	0	16	16	1.26
2740656--2740724	36	1.9	36	84	0	93	20	23	5	50	1.69
2741946--2741980	6	5.8	6	86	0	52	22	0	45	31	1.53
2745950--2746117	55	3.0	55	85	6	207	32	11	22	33	1.90
2746327--2746521	68	2.9	68	86	1	284	29	14	23	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15