genome.fa.s8353.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2583621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362740--2362781	22	1.9	22	85	9	59	54	11	14	19	1.70
2364509--2364553	21	2.1	21	100	0	90	26	24	24	24	2.00
2368666--2368706	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2372789--2372842	20	2.7	20	97	0	99	20	22	25	31	1.98
2372809--2372895	45	1.9	46	88	2	131	28	19	24	27	1.98
2372915--2372953	20	2.0	20	94	0	69	23	15	30	30	1.95
2376044--2376094	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
2376044--2376321	20	13.6	20	72	8	103	38	19	22	19	1.93
2376170--2376319	40	3.7	40	79	8	167	35	17	24	22	1.95
2376391--2376427	6	6.5	6	96	3	60	29	54	16	0	1.43
2377118--2377161	6	7.5	6	97	2	81	0	15	52	31	1.44
2377297--2377350	20	2.7	20	94	0	90	11	18	18	51	1.74
2377339--2377610	20	13.3	20	86	3	310	22	23	16	37	1.94
2377347--2377610	123	2.1	123	94	0	456	23	23	16	36	1.94
2377624--2377677	20	2.7	20	94	0	90	11	18	18	51	1.74
2377664--2377714	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2377853--2377891	19	2.1	19	95	0	69	33	28	15	23	1.95
2377934--2378043	20	5.4	20	88	6	125	31	28	18	21	1.97
2377933--2378008	21	3.7	21	89	7	111	36	26	17	19	1.94
2378864--2378917	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2379110--2379142	14	2.5	13	90	9	50	45	24	24	6	1.75
2381225--2381494	140	1.9	140	94	1	479	29	12	14	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381465--2381741	20	14.8	20	74	15	225	32	20	19	27	1.96
2381493--2381584	34	2.7	34	89	3	141	35	21	17	25	1.95
2381476--2381792	94	3.5	93	82	6	346	33	20	19	26	1.96
2381896--2381957	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
2383315--2383417	21	4.9	21	77	9	111	23	20	35	20	1.96
2383295--2383417	42	2.9	42	81	9	151	23	18	36	21	1.95
2383894--2383942	20	2.5	20	86	0	62	34	22	22	20	1.97
2383947--2383992	19	2.4	19	92	0	74	50	21	15	13	1.78
2383964--2384000	19	1.9	19	88	0	56	51	27	13	8	1.69
2384022--2384054	14	2.4	14	94	0	57	18	18	15	48	1.81
2384076--2384143	20	3.4	20	80	8	84	17	22	25	35	1.95
2384303--2384352	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
2386067--2386183	20	6.2	19	70	15	73	40	21	18	19	1.92
2386558--2386608	22	2.3	22	100	0	102	19	13	45	21	1.85
2386570--2386620	22	2.3	22	86	0	66	21	15	43	19	1.88
2386774--2386867	20	4.7	20	81	7	118	24	18	26	30	1.97
2386750--2386843	41	2.3	41	90	0	143	25	15	23	35	1.95
2386854--2386901	21	2.3	21	82	3	62	31	18	16	33	1.94
2386842--2386957	41	2.8	41	71	3	99	32	18	22	25	1.97
2386963--2387008	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
2386974--2387010	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2392161--2392190	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2392832--2392921	2	45.0	2	100	0	180	50	0	0	50	1.00
2394096--2394123	12	2.3	12	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2397418--2397504	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2399757--2399797	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
2400116--2400178	29	2.1	29	82	2	72	30	14	26	28	1.95
2413856--2413937	27	3.1	27	77	5	78	24	10	21	42	1.85
2415850--2416006	21	7.6	21	80	9	180	31	22	22	22	1.98
2415850--2416006	62	2.5	63	91	4	187	31	22	22	22	1.98
2415850--2416016	41	4.0	42	80	12	177	31	22	21	24	1.98
2416031--2416115	30	2.8	30	92	0	134	44	3	1	50	1.26
2416043--2416106	17	4.1	16	75	17	62	45	1	1	51	1.20
2416065--2416115	17	3.2	17	68	21	56	45	3	0	50	1.20
2423785--2423829	21	2.1	21	84	8	56	57	2	4	35	1.31
2424218--2424246	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
2426043--2426081	18	2.2	18	100	0	78	25	30	23	20	1.98
2429467--2429569	47	2.1	49	85	7	140	30	18	26	25	1.98
2429596--2429716	49	2.5	48	79	4	134	19	29	33	17	1.94
2435498--2435568	36	2.0	35	94	2	124	47	16	5	29	1.70
2435507--2435567	21	3.2	21	63	26	53	49	16	4	29	1.66
2439983--2440062	36	2.2	37	86	6	110	43	18	3	33	1.68
2443575--2443714	36	3.9	35	84	2	163	40	19	21	19	1.92
2445420--2445445	12	2.2	12	100	0	52	26	42	0	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458151--2458187	12	3.2	12	88	11	60	91	0	8	0	0.41
2458152--2458180	10	2.9	10	100	0	58	93	0	6	0	0.36
2460163--2460235	23	3.1	23	74	2	65	42	1	2	53	1.23
2460396--2460457	24	2.6	23	82	10	72	48	0	1	50	1.10
2467545--2467589	22	2.0	22	87	12	65	28	8	17	44	1.79
2468559--2468612	22	2.5	22	100	0	108	38	9	9	42	1.69
2468789--2468817	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2472391--2472453	31	2.0	31	100	0	126	31	9	31	26	1.88
2475028--2475056	14	2.0	15	93	6	51	13	0	3	82	0.79
2482783--2483006	102	2.2	98	83	5	270	36	20	7	36	1.80
2482795--2483031	102	2.4	101	82	6	261	35	19	7	37	1.79
2482998--2483276	107	2.7	105	78	8	295	35	18	9	36	1.84
2482795--2483479	245	2.8	236	80	7	691	36	19	8	36	1.82
2483123--2483389	138	1.9	137	82	8	321	36	20	8	34	1.83
2483227--2483480	100	2.5	103	82	8	286	37	18	8	35	1.81
2482780--2483462	344	2.0	342	81	9	811	36	19	8	36	1.83
2489055--2489095	18	2.3	18	95	0	73	21	48	0	29	1.50
2489039--2489121	41	2.0	41	88	0	121	20	44	1	33	1.59
2489039--2489112	23	3.4	23	76	17	86	17	45	1	35	1.57
2490416--2490471	23	2.4	23	90	0	85	37	0	44	17	1.49
2494664--2494717	12	4.6	12	86	4	65	11	14	48	25	1.77
2494715--2494798	2	45.0	2	69	13	54	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494716--2494805	24	3.7	24	78	10	94	46	0	0	53	1.00
2497148--2497222	31	2.4	31	84	8	100	26	22	10	40	1.87
2499047--2499113	30	2.2	31	86	5	100	38	13	23	23	1.91
2506022--2506048	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2507844--2507868	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2515027--2515109	19	4.4	19	98	0	157	34	30	19	15	1.93
2515283--2515326	18	2.4	19	84	3	54	18	6	4	70	1.27
2523859--2523901	18	2.4	19	84	7	54	18	6	4	69	1.29
2530318--2530353	18	2.0	18	94	0	63	30	22	22	25	1.99
2532295--2532387	24	3.9	24	97	0	177	33	25	24	16	1.96
2532382--2532459	24	3.3	24	92	1	131	28	24	26	20	1.99
2533275--2533323	21	2.4	20	90	10	73	36	28	6	28	1.81
2533722--2533793	15	4.9	15	82	3	101	41	6	19	31	1.78
2533722--2533793	30	2.4	30	97	2	137	41	6	19	31	1.78
2533776--2533845	20	3.5	20	92	0	122	41	10	12	35	1.77
2534012--2534076	28	2.3	27	84	10	85	52	1	1	44	1.19
2534011--2534115	29	3.5	30	78	19	105	53	1	0	43	1.18
2534042--2534101	24	2.7	23	82	7	61	56	1	0	41	1.09
2534134--2534204	22	3.2	22	80	11	65	47	0	0	52	1.00
2534069--2534189	52	2.3	51	76	19	124	49	0	0	48	1.12
2534122--2534203	21	3.9	21	71	17	71	47	0	0	52	1.00
2534378--2534497	42	2.9	42	97	0	222	45	19	20	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535306--2535344	17	2.3	17	100	0	78	25	0	33	41	1.56
2537644--2537689	23	2.0	23	100	0	92	60	0	4	34	1.16
2542439--2542472	11	3.0	11	91	4	50	47	11	0	41	1.40
2543566--2543648	42	2.0	42	100	0	166	13	16	40	28	1.86
2547782--2549016	212	5.9	212	93	2	2033	33	24	18	23	1.96
2547782--2549016	105	11.7	106	94	1	2049	33	24	18	23	1.96
2549590--2549623	11	3.0	11	91	4	50	47	11	0	41	1.40
2550717--2550799	42	2.0	42	100	0	166	13	16	40	28	1.86
2552555--2552618	32	2.0	32	93	0	110	26	15	29	28	1.96
2552721--2552854	37	3.8	35	73	12	121	33	17	9	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13