genome.fa.s8316.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008316.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2380696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061549--2061620	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
2061635--2061704	30	2.3	30	87	2	95	38	7	22	31	1.81
2061789--2062092	149	2.0	149	100	0	608	27	16	20	36	1.94
2062071--2062115	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2068167--2068319	67	2.3	67	86	4	209	27	28	26	18	1.98
2068322--2068357	13	2.8	14	88	12	51	75	0	25	0	0.81
2068624--2068695	29	2.5	29	93	0	117	38	9	12	38	1.76
2068710--2068779	30	2.3	30	90	2	104	38	7	21	32	1.81
2068864--2069167	149	2.0	149	98	0	590	27	16	20	35	1.94
2069146--2069190	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2073191--2073294	9	11.6	9	74	20	67	75	0	15	9	1.05
2073198--2073262	16	4.2	16	75	16	75	73	0	15	10	1.08
2073233--2073312	12	6.2	13	71	17	51	73	0	15	11	1.09
2073191--2073302	37	3.1	37	83	15	137	75	0	16	8	1.05
2073192--2073350	37	4.3	36	76	18	105	76	0	14	8	1.01
2073198--2073351	75	2.1	74	79	10	163	76	0	14	9	1.01
2073216--2073367	66	2.4	61	80	13	143	76	0	15	8	1.01
2073253--2073366	29	3.9	29	73	13	101	78	0	14	7	0.97
2073364--2073448	45	1.9	44	80	7	100	41	18	25	14	1.88
2074635--2074748	37	3.1	37	96	0	210	37	19	22	20	1.94
2074765--2075204	55	8.1	54	82	7	438	29	17	23	29	1.97
2074754--2075193	106	4.1	105	82	9	453	29	16	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074765--2075130	161	2.3	161	88	5	537	28	17	24	29	1.97
2079405--2079450	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2079672--2079732	31	2.0	31	83	0	77	22	18	21	37	1.94
2085013--2085124	35	3.2	35	86	5	147	41	20	0	36	1.59
2086141--2086253	35	3.2	34	86	5	154	34	0	22	42	1.60
2087598--2087623	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2088818--2088942	60	2.1	60	84	3	171	34	18	15	32	1.92
2111063--2111087	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
2111669--2112125	176	2.6	177	83	6	575	42	14	16	26	1.86
2114294--2114337	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2114371--2114431	32	1.9	32	89	0	95	29	0	47	22	1.52
2116210--2116246	19	1.9	19	94	0	65	32	2	10	54	1.49
2116368--2117320	193	4.9	198	93	4	1663	36	14	17	30	1.91
2118794--2118884	6	14.7	6	77	6	74	38	7	32	20	1.81
2118811--2118887	9	8.6	9	77	0	73	37	6	33	22	1.80
2118794--2118884	12	7.3	12	80	7	101	38	7	32	20	1.81
2118794--2118888	18	5.1	18	78	7	100	37	7	32	22	1.82
2120080--2120113	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
2120471--2120547	23	3.5	22	84	7	93	33	3	22	40	1.72
2120914--2121396	180	2.7	180	95	2	852	33	15	17	32	1.92
2123836--2123891	24	2.3	25	96	3	105	37	10	14	37	1.81
2124168--2124214	21	2.2	22	81	11	62	40	12	10	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124237--2124286	23	2.1	24	88	3	75	36	6	20	38	1.77
2124645--2124735	45	2.0	44	81	8	103	35	6	17	40	1.76
2124713--2124751	20	2.0	20	89	0	60	28	12	7	51	1.67
2124035--2125707	412	4.0	425	90	8	2644	40	7	12	39	1.72
2125069--2125122	19	2.9	19	76	23	69	37	5	22	35	1.77
2125471--2125542	23	3.2	23	88	4	110	34	5	20	38	1.76
2126358--2126382	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2130376--2130439	21	3.0	21	86	4	92	26	21	26	25	2.00
2131353--2131479	65	1.9	66	82	7	161	26	22	19	31	1.98
2132687--2132721	16	2.2	16	94	0	61	20	11	0	68	1.20
2135879--2135929	22	2.3	22	86	3	75	31	19	23	25	1.98
2136806--2136857	20	2.6	20	100	0	104	26	19	21	32	1.97
2139305--2139400	20	4.7	20	79	13	81	31	29	12	27	1.93
2139289--2139450	61	2.7	60	78	12	168	29	28	13	28	1.94
2139474--2139541	20	3.4	20	76	8	75	32	20	11	35	1.89
2142594--2142646	23	2.3	23	90	0	88	26	26	28	18	1.98
2143027--2143061	18	1.9	18	88	11	54	17	17	34	31	1.93
2143363--2143422	31	2.0	30	87	9	86	36	25	1	36	1.66
2149830--2149874	23	2.0	23	90	0	72	31	26	26	15	1.96
2150113--2150172	31	2.0	31	83	9	79	36	23	1	38	1.65
2152492--2152537	20	2.3	20	92	0	74	45	19	21	13	1.84
2153999--2154073	21	3.6	21	85	0	87	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154365--2154444	21	3.8	21	66	12	56	40	31	8	20	1.83
2154477--2154527	21	2.4	21	83	0	75	35	29	13	21	1.92
2154642--2154740	42	2.4	42	84	0	126	20	18	33	28	1.96
2156605--2156643	20	2.0	20	100	0	78	15	12	20	51	1.76
2156607--2156650	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
2157152--2157201	20	2.5	20	86	0	73	24	16	22	38	1.93
2160956--2160986	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2164746--2165344	180	3.3	181	84	4	793	41	14	16	27	1.87
2167293--2167347	24	2.4	23	80	11	69	43	0	7	49	1.30
2167779--2167904	66	1.9	66	81	0	153	33	3	39	23	1.71
2168009--2168046	18	2.1	18	95	0	67	57	0	34	7	1.28
2169569--2169617	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
2169928--2169960	15	2.2	15	94	0	57	39	24	15	21	1.91
2169984--2170992	200	5.0	199	85	2	1227	37	13	15	32	1.88
2169985--2170969	401	2.5	404	87	1	1374	37	13	15	32	1.87
2178548--2178892	177	1.9	177	85	3	471	39	13	14	33	1.85
2178720--2179194	200	2.4	198	84	4	600	39	13	14	32	1.85
2179538--2179581	23	2.0	22	86	4	61	40	0	2	56	1.11
2182896--2183043	60	2.5	60	84	6	185	33	20	6	39	1.77
2182928--2183025	29	3.3	29	65	21	69	30	22	6	40	1.78
2182929--2183059	60	2.2	60	79	5	149	32	22	6	38	1.81
2184901--2184928	6	4.7	6	100	0	56	17	53	0	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185916--2185940	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2188604--2188654	25	2.0	25	100	0	102	39	23	9	27	1.86
2190214--2190242	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2190675--2190730	28	2.0	28	83	13	71	30	23	17	28	1.97
2196922--2196975	26	2.1	26	89	0	81	11	44	24	20	1.83
2206781--2206817	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
2206843--2206937	41	2.3	41	81	3	102	28	20	18	32	1.96
2207082--2207127	22	2.1	22	87	0	65	21	39	15	23	1.92
2207513--2207652	20	7.4	19	82	13	105	13	15	22	47	1.81
2207561--2207649	20	4.4	20	90	2	108	14	14	23	47	1.81
2207582--2207652	20	3.5	20	96	0	124	11	14	22	52	1.73
2209223--2209278	21	2.7	21	80	5	60	21	16	33	28	1.95
2209571--2209643	33	2.2	34	90	2	112	45	19	21	13	1.85
2209610--2209647	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
2209643--2209808	20	8.7	19	78	12	85	16	18	22	42	1.88
2210295--2210410	42	2.8	42	78	8	112	23	36	18	22	1.95
2210284--2210391	21	5.2	20	72	13	83	20	34	19	25	1.96
2211778--2211814	14	2.6	14	95	0	65	27	0	24	48	1.51
2212030--2212146	20	5.8	20	90	0	162	26	17	21	34	1.96
2212317--2212351	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2214381--2214417	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
2214598--2214651	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215472--2215538	20	3.3	20	93	0	107	25	19	29	25	1.98
2215562--2215600	19	2.1	19	85	0	51	25	12	25	35	1.92
2221301--2221369	27	2.5	27	88	4	93	56	4	1	37	1.28
2227331--2227357	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
2231095--2231146	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2231136--2231234	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2231201--2231394	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2231201--2231394	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2231773--2231843	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2231964--2232018	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12