genome.fa.s8310.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008310.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3887810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1918842--1918915	35	2.1	37	89	5	116	33	36	1	28	1.66
1918865--1918916	11	4.6	10	82	17	50	34	36	1	26	1.68
1923921--1923984	27	2.4	27	100	0	128	18	34	3	43	1.66
1928118--1928164	22	2.2	20	85	14	60	2	10	6	80	0.96
1928541--1928689	36	4.1	36	87	0	199	30	4	37	27	1.77
1931234--1931283	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
1931228--1931283	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
1935152--1935255	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
1939012--1939054	23	1.9	21	81	13	50	34	16	13	34	1.88
1958797--1958864	12	5.8	12	81	8	70	1	11	8	77	1.04
1960261--1960320	24	2.6	23	77	17	70	8	16	10	65	1.47
1962181--1962242	8	7.0	8	74	25	54	82	11	6	0	0.84
1962185--1962253	21	3.3	21	89	4	95	79	11	8	0	0.93
1969075--1969104	13	2.4	13	94	5	53	36	0	36	26	1.57
1972454--1972504	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
1973403--1973462	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
1992650--1992682	17	1.9	17	93	0	57	39	0	30	30	1.57
1995062--1995098	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
1995453--1995500	17	2.7	18	84	15	73	83	8	8	0	0.82
1995473--1995507	15	2.3	15	90	5	52	77	14	8	0	0.99
1999771--1999807	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
2007535--2007576	17	2.4	18	88	7	61	2	2	11	83	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007535--2007580	7	5.6	8	85	14	51	2	2	10	84	0.79
2007926--2007962	15	2.4	16	90	4	58	70	5	10	13	1.32
2015460--2017250	901	2.0	900	99	0	3528	31	17	18	33	1.94
2018684--2019348	333	2.0	332	95	0	1186	35	12	24	27	1.91
2023199--2023259	23	2.6	22	82	10	77	8	18	8	65	1.44
2030264--2030364	42	2.3	45	88	5	145	35	1	11	50	1.51
2033329--2033380	1	52.0	1	86	0	59	0	7	1	90	0.53
2033321--2033367	22	2.2	22	88	3	69	2	8	6	82	0.90
2033321--2033369	23	2.2	23	88	3	73	2	8	6	83	0.87
2033331--2033380	23	2.3	21	90	10	75	0	8	2	90	0.54
2033557--2033682	62	2.0	63	96	1	236	32	11	29	26	1.92
2038081--2038138	23	2.7	22	87	10	84	0	5	12	82	0.82
2041303--2041362	23	2.5	24	78	2	68	10	20	11	58	1.61
2048731--2048757	12	2.2	12	100	0	54	14	33	7	44	1.73
2050347--2051046	350	2.0	349	92	1	1179	41	10	18	30	1.83
2056537--2056588	19	2.6	21	87	6	72	46	3	13	36	1.62
2059181--2059849	336	2.0	333	96	1	1232	34	12	25	27	1.91
2063715--2063767	23	2.2	24	90	3	81	9	16	13	60	1.58
2070267--2070300	16	2.1	17	89	10	54	11	23	0	64	1.26
2079191--2079246	20	2.8	20	84	7	78	73	5	16	5	1.21
2079191--2079253	21	3.3	19	81	12	76	73	4	17	4	1.19
2086254--2086299	21	2.0	24	84	12	62	26	13	15	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086800--2086833	13	2.6	13	85	0	50	32	0	35	32	1.58
2087186--2087234	19	2.5	20	86	3	64	48	6	14	30	1.67
2092252--2092336	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
2092249--2092353	36	2.9	36	95	1	185	30	36	4	28	1.78
2092532--2092570	19	2.1	19	100	0	78	33	25	0	41	1.56
2095165--2095215	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2098816--2098877	27	2.5	24	82	14	88	4	22	4	67	1.29
2098823--2098882	27	2.2	27	96	0	111	5	21	6	66	1.34
2100102--2100170	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
2100156--2100241	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
2100141--2100242	36	2.9	36	94	1	170	26	4	36	32	1.78
2103963--2104011	23	2.1	24	81	11	57	63	0	22	14	1.30
2104612--2104680	33	2.1	33	86	5	95	33	1	34	30	1.67
2104651--2104752	36	2.9	36	86	1	143	27	4	35	32	1.78
2106692--2106716	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
2111063--2111099	15	2.4	16	90	4	58	16	27	0	56	1.40
2119148--2119198	25	2.0	25	100	0	102	23	11	15	49	1.78
2124889--2124918	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
2125820--2126358	269	2.0	269	96	0	988	29	18	9	42	1.81
2127109--2127290	90	2.0	91	86	1	258	21	27	22	28	1.99
2129374--2129430	24	2.4	24	96	0	105	29	24	14	31	1.94
2129395--2129473	24	3.3	24	77	7	72	32	18	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130999--2131171	90	1.9	91	87	1	258	21	26	22	28	1.99
2133582--2133638	23	2.5	22	75	11	60	57	12	21	8	1.61
2134781--2134831	24	2.1	24	85	0	66	37	11	17	33	1.86
2134846--2134888	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
2141772--2141827	23	2.4	22	80	14	58	7	14	16	62	1.52
2144406--2144457	24	2.2	24	82	0	59	32	15	11	40	1.83
2148848--2148903	19	3.1	18	78	17	62	76	1	19	1	0.96
2154360--2154429	9	8.4	8	73	20	63	0	18	1	80	0.80
2154361--2154428	18	3.7	18	84	11	84	0	19	1	79	0.81
2154348--2154419	32	2.3	31	79	11	74	2	16	2	77	1.00
2154363--2154429	29	2.4	30	83	14	81	0	19	1	79	0.82
2154363--2154426	21	3.1	20	82	13	85	0	20	1	78	0.84
2154692--2154734	21	2.0	21	91	8	70	65	0	9	25	1.22
2158547--2158587	17	2.4	16	84	11	55	80	2	17	0	0.82
2158617--2158666	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
2158611--2158666	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
2170466--2170519	24	2.3	23	81	15	58	31	14	12	40	1.84
2171723--2171758	5	7.6	5	87	12	58	0	16	0	83	0.65
2171723--2171758	13	2.6	13	91	8	54	0	16	0	83	0.65
2180070--2180137	10	6.9	10	75	14	61	83	8	7	0	0.80
2180079--2180134	29	1.9	29	85	7	78	80	10	8	0	0.91
2189594--2189653	11	5.5	11	73	13	52	1	3	13	81	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189600--2189648	23	2.2	23	96	3	91	2	4	8	85	0.79
2189601--2189648	10	4.6	10	78	16	53	2	4	8	85	0.80
2189594--2189653	22	2.8	20	83	14	75	1	3	13	81	0.89
2196939--2196990	19	2.6	20	82	14	63	44	5	13	36	1.68
2200056--2200110	10	6.1	9	79	10	51	0	18	1	80	0.81
2200056--2200110	17	3.2	17	85	10	76	0	18	1	80	0.81
2200059--2200112	18	3.1	18	82	17	69	0	18	3	77	0.91
2200818--2200869	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
2201178--2201210	16	2.1	16	94	0	57	30	18	9	42	1.81
2202945--2203048	33	3.1	33	82	9	95	30	35	1	31	1.69
2207410--2207513	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
2211912--2211980	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
2215075--2215107	16	2.1	16	94	0	57	36	18	3	42	1.66
2216854--2216893	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
2217205--2217270	13	4.8	13	74	18	55	3	16	3	77	1.02
2217205--2217272	19	3.7	18	73	9	66	2	16	4	76	1.07
2221941--2222014	24	2.8	28	73	26	88	10	18	13	56	1.66
2225905--2225964	24	2.5	25	82	17	74	6	16	11	65	1.46
2230487--2230516	5	6.0	5	92	0	51	76	3	20	0	0.92
2231130--2231167	19	2.0	19	89	0	58	36	5	13	44	1.66
2240525--2240841	44	7.2	44	82	0	330	40	14	21	23	1.90
2240531--2240849	131	2.4	132	82	3	358	41	13	21	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249889--2250055	81	2.1	81	93	2	282	35	13	22	28	1.92
2249967--2250150	95	1.9	95	90	2	289	36	11	21	30	1.88
2250058--2250448	81	4.9	81	88	5	560	33	12	23	30	1.91
2275972--2276013	15	2.8	15	75	13	50	33	7	4	54	1.49
2277315--2277354	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
2279622--2279661	12	3.3	12	82	10	55	67	7	15	10	1.41
2281021--2281054	17	1.9	18	88	5	52	29	38	0	32	1.58
2281092--2281143	26	2.1	26	86	10	74	19	15	0	65	1.27
2288331--2288379	21	2.3	21	76	13	55	34	10	30	24	1.89
2290209--2290248	12	3.4	12	86	3	55	20	12	0	67	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15