genome.fa.s8353.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2583621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4705--4783	39	2.1	39	85	7	108	21	21	27	29	1.99
7387--7427	17	2.4	17	88	8	57	82	4	4	7	0.93
8477--8536	30	2.0	29	83	3	75	70	6	3	20	1.25
13982--14032	17	3.1	16	77	11	50	17	25	33	23	1.96
14230--14254	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
17168--17268	53	1.9	53	85	4	141	41	14	17	25	1.88
20024--20064	19	2.2	19	86	0	55	39	19	19	21	1.93
24903--24979	30	2.6	29	85	6	102	38	19	1	40	1.60
26322--26399	35	2.2	35	88	4	113	44	20	0	34	1.52
26322--26415	35	2.7	35	81	0	98	42	25	1	30	1.62
26898--27179	143	2.0	142	91	0	456	47	9	6	36	1.62
27336--27429	35	2.7	35	86	0	116	27	1	27	43	1.62
46044--46102	30	2.0	30	87	6	86	40	5	15	38	1.69
46398--46449	20	2.6	20	93	0	95	7	28	25	38	1.83
47114--47138	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
47255--47318	21	3.1	21	72	2	67	40	26	15	17	1.89
49150--49202	23	2.3	23	96	0	97	49	16	1	32	1.57
60062--60096	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
63951--63999	24	2.0	24	100	0	98	12	24	20	42	1.86
66413--66446	12	2.8	12	90	0	50	41	0	2	55	1.15
80515--80552	16	2.4	16	86	4	51	36	0	2	60	1.11
87228--87257	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92273--92359	38	2.2	42	78	15	103	57	1	0	41	1.06
97378--97415	19	2.1	19	85	5	51	50	0	0	50	1.00
97385--97461	19	3.7	19	71	25	59	45	0	2	51	1.14
100352--100407	29	2.0	27	83	16	69	17	8	1	71	1.21
100469--100535	27	2.5	27	79	13	84	26	7	1	64	1.29
111783--112487	105	6.7	105	92	1	1151	33	25	18	22	1.97
111783--112487	211	3.3	210	93	1	1178	33	25	18	22	1.97
114299--114354	29	2.0	27	83	16	69	17	8	1	71	1.21
114407--114473	27	2.5	27	79	13	84	26	7	1	64	1.29
116778--116823	22	2.1	22	92	8	76	17	17	34	30	1.93
128616--128682	20	3.5	19	71	20	68	25	0	8	65	1.21
128608--128654	14	3.4	14	71	11	51	27	0	6	65	1.16
128605--128682	37	2.1	39	88	9	117	26	0	7	65	1.20
128744--128787	23	1.9	23	95	0	79	45	25	4	25	1.72
129416--129518	51	2.0	51	100	0	206	36	11	37	13	1.81
131084--131121	20	1.9	20	100	0	76	23	26	10	39	1.87
133560--133626	2	33.5	2	93	0	116	46	0	2	50	1.16
134423--134466	23	1.9	23	85	0	61	27	22	27	22	1.99
134707--134779	31	2.4	31	100	0	146	31	26	5	36	1.79
136511--136579	33	2.1	33	100	0	138	39	30	15	14	1.88
142463--142498	16	2.2	16	100	0	72	30	30	16	22	1.96
144181--144211	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151496--151528	16	2.1	16	100	0	66	42	12	6	39	1.67
153550--153593	23	2.0	22	81	4	52	61	11	2	25	1.41
155096--155172	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
155939--156045	37	2.9	37	78	1	115	54	16	15	13	1.72
171150--171181	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
171179--171203	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
172462--172489	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
172533--172621	44	2.0	44	97	0	169	34	10	23	31	1.88
183697--183750	29	1.9	29	85	7	76	50	3	1	44	1.30
183713--183809	38	2.5	38	91	1	158	46	1	4	48	1.28
184423--184460	20	1.9	20	94	0	67	23	34	28	13	1.92
184476--184521	23	2.0	23	87	8	67	26	26	39	8	1.85
184595--184680	29	3.0	29	91	0	136	20	29	32	17	1.96
188324--188406	29	2.9	29	91	7	125	15	34	26	22	1.94
188465--188520	29	1.9	29	88	0	85	12	33	30	23	1.92
188536--188608	33	2.2	33	90	0	110	9	35	27	27	1.88
188595--188654	14	3.9	14	76	23	66	8	30	38	23	1.84
188609--188642	10	3.4	10	84	15	52	8	29	38	23	1.85
188595--188660	34	1.9	34	96	0	123	10	28	37	22	1.88
188699--188756	29	2.0	29	86	0	80	22	25	36	15	1.94
193665--194418	105	7.3	105	93	3	1289	21	23	19	35	1.96
195147--195314	51	3.2	51	79	9	162	41	19	10	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195198--195868	54	12.6	53	82	9	719	39	16	10	32	1.83
195303--195868	106	5.3	103	84	9	653	39	16	10	33	1.83
195305--195868	158	3.6	157	84	8	707	39	16	10	33	1.83
197810--197864	18	3.1	18	81	7	58	7	16	0	76	1.00
197839--197923	12	7.5	11	76	17	68	1	15	3	80	0.92
197831--197913	33	2.6	30	78	14	85	1	15	3	79	0.93
197814--197957	53	2.7	54	75	14	147	4	14	3	77	1.07
197814--197929	42	2.7	42	80	12	121	2	13	4	79	0.99
197831--197913	31	2.5	33	80	16	93	1	15	3	79	0.93
199302--199352	21	2.3	23	80	9	63	60	7	15	15	1.56
202021--202076	13	4.2	13	76	19	53	62	3	1	32	1.23
202021--202090	26	2.8	24	76	18	70	62	4	1	31	1.23
202024--202088	14	5.2	13	74	20	50	63	4	1	30	1.24
202033--202090	25	2.3	25	90	3	89	63	5	1	29	1.25
204269--204331	31	2.0	31	90	0	99	52	7	11	28	1.65
204504--204602	32	3.1	32	98	0	189	41	17	12	29	1.85
205182--205215	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
205663--205693	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
206113--206192	37	2.3	35	89	6	126	28	16	11	43	1.82
207518--207557	10	4.0	10	90	0	62	47	17	12	22	1.81
207524--207557	5	6.8	5	89	0	50	47	20	11	20	1.81
208345--208372	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208399--208441	22	2.0	22	90	0	68	51	6	11	30	1.65
212653--212709	28	2.0	28	100	0	114	31	10	12	45	1.76
215402--215460	23	2.7	21	75	17	66	47	0	1	50	1.11
223391--223555	59	2.9	55	77	7	161	30	15	13	39	1.87
227819--227995	56	3.2	56	86	0	221	31	14	13	40	1.85
228650--228808	79	2.0	79	96	2	293	37	28	10	23	1.87
242105--242227	60	2.0	60	95	3	221	25	17	29	27	1.98
246568--246630	28	2.3	27	81	10	74	31	25	11	31	1.91
249778--249817	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
249812--249910	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
249896--249950	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
250146--250202	21	2.7	21	91	0	96	19	26	26	28	1.99
250498--250529	16	2.0	17	88	11	50	43	18	21	15	1.87
251500--251546	24	2.0	24	86	0	67	38	2	0	59	1.09
252138--252245	35	3.0	36	84	5	146	32	2	18	46	1.64
252145--252205	21	3.2	20	68	29	53	34	1	19	44	1.61
256753--256812	21	3.2	21	65	30	62	31	5	21	41	1.75
256745--256853	35	3.0	36	86	5	157	31	5	19	44	1.73
258886--259025	3	46.7	3	88	0	208	33	1	0	64	1.08
261155--261201	17	2.7	17	81	12	60	25	0	2	72	0.96
271812--271896	1	85.0	1	71	0	62	85	0	11	2	0.68
271809--271897	5	17.6	5	75	15	69	84	0	13	2	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271812--271897	12	6.8	12	78	13	93	84	0	12	2	0.71
271815--271896	21	3.8	22	84	7	98	85	0	12	2	0.70
271809--271895	26	3.1	26	75	20	84	85	0	12	2	0.70
273043--273550	52	9.8	52	96	1	939	23	15	23	37	1.93
274183--275317	113	9.8	114	90	3	1708	36	14	19	29	1.91
274198--275315	231	4.9	231	95	1	1891	36	14	19	29	1.91
275566--275705	3	46.7	3	86	0	199	34	1	0	63	1.08
282617--282767	21	7.3	21	68	14	107	23	21	20	34	1.97
282624--282761	42	3.3	42	91	2	235	23	20	21	35	1.96
282848--282878	6	5.2	6	100	0	62	35	32	0	32	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13