genome.fa.s8526.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111398_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3043201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685684--2685717	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2687574--2687607	13	2.6	13	95	0	59	76	0	2	20	0.92
2687863--2687889	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2688063--2688091	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2689119--2690191	105	10.3	105	89	4	1516	22	18	25	33	1.96
2689119--2690191	205	5.2	205	91	2	1572	22	18	25	33	1.96
2691025--2691183	67	2.4	67	85	6	207	34	10	22	32	1.88
2691058--2691534	36	13.9	36	66	18	248	36	12	21	28	1.90
2691226--2691534	37	8.9	37	69	17	232	37	13	21	27	1.90
2691125--2691516	102	3.9	102	94	0	660	37	12	20	29	1.89
2692397--2692471	22	3.4	22	94	0	132	21	13	28	37	1.91
2693080--2693128	20	2.4	21	82	6	64	2	14	6	77	1.05
2693092--2693152	21	2.9	22	81	15	67	0	14	8	77	0.99
2696186--2696219	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
2696185--2696219	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
2696491--2696521	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2707833--2707874	20	2.0	22	86	13	63	66	4	0	28	1.12
2718554--2718582	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2719546--2719573	10	2.8	10	100	0	56	39	0	7	53	1.28
2719896--2719935	19	2.0	20	85	4	55	45	5	7	42	1.54
2721575--2721747	22	8.3	22	71	14	125	20	18	21	38	1.93
2721575--2721705	63	2.1	62	87	7	185	20	19	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2721634--2721769	41	3.3	41	86	7	195	19	19	22	38	1.93
2722352--2722385	6	5.7	6	100	0	68	0	17	64	17	1.29
2722489--2722540	21	2.5	21	93	0	86	28	30	15	25	1.96
2723447--2723481	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2724792--2724888	49	2.0	50	91	2	160	49	3	4	43	1.37
2725795--2725843	21	2.3	20	80	13	53	20	4	2	73	1.10
2726930--2727115	29	6.4	29	81	3	178	33	4	23	38	1.76
2726936--2727076	59	2.4	59	81	8	162	34	4	21	39	1.75
2734250--2734396	29	5.0	29	85	4	163	31	5	23	39	1.78
2736180--2736241	14	4.7	13	80	15	56	53	1	1	43	1.20
2736154--2736235	13	6.4	12	71	21	60	53	3	0	42	1.18
2738606--2738736	41	3.2	41	69	10	122	35	19	20	24	1.96
2738624--2738753	41	3.2	40	72	10	118	31	21	26	20	1.98
2738555--2738757	83	2.4	83	85	0	280	32	19	22	25	1.97
2739496--2739535	21	1.9	21	100	0	80	32	15	15	37	1.88
2740767--2740792	12	2.2	12	100	0	52	26	42	0	30	1.56
2742306--2742337	14	2.1	16	88	11	50	3	21	0	75	0.95
2744164--2744280	34	3.3	36	85	7	150	35	4	17	42	1.69
2748779--2748839	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2748777--2748889	35	3.2	36	91	5	176	32	4	19	43	1.71
2751211--2751252	20	2.1	20	86	8	59	73	0	0	26	0.83
2751220--2751250	12	2.6	12	100	0	62	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751517--2751558	20	2.1	20	100	0	84	23	14	38	23	1.92
2767624--2767662	20	2.0	20	89	0	60	38	17	20	23	1.93
2767645--2767710	21	3.2	21	82	8	73	43	19	15	21	1.87
2767674--2767716	21	2.0	21	90	0	68	51	13	13	20	1.76
2767869--2767911	22	2.0	22	85	0	59	23	37	16	23	1.94
2768358--2768406	20	2.5	20	86	0	62	18	16	26	38	1.91
2768374--2768429	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
2770269--2770371	34	3.1	34	78	2	118	42	20	19	17	1.89
2770396--2770464	20	3.5	20	78	7	77	18	21	21	37	1.94
2770993--2771086	42	2.2	42	84	3	118	23	36	18	22	1.95
2771017--2771086	21	3.3	21	72	5	70	24	34	18	22	1.96
2772410--2772471	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
2772424--2772581	63	2.4	65	88	6	230	29	3	17	50	1.61
2772633--2772710	20	3.9	20	80	6	86	44	25	16	12	1.83
2772760--2772879	20	6.3	20	78	11	126	26	19	20	34	1.96
2772850--2773131	139	2.0	138	95	0	483	43	15	12	28	1.83
2773189--2773223	18	1.9	18	94	0	61	20	2	22	54	1.58
2776344--2776434	20	4.5	20	82	8	121	24	19	28	27	1.99
2776347--2776468	61	2.0	61	80	3	138	26	19	22	31	1.98
2776547--2776602	19	2.9	19	94	0	94	21	14	30	33	1.93
2780584--2780615	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2784571--2784629	21	2.8	21	84	0	91	10	32	38	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785691--2785735	23	2.0	23	100	0	90	55	0	13	31	1.38
2786494--2786532	20	2.0	20	84	0	51	51	5	5	38	1.46
2794233--2794264	7	4.9	7	88	11	50	75	0	25	0	0.81
2794234--2794264	13	2.4	13	100	0	62	77	0	22	0	0.77
2794843--2794894	15	3.2	17	72	22	58	38	19	0	42	1.51
2802570--2802632	28	2.2	29	83	8	76	30	12	7	49	1.69
2812802--2812866	27	2.5	27	70	5	62	47	1	1	49	1.20
2818625--2818684	31	1.9	31	89	0	93	38	8	11	41	1.72
2818625--2818693	31	2.3	31	82	2	86	33	8	11	46	1.71
2820982--2821010	5	5.8	5	100	0	58	0	20	20	58	1.39
2822447--2822483	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
2830591--2830634	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2833315--2833552	118	2.0	119	95	0	424	42	9	13	34	1.77
2833854--2833906	21	2.5	21	87	0	79	32	32	18	16	1.94
2833961--2834025	18	3.6	18	91	2	103	20	18	35	26	1.95
2833918--2834155	78	2.9	79	85	8	275	20	19	26	33	1.96
2833918--2834158	42	5.9	40	82	8	247	21	19	26	33	1.97
2833918--2834158	21	11.8	20	77	14	183	21	19	26	33	1.97
2833902--2834147	63	4.0	60	77	15	222	20	19	25	34	1.96
2835010--2835098	21	4.2	21	79	11	110	39	21	19	20	1.93
2835010--2835201	63	3.1	63	80	5	221	39	21	16	22	1.92
2835072--2835169	42	2.3	42	89	0	151	40	21	16	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835027--2835220	61	3.1	61	81	7	205	38	22	16	22	1.93
2846275--2846315	22	1.9	21	90	5	64	46	0	4	48	1.23
2849211--2849252	3	14.0	3	89	0	66	33	4	30	30	1.78
2851777--2851892	60	1.9	60	82	3	144	25	22	23	29	1.99
2856050--2856103	26	2.2	25	80	9	65	37	7	1	53	1.40
2857762--2857843	23	3.5	23	70	3	65	19	15	21	42	1.89
2858022--2858102	38	2.1	38	86	0	108	40	16	18	24	1.90
2858037--2858116	38	2.1	38	83	0	97	38	18	20	22	1.93
2858037--2858128	38	2.4	38	79	0	94	42	17	18	21	1.89
2858381--2858421	19	2.1	20	90	4	66	65	0	0	34	0.93
2858393--2858432	20	2.0	20	85	9	55	62	0	2	35	1.09
2871431--2871464	16	2.1	17	88	5	52	8	20	0	70	1.13
2876800--2876838	15	2.6	15	95	0	60	15	38	0	46	1.46
2896133--2896355	95	2.4	95	96	0	403	40	18	14	26	1.90
2899350--2899384	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2903472--2903496	11	2.3	11	100	0	50	16	24	20	40	1.91
2909008--2909092	34	2.5	34	98	0	161	37	0	0	62	0.96
2922886--2922958	35	2.1	35	97	0	137	38	10	17	32	1.85
2936325--2936368	18	2.4	18	78	17	54	45	0	4	50	1.22
2937473--2937596	51	2.5	50	81	6	144	16	36	30	16	1.91
2937758--2937786	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
2937861--2938081	110	2.0	111	90	0	354	35	8	9	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2943408--2943466	29	2.0	31	90	6	95	35	5	16	42	1.71
2943531--2943597	19	3.5	19	89	0	98	41	10	13	34	1.79
2943703--2943743	21	2.0	21	90	0	64	26	19	26	26	1.99
2943773--2943812	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2944028--2944097	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2944900--2945008	51	2.2	51	90	3	168	30	21	23	24	1.99
2945034--2945154	49	2.5	48	82	4	143	20	30	32	16	1.95
2947548--2947579	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2956033--2956071	19	2.1	19	95	0	69	30	5	20	43	1.73
2957586--2957654	29	2.2	33	82	10	83	47	5	2	43	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12