genome.fa.s8495.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008495.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5120959

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086015--2086227	75	2.9	71	80	9	214	56	11	1	29	1.45
2086565--2087051	243	2.0	244	98	1	951	41	19	13	25	1.88
2088111--2088185	30	2.5	30	86	0	105	17	21	17	44	1.87
2088214--2088279	27	2.3	29	89	5	100	24	24	10	40	1.86
2088302--2088390	5	18.2	5	70	10	51	70	1	5	22	1.14
2090416--2090649	116	2.0	116	100	0	468	39	19	11	28	1.87
2094600--2094824	73	3.1	72	81	8	258	57	10	0	30	1.39
2095744--2095951	3	67.7	3	86	8	208	29	0	61	8	1.28
2098521--2098577	24	2.4	23	88	2	78	12	10	21	56	1.65
2104709--2104748	21	1.9	21	89	0	62	25	37	25	12	1.91
2109091--2109127	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2111987--2112025	19	2.1	19	90	9	62	64	0	2	33	1.08
2116558--2116646	32	2.9	30	85	12	110	34	20	19	25	1.96
2131656--2131732	32	2.4	32	80	4	75	23	15	19	41	1.89
2131684--2131750	32	2.1	32	86	5	91	22	14	20	41	1.89
2132158--2132212	21	2.5	22	85	2	67	16	5	16	61	1.51
2133109--2133422	157	2.0	157	94	0	547	33	12	17	35	1.88
2135650--2135698	23	2.1	23	88	0	71	38	8	18	34	1.80
2135737--2135798	23	2.7	23	100	0	124	32	9	22	35	1.87
2135613--2135778	87	1.9	87	96	0	305	41	12	14	31	1.82
2135839--2136322	200	2.4	197	85	6	618	32	15	12	39	1.85
2136159--2136494	177	1.9	178	82	1	424	33	12	12	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140602--2141960	200	6.8	199	85	3	1564	32	15	13	38	1.87
2145014--2146168	400	2.9	394	85	6	1473	32	16	14	37	1.89
2145042--2146168	198	5.7	197	84	6	1374	31	16	14	37	1.89
2146502--2146542	19	2.2	19	95	0	73	53	9	2	34	1.47
2150342--2151015	182	3.7	181	86	3	858	28	15	14	41	1.87
2153395--2153445	27	1.9	26	84	11	68	50	1	21	25	1.59
2164475--2164528	21	2.6	21	93	0	90	27	16	24	31	1.96
2172558--2172599	21	2.0	21	85	0	57	23	28	21	26	1.99
2173168--2173246	23	3.4	23	68	22	65	29	24	27	18	1.98
2174467--2174493	9	3.0	9	100	0	54	55	0	33	11	1.35
2179360--2179471	57	2.0	57	98	0	215	28	16	21	33	1.95
2181121--2181147	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
2181090--2181157	15	4.5	15	72	9	66	2	14	32	50	1.58
2184412--2184479	33	2.0	34	94	2	120	26	16	16	41	1.88
2184748--2184785	16	2.4	16	100	0	76	36	0	26	36	1.57
2186121--2186456	45	7.5	45	86	0	474	39	17	18	24	1.91
2192153--2192485	45	7.4	45	92	0	549	37	16	22	23	1.93
2196190--2196265	38	2.0	37	97	2	143	13	26	31	28	1.93
2199668--2200105	227	2.0	217	88	6	646	45	7	7	39	1.62
2200168--2200214	20	2.3	21	85	3	69	57	8	17	17	1.63
2200333--2200379	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
2200337--2200384	20	2.6	18	84	15	62	56	10	14	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202541--2202605	21	3.1	21	78	8	62	40	15	29	15	1.88
2204447--2204491	17	2.5	18	92	7	74	26	2	11	60	1.42
2204612--2205469	196	4.4	196	94	5	1486	36	17	15	30	1.91
2205511--2205585	3	25.0	3	79	0	78	34	5	34	25	1.79
2206768--2207439	180	3.8	178	91	5	1069	36	14	15	33	1.89
2210553--2210616	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2210553--2210625	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2210985--2211040	23	2.5	23	85	2	78	35	7	21	35	1.81
2210999--2211049	23	2.2	23	89	6	77	35	1	19	43	1.63
2211313--2211362	25	2.0	24	88	3	73	34	8	18	40	1.79
2211609--2211645	18	2.1	18	94	0	65	35	5	8	51	1.55
2211900--2212024	39	3.2	39	93	2	216	48	20	13	17	1.80
2211904--2212021	38	3.1	38	92	2	200	49	19	14	16	1.80
2212419--2212482	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2212419--2212491	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2213275--2213971	346	2.0	338	95	2	1252	43	7	6	43	1.57
2230157--2230220	31	2.1	31	100	0	128	25	7	23	43	1.80
2235050--2235165	42	2.7	43	85	4	146	37	17	22	23	1.94
2234990--2235181	43	4.5	43	76	2	179	34	16	21	27	1.95
2236321--2236437	43	2.6	45	75	5	112	34	14	22	29	1.93
2243573--2243764	83	2.3	83	83	1	224	33	16	18	30	1.94
2248730--2248758	13	2.2	13	100	0	58	34	0	6	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251759--2251835	27	2.9	26	73	17	70	41	1	1	55	1.16
2251890--2251962	22	3.4	22	77	11	71	50	0	0	49	1.00
2251896--2251939	19	2.2	20	92	4	72	54	0	0	45	0.99
2251896--2251952	19	3.0	20	82	10	66	50	0	0	49	1.00
2252051--2252145	9	11.4	9	66	29	52	47	1	0	51	1.07
2252039--2252108	22	3.5	19	70	14	59	48	1	0	50	1.09
2252002--2252081	32	2.5	32	76	12	74	52	0	2	45	1.14
2252059--2252109	26	1.9	27	84	4	68	47	1	0	50	1.12
2252049--2252167	42	2.8	42	86	10	172	49	1	0	48	1.11
2252147--2252198	11	4.0	13	74	18	54	63	0	0	36	0.95
2252324--2252362	18	2.2	17	86	4	51	51	2	0	46	1.14
2256554--2256614	24	2.5	24	78	0	68	42	18	21	18	1.89
2256594--2256683	24	3.7	24	65	8	65	40	20	21	18	1.92
2258833--2258888	24	2.4	24	96	3	105	41	16	7	35	1.75
2264687--2264779	44	2.2	43	88	3	134	37	9	13	38	1.78
2267912--2268377	235	2.0	234	96	1	862	34	14	14	36	1.86
2268881--2268914	17	2.0	17	88	0	50	20	14	8	55	1.65
2269228--2269264	19	1.9	19	89	10	58	59	8	2	29	1.40
2269168--2269862	346	2.0	346	96	0	1273	41	17	9	31	1.81
2271031--2271381	193	1.8	189	91	2	576	37	21	7	33	1.82
2273461--2273492	14	2.3	14	94	0	55	53	25	0	21	1.46
2273605--2273648	10	4.3	10	81	16	54	2	29	0	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273602--2273640	7	5.6	7	100	0	78	0	28	0	71	0.86
2276973--2277104	16	8.2	16	64	11	54	44	28	13	13	1.82
2277034--2277104	32	2.2	33	84	2	99	38	30	14	16	1.89
2277635--2277729	32	3.0	31	77	10	102	36	28	12	22	1.90
2279020--2279066	20	2.3	20	92	0	76	36	19	14	29	1.92
2282243--2282310	20	3.5	19	71	16	50	39	10	16	33	1.82
2282352--2282389	20	1.9	20	88	0	58	31	21	21	26	1.98
2285566--2285636	31	2.3	31	100	0	142	60	0	30	8	1.26
2289465--2289526	32	1.9	32	83	0	79	27	11	16	45	1.81
2293957--2293982	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
2294447--2294504	23	2.5	23	85	2	80	32	22	24	20	1.98
2294501--2294551	23	2.2	23	86	6	68	31	21	27	19	1.97
2294669--2294721	15	3.5	15	78	0	61	41	18	5	33	1.74
2301275--2301321	24	2.0	24	91	0	76	34	19	21	25	1.96
2301328--2301396	23	3.0	23	76	0	75	31	21	24	21	1.98
2303017--2303172	82	1.9	82	83	1	204	28	19	19	32	1.96
2303172--2303780	83	7.3	83	83	1	700	28	19	18	32	1.96
2310245--2310309	23	2.6	25	75	18	64	43	1	0	55	1.09
2316507--2316624	54	2.2	54	83	3	139	32	18	15	33	1.92
2317924--2317957	17	2.1	16	88	5	50	11	11	17	58	1.62
2318471--2318518	8	5.9	8	78	11	53	83	2	12	2	0.83
2318479--2318519	15	3.1	13	83	16	57	82	2	12	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320108--2320159	17	3.1	17	78	15	63	42	13	7	36	1.73
2323433--2323514	37	2.1	37	86	6	110	56	6	4	32	1.45
2323457--2323581	8	15.8	8	71	16	64	56	8	1	32	1.40
2323433--2323916	42	12.2	39	68	22	194	53	6	3	36	1.44
2323434--2323564	15	8.3	15	66	19	61	55	7	3	33	1.44
2323562--2323697	50	2.4	54	82	17	163	51	3	5	39	1.42
2323453--2323916	22	20.1	23	68	19	161	53	6	3	36	1.44
2323667--2324071	15	26.5	15	67	20	130	53	7	3	35	1.48
2323775--2323852	11	6.7	11	70	29	56	57	7	1	33	1.35
2323672--2323870	105	1.9	104	93	3	346	55	6	3	35	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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