genome.fa.s8495.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008495.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5120959

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8984--9014	15	2.0	16	93	6	55	25	19	25	29	1.99
9345--9936	134	4.4	134	84	1	758	32	19	17	30	1.95
10481--10781	45	6.7	45	74	4	196	42	18	15	23	1.89
10753--10841	36	2.4	38	86	5	137	40	14	15	29	1.87
11949--12050	42	2.4	43	85	5	125	31	22	13	32	1.93
18536--18787	20	10.9	25	67	27	157	21	23	9	45	1.81
18463--18797	46	7.3	46	90	1	492	21	23	9	45	1.81
19393--19439	20	2.3	20	88	0	76	25	12	17	44	1.84
24390--24426	16	2.3	16	95	0	65	24	37	10	27	1.88
25479--25682	46	4.5	46	90	2	304	22	23	10	44	1.84
25447--25649	26	8.6	25	68	17	130	22	23	11	43	1.85
25597--25669	20	3.4	19	72	20	56	20	26	10	42	1.85
26102--26179	22	3.6	22	72	19	74	26	19	14	39	1.89
27865--27971	44	2.4	44	87	6	144	34	22	5	37	1.78
28048--28209	40	4.1	40	97	0	288	35	26	16	22	1.94
28451--28499	22	2.1	24	82	14	59	26	14	10	48	1.75
31940--32025	44	2.0	44	88	4	129	31	23	6	38	1.81
32105--32265	40	4.0	40	91	3	261	32	24	16	26	1.96
34360--34395	15	2.4	15	85	0	54	33	33	5	27	1.80
37968--38023	29	1.9	29	81	0	67	39	7	1	51	1.40
39936--39987	14	3.8	13	82	10	59	25	21	19	34	1.96
42917--42972	27	2.1	27	93	0	94	44	21	12	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43626--43662	18	2.0	19	94	5	67	35	21	0	43	1.53
45780--46174	54	7.3	54	84	2	463	31	13	17	36	1.89
45780--46123	108	3.2	108	91	2	530	32	13	17	36	1.88
49497--49769	60	4.6	60	83	5	306	30	22	11	35	1.90
49559--49795	118	2.0	117	87	4	343	29	23	11	35	1.90
50195--50254	21	2.8	22	87	5	79	28	18	16	36	1.93
51049--51085	17	2.2	17	90	4	58	35	13	40	10	1.80
53610--53744	68	2.0	67	86	4	191	44	6	7	41	1.59
53640--53732	33	2.7	36	77	14	97	46	5	7	40	1.55
55173--55223	21	2.5	20	76	17	59	35	17	21	25	1.95
55250--55324	21	3.6	21	82	5	82	29	29	13	28	1.94
55313--55432	35	3.1	41	80	12	146	33	20	14	32	1.92
58423--58542	59	2.0	60	80	7	138	49	10	5	35	1.60
58358--58674	57	5.5	55	73	15	207	43	12	6	37	1.70
58550--58735	58	3.2	57	79	9	164	40	13	9	36	1.77
62554--62598	3	14.7	3	95	4	81	33	0	0	66	0.92
67361--67484	64	1.9	64	87	6	180	32	18	20	28	1.97
68487--68647	20	8.2	20	84	7	170	31	18	18	32	1.94
68497--68667	40	4.3	40	78	9	165	30	16	18	33	1.93
68487--68667	60	3.1	58	78	10	188	32	17	17	33	1.93
68518--68667	20	7.7	19	85	7	94	31	15	18	34	1.92
68620--68667	19	2.5	19	93	3	78	35	10	14	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68620--68675	19	2.9	18	87	10	67	30	12	17	39	1.87
68761--68874	36	2.8	39	79	17	119	35	21	19	23	1.95
68760--68874	42	2.9	42	80	17	154	35	20	19	24	1.95
69105--69146	18	2.3	18	88	8	59	42	0	2	54	1.13
69106--69157	15	3.4	16	79	10	56	40	1	1	55	1.22
70426--70466	19	2.2	19	86	8	57	34	2	4	58	1.32
72240--72322	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
75850--75892	12	3.5	12	93	3	68	9	23	11	55	1.64
77000--77082	29	2.8	29	88	1	121	43	10	13	32	1.78
78165--78263	11	8.7	11	74	10	74	24	3	1	71	1.06
78251--78302	21	2.5	21	100	0	104	23	11	0	65	1.25
78209--78284	31	2.4	30	80	8	80	23	6	0	69	1.11
78165--78263	5	18.6	5	75	13	65	24	3	1	71	1.06
78969--79012	17	2.9	14	75	18	52	52	29	13	4	1.60
97221--97251	13	2.4	13	100	0	62	19	19	6	54	1.65
107023--107059	14	2.6	14	86	0	56	29	10	16	43	1.82
121189--121544	178	2.0	178	98	0	685	42	14	10	32	1.79
122953--123035	20	4.1	20	83	10	107	13	28	38	19	1.89
126234--126354	20	6.1	20	86	5	174	14	28	37	20	1.91
126234--126354	40	3.0	40	91	3	192	14	28	37	20	1.91
127964--128436	134	3.5	133	81	4	531	28	16	23	32	1.96
129663--129706	18	2.3	19	85	14	56	4	15	0	79	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129691--129740	19	2.7	18	81	9	55	10	18	0	72	1.12
134552--134576	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
135515--135632	59	2.0	59	90	3	184	22	28	11	36	1.90
136374--136413	17	2.4	16	84	12	53	52	0	2	45	1.14
136430--136467	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
137767--138026	106	2.4	107	82	5	303	22	17	24	36	1.95
138340--138532	67	2.8	67	85	3	251	37	12	21	28	1.90
138487--138600	33	3.5	33	90	4	169	33	10	19	36	1.86
138641--138995	36	10.4	36	71	18	169	39	11	18	30	1.86
138769--138827	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
138913--138995	37	2.3	36	83	6	98	39	12	20	27	1.88
138782--139061	100	2.8	101	91	2	438	37	12	18	31	1.88
138948--139127	66	2.8	65	87	5	258	36	12	19	32	1.89
138848--139212	166	2.2	166	91	2	581	37	12	18	31	1.88
139077--139149	37	2.0	37	91	0	119	39	13	20	26	1.90
139013--139252	102	2.3	105	88	3	344	37	13	18	30	1.89
140449--140798	183	1.9	183	95	0	637	29	22	20	27	1.98
145006--145053	2	25.5	2	83	12	66	54	0	0	45	0.99
145069--145106	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
148775--148808	11	3.1	11	82	0	50	38	8	26	26	1.85
149637--150002	131	2.8	131	84	2	414	40	16	10	32	1.82
151429--151456	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152021--152089	15	4.3	17	74	20	60	49	1	1	47	1.19
153189--153319	9	14.6	9	76	11	117	83	0	5	9	0.82
153190--153319	26	4.9	26	77	11	102	83	0	5	10	0.83
153190--153319	36	3.7	36	83	6	149	83	0	5	10	0.83
153247--153339	24	4.0	23	77	16	93	86	0	3	10	0.69
153246--153319	1	74.0	1	78	0	76	89	0	0	10	0.49
157054--157164	54	2.0	54	82	5	134	37	21	13	27	1.91
157076--157191	54	2.1	55	89	6	175	37	22	11	29	1.89
160551--160575	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
160953--161130	89	2.0	89	97	0	338	37	17	8	35	1.81
162397--162508	45	2.5	45	92	1	181	23	23	15	38	1.92
162840--162955	54	2.1	55	87	6	166	35	21	12	30	1.91
163284--163336	22	2.5	20	80	11	61	26	30	15	28	1.96
164032--164060	12	2.4	12	100	0	58	20	37	0	41	1.53
166966--167003	20	1.9	20	88	0	58	42	5	2	50	1.39
172889--172992	52	2.0	52	100	0	208	26	19	15	38	1.91
172893--172977	25	3.2	28	63	13	79	27	20	16	36	1.93
178189--178239	20	2.5	20	90	6	77	47	13	17	21	1.82
183620--183738	21	5.7	21	81	9	136	20	19	27	32	1.96
183620--183738	41	2.9	42	82	7	136	20	19	27	32	1.96
184939--184964	12	2.2	12	100	0	52	19	7	23	50	1.73
186856--186909	20	2.7	19	88	5	72	35	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187721--187797	21	3.6	21	75	13	75	20	12	27	38	1.89
191270--191335	21	3.2	21	70	20	57	27	18	18	36	1.94
191325--191369	15	3.1	15	90	3	65	28	17	26	26	1.98
192865--192917	16	3.3	16	77	15	56	16	0	30	52	1.44
192873--192917	16	2.7	18	80	16	60	15	0	31	53	1.43
193185--193521	169	2.0	175	87	8	496	42	3	10	44	1.55
194342--194439	44	2.2	44	88	0	142	30	24	16	28	1.96
195517--195934	108	3.8	110	71	11	368	32	15	13	37	1.87
195546--196024	226	2.1	226	88	2	728	31	16	14	37	1.88
207669--207787	60	2.0	60	83	9	154	37	1	23	36	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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