genome.fa.s8353.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2583621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182534--2182563	15	2.0	15	93	0	51	76	0	10	13	1.01
2184256--2184345	29	3.2	27	72	12	74	48	2	3	45	1.31
2184715--2184776	21	3.0	21	76	4	72	17	19	25	37	1.94
2184767--2184880	22	5.4	22	78	8	94	20	17	21	40	1.91
2184788--2184836	19	2.5	20	90	6	82	18	18	18	44	1.87
2184804--2184842	19	2.1	19	90	0	60	25	15	17	41	1.89
2185381--2185433	22	2.4	22	93	0	97	35	26	18	18	1.95
2185425--2185579	20	7.6	20	68	8	98	38	25	20	16	1.92
2185422--2185601	41	4.4	41	90	4	292	37	26	18	17	1.93
2185445--2185600	21	7.6	21	68	12	108	35	26	18	18	1.94
2185934--2185963	7	4.3	7	100	0	60	30	43	0	26	1.55
2186227--2186267	21	2.0	21	90	0	64	26	9	12	51	1.70
2187309--2187344	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
2187740--2187841	34	2.9	35	91	5	170	28	14	12	44	1.82
2188376--2189141	105	7.3	105	89	2	1078	22	17	26	33	1.96
2189745--2190204	65	6.8	65	75	11	341	38	11	20	29	1.88
2189877--2190224	36	10.0	36	75	13	325	39	13	19	27	1.90
2189823--2190226	138	2.9	138	87	0	558	39	12	20	27	1.89
2189913--2190097	102	1.8	102	89	2	291	40	14	17	28	1.88
2190008--2190224	73	3.1	73	77	15	274	38	12	20	28	1.89
2189878--2190274	36	11.4	35	71	19	176	38	14	19	27	1.90
2191756--2191824	21	3.3	21	84	6	79	1	14	5	78	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195559--2195589	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2196062--2196100	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2196526--2196627	34	2.9	35	91	5	170	28	14	12	44	1.82
2204999--2205041	19	2.3	19	87	0	59	25	27	32	13	1.94
2209764--2209802	21	2.0	21	85	10	55	51	5	2	41	1.38
2210625--2210994	184	2.0	184	93	1	634	41	3	8	45	1.53
2211860--2211892	15	2.2	15	94	0	57	6	15	69	9	1.34
2213006--2213054	24	2.0	24	96	0	89	22	28	16	32	1.95
2222676--2222722	20	2.3	20	92	0	76	31	25	19	23	1.98
2222716--2222802	20	4.3	20	82	0	111	43	22	13	19	1.86
2222796--2222885	21	4.4	20	85	4	117	45	16	18	18	1.86
2222796--2222885	41	2.2	41	87	0	135	45	16	18	18	1.86
2223235--2223346	20	5.6	20	85	4	136	16	15	18	49	1.80
2223322--2223366	21	2.1	21	91	0	72	20	20	11	48	1.79
2223376--2223421	19	2.3	20	81	7	58	17	15	32	34	1.91
2225749--2225788	21	1.9	21	89	0	62	35	12	0	52	1.39
2237969--2238027	22	2.8	21	80	10	75	35	3	1	59	1.24
2239889--2239950	19	3.4	19	66	20	60	41	22	27	8	1.82
2239884--2239968	35	2.4	35	96	0	152	40	23	24	11	1.88
2243770--2243810	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
2243367--2243838	180	2.6	182	89	0	705	42	13	16	27	1.86
2246019--2246083	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246117--2246182	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2248523--2248596	24	3.2	24	67	18	75	28	29	0	41	1.56
2248526--2248602	27	3.2	27	66	30	82	32	31	0	36	1.58
2248511--2248602	45	2.0	45	100	0	184	29	33	0	36	1.58
2248512--2248582	21	3.2	21	67	18	63	23	39	0	36	1.55
2254808--2255031	117	1.9	117	83	5	292	27	15	9	47	1.76
2257258--2257306	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2257540--2258303	200	3.8	200	95	0	1343	35	14	18	30	1.91
2259753--2259798	12	3.8	12	88	0	65	41	6	32	19	1.77
2259753--2259798	6	7.7	6	82	0	56	41	6	32	19	1.77
2261012--2261610	183	3.2	182	90	6	941	35	14	16	34	1.89
2261204--2261591	194	2.0	194	96	0	713	35	14	16	33	1.90
2261488--2261730	120	2.0	120	91	0	396	34	13	14	37	1.85
2261290--2261913	303	2.0	310	91	3	1019	34	14	15	34	1.89
2261604--2262096	183	2.7	183	94	0	860	34	15	16	33	1.90
2261787--2262381	303	2.0	303	94	0	1046	34	14	16	34	1.89
2261111--2262381	486	2.6	486	94	1	2209	34	14	16	34	1.89
2261970--2262216	120	2.1	120	92	0	413	31	13	16	38	1.87
2265726--2265773	23	2.1	23	92	0	78	35	16	10	37	1.83
2265726--2265975	87	2.9	87	96	0	455	32	14	10	42	1.79
2265810--2265854	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
2265897--2265941	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270014--2271044	81	12.8	81	89	1	1530	30	22	12	34	1.91
2270014--2271044	323	3.2	319	89	2	1533	30	22	12	34	1.91
2271705--2271966	134	2.0	126	91	8	424	41	9	6	42	1.62
2284599--2284624	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2286003--2286096	3	32.0	3	78	6	95	59	0	0	40	0.97
2286373--2286429	25	2.3	25	93	0	96	59	0	0	40	0.97
2286385--2286439	25	2.2	25	90	6	85	63	0	0	36	0.95
2286633--2286775	45	3.2	45	87	2	207	32	18	23	25	1.97
2286788--2286896	45	2.4	45	90	3	164	33	19	22	24	1.97
2286669--2287138	121	3.9	121	92	2	741	34	19	21	24	1.96
2286909--2287012	45	2.3	47	84	6	149	30	22	22	25	1.99
2287040--2287166	46	2.8	45	90	2	191	32	19	22	25	1.98
2287839--2287893	22	2.5	22	96	0	101	40	14	10	34	1.81
2298469--2298506	18	2.1	18	85	9	51	52	2	0	44	1.14
2299872--2299931	21	2.9	21	80	5	68	55	0	1	43	1.10
2299867--2299933	3	22.3	3	73	11	57	55	0	1	43	1.09
2305526--2305563	20	1.9	20	100	0	76	23	21	21	34	1.97
2305526--2305583	20	2.7	20	86	10	71	25	20	20	32	1.97
2305571--2305731	64	2.5	63	84	6	198	24	24	18	33	1.97
2312623--2312837	41	5.4	40	81	5	222	25	19	18	36	1.94
2312650--2312856	21	10.4	21	74	11	134	26	19	17	36	1.94
2312765--2312838	16	4.1	16	73	26	67	21	18	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312702--2312867	57	2.8	57	86	7	208	23	20	15	40	1.91
2312724--2312910	98	1.9	98	88	6	281	24	20	15	39	1.92
2313733--2313786	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2316296--2316358	19	3.3	19	86	2	81	39	20	22	17	1.92
2316303--2316439	19	7.7	19	73	16	114	44	19	24	11	1.84
2316341--2316435	33	2.9	33	93	0	154	46	18	24	10	1.81
2316303--2316439	52	2.6	51	77	8	150	44	19	24	11	1.84
2316445--2316490	14	3.3	14	81	0	56	8	21	21	47	1.77
2316612--2316648	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2317994--2318060	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2317994--2318116	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2318513--2318604	40	2.3	41	84	3	116	47	21	19	10	1.80
2318513--2318607	20	4.8	19	81	6	100	47	22	20	10	1.80
2318604--2318700	19	5.3	19	76	15	71	12	18	21	47	1.81
2318645--2318702	19	3.0	20	82	14	84	12	18	17	51	1.75
2318803--2319174	94	4.0	94	93	2	592	48	18	12	20	1.80
2320866--2321011	19	8.1	19	74	17	132	45	20	22	10	1.82
2320866--2320989	33	3.5	33	84	7	149	45	20	22	10	1.81
2321007--2321054	20	2.5	20	75	3	53	10	18	27	43	1.82
2321632--2321682	20	2.5	20	96	0	93	21	21	21	35	1.96
2321679--2321724	21	2.2	21	84	0	56	36	15	28	19	1.92
2322551--2324489	6	326.3	6	96	3	3613	16	0	33	49	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327696--2327768	21	3.5	20	69	10	58	31	24	15	28	1.95
2334679--2334712	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
2340852--2340902	17	3.0	17	73	15	52	29	13	11	45	1.79
2351489--2351547	22	2.6	23	86	5	93	22	30	27	20	1.98
2352149--2352298	66	2.3	66	88	3	212	17	24	27	30	1.97
2352278--2352320	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2358363--2358421	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
2359025--2359175	67	2.3	66	87	4	205	17	25	26	29	1.98
2359155--2359197	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2361820--2361875	27	2.1	26	90	3	85	21	5	33	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13