genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415368--2415425	25	2.3	25	96	0	107	24	27	27	20	1.99
2424967--2425009	19	2.3	19	100	0	86	13	41	0	44	1.44
2425660--2425694	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2426069--2426177	50	2.2	50	81	3	130	33	12	12	40	1.82
2426594--2426629	17	2.1	17	89	0	54	16	25	33	25	1.96
2426827--2426851	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2429503--2429538	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2432462--2432499	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
2432463--2432505	20	2.3	19	84	8	52	48	9	20	20	1.77
2434326--2434384	27	2.1	28	84	9	75	45	1	3	49	1.28
2434511--2434687	41	4.1	41	73	16	160	31	23	22	22	1.98
2434511--2434609	21	4.8	21	74	9	87	30	25	23	21	1.99
2434579--2434634	29	1.9	29	96	0	103	28	25	25	21	1.99
2434760--2434784	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2435385--2435455	21	3.4	21	74	14	83	39	23	16	19	1.92
2435381--2435469	42	2.1	42	93	0	151	38	24	16	20	1.93
2435391--2435463	23	3.3	23	66	14	73	39	23	16	20	1.92
2441208--2441237	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2441979--2442011	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2448569--2448611	21	2.0	22	86	4	61	25	0	46	27	1.53
2449294--2449371	21	3.7	21	85	0	111	17	26	28	26	1.98
2457732--2457757	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473315--2473463	74	2.0	75	92	5	246	25	10	28	34	1.90
2474624--2474663	7	5.4	7	85	8	53	67	2	0	30	1.04
2478966--2479031	27	2.3	27	79	7	69	65	4	3	27	1.27
2478974--2479032	14	4.2	14	76	6	57	62	5	1	30	1.26
2481468--2481655	23	8.3	23	75	7	150	22	27	2	47	1.65
2481475--2481655	69	2.7	67	80	5	202	23	27	2	46	1.64
2486023--2486059	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2487142--2487327	94	2.0	94	100	0	372	30	15	13	40	1.86
2492283--2492385	36	2.9	36	95	0	188	24	17	16	41	1.89
2500368--2500470	36	2.9	36	95	0	188	24	17	16	41	1.89
2501856--2502058	112	1.8	112	93	0	352	38	16	13	31	1.87
2506630--2506665	18	2.1	18	90	10	58	36	0	0	63	0.94
2508674--2508830	64	2.5	62	81	7	170	33	19	23	22	1.97
2509669--2509718	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2510896--2510932	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2512932--2513047	24	4.8	24	86	4	153	26	15	18	38	1.91
2513259--2513327	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
2515087--2515111	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2515916--2515959	10	4.2	10	80	8	52	65	4	4	25	1.30
2517545--2517582	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2528395--2528593	110	1.8	110	92	0	335	28	21	16	33	1.95
2534389--2534489	51	2.0	51	96	0	184	33	12	21	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548342--2548383	16	2.7	15	88	7	57	30	0	2	66	1.04
2549294--2549320	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
2551131--2551164	17	1.9	18	94	5	61	73	0	0	26	0.83
2551133--2551195	22	2.8	22	87	2	90	71	0	1	26	0.95
2552297--2552335	14	2.6	15	88	8	53	15	7	12	64	1.49
2556569--2556598	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2558325--2558436	43	2.7	41	76	8	120	26	17	33	22	1.96
2558464--2558751	41	6.7	42	81	9	255	25	18	29	27	1.98
2558329--2558713	91	4.4	90	75	13	295	25	17	29	27	1.98
2558424--2558787	41	8.2	46	79	10	201	25	17	28	28	1.97
2558424--2558787	175	2.1	177	84	5	477	25	17	28	28	1.97
2558326--2558803	129	3.7	132	81	8	432	25	17	29	27	1.98
2559143--2559217	35	2.1	36	85	7	100	33	10	18	37	1.86
2559371--2559730	64	5.6	64	71	9	209	41	12	17	28	1.86
2559371--2559731	129	2.8	128	71	8	304	41	12	17	28	1.86
2559911--2560126	67	3.3	66	87	5	276	46	11	12	30	1.76
2559971--2560092	37	3.5	36	73	15	130	45	10	12	31	1.76
2559953--2560126	67	2.6	67	92	0	278	46	10	11	31	1.75
2560008--2560137	29	4.1	30	75	13	127	44	11	10	33	1.74
2560125--2560228	52	2.0	53	94	3	183	36	17	13	32	1.89
2560224--2560345	29	4.5	25	79	14	86	48	13	10	27	1.76
2560239--2560339	29	3.7	28	85	7	120	46	15	9	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560584--2560702	36	3.4	36	78	6	102	36	11	21	31	1.89
2560618--2560702	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
2560654--2560893	105	2.3	104	85	6	310	38	11	20	29	1.88
2560860--2560996	36	3.8	36	82	5	170	35	13	19	31	1.90
2560860--2560994	71	1.9	72	87	4	202	34	13	20	31	1.91
2561353--2561428	16	5.2	16	66	23	60	26	0	26	47	1.52
2561353--2561428	28	2.7	28	97	0	143	26	0	26	47	1.52
2561365--2561415	4	13.8	4	76	15	56	29	0	23	47	1.52
2562613--2562647	12	2.8	13	82	8	54	5	14	11	68	1.37
2563266--2563345	26	3.3	26	66	20	73	43	10	22	23	1.83
2563254--2563347	46	2.1	45	89	2	143	39	9	24	26	1.86
2565567--2565628	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
2567572--2567602	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2573079--2573111	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2573177--2573229	10	6.1	10	68	31	50	58	22	11	7	1.57
2573181--2573257	16	4.8	16	96	0	145	55	23	12	7	1.63
2573417--2573452	16	2.2	16	100	0	72	38	22	5	33	1.77
2574017--2574072	14	4.3	14	80	17	66	53	25	12	8	1.67
2573997--2574071	24	3.1	24	88	3	98	56	21	10	12	1.66
2577941--2578769	421	2.0	416	89	3	1281	37	16	19	26	1.92
2586370--2586402	18	1.9	17	88	11	50	48	3	0	48	1.17
2588579--2588864	29	9.9	29	75	15	132	42	14	3	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588594--2588787	59	3.4	57	86	6	268	41	14	2	41	1.59
2588579--2588791	87	2.4	85	83	9	250	43	14	3	39	1.61
2588779--2588874	29	3.3	29	89	0	147	41	14	4	39	1.65
2589405--2589443	20	2.0	20	90	10	62	25	7	10	56	1.59
2594738--2594775	12	3.3	12	82	10	53	63	0	2	34	1.09
2596901--2597240	169	2.0	170	99	0	673	33	11	15	39	1.83
2597887--2597998	59	1.9	59	83	3	145	41	11	11	35	1.78
2599561--2599623	3	21.3	3	96	3	119	33	0	0	66	0.92
2602636--2602670	16	2.1	17	89	5	54	42	22	0	34	1.54
2611745--2611833	33	2.7	32	80	5	88	39	13	29	17	1.88
2621686--2621720	17	2.0	17	88	5	52	45	5	0	48	1.26
2629202--2629241	21	1.9	21	89	0	62	50	5	10	35	1.58
2629519--2629575	20	2.8	20	86	0	78	40	1	15	42	1.58
2634609--2634684	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
2635076--2635323	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.86
2635090--2635354	130	2.0	129	81	4	309	39	13	13	33	1.83
2635651--2635713	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
2635793--2635826	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2647320--2647362	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
2647879--2648096	103	2.1	103	98	0	418	25	13	24	36	1.92
2648113--2648175	23	2.7	23	82	4	83	20	25	26	26	1.99
2649930--2650020	23	4.0	23	91	0	128	17	26	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650506--2650544	12	3.2	12	92	3	60	51	5	43	0	1.24
2652862--2652916	27	2.0	27	85	0	74	40	1	7	50	1.40
2656641--2656789	73	2.0	73	100	0	298	28	8	14	48	1.72
2656948--2657023	32	2.4	32	78	12	86	31	9	21	38	1.85
2666872--2666917	7	6.6	7	89	0	74	41	39	0	19	1.52
2670388--2670423	15	2.3	16	90	4	56	16	8	0	75	1.04
2673197--2673235	13	2.9	13	92	3	60	5	23	51	20	1.67
2673243--2673281	20	1.9	21	89	5	62	30	25	25	17	1.97
2674038--2674069	14	2.4	13	90	10	55	50	18	0	31	1.48
2682781--2682823	6	7.2	6	100	0	86	32	34	0	32	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12