genome.fa.s8387.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2491990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210161--210224	23	2.8	22	79	9	74	40	20	4	34	1.73
210256--210964	228	3.1	228	94	0	1231	39	7	7	44	1.62
212833--212877	21	2.4	18	77	22	56	42	2	2	53	1.25
215709--215864	31	5.0	31	91	3	226	21	17	21	39	1.93
216646--216686	19	2.1	20	86	4	57	39	12	4	43	1.63
218097--218150	16	3.4	16	92	0	81	22	20	12	44	1.85
218097--218158	16	3.9	16	93	0	79	25	19	12	41	1.87
218379--218425	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
218378--218427	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
218590--218643	14	3.9	14	80	0	63	22	0	27	50	1.50
218603--218667	27	2.4	28	84	2	78	26	0	24	49	1.51
218742--218791	15	3.2	15	89	10	82	40	0	6	54	1.25
219173--219216	12	3.7	12	87	0	52	27	50	20	2	1.60
219173--219211	4	9.8	4	88	0	60	25	51	23	0	1.49
220068--220108	14	2.9	14	88	0	64	29	0	24	46	1.53
220054--220108	28	2.0	28	85	0	74	27	0	25	47	1.52
219216--220189	511	1.9	510	90	3	1562	35	9	12	42	1.76
220288--220441	4	38.5	4	100	0	308	50	25	0	24	1.50
220796--221003	2	109.0	2	66	20	90	45	2	2	50	1.28
220857--220895	13	2.7	15	80	15	55	41	5	5	48	1.47
220866--220893	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
220898--221005	17	5.9	17	75	20	78	45	1	1	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220793--221005	16	11.8	18	68	23	103	45	2	2	50	1.27
220884--221002	56	2.1	57	80	14	131	46	1	2	49	1.25
223304--223338	16	2.2	16	94	0	61	51	5	8	34	1.56
223777--223825	22	2.2	22	78	7	55	22	14	6	57	1.59
231751--231775	11	2.3	11	100	0	50	36	24	24	16	1.94
233589--233629	17	2.4	17	100	0	82	24	34	31	9	1.88
235516--235586	29	2.4	29	83	9	90	32	19	7	40	1.79
236353--236440	39	2.3	38	78	5	95	35	25	20	19	1.96
239181--239239	30	2.0	30	93	6	102	33	5	16	44	1.70
239329--239406	21	4.0	21	76	19	80	23	35	26	14	1.93
239329--239406	20	4.1	20	77	17	85	23	35	26	14	1.93
239356--239385	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
239444--239483	21	1.9	21	100	0	80	12	45	25	17	1.83
239519--239561	21	2.0	21	90	0	68	25	20	25	27	1.99
239589--239628	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
239843--239912	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
240772--240819	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
241895--241942	22	2.3	21	89	7	71	54	8	2	35	1.42
242100--242159	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
242249--242327	21	4.0	21	75	18	80	22	34	27	15	1.94
242255--242326	36	2.0	36	88	0	108	23	31	27	16	1.96
242276--242305	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242439--242481	21	2.0	21	90	0	68	25	20	25	27	1.99
242763--242832	34	2.1	32	86	5	95	31	14	31	22	1.94
245876--245916	16	2.6	16	96	0	73	41	4	29	24	1.75
246794--246839	21	2.1	22	88	4	67	28	26	19	26	1.99
247168--247241	24	3.1	24	96	0	130	52	8	24	14	1.69
247459--247504	22	2.1	22	92	4	76	15	21	34	28	1.94
247887--247924	15	2.6	14	88	8	58	47	23	7	21	1.77
248039--248427	186	2.1	184	91	2	640	41	3	9	44	1.54
248731--248772	14	2.9	15	82	7	50	52	0	38	9	1.34
252447--252478	11	2.9	11	95	0	55	43	9	0	46	1.35
253742--253804	29	2.2	29	78	10	69	52	20	4	22	1.65
259641--259679	20	1.9	20	84	5	51	30	2	0	66	1.05
265459--265489	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
265941--266014	21	3.5	20	72	7	67	21	1	25	51	1.56
269686--269719	12	2.7	13	86	9	52	55	11	0	32	1.36
270025--270184	53	3.1	52	78	5	171	31	23	15	29	1.95
277927--278273	175	2.0	175	85	3	466	38	23	11	26	1.88
278446--278482	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
278730--278777	24	2.0	24	100	0	96	50	4	16	29	1.64
279138--279165	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
279641--279690	15	3.2	16	76	18	61	44	0	20	36	1.52
281536--281577	21	2.0	21	100	0	84	33	14	4	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281538--281583	21	2.2	21	92	0	74	32	15	8	43	1.77
282981--283051	33	2.2	33	87	2	99	43	14	8	33	1.75
283048--283087	21	1.9	21	89	0	62	55	5	7	32	1.50
284543--285234	177	3.9	177	96	0	1296	36	13	9	39	1.78
287304--287351	18	2.6	19	77	6	55	66	0	0	33	0.92
294130--294191	14	4.0	16	73	17	51	24	1	6	67	1.23
294137--294226	41	2.2	38	83	11	108	21	1	4	73	1.07
294177--294251	27	2.7	27	81	8	80	17	0	6	76	1.00
294168--294250	6	14.3	6	71	16	52	16	0	6	77	0.97
294185--294250	16	3.8	17	76	11	64	16	0	6	77	0.96
298200--298237	16	2.5	15	87	8	58	18	0	10	71	1.14
313279--313304	13	2.0	13	100	0	52	7	15	30	46	1.74
320590--320665	24	3.2	24	94	0	134	30	27	23	18	1.98
320602--320665	11	5.5	11	71	14	56	31	26	25	17	1.97
322914--322957	16	2.6	17	89	7	63	68	2	0	29	1.02
323717--323743	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
331913--331959	18	2.6	18	96	0	85	31	23	27	17	1.96
332103--332142	20	2.0	21	90	5	64	37	32	10	20	1.85
340730--340835	36	2.9	36	94	2	178	32	4	14	49	1.64
346923--346988	32	2.1	32	86	10	93	34	21	16	27	1.95
347080--347145	34	2.0	33	94	5	116	36	16	18	28	1.93
346842--347122	154	1.8	150	96	3	492	41	19	16	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347490--347541	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
347531--347629	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
347596--347724	20	6.6	20	79	7	129	35	24	20	19	1.95
347616--347724	38	2.8	38	83	5	121	33	25	20	20	1.96
349246--349271	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
354126--354182	21	2.7	22	83	5	73	43	3	0	52	1.18
355712--355917	108	1.9	108	90	0	331	21	17	28	32	1.96
357328--357365	20	1.9	19	89	5	58	44	0	0	55	0.99
360480--360523	23	1.9	23	86	9	63	47	0	4	47	1.22
360516--360545	14	2.1	15	93	6	53	36	3	0	60	1.14
365981--366013	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
367374--367403	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
368099--368151	15	3.0	18	70	30	51	15	5	15	64	1.47
368099--368167	35	2.0	33	88	5	102	14	4	18	62	1.48
375232--375514	154	1.9	150	85	8	392	26	18	6	48	1.71
375422--375657	117	2.0	119	87	4	343	30	19	7	42	1.78
375918--375970	20	2.7	20	80	8	65	43	0	5	50	1.25
376660--376684	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
377416--377448	17	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18
385421--385468	17	2.8	17	83	0	60	39	2	10	47	1.49
387707--387750	19	2.2	20	84	8	54	31	0	13	54	1.39
388250--388287	20	1.9	20	88	0	58	34	28	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388334--388438	45	2.3	45	88	4	149	31	20	18	30	1.96
389469--389517	19	2.6	18	81	9	62	20	4	2	73	1.10
389641--389683	22	2.0	21	82	17	52	46	6	9	37	1.63
390686--390737	2	26.0	2	92	7	88	48	0	1	50	1.12
392384--392476	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
392384--392476	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
392403--392537	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
392465--392558	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
393077--393143	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
393139--393270	19	7.1	19	80	11	148	12	21	21	43	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12