genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  8  of  12  ( 1346 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974304--1974388	3	28.3	3	95	0	98	42	1	0	56	1.07
1975842--1975881	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
1978208--1978335	31	4.1	31	75	6	123	32	19	18	29	1.96
1982442--1982518	24	3.6	22	75	20	67	28	19	25	25	1.99
1983737--1983779	23	1.9	23	90	4	70	32	11	23	32	1.90
1983990--1984057	23	3.0	23	82	0	91	20	26	23	29	1.99
1993095--1993151	27	2.1	27	81	12	64	57	1	3	36	1.26
1993917--1993990	19	3.8	19	69	11	51	66	2	1	29	1.14
1995201--1995295	29	3.1	31	71	18	99	46	3	2	48	1.30
1996010--1996036	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1996115--1996174	34	1.9	32	81	18	74	56	1	6	35	1.35
2000650--2000772	60	2.0	60	86	6	169	39	6	22	30	1.79
2000660--2000841	60	3.0	60	81	8	167	40	6	21	31	1.79
2016377--2016439	17	3.8	17	68	14	51	61	3	1	33	1.21
2016401--2016468	24	2.9	25	74	24	67	58	5	1	33	1.31
2018033--2018119	37	2.3	38	77	18	101	45	0	2	51	1.13
2018094--2018142	18	2.8	17	78	6	53	55	2	0	42	1.11
2018629--2018660	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2024663--2024701	2	20.5	2	89	10	64	46	0	0	53	1.00
2025129--2025213	20	4.2	20	74	7	73	35	30	11	22	1.90
2025190--2025313	58	2.1	58	96	0	230	37	24	10	27	1.88
2025295--2025333	20	2.0	20	94	0	69	33	17	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2025738--2025872	58	2.3	58	90	0	207	27	11	22	38	1.88
2025860--2025976	21	5.7	21	87	7	150	23	13	31	31	1.93
2026160--2026191	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2033774--2033872	24	4.1	24	78	10	103	40	16	16	27	1.89
2033754--2033872	24	5.0	23	76	9	96	42	15	14	27	1.86
2038272--2038304	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2038510--2038663	24	6.4	24	74	2	112	42	14	11	30	1.82
2038558--2038655	48	2.1	47	84	5	126	44	17	11	26	1.82
2038514--2038650	72	1.9	72	84	3	186	42	16	12	29	1.84
2059437--2059483	22	2.0	25	84	12	64	51	4	4	40	1.41
2061659--2061693	18	1.9	18	100	0	70	25	17	28	28	1.97
2064248--2064606	172	2.1	173	90	1	569	37	18	5	39	1.72
2064817--2064877	30	2.0	30	100	0	122	19	39	9	31	1.84
2065053--2065096	23	1.9	23	95	0	79	25	38	25	11	1.89
2065113--2065166	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
2066058--2066111	20	2.6	21	82	2	74	27	24	16	31	1.96
2066099--2066150	20	2.6	20	90	0	77	44	26	17	11	1.83
2066118--2066327	20	10.5	20	84	5	237	36	25	17	20	1.94
2067020--2067066	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2067241--2067265	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2069551--2069697	33	4.2	34	83	10	181	47	18	21	12	1.81
2069551--2069801	53	4.8	50	82	13	244	46	17	22	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069565--2069798	72	3.3	72	81	8	286	47	17	21	13	1.82
2069709--2069763	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
2069690--2069783	33	2.8	33	98	1	179	45	18	23	12	1.83
2069595--2069801	86	2.3	89	94	4	357	45	16	23	13	1.83
2069778--2069893	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
2069816--2069903	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
2069994--2070030	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2071435--2071493	21	2.8	21	73	0	64	20	18	33	27	1.96
2071992--2072124	33	3.9	33	79	5	131	48	24	18	9	1.77
2071991--2072129	52	2.7	52	74	8	147	46	23	20	9	1.79
2071957--2072129	19	9.6	19	74	12	123	46	24	19	10	1.81
2072141--2072199	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
2072125--2072248	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
2072125--2072216	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
2072174--2072230	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
2072346--2072661	93	3.4	93	98	0	614	45	18	13	22	1.84
2074361--2074457	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
2074359--2074423	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
2074408--2074464	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2074359--2074481	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
2074498--2074554	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2074482--2074561	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074542--2074621	21	3.8	21	80	8	99	13	21	16	48	1.80
2074695--2074765	33	2.2	33	92	0	115	49	16	22	11	1.78
2075149--2075296	20	7.4	20	87	3	199	19	18	27	34	1.96
2075290--2075337	20	2.3	20	85	3	69	35	14	22	27	1.93
2087487--2087539	22	2.4	22	84	6	63	22	26	20	30	1.98
2087982--2088079	28	3.5	28	98	0	187	29	20	10	39	1.85
2088270--2088370	31	3.3	31	87	5	159	34	20	16	27	1.95
2088545--2088667	31	4.0	31	93	0	201	38	22	17	21	1.93
2091116--2091173	30	1.9	30	96	0	107	31	3	18	46	1.66
2091257--2091364	8	15.0	8	68	23	62	25	33	15	25	1.95
2091264--2091458	21	9.8	20	76	13	118	26	30	16	26	1.97
2091383--2091457	20	3.7	20	91	3	114	21	30	18	29	1.97
2091821--2091890	34	2.1	32	86	5	95	32	14	30	22	1.94
2092865--2092893	14	2.0	15	93	6	51	55	0	37	6	1.27
2094679--2094738	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
2094822--2094929	8	15.0	8	69	23	62	25	33	15	25	1.95
2094829--2094928	21	4.8	21	80	11	116	25	33	16	26	1.96
2094829--2095023	21	9.8	20	74	13	109	26	30	16	26	1.97
2095387--2095456	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
2107698--2107738	20	2.0	20	100	0	82	29	19	17	34	1.94
2118383--2118415	14	2.4	14	85	5	50	45	0	6	48	1.27
2118383--2118424	13	3.2	13	80	12	50	40	2	4	52	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125099--2125230	20	6.5	20	80	7	115	33	24	18	24	1.97
2125106--2125224	61	2.0	61	87	0	175	34	24	16	24	1.95
2125398--2125441	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
2125685--2125743	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2125880--2125934	25	2.2	24	81	9	65	20	7	18	54	1.66
2127063--2127107	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2127589--2127655	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2127644--2127716	14	4.9	14	81	15	92	49	24	16	9	1.75
2127628--2127700	33	2.2	33	100	0	146	47	21	17	12	1.80
2127644--2127733	47	1.9	47	97	0	171	50	23	16	10	1.75
2127750--2127807	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
2127745--2127823	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
2127810--2127864	20	2.7	20	85	2	74	14	23	23	38	1.92
2129086--2129765	340	2.0	340	99	0	1342	28	18	26	26	1.98
2130072--2130109	14	2.7	15	84	12	53	31	0	18	50	1.47
2130246--2130294	19	2.6	19	93	0	80	51	14	20	14	1.77
2130260--2130301	19	2.2	19	91	0	66	52	14	21	11	1.73
2130381--2130427	20	2.3	20	82	7	60	17	19	25	38	1.92
2130641--2130708	20	3.3	20	77	2	73	20	16	22	41	1.90
2130640--2130731	41	2.3	40	84	1	121	21	16	21	40	1.91
2130717--2130768	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2131553--2131606	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133712--2133835	33	3.8	33	87	4	187	42	18	23	15	1.88
2133710--2133842	66	2.0	66	95	0	239	41	18	22	17	1.90
2133835--2133876	19	2.2	19	86	0	57	19	19	21	40	1.92
2133984--2134020	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2135376--2135442	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2135376--2135498	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2135716--2135898	93	2.0	89	91	6	296	46	19	12	21	1.83
2136256--2136330	21	3.7	21	67	19	52	14	13	41	30	1.84
2137586--2137623	20	1.9	19	89	5	58	47	15	23	13	1.81
2137642--2137708	19	3.5	18	82	11	80	10	16	25	47	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12