genome.fa.s8310.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008310.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3887810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746464--2747194	81	9.0	81	79	6	672	35	11	22	29	1.89
2746474--2747194	243	3.0	240	83	5	815	36	10	22	30	1.89
2749625--2749674	24	2.2	23	82	10	59	78	0	4	18	0.91
2749681--2749710	14	2.1	14	100	0	60	66	6	13	13	1.43
2749628--2749743	11	10.1	11	68	17	51	72	2	6	18	1.17
2750230--2750270	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
2750977--2751073	37	2.6	37	86	0	140	29	13	15	41	1.85
2751804--2752964	106	11.0	106	86	2	1524	23	17	23	34	1.96
2753522--2753584	23	2.8	22	77	13	65	49	6	11	33	1.64
2753770--2753845	22	3.5	22	100	0	152	23	13	26	36	1.91
2754463--2754513	14	3.6	14	82	12	68	0	11	5	82	0.83
2754463--2754514	16	3.6	15	85	15	74	0	11	5	82	0.82
2759576--2759628	27	1.9	28	85	11	74	67	1	0	30	1.01
2760256--2760358	37	2.8	37	85	1	127	31	13	13	41	1.83
2762398--2762440	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
2765951--2765995	16	2.8	16	77	12	56	53	0	26	20	1.46
2766129--2766232	34	3.0	34	88	4	147	31	3	34	29	1.76
2777380--2777439	26	2.3	26	97	0	111	28	3	23	45	1.69
2789212--2789236	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2796471--2796498	14	2.0	14	100	0	56	21	42	0	35	1.53
2806349--2806851	76	6.7	74	85	9	593	47	2	5	44	1.40
2806354--2806845	112	4.4	109	86	9	629	46	2	5	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806354--2806822	188	2.5	187	87	8	688	46	2	5	45	1.39
2806857--2806910	27	2.0	28	88	3	83	20	1	0	77	0.86
2806871--2806915	16	2.9	16	86	3	56	17	0	0	82	0.68
2806851--2806915	33	2.0	32	82	8	78	21	1	0	76	0.86
2807150--2807190	21	2.0	21	95	0	73	31	24	24	19	1.98
2810686--2810731	17	2.7	17	79	0	65	28	19	32	19	1.96
2810791--2810829	10	4.0	10	80	6	53	17	35	30	15	1.91
2814940--2814996	18	3.2	18	80	5	53	12	29	38	19	1.88
2818015--2818174	65	2.5	64	85	9	209	31	22	17	28	1.97
2828732--2828797	3	21.7	3	93	6	107	36	0	0	63	0.95
2828732--2828797	20	3.4	19	91	8	107	36	0	0	63	0.95
2829290--2829316	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2832696--2832760	22	2.7	23	71	20	62	18	10	6	64	1.45
2832708--2832768	20	3.0	20	83	7	70	19	9	8	62	1.51
2832789--2832830	22	1.9	22	85	0	57	21	11	4	61	1.48
2833761--2833797	19	2.0	18	89	5	56	45	0	21	32	1.52
2834894--2835027	71	1.9	72	95	1	243	27	21	17	32	1.96
2838629--2838705	22	3.6	22	87	7	122	32	15	12	38	1.86
2839368--2839798	45	9.6	45	89	1	632	24	24	18	33	1.97
2839368--2839780	179	2.3	180	89	1	632	23	24	18	33	1.96
2839969--2840049	3	24.7	3	90	9	83	40	0	0	59	0.98
2839990--2840041	2	28.5	2	81	18	69	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844854--2844920	22	3.3	19	75	20	64	34	16	23	25	1.95
2850182--2850253	21	3.4	21	74	14	67	31	19	13	34	1.91
2856363--2856450	45	2.0	45	88	0	131	47	15	13	22	1.81
2864670--2864704	18	1.9	18	100	0	70	17	0	14	68	1.21
2866602--2866637	18	2.1	17	85	14	56	33	11	5	50	1.61
2869525--2869623	32	3.2	32	67	11	89	42	15	7	35	1.74
2869749--2869835	44	2.0	45	86	6	124	48	14	12	24	1.79
2870913--2870947	17	2.1	17	88	0	52	2	28	0	68	1.04
2875704--2875745	22	1.9	22	90	0	66	35	14	16	33	1.89
2881414--2881462	21	2.3	21	85	3	62	28	14	18	38	1.90
2881403--2881462	22	2.8	22	82	2	68	31	15	18	35	1.91
2888067--2888124	21	2.8	21	82	12	75	84	10	5	0	0.77
2892770--2892801	15	2.1	15	94	0	55	81	9	9	0	0.88
2897586--2897627	22	1.9	22	90	0	66	35	14	16	33	1.89
2903270--2903311	22	1.9	22	90	0	66	35	14	16	33	1.89
2918464--2918523	22	2.7	22	78	0	66	31	16	20	31	1.95
2921187--2921305	24	5.0	24	86	5	143	42	21	10	26	1.84
2923086--2923158	36	2.0	36	94	0	128	27	17	9	45	1.80
2925012--2925036	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
2924996--2925065	37	1.9	36	91	2	113	35	18	7	38	1.78
2930503--2930570	35	1.9	35	85	5	93	36	7	17	38	1.78
2934168--2934255	35	2.5	35	94	0	149	34	7	22	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937511--2937596	36	2.3	37	84	4	102	9	13	13	62	1.53
2938146--2938178	13	2.5	13	90	9	50	18	9	27	45	1.79
2938443--2938787	131	2.6	131	78	4	363	24	17	28	28	1.97
2938789--2939114	65	5.0	65	88	4	435	41	12	19	26	1.87
2939146--2939250	38	2.7	39	74	12	101	39	10	13	37	1.79
2939184--2939279	37	2.6	37	83	5	113	37	15	15	31	1.89
2940402--2940454	25	2.1	25	86	6	72	11	7	9	71	1.30
2944293--2944322	15	2.1	14	93	6	51	60	13	0	26	1.34
2944828--2944911	37	2.2	38	83	6	100	10	16	14	58	1.63
2951225--2951701	160	3.0	159	86	2	656	36	11	24	27	1.90
2956907--2956934	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2966456--2966606	77	2.0	76	90	3	241	30	13	22	33	1.92
2968223--2968293	34	2.1	34	94	0	124	42	19	12	25	1.87
2972103--2972135	17	1.9	17	100	0	66	30	33	6	30	1.82
2972619--2972674	20	2.8	20	91	0	85	25	17	14	42	1.87
2978960--2979034	34	2.2	34	88	4	107	42	26	10	20	1.84
2978975--2979045	34	2.1	34	86	5	99	43	23	9	22	1.83
2989404--2989630	67	3.4	66	77	9	233	33	22	10	33	1.88
2998540--2998759	111	2.0	112	86	2	309	35	15	16	31	1.91
2998545--2998789	111	2.2	112	81	5	273	35	15	18	30	1.92
2999714--2999771	19	3.5	17	77	13	59	44	1	1	51	1.21
2999755--2999917	24	7.7	20	71	21	79	42	0	6	49	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2999771--2999839	17	3.5	20	75	16	65	42	1	10	46	1.46
2999820--2999935	24	5.3	23	76	20	108	42	0	5	52	1.23
2999753--2999935	42	4.4	41	76	18	141	43	0	6	50	1.31
3006340--3006470	40	3.4	40	67	8	117	33	15	12	38	1.86
3006231--3006559	76	4.3	75	87	4	405	30	14	13	41	1.85
3006316--3006430	36	3.1	36	66	9	104	31	14	11	42	1.81
3006562--3006765	39	5.5	39	81	13	261	29	20	15	35	1.93
3006662--3006717	27	2.1	27	100	0	112	33	17	14	33	1.90
3006623--3006756	66	2.0	66	97	0	250	31	19	14	34	1.92
3007385--3007444	31	2.0	31	90	3	95	26	8	40	25	1.84
3010908--3010979	17	4.2	17	83	5	83	38	12	8	40	1.73
3010908--3010979	34	2.1	35	86	2	101	38	12	8	40	1.73
3022386--3022413	12	2.3	12	100	0	56	25	17	32	25	1.97
3022518--3022575	12	4.9	12	77	10	57	53	0	0	46	1.00
3022540--3022581	20	2.0	21	86	4	59	64	0	0	35	0.94
3022706--3023396	123	5.7	123	89	2	984	24	19	15	40	1.90
3024305--3024341	7	5.6	7	84	9	51	0	16	0	83	0.64
3024305--3024340	13	2.8	13	91	0	63	0	16	0	83	0.65
3024297--3024346	19	2.7	17	80	17	55	2	18	0	80	0.82
3031457--3031501	15	3.0	14	84	12	54	51	2	17	28	1.58
3034833--3034858	10	2.6	10	100	0	52	73	7	11	7	1.26
3035458--3035496	18	2.0	20	90	9	64	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3036918--3036963	11	4.3	11	81	18	53	60	0	0	39	0.97
3041082--3041256	60	2.9	59	93	1	287	49	6	13	30	1.66
3052481--3052517	12	2.9	13	88	8	58	24	13	32	29	1.93
3054215--3054275	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
3054209--3054313	35	3.0	35	95	2	185	29	5	19	45	1.73
3058828--3058888	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
3058822--3058936	35	3.3	35	92	3	187	29	5	20	45	1.72
3062467--3062528	18	3.8	16	75	16	56	64	3	8	24	1.36
3063753--3063942	35	5.4	35	81	6	197	41	13	4	41	1.64
3063752--3063942	70	2.7	70	81	6	219	41	13	4	40	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15