genome.fa.s8413.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008413.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111191_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579471--2579534	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
2579519--2579572	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
2579507--2579572	19	3.4	19	81	4	78	15	22	24	37	1.92
2580045--2580089	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
2581624--2581667	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2581835--2581948	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
2581878--2582010	41	3.2	41	82	6	128	20	19	21	38	1.94
2581937--2582012	21	3.7	21	76	3	91	15	23	18	42	1.89
2581963--2582029	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
2581937--2582029	41	2.3	41	98	0	177	17	23	18	40	1.90
2586283--2586324	18	2.3	19	88	12	61	11	16	0	71	1.14
2598488--2598512	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
2599773--2599799	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2603229--2603306	34	2.3	34	82	4	104	46	0	41	12	1.42
2603451--2603498	20	2.4	20	86	6	62	29	14	27	29	1.95
2605410--2605547	60	2.3	60	83	5	172	31	26	7	34	1.84
2605427--2605544	59	2.0	59	85	5	157	30	27	8	33	1.86
2605704--2605819	58	2.0	59	81	6	137	39	6	19	34	1.77
2615345--2615492	60	2.5	60	76	10	151	35	13	15	35	1.87
2615772--2615822	26	1.9	27	84	11	70	50	0	0	49	1.00
2615798--2615823	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2615771--2615828	26	2.2	26	79	11	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616419--2616457	16	2.4	16	95	0	69	25	5	17	51	1.66
2619865--2619920	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
2619868--2619918	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
2620317--2620371	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2620357--2620455	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2620450--2620489	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2623463--2623507	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2624449--2624490	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2625033--2625129	32	3.1	32	78	14	128	28	17	18	35	1.94
2625032--2625132	31	3.2	31	81	10	125	28	18	18	33	1.95
2625128--2625187	30	2.0	30	100	0	120	23	20	23	33	1.97
2627823--2627919	32	3.1	32	78	14	128	28	17	18	35	1.94
2627822--2627922	31	3.2	31	81	10	125	28	18	18	33	1.95
2627918--2627977	30	2.0	30	100	0	120	23	20	23	33	1.97
2631237--2631281	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2632223--2632248	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2632791--2632887	32	3.1	32	78	11	110	29	17	17	35	1.93
2632790--2632890	31	3.2	31	79	10	116	29	18	17	33	1.95
2632886--2632974	30	3.0	30	100	0	178	23	20	22	33	1.97
2635390--2635429	21	1.9	21	84	0	53	22	17	32	27	1.96
2641698--2641735	20	1.9	20	94	0	67	26	26	2	44	1.67
2643873--2643910	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2648516--2648549	14	2.4	14	100	0	68	14	11	14	58	1.63
2648853--2648892	10	4.0	10	83	0	53	10	12	20	57	1.63
2648854--2648896	20	2.1	21	91	4	70	11	13	16	58	1.64
2655642--2655671	15	2.1	15	93	6	53	16	6	13	63	1.50
2657930--2658162	27	8.4	27	88	5	295	33	31	24	9	1.88
2657930--2658162	84	2.8	84	87	1	337	33	31	24	9	1.88
2658706--2658764	22	2.7	23	82	10	70	57	1	1	38	1.19
2660022--2660105	41	2.0	41	100	0	168	9	36	0	53	1.34
2660547--2660584	20	1.9	20	88	0	58	36	10	13	39	1.79
2661304--2661342	15	2.7	14	84	7	51	48	23	0	28	1.51
2661446--2661502	23	2.5	24	82	5	64	28	26	24	21	1.99
2667096--2667172	32	2.4	32	80	0	109	53	0	0	46	1.00
2684527--2684593	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
2687419--2687492	34	2.2	33	78	7	76	14	14	21	48	1.80
2687445--2687500	10	6.2	10	74	19	52	16	10	17	55	1.69
2687452--2687499	24	2.0	24	95	0	87	14	8	18	58	1.61
2687435--2687503	34	2.0	34	91	0	111	15	11	17	55	1.70
2687454--2687513	24	2.5	24	86	5	77	16	10	15	58	1.63
2688590--2688624	10	3.5	10	96	0	61	17	8	11	62	1.52
2699520--2699607	42	2.1	42	82	4	106	21	31	12	34	1.91
2701856--2701967	60	1.9	59	85	5	154	32	14	4	49	1.63
2701856--2701999	59	2.4	60	79	10	145	31	16	4	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706096--2706137	3	14.7	3	90	9	70	64	0	0	35	0.94
2706070--2706137	14	4.9	14	80	7	68	61	2	1	33	1.20
2714989--2715016	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2715180--2715257	41	1.9	41	89	0	120	19	16	25	38	1.92
2715240--2715334	19	4.8	20	67	13	70	20	20	20	40	1.92
2715213--2715330	60	2.0	61	84	5	159	19	18	19	42	1.90
2716143--2716184	19	2.2	19	95	0	75	38	16	4	40	1.70
2716235--2716315	26	3.2	26	65	10	76	28	17	20	33	1.95
2716215--2716289	25	3.0	25	64	11	62	32	13	24	30	1.93
2716215--2716330	51	2.3	51	98	0	223	32	15	21	30	1.94
2716403--2716443	5	7.6	5	97	2	55	0	19	53	26	1.45
2717299--2717428	68	1.9	68	100	0	260	40	18	15	26	1.90
2718819--2718862	20	2.2	19	84	15	54	25	4	6	63	1.38
2722291--2722351	28	2.2	28	85	5	81	37	6	1	54	1.37
2722291--2722361	28	2.6	26	80	8	79	39	7	1	52	1.38
2722349--2722394	2	23.0	2	91	8	76	50	2	0	47	1.13
2722988--2723026	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2724272--2724324	3	17.0	3	81	18	56	3	30	0	66	1.10
2725066--2725100	18	2.0	17	88	5	52	68	0	28	2	1.04
2725975--2726042	3	23.0	3	96	3	129	66	0	33	0	0.92
2730156--2730226	35	2.2	33	85	10	92	19	18	19	42	1.90
2738232--2738279	21	2.3	21	92	0	78	43	12	16	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742884--2742930	21	2.2	21	100	0	94	42	8	19	29	1.80
2743980--2744037	23	2.5	23	100	0	116	39	0	10	50	1.37
2748805--2748856	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2748912--2749105	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2748908--2749105	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2748912--2749104	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2749486--2749556	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2749676--2749730	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2749676--2749746	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2749764--2749820	14	3.7	14	79	20	69	8	26	24	40	1.84
2749747--2749825	33	2.4	33	93	0	140	10	24	21	44	1.83
2749742--2749821	19	4.8	18	74	22	68	10	25	22	42	1.84
2751518--2751983	185	2.5	186	98	0	909	21	12	19	46	1.83
2751518--2751983	93	5.0	93	98	0	909	21	12	19	46	1.83
2752015--2752143	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2752051--2752143	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2752015--2752143	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2752139--2752259	19	6.6	19	80	10	135	11	19	23	45	1.83
2754178--2754213	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2754319--2754420	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
2754427--2754701	33	7.9	35	80	15	267	14	20	17	46	1.83
2754449--2754768	19	18.4	19	77	19	360	13	20	18	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754427--2754740	52	6.0	52	83	11	403	14	21	17	46	1.83
2754487--2754540	14	3.6	14	77	18	63	11	18	20	50	1.77
2754479--2754546	32	2.3	27	80	16	66	13	19	17	50	1.78
2754411--2754701	71	4.2	71	82	12	397	15	20	17	46	1.84
2757044--2757068	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2757240--2757286	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2757963--2758330	20	18.5	20	85	5	449	19	19	26	34	1.96
2759143--2759509	20	18.5	20	86	4	431	34	26	18	20	1.96
2760189--2760235	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2762710--2763019	19	18.1	18	78	18	335	45	17	21	14	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10