genome.fa.s8387.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008387.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2491990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110682--2110716	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2111294--2111338	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2112098--2112128	14	2.2	14	94	0	53	61	6	0	32	1.21
2112341--2112397	24	2.4	24	78	0	60	61	3	1	33	1.23
2112586--2112632	19	2.5	19	85	0	58	17	10	31	40	1.83
2116034--2116204	60	2.8	59	73	10	157	35	21	4	38	1.75
2122278--2123010	186	3.9	187	97	1	1384	33	22	12	30	1.92
2125500--2125557	23	2.5	23	84	13	75	32	3	1	62	1.22
2125524--2125559	11	3.2	11	92	4	54	30	2	0	66	1.06
2125479--2125559	12	7.2	11	71	20	60	29	3	2	64	1.24
2125763--2126031	144	1.9	143	88	3	407	37	7	6	47	1.59
2126513--2126582	28	2.5	30	82	13	78	32	4	1	61	1.24
2131211--2131282	2	36.0	2	97	0	135	48	0	1	50	1.09
2136659--2136737	22	3.6	22	98	0	149	32	16	13	36	1.88
2137419--2138113	73	9.5	73	92	2	1110	27	20	20	31	1.98
2138238--2138280	3	14.0	3	90	4	59	34	4	0	60	1.17
2142120--2142160	3	13.0	3	90	10	64	63	0	0	36	0.95
2142387--2142622	55	4.5	53	87	4	293	29	27	14	29	1.95
2142391--2142627	106	2.2	103	82	10	298	29	26	14	29	1.95
2142331--2142800	54	8.8	55	80	8	307	28	26	15	30	1.96
2143941--2144011	18	4.4	17	72	15	53	2	14	1	81	0.87
2143942--2144013	21	3.5	20	79	11	74	2	12	1	83	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155417--2155451	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
2156032--2156133	34	2.9	36	88	11	165	27	14	14	43	1.85
2156680--2157548	105	8.3	105	90	4	1260	21	18	26	33	1.97
2156680--2157548	205	4.1	207	91	3	1273	21	18	26	33	1.97
2158218--2158498	36	8.0	35	76	12	245	40	14	19	26	1.89
2158254--2158442	102	1.9	102	85	4	265	40	13	17	28	1.88
2158216--2158472	138	1.9	137	85	2	363	39	14	18	28	1.89
2158230--2158548	36	9.1	34	71	12	166	40	14	18	26	1.89
2159398--2159448	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
2160047--2160092	20	2.4	19	85	7	58	4	13	6	76	1.14
2160058--2160129	13	6.1	11	71	15	54	2	12	4	80	0.96
2160085--2160143	30	2.0	30	83	12	77	0	18	6	74	1.03
2160057--2160129	20	3.3	23	80	12	73	2	13	4	79	0.99
2160066--2160129	7	8.7	7	73	20	51	1	14	4	79	0.96
2160074--2160131	25	2.5	23	78	13	64	1	15	5	77	1.02
2163324--2163358	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
2163899--2164036	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
2163933--2164033	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
2165434--2165468	3	11.0	3	88	11	52	62	0	0	37	0.95
2171246--2171283	16	2.4	17	82	13	53	28	18	15	36	1.92
2175113--2175192	38	2.1	39	88	2	117	43	10	6	40	1.63
2175293--2175326	17	2.0	17	94	0	59	44	5	17	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180856--2180939	43	2.0	43	90	2	134	36	3	5	53	1.43
2180915--2180946	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
2183447--2183545	51	1.9	51	89	0	153	33	28	16	22	1.95
2186885--2187021	40	3.4	39	82	7	152	33	16	14	35	1.90
2186885--2187021	21	6.8	21	74	19	114	33	16	14	35	1.90
2186885--2187022	61	2.3	60	79	13	142	33	16	14	35	1.89
2191659--2191690	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2198327--2198378	18	2.9	18	75	11	52	25	3	0	71	1.03
2201289--2201358	5	13.8	5	82	14	72	20	5	0	74	1.02
2201290--2201340	14	3.5	14	82	12	59	19	7	0	72	1.08
2201295--2201341	19	2.5	19	85	0	67	19	8	0	72	1.10
2201324--2201361	11	3.5	11	86	10	51	21	0	0	78	0.74
2201327--2201360	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
2203100--2203162	19	3.2	19	75	4	54	31	0	12	55	1.37
2205348--2205383	10	3.6	10	84	0	54	61	19	19	0	1.35
2205654--2205681	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2208835--2208909	5	15.4	5	73	15	59	73	0	2	24	0.96
2208835--2208909	24	3.1	24	84	1	87	73	0	2	24	0.96
2208836--2208909	19	3.8	19	80	5	69	74	0	2	22	0.95
2208983--2209020	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
2209012--2209092	22	3.4	23	80	10	83	41	7	0	50	1.30
2211339--2211412	9	8.6	9	71	23	61	60	0	20	18	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211331--2211385	16	3.3	17	85	10	69	61	1	18	18	1.43
2211360--2211412	27	2.0	27	89	10	83	60	0	20	18	1.36
2211496--2211537	6	6.8	6	89	5	66	85	11	0	2	0.68
2211496--2211538	19	2.3	19	95	0	77	86	11	0	2	0.67
2211551--2211631	19	4.4	18	68	15	51	71	1	6	20	1.14
2211549--2211638	28	3.3	27	73	16	87	71	1	5	22	1.14
2212823--2212868	2	24.5	2	82	12	62	50	2	0	47	1.13
2213282--2213952	86	8.0	86	82	5	762	24	17	22	35	1.95
2213282--2213881	247	2.4	250	85	3	783	24	18	21	35	1.96
2215104--2215459	95	3.7	95	92	2	525	32	17	16	33	1.93
2219499--2219566	23	3.0	23	82	0	82	20	22	25	32	1.98
2224631--2224691	23	2.7	23	89	0	95	18	26	26	29	1.98
2228235--2228275	21	2.0	21	95	0	73	26	19	19	34	1.96
2229358--2229425	23	3.0	23	82	0	73	20	22	25	32	1.98
2232162--2232210	10	5.0	10	76	14	57	77	0	0	22	0.77
2232162--2232211	19	2.6	19	84	12	66	76	0	0	24	0.80
2232382--2232456	18	4.2	18	77	1	71	64	0	21	14	1.29
2232394--2232455	27	2.3	26	75	5	79	62	0	22	14	1.31
2232542--2232573	15	2.1	16	94	5	57	84	9	0	6	0.78
2233881--2233926	2	23.5	2	91	4	76	50	2	0	47	1.13
2235076--2235108	15	2.2	15	100	0	66	42	6	24	27	1.78
2238417--2238468	17	3.2	17	68	15	56	48	3	3	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240688--2240796	31	3.5	30	86	5	137	23	22	15	37	1.93
2242893--2242933	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
2243393--2243469	31	2.5	31	79	6	86	33	14	25	25	1.94
2247803--2247911	31	3.5	30	86	5	137	23	22	15	37	1.93
2250000--2250036	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2250497--2250573	31	2.5	31	79	6	86	33	14	25	25	1.94
2254608--2254761	77	2.0	78	83	11	201	39	9	5	45	1.60
2263810--2263847	18	2.2	17	86	9	51	55	13	15	15	1.70
2263938--2264017	31	2.6	31	93	0	133	50	12	11	26	1.74
2266143--2266183	12	3.3	12	83	16	57	36	0	0	63	0.95
2270283--2270321	18	2.2	18	100	0	78	51	17	25	5	1.66
2276558--2276593	8	4.5	8	86	13	56	77	2	19	0	0.88
2277384--2277603	120	1.8	119	79	12	254	31	26	20	21	1.98
2277602--2277798	106	1.9	106	87	4	290	33	25	18	22	1.96
2279582--2279625	21	2.2	19	84	15	54	31	0	2	65	1.05
2279754--2279801	21	2.2	22	79	20	57	31	4	0	64	1.12
2281871--2281909	2	19.0	2	94	5	69	48	0	2	48	1.15
2285268--2285295	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
2291085--2291118	17	2.0	17	100	0	68	17	41	23	17	1.90
2291127--2291201	29	2.5	30	89	2	107	33	5	18	42	1.73
2298278--2298318	12	3.3	12	93	6	73	17	43	24	14	1.86
2298326--2298393	29	2.3	29	82	5	84	32	5	19	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303740--2303787	24	2.0	24	91	0	78	41	12	18	27	1.86
2303797--2303906	28	3.8	29	76	12	111	39	0	3	57	1.16
2309065--2309122	30	1.9	31	89	3	91	67	3	1	27	1.17
2311596--2311717	52	2.3	53	84	9	144	45	5	26	22	1.74
2311621--2311820	53	3.7	53	79	10	203	43	4	26	26	1.72
2311868--2312164	100	2.9	99	81	7	312	32	2	29	35	1.71
2312564--2312639	31	2.5	31	84	0	107	43	9	6	40	1.63
2312660--2312729	20	3.3	20	67	20	52	42	2	7	47	1.45
2312783--2312841	11	5.4	11	78	8	57	42	1	5	50	1.34
2312800--2312904	13	7.5	13	73	14	86	39	4	8	47	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12