genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1346 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138224--2138276	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2138245--2138339	41	2.3	41	80	3	102	21	21	22	35	1.96
2147403--2147435	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2147494--2147618	32	4.0	31	79	4	115	41	4	5	48	1.48
2149241--2149271	16	1.9	16	93	0	53	45	9	12	32	1.75
2150507--2150606	6	16.7	6	96	0	182	17	2	33	48	1.58
2171115--2171139	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
2176401--2176439	20	2.0	20	85	10	53	35	12	12	38	1.82
2177745--2177805	10	6.3	10	80	16	67	62	1	0	36	1.05
2185167--2185283	50	2.4	48	78	5	119	17	35	25	21	1.95
2185559--2185780	111	2.0	111	91	0	363	36	7	10	45	1.67
2203651--2203700	21	2.4	22	76	10	59	60	0	2	38	1.09
2204578--2204633	23	2.5	22	79	2	58	50	10	17	21	1.77
2211881--2211924	13	3.5	13	90	6	72	18	52	15	13	1.75
2211980--2212019	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
2213421--2213644	55	4.1	55	97	0	412	33	8	24	33	1.85
2213901--2213966	30	2.2	31	88	2	98	48	6	3	42	1.43
2217477--2217525	2	24.5	2	95	0	89	46	0	2	51	1.12
2220129--2220156	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2221796--2221870	23	3.3	23	80	0	87	26	16	16	41	1.88
2222667--2222757	24	3.6	24	79	15	112	42	0	1	56	1.06
2222649--2222782	52	2.6	51	91	4	223	41	0	2	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222674--2222755	25	3.2	25	80	14	103	40	0	1	58	1.06
2222793--2222845	19	2.8	20	75	16	58	35	0	0	64	0.94
2222793--2222852	19	3.1	20	77	15	56	36	0	1	61	1.06
2223079--2223126	25	2.0	25	84	12	64	62	0	2	35	1.07
2223455--2223514	31	1.9	31	93	0	102	45	8	5	41	1.56
2223847--2223879	12	2.8	12	95	0	57	45	18	18	18	1.86
2225890--2225946	25	2.3	25	93	0	96	36	10	26	26	1.89
2231718--2231799	31	2.7	30	84	3	101	51	6	2	40	1.40
2234769--2234813	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2239218--2239252	3	11.7	3	93	0	61	65	2	0	31	1.07
2240604--2240652	27	1.9	25	84	12	64	53	6	2	38	1.38
2240624--2240707	42	2.0	42	86	4	118	50	3	3	42	1.37
2240711--2240774	32	2.0	32	87	3	92	42	7	6	43	1.58
2240666--2240788	35	3.5	34	78	10	106	44	6	4	43	1.51
2240617--2240788	40	4.7	38	72	19	116	44	6	4	44	1.50
2240681--2240925	119	2.0	124	93	5	428	44	6	5	43	1.52
2240854--2241026	37	4.6	39	80	11	175	47	7	2	42	1.46
2241629--2242239	83	7.5	81	74	6	552	24	21	24	29	1.99
2241629--2242220	164	3.6	164	95	0	1031	24	21	24	29	1.99
2245627--2245671	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
2247370--2247479	10	12.1	9	69	23	63	70	3	1	24	1.14
2247369--2247479	4	27.8	4	71	21	58	69	3	1	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247369--2247488	11	10.9	11	71	19	72	70	3	2	24	1.15
2248755--2248803	27	1.9	25	84	12	64	53	6	2	38	1.38
2248765--2248956	38	5.1	36	73	14	154	45	6	4	43	1.48
2248775--2248858	42	2.0	41	88	2	123	51	3	3	41	1.36
2248908--2248991	27	3.2	24	74	16	62	46	5	3	44	1.45
2248906--2248994	25	3.4	25	75	13	81	46	5	3	44	1.43
2248832--2249086	127	2.0	128	97	0	485	44	6	5	44	1.51
2248977--2249186	38	5.6	37	77	11	146	46	7	3	42	1.49
2249020--2249187	37	4.5	36	78	12	153	48	7	2	41	1.46
2254202--2254275	37	2.0	37	100	0	148	40	21	16	21	1.91
2261613--2261649	13	2.8	13	87	0	56	27	2	10	59	1.44
2261876--2261935	31	1.9	31	89	0	93	25	20	28	26	1.99
2269158--2269319	39	4.1	39	87	3	243	33	7	12	45	1.71
2269158--2269319	80	2.1	78	89	2	243	33	7	12	45	1.71
2272092--2272117	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2274314--2274354	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2277685--2277824	36	3.9	35	83	2	181	36	20	22	20	1.95
2277680--2277824	71	2.0	72	91	1	238	37	20	22	20	1.94
2281118--2281453	122	2.7	123	80	7	365	38	18	11	31	1.86
2282052--2282121	29	2.5	26	82	17	79	60	8	10	21	1.55
2283950--2283974	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2284607--2284685	38	2.1	38	85	4	106	43	1	17	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289306--2289333	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2289333--2289366	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2289622--2289675	26	2.1	26	100	0	108	18	20	33	27	1.96
2289629--2289678	16	3.5	16	70	30	58	20	20	34	26	1.96
2291953--2291994	15	3.1	14	77	16	52	64	7	0	28	1.20
2291953--2292000	14	3.5	13	80	11	51	66	6	0	27	1.15
2293387--2293439	3	17.7	3	96	0	97	64	0	1	33	1.05
2293683--2294194	113	4.5	113	97	0	936	29	18	15	36	1.92
2293683--2294194	227	2.3	226	96	1	945	29	18	15	36	1.92
2294928--2295703	81	9.5	82	90	1	1161	35	22	13	29	1.92
2294928--2295703	326	2.4	324	92	1	1259	35	22	13	29	1.92
2294936--2295700	407	1.9	407	94	0	1341	34	22	13	29	1.92
2296269--2296310	19	2.2	20	91	4	68	52	11	4	30	1.59
2296638--2296677	7	6.0	7	85	8	57	0	15	0	85	0.61
2296638--2296677	13	3.0	13	86	13	55	0	15	0	85	0.61
2296638--2296677	20	2.0	20	90	9	64	0	15	0	85	0.61
2308067--2308108	15	3.1	14	77	16	52	64	7	0	28	1.20
2308067--2308114	14	3.5	13	80	11	51	66	6	0	27	1.15
2309464--2309508	20	2.3	19	84	3	54	35	0	2	62	1.08
2309459--2309514	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
2309507--2309556	3	16.7	3	95	0	91	64	0	2	34	1.05
2314326--2314412	44	2.0	44	100	0	174	29	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317596--2317630	18	1.9	18	94	0	61	60	0	28	11	1.32
2319386--2319420	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
2342200--2342314	60	1.9	60	82	7	144	42	16	10	30	1.82
2347059--2347096	20	1.9	20	94	0	67	31	34	10	23	1.89
2348891--2348985	43	2.2	43	96	0	172	36	35	10	16	1.84
2349101--2349195	24	4.0	24	91	0	136	38	20	15	25	1.92
2349135--2349210	24	3.2	24	81	3	64	42	19	14	23	1.88
2353274--2353303	15	1.9	16	93	6	53	26	36	3	33	1.73
2359971--2360049	22	3.7	22	78	8	92	30	22	11	35	1.90
2359989--2360056	20	3.3	20	76	8	73	30	22	10	36	1.87
2359974--2360068	42	2.3	42	88	0	136	31	22	12	33	1.91
2360050--2360187	20	6.9	20	82	0	132	39	22	12	26	1.89
2360079--2360192	40	2.8	40	86	0	174	41	24	9	24	1.85
2360075--2360187	60	1.9	60	83	3	147	40	24	10	23	1.86
2364064--2364099	15	2.4	15	90	0	54	58	2	0	38	1.13
2364398--2364450	23	2.3	23	80	0	61	37	0	5	56	1.23
2364422--2364469	22	2.1	23	81	11	55	35	2	6	56	1.36
2365086--2365148	30	2.1	30	90	0	99	38	12	9	39	1.76
2371763--2371814	22	2.4	22	93	0	86	40	7	15	36	1.76
2382782--2382859	30	2.7	28	71	15	68	28	2	16	52	1.57
2390267--2390295	10	2.9	10	100	0	58	27	10	20	41	1.85
2391539--2391572	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396712--2396883	85	2.0	85	96	0	317	38	18	10	33	1.84
2396975--2397100	63	2.0	63	90	0	198	19	20	13	46	1.83
2397576--2397658	43	1.9	43	92	0	139	56	7	2	33	1.40
2400828--2400871	20	2.3	19	77	11	54	54	4	11	29	1.56
2401044--2401118	37	2.0	37	82	10	91	49	2	1	46	1.24
2402655--2402687	16	2.1	16	94	0	57	21	0	0	78	0.75
2406161--2406199	19	2.1	19	95	0	69	15	7	30	46	1.74
2406181--2406245	32	2.0	32	96	0	121	15	16	24	43	1.87
2410577--2410641	32	2.0	32	96	0	121	15	16	24	43	1.87
2411971--2412019	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12