genome.fa.s8495.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008495.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5120959

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590195--2590232	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
2590200--2590358	63	2.5	62	85	4	194	32	19	21	26	1.97
2590813--2591116	149	2.0	149	98	0	590	27	15	21	35	1.93
2597175--2597212	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
2597180--2597338	63	2.5	62	83	4	185	32	18	22	27	1.97
2597794--2598097	149	2.0	149	99	0	599	27	15	21	35	1.94
2598075--2598120	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
2598753--2598897	32	4.5	31	75	11	98	78	1	16	3	0.96
2598767--2598929	22	7.4	21	73	23	104	78	0	18	2	0.90
2598763--2598930	29	5.8	28	71	16	121	79	0	17	2	0.88
2598763--2598930	40	4.1	40	75	15	121	79	0	17	2	0.88
2598764--2598927	25	6.9	22	68	19	89	78	0	18	2	0.90
2598791--2598930	45	3.1	45	80	11	137	79	0	19	1	0.81
2598769--2598930	68	2.4	65	82	11	188	79	0	17	2	0.89
2598763--2598928	15	12.4	14	70	23	92	78	0	18	2	0.89
2598792--2598930	60	2.5	57	82	15	157	79	0	19	1	0.81
2598794--2598928	8	17.6	8	71	19	92	78	0	20	1	0.83
2601727--2602370	322	2.0	322	95	0	1146	30	19	15	34	1.93
2602049--2607036	812	6.2	811	89	2	7388	35	17	16	31	1.92
2610629--2610689	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
2610846--2610888	13	3.4	12	87	9	59	39	23	13	23	1.90
2611767--2612954	599	2.0	588	87	3	1713	36	18	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613808--2613847	18	2.2	18	100	0	80	65	10	15	10	1.48
2613984--2615174	600	2.0	599	88	3	1795	35	18	17	28	1.93
2616043--2616082	16	2.5	16	100	0	80	65	10	12	12	1.49
2614584--2620420	803	7.2	807	86	4	7784	35	17	16	31	1.92
2620444--2620547	3	34.7	3	94	0	181	34	1	0	63	1.06
2622670--2622715	24	2.0	23	86	4	65	36	2	2	58	1.22
2633278--2633353	1	76.0	1	73	0	53	85	0	14	0	0.60
2633279--2633339	9	6.7	9	81	10	79	86	0	13	0	0.56
2633275--2633353	8	10.0	8	82	10	92	84	0	15	0	0.61
2633279--2633352	38	2.0	38	89	7	116	85	0	14	0	0.61
2633682--2633727	19	2.6	18	83	10	60	32	6	8	52	1.58
2634404--2634687	83	3.4	83	95	0	507	27	12	22	36	1.91
2635375--2635691	113	2.8	113	93	0	519	38	13	18	29	1.89
2636010--2636107	3	32.7	3	93	0	169	34	2	0	63	1.06
2638062--2647121	811	11.2	808	78	8	8821	34	18	17	30	1.93
2648292--2650153	813	2.3	797	84	4	2371	36	16	16	30	1.91
2655569--2659925	801	5.4	804	87	3	6071	35	17	15	31	1.91
2664707--2666814	799	2.6	798	83	5	2578	36	17	16	30	1.92
2668441--2668486	24	1.9	24	95	0	83	36	13	13	36	1.83
2669243--2669314	23	3.1	23	89	0	108	40	23	13	22	1.90
2687429--2700893	802	16.6	802	77	10	10456	35	17	16	30	1.92
2692446--2700906	811	10.6	810	86	4	11346	35	17	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702846--2704314	751	2.0	753	85	2	2013	35	18	15	30	1.92
2706217--2708595	799	3.0	799	86	2	3412	35	16	16	31	1.91
2708633--2715529	812	8.6	808	85	3	8703	35	17	16	30	1.92
2715143--2715902	385	2.0	384	87	4	1104	31	18	16	33	1.93
2716977--2717011	17	1.9	19	88	11	56	40	5	8	45	1.58
2717956--2720311	797	2.9	803	84	4	3063	35	17	16	30	1.92
2720137--2720479	175	2.0	176	88	5	525	35	20	17	25	1.95
2719371--2721236	966	1.9	974	88	2	2835	35	17	16	29	1.92
2723029--2724806	791	2.2	800	84	5	2258	36	16	16	31	1.90
2724816--2727612	771	3.6	774	81	8	3081	35	17	16	30	1.93
2727609--2729972	803	2.9	800	86	3	3090	35	17	16	30	1.92
2733057--2739371	808	7.8	810	85	4	8539	35	17	16	30	1.92
2739379--2741730	808	2.9	811	85	3	3118	36	16	16	30	1.91
2741738--2744853	810	3.9	810	85	3	4033	35	16	16	30	1.91
2745377--2749872	810	5.6	810	85	3	5715	35	16	16	30	1.92
2749879--2752132	809	2.8	810	89	2	3344	35	16	16	31	1.91
2760479--2760536	24	2.5	22	79	17	64	70	8	12	8	1.33
2765658--2765814	17	9.1	17	77	8	120	38	9	15	36	1.80
2765668--2765710	18	2.5	17	85	11	52	37	11	11	39	1.78
2766556--2766585	14	2.1	14	93	0	51	50	6	10	33	1.62
2767879--2768051	17	10.1	17	83	6	197	37	7	17	37	1.78
2768043--2768088	17	2.7	17	79	0	56	43	13	15	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769128--2769179	27	1.9	27	92	0	86	55	7	15	21	1.64
2771636--2771674	16	2.4	16	100	0	78	20	12	25	41	1.88
2771795--2771838	17	2.6	17	85	0	52	29	20	9	40	1.83
2771936--2772014	17	4.6	17	85	0	113	43	3	18	34	1.69
2771936--2772014	34	2.3	34	95	0	140	43	3	18	34	1.69
2781619--2781665	11	4.3	11	78	7	51	78	6	2	12	1.02
2783641--2783680	18	2.2	18	100	0	80	30	37	0	32	1.58
2786874--2786917	19	2.4	18	88	3	61	75	0	4	20	0.98
2787546--2787608	19	3.2	19	75	4	54	57	11	0	31	1.34
2791191--2791235	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2792190--2792237	25	2.0	25	84	15	66	31	33	0	35	1.58
2792272--2792312	20	2.0	20	85	0	55	29	24	0	46	1.53
2794259--2794388	52	2.5	52	93	0	215	44	20	10	25	1.82
2797321--2797353	16	2.0	17	88	5	50	51	12	3	33	1.54
2807435--2807496	13	5.2	13	75	18	71	17	20	45	16	1.86
2807454--2807494	21	2.0	21	100	0	82	21	24	39	14	1.91
2807497--2807542	19	2.4	19	85	0	65	19	26	28	26	1.99
2808481--2808523	13	3.3	13	76	0	50	20	23	37	18	1.94
2810360--2810422	33	1.9	33	93	0	108	36	9	12	41	1.76
2812119--2812164	21	2.2	21	88	0	65	30	4	17	47	1.67
2815674--2815723	22	2.2	22	85	3	64	48	14	2	36	1.55
2819577--2819614	13	2.7	14	84	12	51	50	5	7	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831715--2831842	64	2.0	64	92	0	211	31	13	18	36	1.89
2836968--2837011	16	2.8	16	96	0	79	31	6	31	29	1.84
2841534--2841567	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2843372--2843456	3	29.0	3	77	11	79	64	1	0	34	1.01
2843372--2843424	11	5.0	11	77	15	58	64	0	0	35	0.94
2843372--2843455	42	2.0	42	88	4	125	64	1	0	34	1.02
2843982--2844198	112	1.9	112	90	3	348	26	18	17	37	1.93
2844485--2844548	22	2.9	22	83	0	83	35	14	14	35	1.86
2845650--2845827	74	2.4	75	87	1	250	26	21	17	33	1.96
2847125--2847450	161	2.0	163	98	1	629	30	19	19	30	1.96
2853924--2853977	3	18.0	3	84	7	74	62	0	1	35	1.06
2853925--2853977	23	2.4	21	87	9	70	64	0	1	33	1.05
2853925--2853970	23	2.0	24	95	4	85	65	0	0	34	0.93
2853924--2853993	33	2.2	32	82	12	90	65	2	1	30	1.15
2857205--2857253	20	2.4	21	93	3	82	16	10	30	42	1.81
2869055--2869110	25	2.3	24	85	11	78	48	8	23	19	1.77
2869065--2869112	25	1.9	25	95	0	87	47	8	22	20	1.77
2870105--2870155	25	2.0	26	88	3	77	33	25	15	25	1.95
2876143--2876186	20	2.3	18	81	14	52	50	13	9	27	1.72
2876958--2876994	15	2.5	15	90	0	65	43	21	13	21	1.87
2877741--2878221	55	8.9	54	88	3	646	27	21	19	31	1.97
2877747--2878221	109	4.4	109	88	3	683	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2877739--2878221	164	3.0	164	89	2	706	27	21	19	31	1.97
2878221--2878305	36	2.3	37	88	6	120	20	18	16	44	1.87
2879583--2879688	9	12.4	9	78	15	59	7	16	0	76	1.00
2879588--2879674	9	10.5	8	79	18	63	9	14	0	75	1.03
2879594--2879640	17	2.8	18	78	12	55	12	14	0	72	1.13
2879628--2879664	10	3.6	10	92	3	56	0	8	0	91	0.41
2879628--2879662	14	2.4	14	95	4	61	0	8	0	91	0.42
2879570--2879694	8	14.9	8	79	12	65	8	15	0	76	1.00
2886880--2886914	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2897087--2897128	22	2.0	21	90	4	66	40	30	2	26	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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