genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663284--663373	34	2.6	33	84	8	110	51	0	0	48	1.00
663449--663523	29	2.5	30	91	2	116	20	36	10	33	1.87
668651--668685	17	2.1	17	89	5	54	48	5	0	45	1.26
670796--670888	46	2.0	46	100	0	186	25	15	18	40	1.89
679864--680073	74	2.8	76	81	10	252	21	22	31	23	1.98
682703--682740	20	1.9	20	88	0	58	13	26	39	21	1.89
688492--688701	75	2.8	75	84	5	264	20	23	32	23	1.98
700651--700732	41	2.0	41	100	0	164	26	7	21	43	1.79
717979--718065	35	2.5	34	77	18	90	55	9	8	27	1.60
718639--718674	18	2.0	18	88	0	54	27	22	25	25	2.00
720305--720345	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
726224--726279	24	2.4	23	84	3	67	51	19	10	17	1.74
726205--726300	47	2.0	48	81	2	113	52	16	11	19	1.74
731585--731749	82	2.0	82	98	0	321	33	14	19	32	1.92
733800--733896	51	1.9	51	91	0	158	46	5	20	27	1.72
734150--734203	24	2.2	24	80	6	65	42	5	42	9	1.60
734165--734210	24	1.9	24	86	0	65	43	4	41	10	1.59
746953--746986	11	3.3	11	84	16	54	35	0	0	64	0.94
747422--747592	58	2.9	57	78	6	164	39	5	15	39	1.70
749629--749667	18	2.2	17	86	4	51	46	5	2	46	1.38
750783--750853	35	2.0	35	100	0	142	49	16	5	28	1.69
751682--751833	79	1.9	79	91	0	250	42	11	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751798--751861	29	2.2	29	85	0	83	50	9	6	34	1.60
751827--752068	109	2.3	100	82	11	276	41	10	10	37	1.74
751743--752183	236	1.9	238	91	3	730	41	11	11	36	1.77
752034--752097	29	2.2	29	88	0	92	46	9	7	35	1.65
751986--752364	128	3.0	128	88	1	573	39	12	10	36	1.79
752148--752218	29	2.4	30	85	2	99	45	15	7	32	1.73
752298--752353	29	1.9	29	88	0	85	44	14	8	32	1.76
752884--752942	30	2.0	30	93	0	100	45	10	10	33	1.72
761482--761515	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
770519--770593	23	3.4	22	67	18	57	38	30	16	14	1.88
771135--771198	22	2.9	22	75	11	76	53	15	14	17	1.74
772592--772633	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
779606--779635	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
780028--780077	12	4.2	12	76	19	52	32	0	2	66	1.03
780139--780195	19	2.7	21	76	20	57	40	1	0	57	1.09
780668--780714	17	2.8	17	100	0	94	23	6	6	63	1.41
785546--785597	23	2.3	23	83	6	61	42	1	0	55	1.10
785545--785599	20	2.7	21	83	5	60	43	1	0	54	1.10
785553--785597	17	2.7	16	86	6	63	42	2	0	55	1.12
785553--785603	17	3.0	16	80	11	57	41	3	0	54	1.19
787289--787324	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
790086--790126	6	6.5	6	89	10	64	14	17	14	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795422--795570	54	2.7	54	81	9	178	32	11	16	40	1.84
795592--795786	91	2.2	92	92	3	333	26	16	22	33	1.96
795798--796600	136	5.9	136	90	1	1193	33	16	22	27	1.96
796540--796590	18	2.8	18	70	18	52	49	9	19	21	1.77
796769--796813	17	2.6	17	82	6	56	42	2	2	53	1.25
798782--798820	8	4.8	8	81	6	51	28	2	0	69	1.02
799148--799185	16	2.3	17	86	4	51	26	5	5	63	1.37
801843--801898	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
805896--805955	30	2.0	29	87	3	84	26	10	11	51	1.69
810550--810608	29	2.0	29	96	0	109	23	15	13	47	1.81
812509--812566	3	19.7	3	89	10	93	34	0	0	65	0.93
813572--813644	28	2.6	28	95	0	128	27	10	8	53	1.64
813839--813912	31	2.4	32	90	6	125	22	20	5	51	1.68
815342--815383	21	2.0	21	86	4	59	35	0	4	59	1.19
820688--820752	26	2.5	26	80	5	69	43	6	1	49	1.37
822375--822431	29	2.0	29	96	0	105	15	35	29	19	1.93
822490--822574	29	2.9	29	92	0	116	14	35	29	21	1.92
822578--822664	33	2.6	33	94	0	156	8	39	25	27	1.84
822628--822685	23	2.5	23	82	0	71	10	32	31	25	1.89
822667--822699	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
822658--822752	10	8.7	11	79	16	76	12	28	33	25	1.92
822686--822755	20	3.5	20	84	7	90	12	30	31	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822792--822849	29	2.0	29	86	0	80	22	27	34	15	1.94
823733--824018	20	14.5	20	78	10	257	37	24	17	19	1.93
823753--824018	40	6.8	40	90	4	355	37	24	17	20	1.94
823753--824018	60	4.5	60	82	7	294	37	24	17	20	1.94
824697--824743	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
824918--824942	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
826974--827038	19	3.4	19	87	4	87	44	27	16	10	1.81
827010--827102	33	2.8	33	93	3	161	46	21	21	10	1.81
826990--827107	19	6.7	19	76	18	121	45	22	21	10	1.81
827103--827215	19	6.5	19	74	19	120	7	17	28	46	1.74
827103--827194	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
827103--827230	19	7.3	18	72	19	92	8	17	28	45	1.78
827271--827641	93	4.1	93	96	2	682	45	18	12	22	1.84
829336--829424	14	5.7	14	73	21	79	41	23	25	8	1.83
829328--829440	33	3.5	33	92	2	194	44	21	24	9	1.82
829382--829445	18	3.7	19	72	21	68	43	21	23	10	1.84
829457--829510	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
829441--829521	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
829497--829574	20	3.8	21	79	14	74	11	26	16	44	1.82
829497--829573	40	1.9	41	91	2	129	11	27	16	44	1.83
829651--829721	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
829876--829930	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830076--830269	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
830076--830269	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
830217--830311	20	4.7	20	79	5	102	16	17	24	41	1.90
831131--831199	28	2.5	28	80	0	75	26	4	14	55	1.58
836304--836353	24	2.0	25	84	3	66	68	0	6	26	1.13
836319--836378	26	2.2	27	80	19	72	68	3	5	23	1.24
843271--843299	13	2.2	13	100	0	58	58	6	13	20	1.58
844540--844583	23	2.0	23	95	4	81	29	36	2	31	1.70
854219--854270	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
854239--854357	24	5.0	24	84	6	143	40	18	16	24	1.91
866031--866091	21	3.0	20	79	9	70	70	3	9	16	1.27
866033--866204	84	2.0	85	91	5	278	63	9	9	18	1.50
866031--866179	39	3.6	39	68	24	110	66	6	9	17	1.41
866328--866417	2	45.0	2	100	0	180	50	0	0	50	1.00
867336--867459	24	5.2	24	88	5	90	41	20	14	23	1.89
867353--867468	24	4.8	24	90	4	171	39	19	15	25	1.91
867353--867486	48	2.8	47	85	4	169	41	19	14	24	1.89
869853--869888	18	2.0	18	94	0	63	19	16	50	13	1.79
874900--874956	31	1.9	30	92	7	98	52	3	12	31	1.55
876825--876862	17	2.2	18	85	4	51	0	10	23	65	1.23
878750--879095	172	2.0	174	98	1	678	24	23	17	34	1.96
881923--882083	80	2.0	80	95	0	286	35	22	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882224--882390	82	2.0	83	95	1	300	24	32	17	25	1.96
882559--882608	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
883025--883062	18	2.1	18	100	0	76	42	5	18	34	1.73
883716--883854	42	3.4	42	91	3	212	23	21	16	38	1.93
883928--883952	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
885945--885979	17	2.0	18	88	5	54	54	14	5	25	1.62
886125--886236	53	2.1	54	90	5	174	51	9	10	27	1.68
887608--887721	36	3.2	36	94	0	192	37	22	14	24	1.92
900883--901026	64	2.3	65	80	8	154	24	20	20	34	1.96
902585--902660	37	2.1	37	97	0	143	35	23	5	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12