genome.fa.s8316.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008316.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2380696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
639570--639650	11	7.6	11	71	18	64	29	19	22	28	1.98
639586--639651	23	2.9	23	86	0	96	30	21	19	28	1.98
642752--642793	21	2.0	21	95	0	75	40	0	35	23	1.55
646774--646838	25	2.6	25	76	16	62	50	4	3	41	1.38
647249--647299	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
648743--648871	57	2.3	57	93	1	215	41	6	7	43	1.60
648998--649039	18	2.3	19	80	19	54	57	0	2	40	1.12
648998--649058	15	4.1	15	74	14	54	57	3	1	37	1.25
651740--651810	15	4.6	16	74	10	58	54	7	4	33	1.47
657395--657529	21	6.4	21	83	0	171	22	24	19	33	1.97
657393--657530	63	2.2	63	86	0	204	23	24	18	33	1.97
658207--658248	21	2.0	21	95	0	75	28	23	26	21	1.99
665063--665235	60	2.9	61	81	7	187	34	19	3	42	1.68
666764--666815	23	2.2	24	86	3	70	36	1	0	61	1.07
666771--666824	23	2.4	23	81	6	67	40	0	0	59	0.98
674177--674244	32	2.1	32	83	0	82	39	20	8	30	1.83
694731--694781	20	2.5	20	78	12	52	56	5	1	35	1.35
695962--696075	60	1.9	60	82	7	142	30	21	3	44	1.69
696401--696448	20	2.5	20	78	21	57	47	0	0	52	1.00
696408--696500	32	2.9	32	85	4	118	49	3	0	47	1.17
696408--696496	11	8.5	11	74	15	73	48	2	0	49	1.13
704301--704353	20	2.7	20	100	0	106	30	20	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704468--704505	20	1.9	20	89	10	60	34	34	10	21	1.87
706881--706945	29	2.2	29	100	0	130	38	7	13	40	1.74
707205--707249	21	2.2	20	84	4	54	57	0	2	40	1.11
708808--708844	19	1.9	19	100	0	74	32	32	16	18	1.93
708930--708982	20	2.7	20	90	0	79	43	18	16	20	1.88
708971--709045	21	3.6	21	71	16	75	32	25	24	18	1.97
708971--709065	41	2.3	41	90	0	145	31	26	22	20	1.98
708992--709078	20	4.3	20	78	8	86	31	26	20	21	1.98
709899--709952	24	2.2	24	93	0	90	22	16	18	42	1.89
710142--710178	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
712426--712702	20	14.7	20	74	12	219	36	21	20	22	1.96
712490--712571	36	2.3	36	91	4	132	36	21	23	18	1.95
712561--712737	73	2.4	73	87	1	237	36	22	19	21	1.95
712837--712916	30	2.4	34	80	20	114	55	15	3	26	1.57
712852--712917	30	2.2	30	100	0	132	54	13	3	28	1.54
714299--714401	21	4.9	21	75	4	100	23	20	35	20	1.96
714300--714401	42	2.4	42	81	0	132	23	19	36	20	1.95
714876--714919	20	2.2	20	100	0	88	52	22	11	13	1.72
714883--714933	20	2.5	20	87	0	66	49	23	11	15	1.78
714906--714974	20	3.5	20	87	0	93	33	24	20	21	1.97
715024--715124	20	5.3	20	67	17	63	18	19	21	39	1.92
715130--715177	20	2.4	20	85	0	60	20	18	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715023--715177	74	2.1	75	89	3	242	19	20	22	38	1.94
715296--715357	31	2.0	31	87	9	90	51	17	8	22	1.71
717158--717213	20	2.8	20	88	0	76	50	19	16	14	1.79
717556--717613	22	2.6	22	83	0	80	17	18	44	18	1.87
717778--717861	20	4.2	20	76	8	80	27	20	22	29	1.98
717808--717882	21	3.6	21	70	10	73	22	22	24	30	1.99
717792--717882	41	2.2	41	90	0	146	23	21	25	29	1.99
717989--718025	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
725716--725878	81	2.0	81	85	2	220	25	14	36	23	1.93
727306--727350	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
728218--728251	16	2.1	16	89	10	52	14	0	14	70	1.17
728467--728511	20	2.2	20	92	0	72	42	22	17	17	1.89
728929--728967	20	2.0	19	85	5	51	48	20	17	12	1.80
730670--730717	21	2.3	21	96	0	87	16	18	29	35	1.93
731123--731218	21	4.6	21	73	7	79	22	32	17	27	1.97
732648--732687	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
732839--732881	20	2.2	20	91	0	68	18	18	23	39	1.92
733057--733143	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
733453--733489	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
733451--733508	24	2.4	25	82	11	75	48	13	3	34	1.60
733877--733928	25	2.1	25	96	0	95	46	17	7	28	1.75
734025--734082	19	3.0	20	79	5	73	20	13	24	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739321--739379	31	2.0	31	86	6	86	50	10	11	27	1.71
744337--744580	20	11.9	20	72	7	112	37	20	21	20	1.95
744337--744580	104	2.4	104	88	2	348	37	20	21	20	1.95
744442--744655	20	10.9	20	72	13	133	34	17	24	23	1.96
744537--744642	53	2.0	53	96	0	194	37	13	24	24	1.91
745550--745638	20	4.5	20	84	4	101	15	22	22	39	1.92
745550--745640	40	2.3	40	84	5	114	15	21	21	40	1.90
746999--747030	6	5.3	6	100	0	64	15	34	50	0	1.45
750016--750071	23	2.5	23	79	2	69	39	0	10	50	1.37
756817--756853	17	2.2	17	100	0	74	40	5	10	43	1.63
761262--761318	12	4.4	12	74	23	53	45	0	0	54	0.99
761258--761315	28	2.1	28	87	12	84	50	0	0	50	1.00
761265--761318	19	2.7	21	82	8	76	46	0	0	53	1.00
761786--761832	22	2.1	22	84	0	58	68	2	4	25	1.19
763189--763238	10	4.9	10	85	4	73	50	0	14	36	1.43
763189--763238	20	2.4	21	96	3	93	50	0	14	36	1.43
764060--764095	4	8.8	4	93	6	63	75	0	25	0	0.81
765570--765596	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
770339--770438	43	2.3	43	85	0	137	21	17	17	45	1.86
772133--772192	30	2.0	30	86	0	84	45	15	8	31	1.75
776669--776729	15	4.3	15	78	16	67	32	1	3	62	1.21
784174--784223	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784956--784981	12	2.2	12	100	0	52	34	15	7	42	1.75
785683--785714	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
806352--806394	2	21.5	2	92	0	59	44	4	0	51	1.22
807069--807119	20	2.5	20	81	18	61	50	0	1	47	1.12
831251--831417	20	8.4	20	92	0	271	27	26	19	26	1.99
832259--832312	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
834726--834797	20	3.6	19	88	7	108	37	25	19	18	1.94
834771--834866	33	2.9	34	90	3	149	43	19	22	13	1.86
834804--834870	20	3.7	19	72	22	72	46	19	22	11	1.82
834903--834970	14	4.5	14	77	16	73	11	25	19	44	1.84
834917--834979	33	1.9	33	90	0	99	14	23	17	44	1.85
836468--836570	42	2.5	42	75	3	109	23	20	34	21	1.96
837054--837158	20	5.2	20	91	0	129	37	21	19	21	1.95
837061--837158	40	2.5	40	87	0	142	36	20	19	23	1.95
837203--837359	20	8.5	20	72	18	108	17	17	21	43	1.88
839242--839350	20	5.6	20	78	3	114	51	22	13	12	1.75
839245--839350	39	2.7	39	88	1	158	50	22	14	13	1.77
839687--839752	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
839937--840002	20	3.3	20	67	23	57	27	16	27	28	1.97
839937--840044	40	2.7	40	89	0	162	26	15	27	29	1.96
851427--851485	28	2.1	28	83	0	73	47	3	1	47	1.29
858899--858961	18	3.6	18	73	18	60	63	1	0	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858921--858961	9	4.6	9	85	8	57	65	0	0	34	0.93
866319--866349	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
866630--866662	17	1.9	17	93	0	57	9	12	21	57	1.62
871715--871808	30	3.1	30	93	3	154	30	26	22	20	1.98
872516--872557	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
873004--873048	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
877446--877486	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
877894--877932	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
878343--878553	61	3.5	61	79	5	237	40	11	11	36	1.78
884302--884459	81	2.0	81	92	0	262	15	31	21	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12