genome.fa.s8413.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008413.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111191_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3049--3102	9	5.6	9	81	14	54	18	27	24	29	1.98
3049--3087	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
3051--3147	19	5.1	19	74	16	60	15	26	26	30	1.96
3050--3147	28	3.4	29	79	10	103	16	26	26	30	1.97
3144--3221	5	14.8	5	77	15	77	19	51	23	6	1.69
3144--3226	22	3.9	22	93	6	152	19	48	24	8	1.76
3144--3223	42	1.9	42	100	0	160	18	50	23	7	1.73
18946--18985	20	2.0	20	100	0	80	65	0	25	10	1.24
19143--19244	36	2.9	36	95	1	179	27	3	38	30	1.75
23474--23513	20	2.0	20	100	0	80	65	0	25	10	1.24
23689--23774	11	7.2	12	72	22	58	30	2	37	30	1.70
23663--23774	36	3.1	36	96	1	199	29	2	35	32	1.72
25323--25355	16	2.1	16	94	0	57	36	18	3	42	1.66
30705--30737	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
36779--36829	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
37525--37555	16	1.9	16	93	0	53	77	0	22	0	0.77
40827--40877	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
42101--42168	28	2.4	28	85	0	91	8	17	13	60	1.58
44033--44069	15	2.4	16	86	8	51	51	0	29	18	1.47
44236--44321	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
44218--44322	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
44662--44712	19	2.6	20	84	3	59	47	5	15	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48256--48360	36	2.9	36	92	1	176	29	4	35	30	1.78
48700--48750	19	2.6	20	84	3	59	47	5	15	31	1.70
49725--49775	19	2.6	20	90	3	77	47	7	13	31	1.72
51757--51810	22	2.5	21	82	8	63	59	14	14	11	1.62
51763--51813	22	2.2	22	86	6	66	60	11	17	9	1.57
66208--66258	23	2.3	22	90	10	77	64	11	17	5	1.45
66210--66265	24	2.4	24	85	8	80	66	10	17	5	1.41
67394--67473	35	2.2	37	86	4	110	27	5	38	28	1.78
67812--67861	19	2.5	20	87	3	66	46	6	16	32	1.71
79579--79630	24	2.2	24	82	0	59	26	23	19	30	1.98
83966--83992	11	2.5	11	100	0	54	85	0	7	7	0.75
88684--88731	23	2.2	23	81	7	55	10	14	14	60	1.59
90186--90367	90	2.0	91	88	1	267	28	23	26	21	1.99
113459--113491	16	2.1	16	100	0	66	42	6	18	33	1.75
117637--117670	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
129894--129951	22	2.5	23	76	15	66	10	13	13	62	1.55
131034--131076	21	2.0	21	86	8	61	60	0	20	18	1.36
133493--133551	24	2.5	24	80	0	73	28	16	16	37	1.92
134478--134522	22	2.0	22	83	8	56	51	11	17	20	1.75
135238--135466	114	2.0	114	98	0	440	34	16	19	30	1.94
136846--136897	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
139832--139890	24	2.5	24	80	0	73	28	16	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141185--141220	18	2.0	18	88	0	54	0	22	5	72	1.05
141533--141573	22	1.9	21	90	5	64	26	2	36	34	1.70
144763--144813	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
148804--148854	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
157635--157679	24	2.0	22	82	8	54	33	15	15	35	1.89
165253--165304	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
169300--169348	19	2.6	18	87	6	71	42	10	12	34	1.76
175632--175676	21	2.2	20	84	4	54	0	11	13	75	1.05
175650--175702	10	5.1	10	74	17	54	0	7	9	83	0.83
175658--175693	13	2.7	13	95	4	63	0	11	8	80	0.90
179704--179772	23	3.0	23	100	0	138	34	30	8	26	1.86
180767--180793	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
195157--195261	49	2.3	45	84	12	126	33	1	12	52	1.50
206564--206606	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
210464--210506	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
219060--219084	13	1.9	13	100	0	50	32	0	36	32	1.58
219042--219142	36	2.8	36	90	1	150	31	2	33	31	1.73
223089--223173	13	7.2	11	74	22	75	30	1	35	32	1.66
223073--223157	11	7.2	12	70	26	65	30	2	35	31	1.71
223072--223172	36	2.8	36	90	1	150	30	1	34	32	1.69
224631--224684	23	2.3	24	87	3	83	62	11	16	9	1.52
224631--224690	24	2.6	23	81	7	77	63	10	18	8	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225899--225941	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
228996--229079	11	7.2	11	76	20	82	33	36	1	28	1.65
228996--229077	13	6.9	12	75	21	68	32	36	1	29	1.65
228994--229096	35	2.9	35	95	1	179	32	36	1	29	1.69
229237--229270	16	2.1	17	89	10	54	14	23	0	61	1.33
229477--229515	20	2.0	20	85	10	53	79	5	15	0	0.90
233465--233536	13	5.8	12	73	20	60	31	36	2	29	1.72
233453--233555	35	2.9	35	92	1	170	31	36	2	29	1.72
237505--237590	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
237487--237591	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
237930--237980	19	2.6	20	84	3	59	47	5	15	31	1.70
240922--240977	31	1.9	30	82	13	73	7	14	0	78	0.95
240922--240997	14	5.8	12	75	23	64	6	15	0	77	0.96
241249--241288	21	1.9	21	85	10	55	62	0	17	20	1.33
241677--241727	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
242368--242516	36	4.1	36	87	0	199	29	4	38	28	1.75
242411--242506	25	4.0	23	65	25	56	31	5	36	27	1.79
242903--242941	17	2.3	17	100	0	78	30	17	23	28	1.97
246333--246481	36	4.1	36	85	0	190	29	3	38	28	1.73
246387--246448	13	5.0	13	75	18	53	30	3	37	29	1.73
246346--246481	72	1.9	72	92	0	227	29	3	38	27	1.74
249561--249614	24	2.2	24	86	0	72	29	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250860--250940	18	4.3	18	73	10	56	4	13	3	77	1.06
250901--250941	18	2.3	18	88	12	59	0	14	4	80	0.87
255549--255598	19	2.6	20	84	6	59	44	6	14	36	1.69
260198--260252	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
264573--264618	16	2.9	16	78	15	51	6	13	2	78	1.04
264580--264610	11	2.7	11	95	5	53	6	9	0	83	0.79
264585--264640	21	2.9	18	78	17	60	8	12	1	76	1.08
274973--275017	8	5.5	8	87	12	65	0	20	2	77	0.87
274964--275020	16	3.6	16	86	13	73	0	19	3	77	0.92
294429--294467	17	2.3	17	82	8	53	0	15	2	82	0.79
294721--294778	20	2.8	20	89	7	82	68	1	17	12	1.28
294797--294837	22	1.9	21	85	5	55	26	4	36	31	1.78
296657--296736	35	2.2	37	88	4	119	30	38	3	27	1.74
301892--301971	35	2.2	37	88	4	119	30	38	3	27	1.74
307526--307576	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
309396--309507	36	3.1	35	91	3	179	30	38	3	27	1.74
309641--309670	15	1.9	16	93	6	53	16	26	0	56	1.40
312992--313103	36	3.1	35	88	3	170	29	38	4	27	1.76
313237--313266	15	1.9	16	93	6	53	16	26	0	56	1.40
313472--313518	25	2.0	24	84	16	62	74	8	17	0	1.05
314131--314171	20	2.1	20	86	4	57	46	7	9	36	1.65
315067--315126	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317854--317893	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
318306--318348	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
337743--337775	17	1.9	17	88	11	50	75	9	12	3	1.14
337820--337872	23	2.2	24	90	3	81	64	11	15	9	1.50
344044--344097	23	2.3	24	83	3	74	62	11	16	9	1.52
344044--344105	24	2.7	23	84	2	79	64	9	17	8	1.47
361493--361546	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
365080--365139	23	2.6	23	86	2	84	8	16	11	63	1.51
379221--379402	90	2.0	91	88	1	267	28	23	27	21	1.99
382502--382560	23	2.5	22	78	10	73	8	16	10	64	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10