genome.fa.s8353.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008353.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2583621

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1972161--1972200	20	2.0	21	85	5	55	67	0	20	12	1.22
1972306--1972332	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
1973279--1973312	13	2.6	13	90	0	50	76	0	11	11	1.02
1975334--1975363	3	10.0	3	92	0	51	63	0	0	36	0.95
1978474--1978562	32	2.8	32	77	6	99	23	14	25	35	1.93
1978508--1978573	32	2.1	32	82	5	80	28	13	22	34	1.92
1979356--1979400	16	2.9	16	83	3	56	22	11	20	46	1.81
1982615--1982653	3	13.0	3	84	10	53	33	2	0	64	1.08
1982619--1982657	9	4.3	9	86	0	51	35	2	0	61	1.10
1982918--1982956	21	1.9	20	89	5	60	71	10	0	17	1.12
1986504--1986542	18	2.0	20	90	9	64	41	12	17	28	1.87
1987878--1987968	25	3.8	24	84	9	107	39	21	0	38	1.54
1988354--1988405	26	2.0	26	100	0	104	23	15	15	46	1.83
1998951--1999002	17	2.9	17	78	16	52	69	0	11	19	1.18
1999052--1999109	24	2.4	24	80	5	64	74	1	8	15	1.14
1999775--1999886	37	3.0	37	98	0	215	32	14	13	40	1.84
2001025--2001342	110	2.9	110	93	0	528	24	16	23	34	1.95
2003045--2003091	14	3.4	14	74	11	51	2	14	4	78	0.99
2003014--2003091	32	2.4	34	77	14	83	2	16	6	74	1.14
2006268--2006315	25	2.0	24	84	12	62	72	0	14	12	1.11
2006321--2006431	6	18.2	6	81	14	104	70	0	3	25	1.09
2006321--2006431	9	12.1	9	80	15	104	70	0	3	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006341--2006431	3	30.3	3	81	12	107	69	1	3	26	1.11
2007092--2007162	37	1.9	37	97	0	133	32	12	14	40	1.83
2007242--2007329	31	2.8	31	92	0	140	25	10	11	53	1.68
2007417--2007490	31	2.4	31	79	0	85	52	12	10	24	1.70
2007941--2007978	17	2.2	17	90	0	58	5	15	71	7	1.28
2009090--2009182	28	3.4	27	80	16	95	58	0	1	40	1.05
2009090--2009209	28	4.4	27	73	21	90	55	0	3	41	1.16
2009091--2009209	54	2.2	55	78	12	131	54	0	3	42	1.17
2009143--2009198	24	2.3	24	84	9	69	53	0	5	41	1.24
2009467--2009533	33	2.1	31	86	5	89	56	11	4	26	1.54
2019163--2019251	28	3.0	27	73	17	70	41	10	10	38	1.73
2019518--2019552	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
2025954--2026033	25	3.2	25	68	28	80	38	3	12	45	1.60
2025938--2026041	49	2.1	49	98	0	199	36	4	11	47	1.61
2025933--2026014	21	3.5	22	70	27	71	36	2	10	50	1.51
2026209--2026247	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2031749--2031788	18	2.2	18	100	0	80	20	22	25	32	1.98
2033584--2033608	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2034661--2034776	42	2.8	42	93	0	196	16	17	19	46	1.84
2034965--2035011	21	2.3	20	85	3	58	51	0	0	48	1.00
2034977--2035145	27	5.9	30	71	18	112	45	0	1	52	1.15
2035080--2035143	29	2.2	29	86	13	89	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035287--2035325	19	2.0	20	85	5	53	61	0	0	38	0.96
2035474--2035543	20	3.5	20	94	0	122	34	12	10	42	1.77
2035475--2035552	40	2.0	39	89	2	120	34	14	8	42	1.77
2035526--2035607	30	2.8	30	94	1	139	35	19	7	37	1.80
2035526--2035613	45	2.0	44	93	2	149	32	20	6	39	1.79
2035526--2035607	15	5.5	15	88	2	121	35	19	7	37	1.80
2035801--2035851	14	3.7	14	74	12	52	68	0	1	29	1.00
2036263--2036621	84	4.2	84	84	1	448	22	18	26	32	1.97
2036604--2036665	33	1.9	32	93	3	106	30	11	19	38	1.87
2036618--2036962	65	5.0	66	74	15	218	39	13	20	27	1.89
2036753--2036942	101	1.9	102	88	2	292	40	13	20	26	1.89
2036855--2037108	36	7.2	36	76	12	258	39	12	18	28	1.88
2036718--2037109	174	2.2	175	92	1	662	40	13	18	27	1.88
2037884--2037938	27	2.0	27	100	0	110	21	10	7	60	1.55
2040156--2040193	16	2.2	17	81	13	51	36	34	7	21	1.82
2041201--2041240	18	2.2	19	90	4	64	80	0	0	20	0.72
2043064--2043137	18	3.9	18	78	13	78	29	32	17	20	1.95
2043064--2043141	39	2.0	39	90	5	122	30	30	17	20	1.96
2054549--2054604	20	2.5	22	78	21	64	23	23	21	32	1.98
2055650--2055708	28	2.1	28	80	3	64	33	13	6	45	1.70
2057993--2058038	22	2.2	21	82	14	60	50	0	2	47	1.13
2069289--2069331	16	2.8	15	82	3	50	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077201--2077244	22	2.0	22	100	0	88	31	22	13	31	1.93
2091315--2091357	19	2.2	20	84	12	54	27	6	13	51	1.67
2094986--2095086	53	1.9	52	82	11	127	0	23	10	64	1.32
2095025--2095083	28	2.0	30	81	12	70	0	23	11	64	1.27
2095451--2095625	3	57.7	3	88	2	260	62	1	1	34	1.13
2095974--2096141	73	2.3	73	84	1	201	33	16	14	34	1.90
2096048--2096531	116	4.2	116	96	1	848	28	20	15	35	1.93
2097218--2097360	52	2.8	51	93	3	252	38	20	14	26	1.91
2097391--2097596	52	4.0	52	94	1	342	36	22	15	25	1.93
2098747--2098788	14	2.9	14	86	13	50	4	7	0	88	0.64
2098756--2098788	9	3.3	10	91	8	50	3	6	0	90	0.52
2109352--2109398	18	2.6	17	75	18	51	72	2	0	25	0.96
2110994--2111095	53	1.9	52	82	9	127	0	23	10	64	1.31
2111034--2111092	28	2.0	30	81	12	70	0	23	11	64	1.27
2111460--2111638	3	58.7	3	87	3	259	62	1	1	34	1.12
2116095--2116167	30	2.5	29	89	10	114	45	2	2	49	1.31
2116107--2116157	15	3.4	15	68	10	50	41	3	3	50	1.39
2117019--2117138	41	3.0	40	85	4	152	35	15	15	33	1.90
2118558--2118664	41	2.6	41	75	7	99	26	15	21	36	1.94
2125928--2126007	21	3.8	21	85	3	99	36	20	42	1	1.60
2125930--2126022	21	4.4	21	83	4	98	38	19	40	1	1.59
2126318--2126457	43	3.2	42	78	13	115	31	21	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126765--2126821	24	2.3	25	80	17	66	36	0	7	56	1.27
2126840--2126864	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2127337--2127395	21	2.8	20	79	7	64	45	27	0	27	1.54
2127400--2127444	22	2.1	22	84	8	58	22	0	33	44	1.53
2131673--2131733	27	2.3	27	100	0	122	31	31	18	19	1.96
2134205--2134245	22	1.9	21	90	5	64	43	2	0	53	1.13
2134709--2134768	22	2.7	22	100	0	120	38	0	0	61	0.96
2137118--2137523	191	2.1	193	84	5	529	39	12	10	37	1.77
2140223--2140259	16	2.4	15	86	8	56	78	10	8	2	1.06
2142934--2142985	25	2.1	25	100	0	104	26	28	11	32	1.91
2149493--2149567	29	2.6	29	97	0	141	57	16	8	18	1.63
2150529--2150562	17	2.1	17	88	5	52	47	5	2	44	1.42
2151859--2151893	16	2.2	16	89	0	52	28	0	0	71	0.86
2152160--2152233	29	2.5	29	86	6	96	39	9	0	51	1.35
2152182--2152242	29	2.1	29	90	0	95	42	8	0	49	1.32
2153415--2153458	17	2.6	17	77	0	52	59	2	0	38	1.10
2155137--2155184	17	2.8	18	78	18	57	33	0	0	66	0.92
2155136--2155178	22	2.0	22	90	0	68	34	0	0	65	0.93
2155557--2155613	29	2.0	29	100	0	114	45	14	10	29	1.78
2155810--2155846	14	2.6	15	83	8	51	59	0	2	37	1.12
2156062--2156094	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2156144--2156178	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158842--2158875	17	1.9	18	94	5	61	50	0	0	50	1.00
2158847--2158889	17	2.6	17	81	3	52	62	0	0	37	0.95
2158943--2158992	25	2.0	25	100	0	100	44	8	12	36	1.71
2159502--2159619	52	2.3	52	79	8	125	39	1	6	51	1.38
2161260--2161358	43	2.2	45	78	10	114	50	5	18	26	1.67
2162781--2162835	28	2.0	28	100	0	110	29	3	18	49	1.64
2162782--2162851	28	2.5	28	86	4	70	37	4	14	44	1.65
2174160--2174198	10	4.0	10	80	6	53	33	0	0	66	0.92
2181801--2181879	32	2.4	33	79	10	81	58	0	0	41	0.98
2181802--2181888	35	2.5	34	81	14	97	57	1	0	41	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13