genome.fa.s8387.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2491990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625608--625672	31	2.1	31	91	2	105	26	12	12	49	1.75
627330--627408	21	3.5	22	72	8	70	68	5	1	25	1.17
627825--627872	23	2.2	23	85	7	64	45	4	2	47	1.33
629399--629430	5	6.6	5	92	7	57	59	0	0	40	0.97
629399--629442	15	3.2	14	84	12	56	61	0	2	36	1.09
629561--629610	15	3.1	17	74	11	59	62	0	0	38	0.96
631873--631908	3	11.3	3	94	5	54	63	0	0	36	0.94
631973--632036	32	2.0	32	81	0	74	28	4	6	60	1.41
633140--633169	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
633257--633286	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
633895--633956	31	2.0	31	84	6	81	56	11	4	27	1.54
634868--634916	2	24.5	2	95	0	89	48	2	0	48	1.12
635234--635265	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
635750--635803	28	1.9	28	84	0	72	61	0	5	33	1.19
636151--636211	32	1.9	32	86	0	86	49	4	6	39	1.50
637819--637863	19	2.4	19	92	0	72	46	15	2	35	1.58
640047--640175	67	1.9	70	80	7	158	36	13	8	41	1.76
646513--646592	24	3.1	28	65	26	77	15	13	5	66	1.41
646522--646602	24	3.4	24	71	19	87	16	11	4	67	1.37
646522--646604	20	3.8	21	69	25	64	15	12	4	67	1.38
646540--646613	24	3.2	21	69	20	67	17	9	6	66	1.42
646514--646613	48	2.1	48	100	0	200	16	12	6	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647543--647575	12	2.8	12	86	4	50	81	0	18	0	0.68
650082--650130	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
651269--651304	10	3.6	10	84	0	54	11	11	0	77	0.99
651263--651306	22	2.0	22	86	8	63	13	13	0	72	1.12
655703--655751	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
663953--664098	62	2.3	63	84	5	190	38	6	13	41	1.70
663953--664132	31	6.0	31	79	12	148	40	7	12	39	1.72
664082--664134	26	2.0	26	100	0	106	45	11	11	32	1.76
669606--669681	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
671362--671418	30	1.9	30	92	0	96	31	7	12	49	1.67
675541--675599	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
676072--676250	91	2.0	91	98	0	349	34	17	26	22	1.96
684516--684664	78	1.9	78	87	2	219	46	4	9	39	1.57
698512--698553	18	2.3	18	84	8	50	66	0	11	21	1.23
699418--699470	27	2.0	26	88	3	79	26	28	20	24	1.99
700457--700834	210	1.8	210	100	0	756	35	18	11	34	1.87
704468--704529	6	9.7	6	73	13	52	29	32	1	37	1.67
704468--704529	13	4.8	13	77	0	70	29	32	1	37	1.67
716036--716271	81	2.9	81	83	5	253	31	21	21	25	1.98
722370--723054	347	2.0	337	95	4	1223	30	21	21	26	1.99
725733--726003	133	2.0	133	95	3	492	21	22	23	31	1.98
728058--728124	12	5.6	12	75	10	66	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728059--728124	23	2.7	25	70	15	66	50	0	1	48	1.10
730498--730538	13	3.1	14	86	10	59	7	34	4	53	1.50
731554--731592	20	2.0	20	89	0	60	23	30	33	12	1.92
731620--731665	23	2.0	23	87	8	67	19	19	26	34	1.96
733184--733231	18	2.7	18	100	0	96	14	22	16	45	1.84
735871--735912	21	2.0	21	86	9	59	47	2	0	50	1.14
737516--737567	18	2.8	20	77	14	56	17	13	9	59	1.60
737593--737630	19	2.0	20	85	10	53	21	21	5	52	1.66
742905--742937	17	1.9	17	100	0	66	48	6	12	33	1.65
746534--746584	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
748429--748534	42	2.6	39	72	21	99	26	15	18	39	1.90
752665--752698	16	2.1	16	94	0	59	32	32	23	11	1.91
754186--754237	14	3.6	14	76	5	59	30	26	17	25	1.97
754166--754239	29	2.6	29	93	0	130	32	28	16	22	1.96
754171--754223	15	3.6	15	71	5	54	33	32	13	20	1.91
754186--754249	14	4.6	14	76	5	58	29	26	18	25	1.98
754166--754249	29	3.0	28	84	6	107	30	27	17	23	1.97
756226--756293	24	2.8	24	88	0	91	22	17	17	42	1.89
756254--756310	24	2.4	24	87	0	78	19	14	19	47	1.82
756337--756642	156	2.0	155	91	0	495	19	13	32	34	1.91
757263--757348	34	2.5	34	80	0	100	22	10	6	60	1.53
757284--757336	17	3.1	17	73	10	54	20	7	9	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758826--758865	20	2.0	20	85	5	53	40	22	2	35	1.68
768311--768344	14	2.4	14	90	0	50	32	2	17	47	1.63
770316--770352	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
772844--773072	114	2.0	114	100	0	458	30	13	26	29	1.94
777053--777575	264	2.0	264	92	1	870	30	15	17	36	1.91
786421--786467	23	2.0	23	91	0	76	21	31	12	34	1.91
790270--790306	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
791113--791167	29	2.0	27	85	7	74	23	16	10	49	1.77
791650--791699	24	2.0	24	84	3	64	74	0	2	24	0.93
791865--791898	16	2.1	16	88	5	50	55	2	26	14	1.53
800370--800415	15	3.1	15	83	0	65	10	19	60	8	1.55
800982--801011	5	6.0	5	92	0	51	0	16	20	63	1.31
800979--801010	15	2.1	15	100	0	64	0	12	18	68	1.20
801570--801601	12	2.7	12	90	0	55	43	6	25	25	1.77
806990--807028	14	2.8	13	88	11	51	25	2	0	71	0.98
809362--809400	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
810576--810614	13	2.9	13	85	14	53	76	10	12	0	1.01
810586--810633	16	2.9	16	80	20	55	79	8	12	0	0.94
810585--810647	23	2.7	24	85	7	76	76	7	15	0	1.01
811239--811282	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
811718--811751	17	2.0	17	94	0	59	17	8	29	44	1.79
812246--812369	36	3.4	36	82	6	160	25	20	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812328--812502	68	2.6	65	83	6	208	33	21	9	36	1.85
813145--813868	105	7.0	105	92	1	1140	33	26	16	22	1.96
813145--813868	207	3.5	208	90	2	1116	33	26	16	22	1.96
815023--815061	14	2.8	13	88	11	51	25	2	0	71	0.98
815061--815117	2	28.5	2	96	0	105	47	0	1	50	1.11
815568--815601	9	3.8	9	92	7	52	20	2	0	76	0.92
815568--815602	13	2.6	14	90	4	54	20	2	0	77	0.90
817316--817666	175	2.0	176	97	0	668	35	12	18	33	1.88
818006--818046	21	2.0	21	90	0	64	36	24	14	24	1.93
818417--818469	3	17.7	3	96	0	97	64	0	0	35	0.94
818417--818475	12	4.8	12	95	2	82	62	0	0	37	0.95
818700--818785	23	3.7	23	79	13	104	27	26	26	18	1.98
825205--825245	21	2.0	21	95	0	73	34	26	14	24	1.94
825301--825344	21	2.1	21	91	0	70	22	25	27	25	2.00
829137--829182	24	2.0	23	86	4	65	32	2	10	54	1.47
835459--835501	20	2.0	20	86	8	59	27	16	25	30	1.97
837005--837074	23	3.1	23	77	4	79	37	25	12	24	1.91
837185--837267	15	5.7	15	73	13	66	44	20	3	31	1.69
837993--838185	74	2.6	76	86	6	261	21	24	30	23	1.99
838366--838418	28	1.9	28	96	3	99	35	15	1	47	1.56
840197--840273	37	2.1	36	83	9	93	46	1	3	48	1.28
840417--840454	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841089--841140	9	5.6	9	80	15	52	40	0	0	59	0.97
841085--841182	28	3.6	26	75	18	85	43	0	0	56	0.99
841086--841179	24	3.7	25	76	16	95	42	0	0	57	0.98
841085--841181	7	13.6	7	71	21	60	43	0	0	56	0.99
841833--841872	2	19.5	2	94	5	71	50	2	0	47	1.14
849796--850043	121	2.0	121	88	1	363	31	15	14	37	1.88
851955--851990	18	2.0	18	88	0	54	19	22	41	16	1.90
854765--854831	28	2.3	30	84	5	93	70	0	26	2	1.02
854779--854830	23	2.3	24	83	9	65	69	0	28	1	0.99
862365--862459	29	3.2	29	66	16	77	32	24	4	38	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12