genome.fa.s8495.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008495.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5120959

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323909--2323983	14	5.4	14	78	9	64	44	9	6	40	1.63
2324024--2324149	8	16.0	8	71	14	50	57	7	3	30	1.43
2323838--2324050	95	2.3	92	81	5	248	50	7	4	37	1.51
2324061--2324179	25	5.7	22	69	23	80	57	5	1	34	1.33
2324091--2324149	23	2.4	23	83	8	64	55	8	1	33	1.40
2324061--2324195	28	5.1	26	69	22	70	57	5	2	34	1.33
2324250--2324292	21	2.0	21	86	8	61	53	6	2	37	1.41
2324540--2324596	28	2.0	28	100	0	114	24	33	7	35	1.82
2324797--2325278	163	3.0	162	89	1	696	28	34	4	33	1.76
2325628--2325656	12	2.3	13	94	5	51	0	3	13	82	0.79
2326333--2326405	25	2.9	25	82	10	69	13	2	5	78	1.04
2326347--2326406	24	2.5	22	80	20	59	10	3	6	80	1.01
2326689--2326731	5	7.8	5	80	19	50	18	0	4	76	0.95
2326689--2326731	17	2.5	17	92	0	68	18	0	4	76	0.95
2326743--2326804	27	2.3	27	82	2	79	20	8	12	58	1.60
2326825--2326859	18	1.9	18	88	0	52	11	8	8	71	1.31
2326862--2326905	15	2.9	15	89	0	70	25	11	22	40	1.87
2330158--2330191	16	2.1	16	94	0	59	47	14	14	23	1.82
2330242--2330272	16	1.9	16	93	0	53	35	12	22	29	1.91
2331860--2331912	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
2331912--2331951	2	20.5	2	94	5	73	50	0	50	0	1.00
2332429--2332527	49	2.0	49	96	0	180	31	15	24	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333781--2333866	43	2.0	43	100	0	172	39	9	20	30	1.84
2353527--2353602	15	4.9	15	75	16	75	81	6	9	2	0.95
2353530--2353602	16	4.7	16	79	16	73	82	5	9	2	0.93
2353530--2353613	23	3.7	23	76	10	75	79	5	11	2	1.00
2355153--2356228	106	10.2	106	91	0	1625	34	24	18	22	1.96
2358073--2358110	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2358179--2358239	24	2.3	27	83	13	74	11	14	1	72	1.20
2364385--2364476	31	3.0	29	78	10	94	22	36	11	28	1.90
2364406--2364476	29	2.4	30	85	4	90	21	38	9	30	1.86
2366099--2366135	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2366282--2366345	33	1.9	34	84	9	87	45	4	0	50	1.22
2366566--2366629	20	3.2	20	78	12	85	31	28	17	23	1.97
2366564--2366661	41	2.4	41	85	0	133	35	24	16	23	1.95
2366798--2366848	22	2.3	22	86	0	66	19	43	15	21	1.88
2367197--2367298	19	5.5	19	72	16	79	19	19	23	37	1.94
2367197--2367301	20	5.6	19	73	16	85	19	19	22	39	1.93
2368955--2369022	20	3.5	20	83	2	84	35	23	23	17	1.95
2369105--2369150	19	2.4	19	92	0	74	13	15	21	50	1.78
2369155--2369223	20	3.5	19	84	7	84	18	20	24	36	1.95
2369210--2369253	20	2.2	20	87	0	61	18	13	18	50	1.79
2369736--2369856	42	2.9	42	79	4	120	22	34	19	23	1.96
2371397--2371559	61	2.6	63	90	7	258	28	3	17	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371613--2371664	20	2.6	20	87	0	77	44	23	19	13	1.86
2371712--2371774	20	3.2	20	95	0	108	26	20	22	30	1.98
2371836--2371875	20	2.0	20	85	0	53	32	12	20	35	1.90
2371840--2372117	138	2.0	137	93	3	470	44	14	12	28	1.81
2374720--2374790	20	3.5	20	79	11	90	21	19	29	29	1.98
2374844--2374889	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
2374855--2374891	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2377228--2377459	114	2.1	112	92	1	383	41	19	19	19	1.91
2382534--2382573	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
2393439--2393486	22	2.2	21	82	7	60	66	8	12	12	1.44
2395780--2395804	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
2395834--2395868	18	1.9	18	88	11	54	68	11	0	20	1.20
2399578--2399616	17	2.3	17	100	0	78	23	15	15	46	1.83
2399578--2399626	17	2.9	17	90	6	64	22	14	14	48	1.79
2402916--2403009	48	1.9	49	85	6	129	44	12	19	23	1.85
2403145--2403265	61	2.0	62	85	4	165	47	15	4	31	1.67
2411961--2412040	40	2.0	40	97	0	151	40	6	17	36	1.75
2412099--2412169	29	2.4	30	74	4	74	46	8	12	32	1.72
2414354--2414464	23	4.8	23	75	6	91	18	19	24	36	1.94
2414985--2415105	64	1.9	65	86	8	176	30	23	16	29	1.96
2420903--2420983	23	3.6	23	75	8	76	24	23	24	27	2.00
2430456--2430540	23	3.7	23	72	0	71	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431434--2431594	65	2.5	65	83	7	195	29	17	20	32	1.95
2434234--2434285	20	2.6	20	100	0	104	17	25	28	28	1.97
2439722--2439881	65	2.5	65	86	5	218	26	18	23	31	1.98
2439722--2439923	65	3.1	64	75	14	191	25	18	24	31	1.97
2451092--2451313	81	2.7	80	86	3	300	26	21	11	40	1.86
2451568--2451942	54	6.9	54	82	1	421	31	18	16	34	1.93
2451606--2451942	108	3.1	107	87	1	478	32	17	15	34	1.91
2462329--2462384	21	2.7	21	94	0	94	12	16	35	35	1.86
2466038--2466259	81	2.7	81	86	0	291	26	21	11	40	1.87
2466433--2466523	46	2.0	46	89	4	139	18	14	27	39	1.89
2466514--2466888	54	6.9	54	85	4	456	30	17	17	34	1.93
2466479--2466888	108	3.8	108	86	2	522	29	17	18	34	1.94
2466727--2466809	27	3.1	26	63	24	64	36	15	16	31	1.91
2469320--2469379	24	2.7	21	78	16	68	30	20	21	28	1.98
2469530--2469566	19	2.1	18	90	10	58	45	5	10	37	1.62
2477271--2477326	21	2.7	21	94	0	94	12	16	35	35	1.86
2477573--2477609	19	2.1	18	90	10	58	45	5	10	37	1.62
2481031--2481204	81	2.1	81	92	0	285	26	20	11	41	1.86
2481413--2481870	54	8.5	54	86	1	485	31	17	17	33	1.93
2481947--2481978	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
2490633--2490675	15	2.8	16	79	6	54	44	6	2	46	1.43
2490761--2490820	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495748--2495805	19	2.7	23	69	20	61	41	15	22	20	1.90
2503045--2503097	24	2.2	24	96	0	97	24	15	22	37	1.92
2506703--2506728	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
2510969--2511020	20	2.6	20	88	8	79	30	17	34	17	1.93
2511242--2511795	54	10.3	54	87	0	750	28	17	20	33	1.95
2515437--2515496	29	2.0	29	81	15	70	70	3	11	15	1.30
2516555--2516611	16	3.4	17	75	20	57	15	14	7	63	1.51
2521470--2521529	29	2.0	29	81	15	70	70	3	11	15	1.30
2525169--2525260	45	2.0	46	89	2	141	28	16	25	30	1.96
2530092--2530138	19	2.5	19	96	0	85	34	17	27	21	1.95
2530166--2530256	45	2.0	46	89	2	139	27	20	24	27	1.99
2530276--2530313	20	1.9	20	88	0	58	18	15	31	34	1.92
2531286--2531326	18	2.3	18	100	0	82	39	12	39	9	1.76
2536268--2536842	54	10.6	54	88	0	738	30	17	20	32	1.95
2545424--2545478	21	2.8	20	88	5	76	30	7	43	18	1.77
2545829--2545861	16	2.0	17	88	5	50	75	3	3	18	1.06
2546311--2546374	33	1.9	33	90	6	103	53	6	3	37	1.42
2546311--2546422	27	3.9	28	76	19	106	53	7	2	36	1.42
2546404--2546490	20	4.0	20	74	21	84	54	5	2	37	1.37
2546374--2546504	48	2.7	47	89	4	208	53	6	3	36	1.43
2552799--2552858	30	2.0	29	81	9	68	38	15	8	38	1.77
2559090--2559115	10	2.6	10	100	0	52	15	23	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559254--2559293	20	2.0	21	95	5	73	27	15	20	37	1.92
2560247--2560298	17	3.1	16	81	10	59	40	7	11	40	1.70
2565453--2565549	35	2.8	35	90	0	149	30	19	12	37	1.89
2567534--2567641	54	2.0	54	100	0	216	16	24	25	33	1.96
2576823--2576933	39	2.8	39	86	0	150	26	22	29	21	1.99
2576835--2576959	39	3.2	39	79	2	108	24	22	29	23	1.99
2581237--2581275	11	3.5	11	92	0	60	58	20	2	17	1.50
2581229--2581275	22	2.2	22	84	3	60	59	23	2	14	1.46
2584981--2585055	29	2.6	27	80	15	80	21	8	10	60	1.55
2585713--2586017	125	2.4	130	80	4	361	32	10	14	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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