genome.fa.s8387.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2491990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055--2358	19	17.4	19	80	16	365	46	18	20	14	1.83
2055--2380	33	9.5	34	80	13	277	46	18	20	14	1.84
2083--2380	90	3.4	88	85	9	368	46	17	21	14	1.84
2055--2380	52	6.3	55	87	10	337	46	18	20	14	1.84
2387--2488	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2595--2631	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
4512--4621	19	6.3	18	66	20	56	46	22	19	11	1.82
4548--4604	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
4529--4626	19	5.8	17	75	21	91	45	21	21	11	1.82
4530--4621	33	2.8	33	93	1	159	46	21	20	10	1.81
4622--4750	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
4622--4713	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
4794--5171	92	4.1	93	97	2	726	46	18	12	22	1.83
6883--6980	19	5.7	18	73	22	86	42	22	24	10	1.84
6871--6958	14	5.7	14	72	25	63	42	23	25	9	1.83
6863--6975	33	3.5	33	92	2	194	45	21	23	9	1.81
6991--7045	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
6986--7067	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
6998--7086	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
7166--7236	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
7417--7471	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
7616--7808	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7616--7808	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
7864--7915	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
12438--12515	31	2.5	31	91	0	129	44	8	15	30	1.77
12863--12909	15	3.1	15	71	17	51	17	23	17	42	1.88
13080--13116	15	2.5	15	90	0	65	32	29	5	32	1.80
15801--15851	27	1.9	27	84	4	68	35	9	13	41	1.78
20218--20387	51	3.3	50	86	4	232	19	15	14	50	1.78
21802--21864	31	2.2	28	81	15	76	31	26	20	20	1.98
22590--22633	20	2.2	20	92	4	72	38	4	18	38	1.71
23011--23068	21	2.7	21	81	7	64	55	3	17	24	1.57
23174--23283	44	2.5	44	81	13	122	46	2	2	48	1.31
23279--23397	63	1.9	63	86	6	170	45	8	5	41	1.56
29598--29637	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
33486--33525	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
54799--55229	217	2.0	217	100	0	862	26	23	20	28	1.99
55267--55349	42	2.0	42	95	0	148	32	28	14	24	1.94
58542--58572	16	1.9	16	93	0	53	38	12	19	29	1.89
63583--63800	103	2.1	103	93	0	373	27	12	22	37	1.91
65278--65357	36	2.2	36	80	4	90	33	21	26	18	1.96
65892--66009	55	2.2	55	81	9	143	57	5	5	31	1.44
68571--68677	53	2.0	53	100	0	214	33	14	14	36	1.88
71638--71788	24	6.4	24	82	4	137	25	38	13	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71638--71788	69	2.1	71	81	6	173	25	38	13	22	1.91
71638--71844	24	8.8	24	77	7	136	26	36	14	23	1.92
71638--71821	93	2.0	93	80	4	210	26	36	13	22	1.92
74824--74850	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
79028--79074	24	2.0	24	100	0	94	27	25	42	4	1.73
82462--82531	21	3.3	21	79	15	90	18	20	27	34	1.96
82460--82573	42	2.7	42	86	5	160	21	20	21	36	1.95
82525--82573	21	2.3	21	92	0	80	22	18	16	42	1.88
83294--83386	21	4.4	21	77	10	109	40	18	19	21	1.91
83287--83426	21	6.7	20	77	11	88	36	20	20	22	1.95
83290--83426	63	2.2	61	83	7	184	37	21	19	21	1.95
84871--84928	27	2.1	28	84	9	75	44	12	17	25	1.83
87356--87395	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
87390--87486	33	3.0	33	91	4	146	32	7	15	44	1.74
87472--87526	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
87923--87978	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
87942--87975	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
88070--88101	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
96391--96446	24	2.3	24	93	0	94	25	26	19	28	1.99
96896--96945	20	2.4	21	86	6	75	58	0	6	36	1.23
105376--105450	11	6.9	11	72	15	50	56	1	0	42	1.08
105395--105437	15	3.3	13	79	20	54	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105372--105484	55	2.0	57	88	6	169	53	1	0	45	1.11
105423--105494	22	3.2	22	83	9	92	54	1	1	43	1.17
105418--105484	11	5.9	11	78	13	73	53	1	0	44	1.09
107435--107471	19	1.9	19	94	0	65	18	35	10	35	1.86
110641--110670	11	2.8	11	95	5	53	6	16	0	76	0.99
111165--111199	17	2.1	17	94	0	61	28	28	22	20	1.98
115210--115261	14	3.2	18	64	25	51	23	11	17	48	1.79
115392--115492	12	7.8	13	70	18	50	59	0	0	39	1.04
115398--115465	13	5.5	12	71	16	50	58	0	1	39	1.07
115444--115482	16	2.5	16	83	4	53	61	0	0	38	0.96
115395--115543	78	1.9	78	82	5	185	57	0	2	39	1.13
115709--115815	34	2.8	41	77	22	117	38	1	4	55	1.32
115741--115815	34	2.2	34	100	0	150	36	2	5	56	1.36
116321--116350	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
128014--128114	47	2.4	38	75	25	121	36	23	8	30	1.86
128029--128164	47	3.0	47	91	3	206	33	22	7	36	1.82
128269--128390	40	3.0	40	93	0	217	33	27	16	22	1.95
133400--133433	13	2.6	13	100	0	68	58	8	20	11	1.59
143871--143951	36	2.2	36	97	0	153	30	17	12	39	1.86
144969--144998	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
145279--145417	69	2.0	69	100	0	278	28	18	20	31	1.97
147795--147828	17	2.0	17	94	0	59	29	17	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151797--152052	22	11.6	22	89	4	349	40	0	10	48	1.38
152076--152134	31	1.9	31	92	0	100	44	8	5	42	1.57
153151--153179	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
160543--160631	34	2.6	34	100	0	178	29	7	16	46	1.76
164692--164736	16	2.8	16	83	6	56	11	8	31	48	1.69
165249--165333	28	3.0	28	81	6	100	28	24	25	21	1.99
166226--166266	21	1.9	22	85	14	59	39	14	19	26	1.90
166267--166334	33	2.0	34	88	8	104	20	13	20	45	1.84
185780--186223	44	10.3	43	75	12	256	25	16	7	50	1.72
185955--186159	87	2.3	86	82	5	225	24	19	9	46	1.80
185917--186223	129	2.4	127	84	8	388	25	18	9	46	1.78
187799--187843	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
193533--193575	19	2.3	19	83	0	50	30	25	16	27	1.97
193595--193681	20	4.3	20	94	2	140	35	21	17	25	1.95
193855--193902	22	2.2	22	96	0	87	20	45	14	18	1.85
196455--196526	21	3.4	21	79	7	83	23	36	18	22	1.95
196453--196546	42	2.2	42	88	0	134	21	37	19	22	1.95
197946--197982	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
197885--198038	78	2.0	78	88	0	227	31	3	16	48	1.62
198064--198129	20	3.3	20	89	0	105	39	24	16	19	1.92
198139--198176	20	1.9	20	94	0	67	31	18	21	28	1.97
198398--198432	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200568--200621	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
200568--200635	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
201373--201411	16	2.6	15	84	11	53	66	0	5	28	1.12
201581--201646	20	3.3	19	78	14	62	37	13	21	27	1.91
201581--201663	20	4.1	21	76	13	61	37	12	21	28	1.89
201568--201666	40	2.5	40	75	11	103	36	12	21	30	1.90
201925--201962	20	1.9	20	84	10	51	44	2	0	52	1.14
202944--202975	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
209162--209208	23	2.1	22	84	4	58	36	10	19	34	1.86
209689--209747	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12