genome.fa.s8413.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008413.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111191_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772818

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947795--1947839	21	2.2	20	84	11	56	42	0	6	51	1.28
1950355--1950399	21	2.1	21	87	0	63	75	8	13	2	1.13
1953232--1953341	55	2.0	56	87	1	159	27	23	10	39	1.86
1953786--1953932	40	3.7	40	70	12	111	32	33	16	17	1.92
1953814--1953960	43	3.5	43	69	14	110	32	31	16	19	1.94
1953779--1953965	81	2.3	83	83	3	252	34	31	16	18	1.93
1955687--1955771	32	2.6	31	85	5	116	25	16	3	54	1.58
1956497--1956560	33	1.9	33	81	12	78	17	10	3	68	1.31
1957537--1957580	17	2.6	17	82	7	54	43	11	4	40	1.61
1962211--1962262	2	26.5	2	96	3	97	48	0	0	51	1.00
1962298--1962541	96	2.5	99	86	4	327	38	9	5	46	1.59
1962811--1962884	30	2.4	30	95	2	130	24	10	27	37	1.88
1968486--1968534	23	2.1	23	84	0	62	51	6	20	22	1.69
1971837--1971904	31	2.2	31	86	5	93	36	10	11	41	1.76
1972859--1972934	32	2.5	30	82	4	89	25	2	10	61	1.41
1972887--1972956	30	2.3	30	87	0	95	27	2	11	58	1.47
1974057--1974094	19	2.0	19	89	0	58	39	13	10	36	1.79
1974252--1974283	14	2.3	14	94	0	55	50	21	3	25	1.64
1974873--1974911	18	2.1	19	90	4	62	53	7	2	35	1.43
1987511--1987585	21	3.5	23	82	12	88	32	16	25	26	1.96
1988248--1988349	45	2.3	45	80	8	102	38	6	22	32	1.81
1992475--1992519	22	2.0	23	86	4	65	28	2	24	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1992959--1992990	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1994354--1994435	22	3.7	22	91	3	130	32	15	10	40	1.83
1994516--1994556	21	2.1	19	90	9	64	31	12	12	43	1.79
2000669--2000898	112	2.1	111	92	0	379	34	18	16	29	1.94
2003324--2003365	22	1.9	22	85	9	59	40	0	9	50	1.35
2006323--2006347	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2006443--2006508	24	2.8	24	75	17	66	15	6	1	77	1.04
2006467--2006522	27	2.0	27	86	10	76	10	10	0	78	0.96
2008621--2008651	15	2.0	16	93	6	55	16	12	32	38	1.86
2040741--2040800	12	5.0	12	81	0	57	16	13	18	51	1.76
2040741--2040798	24	2.4	24	82	0	71	15	13	18	51	1.76
2051682--2051727	24	1.9	24	86	0	65	39	0	0	60	0.97
2051697--2051737	15	2.8	15	82	17	59	46	0	0	53	1.00
2051810--2051852	22	2.0	21	81	4	50	58	6	2	32	1.38
2052965--2053052	42	2.1	42	86	0	122	47	22	9	20	1.78
2062423--2062523	30	3.1	30	67	20	85	12	14	21	50	1.77
2069052--2069084	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2084951--2085001	19	2.6	20	78	3	59	25	27	15	31	1.96
2087818--2087853	17	2.1	17	89	0	54	36	11	5	47	1.63
2088783--2088826	18	2.4	18	92	0	70	43	34	6	15	1.74
2093169--2093214	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2110449--2110481	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111974--2112018	22	2.1	21	84	12	56	40	4	2	53	1.33
2112302--2112359	29	2.0	30	93	3	100	58	3	8	29	1.44
2114432--2114499	32	2.1	32	100	0	136	33	11	11	42	1.78
2115745--2115819	25	3.2	24	63	14	57	21	16	33	29	1.95
2115735--2115860	47	2.8	45	84	10	154	23	17	32	26	1.96
2115798--2115898	39	2.5	40	82	10	109	22	17	35	23	1.95
2123984--2124046	30	2.1	30	84	0	81	31	6	20	41	1.77
2133379--2133409	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
2147365--2147438	38	1.9	38	91	0	121	28	10	18	41	1.84
2149326--2149416	31	2.9	31	85	6	123	34	19	18	27	1.96
2159674--2159718	24	1.9	22	86	13	63	35	4	0	60	1.17
2163513--2163555	20	2.2	20	84	15	56	32	0	0	67	0.91
2164104--2164155	25	2.2	23	82	6	59	53	5	3	36	1.43
2164972--2165005	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
2166657--2166699	19	2.2	20	83	4	52	62	4	2	30	1.28
2168157--2168210	23	2.5	22	88	8	83	7	12	0	79	0.92
2168165--2168210	16	2.8	16	83	3	56	4	15	0	80	0.86
2179846--2179882	15	2.4	16	86	4	58	75	5	2	16	1.10
2181522--2181564	19	2.2	20	83	4	52	62	4	2	30	1.28
2181674--2181703	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
2187512--2187547	3	12.0	3	93	0	63	63	0	36	0	0.94
2191423--2191497	3	24.3	3	78	10	71	38	0	61	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191428--2191482	16	3.5	17	90	9	82	36	0	63	0	0.95
2191431--2191816	6	64.3	6	75	13	181	55	1	41	1	1.17
2191481--2191816	3	111.7	3	74	7	270	57	1	38	1	1.18
2192055--2192470	3	139.0	3	78	9	368	57	0	40	1	1.14
2202946--2203014	29	2.4	29	87	0	93	34	7	24	33	1.83
2205057--2205229	34	4.9	34	78	15	176	43	5	6	43	1.55
2205098--2205122	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2205135--2205159	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2205032--2205227	108	1.8	105	85	5	277	45	6	6	41	1.55
2205057--2205246	71	2.7	74	84	9	231	42	5	7	44	1.56
2205057--2205276	71	3.1	70	79	12	175	44	5	7	43	1.55
2205313--2205342	3	9.7	3	92	7	51	30	0	0	70	0.88
2206309--2206340	13	2.5	13	100	0	64	40	12	46	0	1.42
2206652--2206726	27	2.8	25	73	15	62	22	5	0	72	1.05
2206652--2206726	26	2.8	26	75	15	73	22	5	0	72	1.05
2211801--2212691	85	10.8	83	79	6	900	29	26	20	23	1.99
2211792--2212594	165	4.8	165	92	2	1238	29	27	21	22	1.99
2211792--2212594	331	2.4	327	92	2	1282	29	27	21	22	1.99
2213435--2213459	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2213394--2213564	35	4.9	35	78	16	171	43	5	7	43	1.55
2213425--2213641	107	2.1	101	76	15	221	43	5	8	43	1.56
2214634--2214665	13	2.5	13	100	0	64	40	12	46	0	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215031--2215100	33	2.2	33	80	19	87	21	4	0	74	0.99
2215742--2216111	179	2.1	179	90	3	582	27	12	24	35	1.92
2216290--2216370	33	2.5	33	89	2	119	13	12	37	37	1.83
2215932--2216407	218	2.2	207	80	10	521	26	12	26	34	1.92
2218090--2218152	14	4.5	14	72	7	56	38	0	0	61	0.96
2218084--2218138	28	2.0	28	89	7	85	41	0	0	58	0.98
2218104--2218143	17	2.3	18	87	8	57	37	0	0	62	0.95
2218423--2218490	23	2.9	23	80	12	84	47	0	1	51	1.09
2218458--2218506	22	2.2	22	88	0	71	46	0	2	51	1.12
2218471--2218525	22	2.5	22	79	8	58	52	0	1	45	1.11
2224294--2224318	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
2237562--2237587	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2240422--2240632	106	2.0	105	95	0	377	20	29	20	28	1.98
2246857--2246912	18	3.1	19	77	15	64	42	0	0	57	0.99
2247000--2247043	22	2.0	22	81	4	52	11	9	27	52	1.67
2249723--2249749	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2274105--2274146	7	6.1	7	83	5	50	50	0	2	47	1.14
2274549--2274574	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2275360--2275404	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
2276830--2276926	3	32.7	3	87	2	142	64	0	2	32	1.05
2277217--2277480	113	2.3	114	94	1	451	30	20	12	36	1.90
2277387--2277553	73	2.3	73	98	0	325	34	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277460--2277892	113	3.8	113	99	0	857	30	19	12	37	1.89
2277273--2278078	186	4.1	186	75	14	873	30	19	12	37	1.89
2277799--2277965	73	2.3	73	98	0	325	34	17	12	35	1.87
2277217--2278260	412	2.5	412	97	0	1939	30	20	12	37	1.89
2277273--2278191	299	3.1	299	90	3	1338	30	19	12	37	1.89
2277872--2278229	113	3.2	113	100	0	716	29	20	12	38	1.89
2278842--2279153	84	3.7	84	98	0	590	36	22	14	26	1.93
2280083--2280128	15	2.9	16	87	6	58	0	21	0	78	0.76
2280088--2280134	14	3.5	14	85	5	62	0	17	0	82	0.66
2280083--2280137	25	2.1	25	90	6	83	0	20	0	80	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10