genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5802--5928	56	2.2	57	82	13	156	32	14	18	34	1.91
12157--12223	35	1.9	35	96	0	125	20	19	28	31	1.97
12441--12479	20	2.0	20	89	0	60	74	5	10	10	1.21
30961--30989	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
31297--31325	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
32101--32157	28	2.1	27	90	3	87	47	10	1	40	1.48
32399--32461	28	2.2	28	91	0	99	42	25	1	30	1.64
33749--33834	37	2.3	38	90	7	142	38	39	10	11	1.76
36770--36839	34	2.0	35	97	2	133	22	22	5	48	1.72
36956--37011	29	2.0	29	92	3	96	39	21	3	35	1.71
45540--45716	74	2.4	75	83	2	214	28	9	13	49	1.72
58417--58773	189	1.9	189	98	0	696	27	22	13	36	1.92
60794--60818	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
67375--67411	19	2.0	18	89	5	56	35	8	2	54	1.44
77681--77722	17	2.3	19	88	8	61	50	2	0	47	1.14
80519--80554	17	2.1	17	89	0	54	33	8	0	58	1.28
81754--81795	18	2.3	18	87	4	57	52	0	0	47	1.00
86650--86693	22	2.0	22	100	0	88	31	18	9	40	1.81
89702--89888	52	3.5	52	67	21	141	28	14	18	37	1.91
89663--89929	112	2.4	112	96	1	484	26	18	18	36	1.94
91540--91594	28	2.0	28	85	7	76	29	12	25	32	1.93
92628--92913	145	2.0	147	88	2	434	46	9	5	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93088--93164	35	2.2	35	86	4	102	31	1	23	44	1.62
100429--100483	23	2.4	23	96	0	101	27	5	30	36	1.79
112543--112587	14	3.3	14	82	14	58	57	4	0	37	1.19
113734--113772	20	2.0	20	89	0	60	38	2	5	53	1.37
114187--114212	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
132956--132998	16	2.7	16	85	0	50	20	18	2	58	1.50
145477--145532	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
145477--145525	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
145478--145532	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
145553--145591	18	2.2	18	90	0	60	20	48	17	12	1.80
145592--145667	29	2.6	29	85	0	89	22	7	27	42	1.81
152719--152774	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
152719--152767	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
152720--152774	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
152795--152829	18	1.9	18	100	0	70	20	51	17	11	1.75
152834--152909	29	2.6	29	85	4	91	22	9	26	42	1.83
158678--158733	9	5.5	11	75	23	52	35	26	32	5	1.79
158677--158733	30	1.9	30	96	0	105	35	26	33	5	1.79
158966--159021	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
163063--163106	14	2.9	15	93	6	72	47	13	22	15	1.81
173921--174063	60	2.4	60	80	2	162	40	6	18	34	1.77
175584--175638	26	2.1	26	96	0	101	50	7	12	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178884--178994	40	2.9	39	84	6	147	49	15	3	31	1.61
178931--178994	21	3.1	21	66	8	60	53	12	3	31	1.54
183522--183591	36	2.0	35	91	2	113	47	14	2	35	1.59
183531--183612	36	2.4	34	83	8	94	43	12	7	36	1.70
187003--187784	100	7.8	100	85	1	947	43	11	12	33	1.78
187073--187785	301	2.4	300	84	3	968	42	11	12	34	1.78
187814--188090	138	2.0	134	79	4	286	38	17	5	39	1.72
188162--188242	33	2.5	33	80	8	94	48	23	6	22	1.73
189068--189336	100	2.7	100	86	0	367	39	11	13	34	1.81
190984--191024	21	2.0	21	100	0	82	19	21	34	24	1.97
192201--192242	19	2.1	20	91	8	68	30	21	21	26	1.98
192282--192340	20	3.0	20	82	0	64	30	16	15	37	1.90
192301--192352	20	2.6	20	87	6	70	34	17	9	38	1.82
192525--192913	108	3.6	106	85	2	467	37	12	11	38	1.79
193362--193474	60	1.9	60	85	3	156	35	16	15	31	1.91
193362--193489	60	2.1	60	82	2	150	34	17	17	31	1.93
193548--193620	36	2.0	36	100	0	146	43	19	26	10	1.83
198446--198498	23	2.2	24	83	9	65	50	3	13	32	1.59
209407--209456	23	2.1	24	85	10	68	50	2	4	44	1.32
209412--209489	31	2.6	30	78	15	88	52	1	1	44	1.17
209468--209505	18	2.2	18	90	4	60	52	0	0	47	1.00
209952--209992	16	2.5	17	76	11	50	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211896--212885	336	3.0	337	97	2	1871	31	14	10	43	1.80
214371--214510	57	2.4	59	77	7	153	44	4	18	32	1.69
217887--217936	22	2.3	22	100	0	100	26	20	16	38	1.92
219447--219493	21	2.3	21	96	3	87	31	0	12	55	1.38
219967--220000	12	2.8	12	87	12	52	85	5	2	5	0.83
220070--220136	22	3.1	22	62	12	57	50	4	14	29	1.63
229455--229519	34	1.9	34	93	0	112	26	15	6	52	1.66
230365--230411	23	2.0	24	95	4	87	65	0	17	17	1.27
236041--236117	28	2.8	28	81	14	81	38	5	2	53	1.37
236041--236093	26	2.1	26	82	3	63	39	3	1	54	1.29
240462--240518	27	2.1	28	93	3	98	43	7	15	33	1.74
247785--247819	9	4.0	9	92	3	54	8	45	0	45	1.34
253677--253761	12	7.0	12	72	15	50	50	1	1	47	1.16
259146--259206	29	2.1	30	84	3	79	36	18	4	40	1.72
259277--259320	21	2.0	21	83	12	54	36	15	0	47	1.46
260365--260390	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
260355--260394	21	1.9	21	90	10	64	72	7	0	20	1.08
260355--260394	11	3.7	11	87	12	57	72	7	0	20	1.08
266594--266667	36	2.0	37	94	2	132	17	13	6	62	1.52
272173--272239	3	22.0	3	91	8	109	65	0	0	34	0.93
272483--272541	17	3.4	17	68	25	50	15	22	11	50	1.76
272442--272774	113	2.8	121	81	12	324	24	19	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272586--273377	113	7.0	113	90	1	1079	29	18	14	38	1.90
272586--273376	228	3.5	226	87	1	1086	28	18	14	38	1.90
273764--273820	22	2.5	24	91	8	100	40	14	12	33	1.83
276351--276573	114	2.0	114	91	0	365	30	19	15	33	1.93
278685--278755	7	9.6	7	75	18	56	5	12	1	80	0.95
278707--278740	7	4.7	7	96	3	59	11	14	0	73	1.10
282372--282425	14	3.8	14	80	2	54	50	9	14	25	1.73
286202--286242	3	14.0	3	92	5	57	60	0	0	39	0.96
290195--290219	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
293988--294067	31	2.6	30	78	4	88	33	23	8	33	1.86
295329--295551	95	2.3	95	84	6	265	33	15	22	28	1.95
295888--296024	59	2.3	59	88	0	202	35	10	18	34	1.86
298392--298520	59	2.2	59	90	5	199	35	13	17	34	1.88
312737--312900	60	2.7	60	84	0	220	29	22	15	32	1.95
312784--312889	31	3.5	31	74	10	110	24	26	18	30	1.98
326577--326610	15	2.1	17	89	10	54	61	5	2	29	1.34
328379--328424	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
330170--330325	71	2.2	71	79	5	163	37	7	5	49	1.56
331708--331777	26	2.7	26	97	0	131	35	1	4	58	1.26
331708--331795	26	3.4	25	90	4	115	38	1	7	52	1.38
336899--336924	11	2.4	11	100	0	52	42	7	7	42	1.62
338478--338612	35	3.8	35	86	1	189	20	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338478--338625	71	2.1	71	91	1	235	19	24	16	39	1.92
341813--341865	23	2.3	23	83	3	63	20	13	16	49	1.79
341831--341873	22	1.9	23	85	4	61	25	18	18	37	1.94
342687--342763	37	2.1	37	82	4	93	46	1	3	48	1.28
346436--346506	35	2.0	36	91	8	119	18	32	28	21	1.96
354860--354928	34	2.0	35	97	2	131	17	33	28	20	1.95
360755--360795	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
361007--361222	55	3.6	61	77	13	191	32	13	15	38	1.86
361007--361222	61	3.6	60	78	12	203	32	13	15	38	1.86
368092--368122	14	2.3	14	94	5	55	25	35	12	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12