genome.fa.s8621.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008621.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1991651

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3299--3358	19	3.2	18	75	24	61	58	0	26	15	1.37
4623--4749	23	5.3	23	76	11	114	33	23	19	23	1.97
4676--4749	24	3.1	24	77	11	98	33	21	18	25	1.96
4635--4749	47	2.5	47	94	1	196	32	24	20	22	1.98
10302--10426	23	5.3	23	75	6	117	31	23	20	24	1.98
10307--10426	47	2.6	47	92	4	190	30	23	21	24	1.99
10433--10650	103	2.1	103	96	0	400	36	23	13	26	1.92
12539--12588	25	2.0	25	96	0	91	44	12	22	22	1.85
13061--13126	29	2.3	28	92	2	105	16	21	31	30	1.95
14120--14176	23	2.5	23	88	0	87	19	21	5	54	1.63
15045--15077	17	1.9	17	100	0	66	33	0	0	66	0.92
15643--15681	20	1.9	20	89	5	60	76	7	2	12	1.09
15655--15712	28	2.1	28	83	6	73	79	3	1	15	0.95
15642--15727	4	22.5	4	73	17	51	75	3	2	18	1.05
15672--15727	14	3.9	15	78	19	57	76	0	1	21	0.87
15731--15791	15	4.0	15	79	14	54	70	1	8	19	1.21
16413--16486	10	7.7	9	80	19	55	71	0	0	28	0.86
16415--16486	3	24.3	3	79	20	73	70	0	0	29	0.87
18476--18539	32	2.0	32	87	0	92	31	15	10	42	1.82
18549--18656	32	3.3	32	74	7	101	33	12	11	43	1.77
18819--18856	20	1.9	20	94	0	67	34	7	7	50	1.61
24749--24787	18	2.2	18	86	4	53	30	2	12	53	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26105--26160	29	1.9	29	88	0	85	57	19	8	14	1.63
27147--27171	13	1.9	13	100	0	50	32	24	12	32	1.91
29342--29382	12	3.4	12	96	0	73	63	7	4	24	1.40
29442--29491	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
30870--31293	160	2.6	161	75	13	399	28	17	16	37	1.91
33479--33537	24	2.5	24	88	0	91	30	18	22	28	1.97
39074--39113	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
42056--42182	31	4.1	31	79	8	141	27	17	19	35	1.94
47244--47371	31	4.1	31	78	9	134	27	17	20	34	1.95
47247--47370	63	2.0	62	87	4	178	28	18	20	33	1.96
50444--50522	1	79.0	1	82	0	95	0	8	0	91	0.43
50438--50551	7	16.6	7	79	11	89	2	11	0	85	0.75
50444--50567	10	12.8	10	78	9	107	4	11	0	84	0.75
50438--50552	16	7.2	16	74	16	96	2	11	0	85	0.75
50444--50552	18	5.3	20	84	12	125	2	11	0	86	0.68
50428--50554	30	4.1	30	77	9	110	3	11	0	84	0.78
50444--50557	14	8.7	13	78	10	108	2	11	0	85	0.68
53947--53991	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
63568--63593	13	2.0	13	100	0	52	15	0	30	53	1.42
70270--70314	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
75649--75693	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
75672--75926	129	2.0	129	98	0	492	34	20	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76449--76486	19	2.1	19	85	9	53	42	21	0	36	1.53
77462--77506	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
85105--85149	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
86886--86930	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
90029--90073	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
90041--90355	149	2.1	149	94	2	544	33	21	17	26	1.96
100462--100501	18	2.2	18	90	0	62	60	5	7	27	1.45
100543--100603	30	2.0	31	93	3	106	39	4	8	47	1.55
106800--107102	151	2.0	151	100	0	606	31	22	20	25	1.98
108242--108267	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
119425--119500	21	3.6	21	81	0	80	36	1	11	50	1.48
119663--119709	20	2.2	22	88	7	71	55	0	2	42	1.12
119661--119714	22	2.4	24	76	20	62	57	0	1	40	1.09
121994--122072	20	3.8	20	76	17	70	21	20	34	24	1.97
122296--122335	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
122272--122482	103	2.0	106	94	2	374	40	15	9	34	1.80
125194--125262	23	3.0	23	84	0	84	30	27	20	21	1.98
125278--125495	103	2.1	103	100	0	436	36	23	13	26	1.92
129180--129273	31	3.0	31	95	3	163	38	24	19	18	1.93
129925--130086	64	2.5	64	82	4	193	28	18	19	33	1.96
133604--133759	31	5.0	31	94	1	269	38	22	19	19	1.93
134411--134572	64	2.5	64	82	4	193	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138010--138054	23	2.0	23	90	0	72	33	26	17	22	1.96
138094--138311	103	2.1	103	97	0	409	37	22	13	26	1.91
139836--139953	3	38.7	3	84	3	155	36	1	0	61	1.12
140071--140134	27	2.4	27	94	0	110	20	43	17	18	1.88
140372--140408	15	2.4	16	86	13	60	78	5	16	0	0.93
140371--140411	17	2.4	18	80	12	50	78	4	17	0	0.93
142174--142225	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
146920--146963	16	2.4	18	85	14	56	79	0	20	0	0.73
149213--149603	84	4.7	84	96	1	687	28	12	21	37	1.90
152207--152261	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
152682--153421	118	6.4	114	87	6	943	34	14	20	31	1.92
153402--153439	18	2.1	18	100	0	76	23	10	23	42	1.85
152963--153854	248	3.8	240	89	7	1306	35	13	20	30	1.91
153284--153669	118	3.0	132	88	8	581	33	12	21	32	1.91
153420--153853	118	3.9	112	89	6	646	36	13	20	30	1.90
154497--154605	3	36.7	3	85	5	150	36	1	0	61	1.07
154501--154605	35	3.0	35	87	4	149	37	1	0	60	1.07
154723--154786	27	2.4	27	94	0	110	20	43	17	18	1.88
155025--155061	15	2.4	16	86	13	60	78	5	16	0	0.93
155024--155064	17	2.4	18	80	12	50	78	4	17	0	0.93
159159--159206	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
164927--164969	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165446--165488	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
165378--165496	56	2.1	55	80	9	123	60	3	3	32	1.30
165850--165954	37	2.8	37	83	0	129	29	13	14	42	1.83
166497--167021	105	5.0	105	92	1	835	21	17	27	34	1.95
167221--167296	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
167417--167491	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91
167196--167514	105	3.1	104	91	2	509	36	12	20	30	1.89
167630--167743	36	3.2	36	74	2	113	43	13	16	26	1.84
167585--167759	72	2.4	74	83	8	207	41	12	18	27	1.86
168895--169430	183	2.9	182	93	0	921	31	21	20	27	1.98
173373--173466	47	1.9	50	81	14	117	61	2	3	32	1.23
173443--173480	17	2.2	17	90	9	60	68	2	5	23	1.23
173844--173945	37	2.8	37	83	0	114	31	13	11	43	1.80
174419--174453	17	2.1	17	100	0	70	60	0	5	34	1.21
177856--177898	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
178492--178532	2	22.0	2	85	14	61	53	0	0	46	1.00
180279--180320	2	21.0	2	90	9	68	50	2	0	47	1.14
180689--180718	15	2.0	15	93	0	51	56	6	3	33	1.42
181848--181876	8	3.8	8	90	9	51	37	0	0	62	0.96
181848--181879	15	2.2	14	94	5	55	37	0	0	62	0.95
182287--182391	43	2.5	43	82	4	133	48	0	3	47	1.20
185799--185883	44	1.9	45	85	2	118	40	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185834--185954	54	2.3	54	88	1	181	35	16	16	31	1.91
189383--189448	18	3.7	18	89	0	96	28	30	19	21	1.98
192300--192341	21	2.0	21	90	0	66	45	14	28	11	1.80
196205--196320	53	2.2	53	95	3	207	30	18	18	32	1.95
196539--196575	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
201205--201254	3	16.7	3	80	12	50	64	2	30	4	1.23
204340--204379	20	2.0	20	90	0	62	30	15	15	40	1.87
206011--206124	35	3.3	35	87	2	158	35	19	26	19	1.95
206234--206273	20	2.0	20	90	0	62	30	15	15	40	1.87
207365--207401	14	2.6	14	91	0	56	24	0	29	45	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11