genome.fa.s8353.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2583621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812824--818386	4	1415.8	4	94	4	9946	25	24	0	50	1.50
818711--818740	6	5.2	6	92	8	53	66	0	0	33	0.92
818738--818777	3	13.0	3	85	15	55	67	0	0	32	0.91
822918--823001	40	2.1	40	88	4	125	47	13	16	22	1.81
823898--823939	22	1.9	22	100	0	84	45	4	11	38	1.62
823941--824056	60	1.9	58	83	8	144	53	9	9	27	1.64
823941--824056	31	3.9	31	84	6	143	53	9	9	27	1.64
825217--825269	25	2.0	26	85	7	72	64	1	3	30	1.22
825278--825324	20	2.3	20	88	0	67	12	2	10	74	1.16
833055--833086	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
835852--835894	22	2.0	21	86	4	59	60	6	9	23	1.51
839252--839297	19	2.3	20	81	7	58	28	28	17	26	1.98
839417--839543	20	6.3	19	78	8	92	33	25	16	24	1.96
839433--839471	19	2.1	19	90	0	60	38	23	15	23	1.92
839711--839754	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
840014--840072	20	3.0	20	84	0	64	18	18	20	42	1.90
841336--841380	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
841832--841875	20	2.2	20	83	0	52	38	22	22	15	1.92
841841--841896	20	2.8	20	75	2	60	39	19	23	17	1.92
841885--841943	14	3.9	14	79	16	73	49	23	16	10	1.77
841872--841957	32	2.7	33	92	7	151	48	20	18	11	1.79
841969--842078	33	3.4	32	92	3	186	11	18	22	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842063--842118	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
844118--844171	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
844166--844219	19	2.8	19	97	0	99	16	22	16	44	1.86
844222--844289	20	3.4	20	68	8	66	14	20	23	41	1.89
844202--844305	40	2.9	34	73	15	100	14	22	22	41	1.89
844496--844586	20	4.5	20	73	2	74	20	17	21	39	1.92
844865--844918	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
844825--844939	61	1.9	61	81	3	142	21	20	23	34	1.96
845394--845465	17	4.4	17	85	7	94	23	34	26	15	1.94
845501--845543	15	2.8	16	92	7	79	25	32	27	13	1.94
845569--845609	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
864228--864294	21	3.2	21	89	0	98	17	26	17	37	1.93
864291--864419	20	6.4	20	90	1	195	37	24	20	17	1.93
865279--865332	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
867850--867942	33	2.8	33	83	4	107	46	19	20	13	1.84
867883--868052	19	9.7	19	70	20	120	47	18	21	13	1.82
867861--868048	85	2.2	85	89	1	279	47	17	21	13	1.82
867935--868027	33	2.8	33	88	0	141	45	16	23	15	1.85
868053--868093	19	2.2	19	90	0	64	12	12	21	53	1.70
868098--868153	19	3.2	19	71	23	68	12	23	17	46	1.82
868064--868153	33	2.7	33	89	3	128	12	20	21	46	1.82
868263--868299	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869653--869719	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
871633--871693	14	4.0	14	73	19	50	44	22	22	9	1.82
871604--871710	19	6.1	19	68	22	81	44	19	23	12	1.84
871612--871705	33	2.8	33	91	1	143	44	21	22	11	1.84
871706--871786	33	2.5	33	91	0	126	11	20	20	46	1.81
871770--871841	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
872399--872550	20	7.6	20	80	4	171	19	19	24	36	1.94
872401--872550	40	3.7	40	91	0	246	19	19	24	37	1.94
872398--872591	60	3.2	58	78	6	190	19	19	24	37	1.94
872639--872694	20	2.8	20	74	15	62	17	17	28	35	1.93
873757--873804	14	3.4	14	76	2	51	50	29	0	20	1.49
887041--887113	35	2.1	35	82	14	89	53	8	9	28	1.62
887703--887742	18	2.2	18	100	0	80	20	22	32	25	1.98
888877--889098	111	2.0	111	93	0	381	45	10	7	36	1.67
890060--890106	20	2.4	19	82	10	67	53	6	17	23	1.66
889847--890320	181	2.6	179	88	1	678	42	13	16	27	1.86
890240--890287	21	2.3	20	80	13	62	54	10	16	18	1.70
892499--892563	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
892597--892662	33	2.0	33	84	0	87	30	0	45	24	1.53
894445--894493	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
894682--895588	200	4.5	200	94	0	1550	35	14	18	31	1.90
897084--897141	6	9.7	6	84	0	62	39	6	32	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897075--897111	18	2.1	18	89	0	56	40	10	29	18	1.85
897101--897145	3	15.0	3	80	0	54	37	4	33	24	1.76
897084--897141	12	4.8	12	89	0	80	39	6	32	20	1.79
898354--899105	183	4.1	183	96	0	1346	35	14	16	33	1.89
902454--902616	87	1.9	87	96	0	299	33	14	9	41	1.79
903023--903121	50	2.0	50	92	4	164	16	30	32	21	1.95
903310--903404	20	5.3	19	69	24	64	36	0	2	61	1.08
903317--903403	35	2.5	35	81	5	95	37	0	2	59	1.10
905125--905172	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
905182--905248	21	3.2	21	87	8	100	17	32	26	22	1.96
905760--905864	34	3.1	34	83	5	142	55	2	3	38	1.33
906260--906866	128	4.7	128	97	0	1133	32	21	24	21	1.97
914890--914929	20	2.1	19	90	4	62	35	7	32	25	1.84
915085--915157	38	1.9	39	83	5	96	54	2	1	41	1.23
925322--925359	20	1.9	20	88	0	58	26	26	5	42	1.76
926439--926490	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
926479--926572	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
927090--927156	19	3.5	19	83	2	89	50	23	16	8	1.73
927160--927336	19	9.7	19	74	15	149	12	21	21	44	1.86
927160--927241	39	2.1	38	93	2	137	12	19	20	47	1.81
927171--927252	39	2.1	39	84	6	105	9	20	25	43	1.82
927224--927310	33	2.6	33	90	1	129	12	24	24	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929396--929462	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
929344--929462	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
930431--930464	14	2.4	14	95	0	59	32	0	23	44	1.54
930571--930638	20	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
930640--930739	33	3.0	33	89	4	157	18	21	20	41	1.91
930643--930740	19	5.7	19	67	22	81	15	21	20	42	1.88
933032--933056	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
933231--933284	24	2.2	24	93	0	90	38	20	14	25	1.91
933247--933298	24	2.2	24	82	0	59	36	21	15	26	1.93
934341--934378	20	1.9	20	100	0	76	36	26	21	15	1.93
934398--934484	19	4.8	19	88	8	128	14	19	16	49	1.80
934398--934513	38	3.3	35	80	10	130	14	20	18	45	1.85
934601--934637	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
936505--936577	20	3.7	20	72	3	67	41	20	21	16	1.90
936486--936577	20	4.7	19	72	6	58	42	21	19	16	1.89
936607--936663	14	3.8	14	78	17	69	10	15	24	49	1.76
936589--936679	32	2.8	33	93	3	157	12	17	21	48	1.80
936664--936718	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
937200--937244	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
938564--938601	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
938858--938906	22	2.3	21	89	6	73	24	14	40	20	1.89
939096--939165	20	3.5	20	88	9	99	27	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939096--939210	20	5.7	20	78	6	97	25	17	25	32	1.97
939076--939211	41	3.3	41	77	6	150	25	16	24	33	1.96
939076--939272	41	4.8	41	78	5	143	21	18	23	36	1.95
939199--939274	21	3.7	21	82	3	100	14	22	21	42	1.89
939199--939283	41	2.1	41	95	0	152	15	22	20	42	1.89
939675--939730	27	2.0	29	86	10	80	26	1	10	60	1.40
939709--939767	29	2.1	28	81	9	66	30	6	5	57	1.46
955475--955544	6	11.5	6	83	8	70	30	52	12	4	1.58
958463--958525	32	2.0	32	100	0	126	14	22	19	44	1.86
981982--982020	16	2.5	16	87	4	53	41	5	17	35	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13