genome.fa.s8413.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008413.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111191_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280088--2280134	15	3.1	15	87	9	60	0	17	0	82	0.66
2280083--2280123	17	2.5	17	88	7	59	0	19	0	80	0.71
2290751--2290792	18	2.4	17	84	11	50	69	4	0	26	1.08
2291484--2291528	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
2292954--2293063	3	36.7	3	86	0	157	65	0	1	32	1.03
2294163--2294197	18	1.9	18	100	0	70	17	22	11	48	1.79
2316396--2316496	41	2.5	41	95	0	175	19	18	24	36	1.95
2316421--2316493	20	3.6	20	75	3	74	16	20	23	39	1.92
2316400--2316473	21	3.6	21	72	3	78	21	18	27	32	1.97
2316509--2316594	20	4.3	20	75	8	86	19	17	19	43	1.89
2317124--2317210	41	2.1	42	87	6	124	39	22	20	17	1.92
2318556--2319100	159	3.4	157	86	2	732	28	17	5	47	1.70
2322859--2322898	21	2.0	21	90	5	64	37	10	32	20	1.85
2330392--2330423	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2335272--2335360	42	2.1	42	87	8	128	29	6	13	50	1.67
2336018--2336074	30	1.9	30	85	0	78	35	3	5	56	1.39
2338178--2338232	27	2.0	27	100	0	110	50	7	0	41	1.30
2338299--2338350	25	2.0	26	85	10	72	30	3	1	63	1.23
2340686--2340727	6	7.2	6	89	5	68	33	0	66	0	0.92
2340676--2340727	17	3.0	17	83	5	68	38	0	61	0	0.96
2344001--2344044	22	1.9	24	86	9	65	13	6	2	77	1.07
2347628--2347741	27	4.0	28	80	11	108	26	22	11	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347647--2347724	27	2.9	27	88	1	113	23	24	12	39	1.89
2353547--2353605	26	2.2	26	85	8	75	33	0	13	52	1.41
2357669--2357715	23	2.0	23	88	8	69	44	2	4	48	1.34
2359859--2359903	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2378659--2378691	13	2.3	15	90	10	52	45	3	9	42	1.51
2384404--2384517	59	1.9	59	82	7	142	35	2	27	34	1.71
2384885--2384915	16	1.9	16	93	0	53	48	19	6	25	1.72
2385372--2385424	24	2.2	24	90	3	81	47	18	22	11	1.81
2387362--2387804	223	2.0	223	86	2	613	32	13	13	41	1.83
2391433--2391477	21	2.1	21	87	0	63	17	22	17	42	1.89
2391479--2391565	20	4.3	20	92	0	138	40	19	20	19	1.92
2391479--2391585	40	2.7	40	88	2	144	39	20	20	19	1.93
2391554--2391660	20	5.3	20	95	0	178	30	26	19	23	1.98
2391534--2391660	60	2.1	60	86	2	175	32	25	19	22	1.97
2392497--2392543	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
2394988--2395074	40	2.2	40	87	4	122	39	20	20	19	1.93
2394988--2395076	20	4.4	20	84	2	108	38	21	21	19	1.94
2395048--2395127	33	2.4	33	89	2	115	41	20	25	13	1.88
2395116--2395165	20	2.5	20	80	3	57	20	20	20	40	1.92
2395122--2395200	20	4.3	20	67	25	57	15	20	18	45	1.85
2395306--2395342	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2396755--2396831	21	3.7	22	77	11	65	23	16	37	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396743--2396835	42	2.2	42	80	3	107	23	17	38	20	1.93
2397315--2397427	20	5.7	20	93	0	172	38	23	18	18	1.93
2397488--2397644	20	8.5	20	74	18	108	17	17	21	43	1.88
2397528--2397609	33	2.5	33	81	2	101	13	15	21	48	1.80
2399337--2399427	20	4.6	20	84	1	94	46	23	16	14	1.83
2399764--2399851	22	4.0	22	93	0	149	20	14	39	25	1.90
2400050--2400102	20	2.7	20	96	0	97	18	20	22	37	1.94
2400968--2401020	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2403230--2403268	21	2.0	20	85	10	53	28	17	5	48	1.68
2403565--2403630	18	3.7	18	83	0	78	42	13	15	28	1.85
2429542--2429578	14	2.6	15	83	8	51	40	0	0	59	0.97
2431038--2431202	60	2.8	60	78	1	179	39	7	21	32	1.81
2431043--2431221	60	3.0	60	75	8	177	38	7	22	31	1.82
2434262--2434330	21	3.3	21	70	0	66	27	33	17	21	1.96
2435775--2435857	39	2.1	39	86	0	112	48	15	4	31	1.66
2435996--2436056	19	3.3	19	90	2	88	36	16	3	44	1.64
2437412--2437507	2	52.0	2	67	15	55	48	0	0	51	1.00
2437421--2437504	44	1.9	44	95	0	150	48	0	0	51	1.00
2437579--2437634	29	1.9	29	96	0	103	17	26	16	39	1.91
2443471--2443563	10	9.0	10	70	15	55	49	1	4	45	1.29
2443455--2443563	31	3.5	30	78	14	98	50	0	4	44	1.29
2456879--2456926	23	2.0	25	88	8	73	47	4	6	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456895--2457159	71	3.7	71	80	7	222	44	4	11	39	1.60
2456961--2457159	38	5.4	39	76	12	168	45	3	10	40	1.56
2456894--2457159	39	7.4	37	73	16	186	44	4	11	39	1.60
2457031--2457181	39	3.8	39	84	9	175	43	4	10	41	1.60
2457186--2457243	2	30.0	2	75	25	54	43	0	5	51	1.24
2457187--2457291	5	20.2	5	73	20	56	37	0	8	54	1.31
2462308--2462449	21	6.6	21	81	4	124	22	15	24	37	1.93
2462364--2462474	23	5.0	23	82	6	138	18	18	27	36	1.94
2462335--2462471	43	3.1	44	79	10	147	20	16	27	35	1.94
2467188--2467226	18	2.2	18	85	0	51	35	2	0	61	1.10
2467567--2467633	33	2.0	33	88	0	98	32	17	13	35	1.89
2471113--2471143	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
2477105--2477135	15	2.1	15	93	0	53	74	3	9	12	1.19
2478702--2478773	20	3.6	20	98	0	135	27	16	27	27	1.97
2480752--2480801	20	2.5	20	86	0	73	36	12	14	38	1.83
2481050--2481118	20	3.5	20	76	7	61	33	14	23	28	1.94
2489186--2489263	28	2.8	29	77	9	90	42	5	17	34	1.72
2490089--2490153	31	2.1	32	82	2	78	24	3	32	40	1.71
2492500--2492541	22	1.9	22	85	9	59	26	2	2	69	1.13
2497329--2497391	32	2.0	32	87	0	90	33	17	17	31	1.93
2497342--2497434	32	2.9	32	79	6	98	34	12	18	34	1.89
2497395--2497455	32	1.9	32	82	0	77	39	11	16	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498127--2498220	27	3.5	27	100	0	188	26	19	18	36	1.94
2499741--2499862	60	2.0	61	81	7	142	28	22	5	43	1.76
2504920--2504967	19	2.5	19	86	6	62	39	2	4	54	1.32
2512084--2512172	46	1.9	47	81	2	108	29	15	19	35	1.93
2512891--2512986	29	3.2	29	66	18	79	21	17	18	41	1.90
2512841--2513048	61	3.4	61	91	0	326	21	19	17	42	1.89
2517604--2517645	22	2.0	21	86	13	61	42	23	4	28	1.74
2523183--2523263	31	2.6	31	88	1	110	33	12	27	27	1.92
2525404--2525469	31	2.1	31	91	0	105	34	10	28	25	1.89
2545508--2545534	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2547217--2547260	16	2.7	16	92	3	70	54	0	0	45	0.99
2557967--2558002	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
2561784--2561844	29	2.1	29	81	0	68	29	13	1	55	1.47
2565933--2565965	15	2.1	16	88	5	50	6	15	0	78	0.93
2566779--2566821	23	1.9	23	85	4	61	13	11	4	69	1.33
2569991--2570083	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2569991--2570083	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2570010--2570144	41	3.3	41	84	4	148	37	21	20	20	1.94
2570072--2570165	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
2570683--2570749	19	3.5	19	81	2	80	47	26	16	8	1.76
2570745--2570895	19	8.1	19	82	10	177	11	21	21	45	1.84
2570745--2570895	39	4.1	38	78	10	177	11	21	21	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574380--2574415	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2574600--2574725	33	3.8	32	85	8	182	15	21	19	42	1.88
2574600--2574724	66	1.9	66	96	0	232	16	21	20	42	1.89
2576995--2577019	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2577194--2577250	24	2.4	24	90	0	96	38	21	14	26	1.91
2577249--2577355	19	5.6	19	94	0	169	16	23	16	42	1.88
2579347--2579402	20	2.9	19	89	5	94	37	19	23	19	1.94
2579344--2579481	19	7.8	19	72	18	100	43	21	20	14	1.87
2579402--2579459	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2579386--2579475	32	2.8	33	94	3	164	46	23	18	11	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10