genome.fa.s8310.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008310.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3887810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1237436--1237466	14	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
1238608--1238706	47	2.1	48	82	1	119	32	13	9	45	1.74
1238538--1238763	112	2.0	112	91	0	362	35	12	9	41	1.76
1239501--1240332	216	3.9	216	88	3	1266	50	8	11	29	1.67
1240402--1240462	31	2.0	31	86	0	86	29	16	18	36	1.92
1240408--1240475	31	2.2	31	83	0	82	32	19	13	35	1.90
1241029--1241125	44	2.2	44	87	3	133	31	19	16	31	1.94
1241567--1241612	23	2.0	23	95	0	83	56	13	2	28	1.48
1245789--1245819	14	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
1246945--1247043	47	2.1	48	81	9	114	33	14	9	43	1.76
1246897--1247100	112	1.8	112	93	0	354	37	12	9	40	1.77
1247827--1248724	216	4.2	216	87	3	1305	50	8	11	29	1.67
1248850--1248964	13	8.9	13	66	16	51	45	6	4	44	1.48
1248827--1248973	15	9.9	14	72	19	79	46	5	4	43	1.45
1248827--1248885	23	2.9	21	83	14	63	47	3	1	47	1.29
1248850--1248885	18	1.9	19	88	5	56	44	5	0	50	1.25
1248872--1248914	18	2.3	18	84	8	50	48	6	2	41	1.43
1248892--1248970	28	2.9	26	83	7	86	45	7	6	40	1.58
1248869--1248973	13	7.5	13	73	17	77	46	6	4	41	1.51
1249303--1249433	22	6.8	20	67	26	77	43	7	6	42	1.58
1249319--1249396	15	4.6	16	72	22	70	46	7	5	41	1.55
1249244--1249449	94	2.2	94	84	8	269	42	8	7	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1249308--1249405	37	2.7	37	95	3	173	45	7	6	40	1.56
1249280--1249454	57	3.1	57	79	8	144	42	8	6	43	1.59
1249444--1249534	21	4.3	20	71	16	58	38	7	7	46	1.61
1249439--1249554	64	1.9	58	83	11	144	38	8	7	44	1.64
1249575--1249672	21	4.6	21	73	15	85	45	5	2	46	1.36
1249508--1249716	65	3.2	66	79	13	207	43	5	3	47	1.43
1249551--1249817	31	8.7	30	72	20	96	46	3	1	48	1.31
1249501--1249685	43	4.4	40	73	19	132	43	5	3	47	1.46
1249604--1249665	14	4.4	14	74	11	54	48	8	0	43	1.32
1249575--1249685	21	5.2	21	73	15	68	45	5	1	46	1.36
1249621--1249834	28	7.9	27	70	23	116	47	2	0	48	1.22
1253178--1253224	24	2.0	23	84	16	60	17	17	8	57	1.63
1253959--1254554	182	3.3	181	89	2	874	44	12	15	27	1.82
1255021--1255095	19	3.9	19	83	0	87	46	2	17	33	1.62
1256410--1256465	24	2.5	22	77	13	60	41	1	7	50	1.40
1258628--1258676	19	2.6	19	93	0	80	32	4	10	53	1.54
1259049--1260370	199	6.7	199	86	5	1940	42	15	14	27	1.86
1259670--1260234	178	3.1	178	83	7	623	42	14	15	27	1.86
1259849--1260370	198	2.6	198	91	1	832	42	14	14	28	1.85
1260737--1260777	14	2.8	15	85	3	57	19	48	0	31	1.49
1263213--1263265	24	2.2	24	86	0	70	37	3	13	45	1.61
1263440--1265019	594	2.6	594	88	2	2238	41	16	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1263437--1265168	399	4.3	399	86	3	2188	40	16	13	28	1.87
1263437--1265019	200	7.9	200	88	2	2209	41	16	14	28	1.87
1263437--1265303	599	3.1	595	84	3	2308	40	16	13	29	1.87
1264935--1265422	199	2.5	198	85	5	628	36	15	14	33	1.88
1265411--1265467	21	2.7	21	97	0	105	28	19	10	42	1.84
1268530--1268580	25	2.0	25	96	0	93	25	17	21	35	1.95
1268994--1269063	35	2.0	35	86	5	97	38	8	15	37	1.78
1268994--1269063	18	4.0	17	80	9	79	38	8	15	37	1.78
1272020--1272071	25	2.1	25	92	0	86	26	17	21	34	1.95
1272483--1272552	35	2.0	35	86	5	97	38	8	15	37	1.78
1272483--1272552	18	4.0	17	80	9	79	38	8	15	37	1.78
1274687--1274729	21	2.0	21	86	9	59	39	18	4	37	1.72
1275153--1275190	13	2.8	13	82	17	51	60	2	2	34	1.24
1275170--1275253	19	4.5	19	74	14	68	58	3	3	34	1.33
1277009--1277041	16	2.0	17	94	5	59	18	36	21	24	1.95
1277691--1277757	30	2.3	30	89	2	100	46	2	13	37	1.59
1278325--1278392	36	1.9	35	87	3	100	57	7	4	30	1.46
1283636--1283672	13	2.7	14	84	15	51	43	8	0	48	1.32
1287552--1287586	13	2.6	14	86	4	54	28	0	0	71	0.86
1287873--1287914	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
1291735--1291774	18	2.2	18	86	0	53	17	45	17	20	1.86
1301895--1302584	216	3.2	215	92	2	1116	50	8	12	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302667--1302778	2	54.5	2	71	15	77	47	2	4	45	1.37
1302666--1302778	11	11.0	10	68	18	54	47	2	4	45	1.37
1302667--1302778	42	2.7	41	82	12	147	47	2	4	45	1.37
1302846--1302883	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
1302889--1302942	17	3.1	17	81	2	63	44	1	3	50	1.30
1302921--1302988	22	2.9	24	80	10	77	44	1	5	48	1.36
1303042--1303117	20	3.5	20	80	16	89	40	6	1	51	1.36
1303056--1303112	25	2.3	25	84	3	71	40	5	1	52	1.34
1303069--1303174	33	3.4	32	78	13	123	40	5	6	47	1.53
1303145--1303228	24	3.8	24	74	20	92	39	7	9	44	1.65
1303148--1303243	42	2.3	41	92	3	156	40	8	9	41	1.67
1303119--1303243	18	6.7	18	72	20	96	40	8	10	40	1.69
1303253--1303331	24	3.2	25	79	13	76	39	7	7	45	1.61
1303335--1303392	27	2.1	27	93	0	98	39	5	3	51	1.41
1303511--1303543	9	3.7	9	84	15	50	54	6	0	39	1.25
1303504--1303831	18	18.2	18	67	17	164	44	7	6	41	1.58
1303506--1303642	52	2.7	49	89	4	202	47	5	5	41	1.50
1303680--1303786	25	4.0	25	75	17	106	42	7	9	40	1.65
1303561--1303703	69	2.1	68	89	8	166	46	7	5	40	1.56
1303527--1303819	58	5.0	58	81	11	310	43	7	7	41	1.60
1303625--1303865	118	2.1	114	81	10	280	43	8	7	40	1.62
1303699--1303865	58	3.1	52	79	13	153	43	7	7	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303925--1304054	61	2.1	61	88	2	190	48	5	10	35	1.61
1304265--1304588	114	2.9	112	88	2	468	29	27	6	36	1.83
1304741--1304772	12	2.6	12	95	5	55	34	40	0	25	1.56
1304765--1304969	6	35.0	6	75	8	163	46	43	4	5	1.46
1304765--1304969	35	5.7	35	75	16	150	46	43	4	5	1.46
1304765--1304951	64	2.9	64	82	6	209	47	43	3	5	1.44
1305203--1305622	31	13.5	31	92	0	633	24	3	23	48	1.67
1307942--1307979	20	1.9	20	88	0	58	15	15	13	55	1.70
1308072--1308127	23	2.4	23	84	0	67	23	16	26	33	1.95
1308817--1308906	17	5.3	17	65	15	60	44	6	3	45	1.46
1308802--1308898	51	1.9	51	95	0	176	47	6	4	42	1.47
1319052--1319124	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
1319815--1319939	37	3.4	36	79	8	121	36	10	15	37	1.81
1321112--1321169	13	4.4	13	79	12	64	3	13	1	81	0.91
1321116--1321180	5	12.8	5	73	20	55	3	15	1	80	0.92
1321113--1321182	10	7.6	9	75	15	63	2	14	1	81	0.88
1321111--1321184	23	3.1	23	79	9	78	2	16	1	79	0.91
1321175--1321210	14	2.6	14	95	4	65	0	25	5	69	1.10
1325165--1325194	15	1.9	16	93	6	53	53	13	10	23	1.69
1326859--1327046	60	3.1	59	78	8	202	36	22	4	36	1.75
1327414--1327439	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1327886--1327933	24	2.0	24	84	8	62	54	14	20	10	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1331217--1331267	23	2.2	23	96	0	93	25	0	21	52	1.47
1333468--1333528	2	30.5	2	96	0	113	49	1	0	49	1.10
1336001--1336026	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1336019--1336051	14	2.4	14	90	5	50	57	0	3	39	1.14
1336249--1336769	133	3.9	132	80	7	470	29	13	22	33	1.93
1337806--1337869	29	2.3	28	89	5	94	42	15	12	29	1.84
1338516--1338598	43	1.9	43	80	4	96	3	21	1	73	1.05
1338550--1338620	14	4.8	14	79	14	72	1	19	1	77	0.92
1338539--1338622	24	3.6	24	73	20	72	1	19	1	78	0.88
1338538--1338606	10	6.6	10	73	15	59	1	18	1	78	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15