genome.fa.s8621.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008621.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111584_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1991651

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753254--753330	32	2.4	32	100	0	154	41	2	23	32	1.68
753274--753325	15	3.2	16	70	20	54	42	1	23	32	1.65
760786--760815	14	2.1	14	93	0	51	40	16	0	43	1.48
763726--763798	35	2.1	35	86	0	101	43	23	0	32	1.54
764334--764401	35	1.9	35	93	0	118	30	0	23	45	1.53
765176--765223	17	2.8	17	80	3	60	52	0	4	43	1.20
786009--786055	16	3.0	16	93	3	78	25	31	23	19	1.98
790867--790908	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
795528--795569	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
798951--799005	28	2.0	28	85	0	74	30	16	18	34	1.93
799173--799274	31	3.4	31	68	20	97	33	15	23	27	1.95
807378--807447	22	3.1	23	87	10	108	18	10	0	71	1.13
807404--807446	13	3.6	13	76	23	58	18	9	0	72	1.11
811166--811236	35	2.0	35	97	0	133	30	15	18	35	1.92
812460--812497	20	1.9	20	100	0	76	23	21	34	21	1.97
812883--812913	11	2.7	12	90	10	55	38	6	9	45	1.63
813153--813202	18	2.8	17	84	6	55	58	26	0	16	1.38
814629--814663	13	2.7	13	91	8	54	42	2	14	40	1.60
814677--814724	20	2.5	20	86	10	64	62	16	0	20	1.33
820942--820979	20	1.9	20	88	0	58	26	23	31	18	1.97
827685--827721	18	2.0	19	94	5	67	48	16	8	27	1.74
836000--836166	20	8.4	19	79	11	106	25	25	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835914--836166	80	3.1	79	80	10	230	28	26	12	32	1.93
835914--836186	40	6.8	40	75	12	179	28	26	12	32	1.92
836020--836208	20	9.6	19	79	10	71	28	24	11	35	1.90
836059--836210	80	1.9	78	80	12	177	28	23	11	36	1.89
837013--837066	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
838312--838624	158	2.0	155	96	3	574	34	11	22	31	1.90
839468--839503	18	2.0	18	88	0	54	52	25	2	19	1.59
839725--839758	14	2.4	14	90	0	50	5	11	32	50	1.63
839840--839878	20	2.0	20	89	0	60	15	10	25	48	1.76
841277--841396	21	5.8	20	83	9	111	23	15	36	24	1.94
841302--841396	40	2.3	43	83	8	126	26	15	31	26	1.96
841540--841581	4	10.5	4	89	0	66	71	2	0	26	0.98
841678--841729	21	2.5	21	87	0	68	32	26	19	21	1.97
841804--841853	21	2.4	21	96	0	91	34	30	14	22	1.93
843553--843616	20	3.2	20	88	2	94	48	21	17	12	1.80
843622--843660	20	2.0	20	94	0	69	15	10	20	53	1.70
843624--843667	20	2.2	20	87	0	61	15	11	20	52	1.74
843991--844038	22	2.2	22	88	0	69	18	12	45	22	1.83
845726--846701	521	1.9	515	84	4	1311	37	12	16	33	1.87
846642--846787	73	2.0	73	98	0	283	37	15	19	27	1.92
847043--847089	18	2.5	18	86	6	58	48	10	0	40	1.38
847104--847220	29	3.9	30	80	6	112	39	5	1	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847104--847203	31	3.3	30	81	5	112	38	7	2	53	1.40
847110--847219	31	3.6	29	80	9	96	40	6	0	52	1.33
847227--847510	30	9.6	30	71	11	156	54	1	4	39	1.31
847381--847519	59	2.4	59	80	12	153	53	1	5	40	1.32
847543--847616	29	2.5	31	84	8	107	50	0	5	44	1.25
847233--847678	162	2.9	156	81	8	491	52	2	4	40	1.34
848969--849026	2	30.5	2	89	10	95	50	0	0	50	1.00
851533--851581	13	3.4	14	76	13	55	22	2	0	75	0.90
851851--851907	6	10.2	6	73	21	52	26	1	0	71	0.95
851853--851914	33	1.9	31	84	12	81	24	1	0	74	0.91
851827--851921	27	3.5	26	80	9	93	21	5	1	72	1.10
851815--851912	44	2.3	44	82	7	112	22	4	2	71	1.13
855892--856084	99	1.9	99	88	2	289	33	17	19	30	1.94
856088--856222	69	2.0	69	100	0	270	26	19	25	28	1.98
856942--858203	83	15.1	83	85	2	1429	35	22	18	24	1.96
856953--858219	250	5.1	250	85	3	1593	35	22	18	24	1.96
858762--858809	21	2.2	22	85	7	62	43	6	0	50	1.27
858792--858863	36	2.0	35	81	2	81	36	11	5	47	1.63
859885--859993	10	11.2	9	76	13	67	24	0	0	74	0.88
859885--859982	5	19.8	5	77	14	62	24	1	0	74	0.88
859887--860027	37	3.8	34	75	21	97	24	1	2	71	1.05
859886--859986	34	3.1	32	82	15	100	24	0	0	74	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859895--860136	40	5.9	42	71	20	131	24	4	2	69	1.18
860068--860122	4	13.0	4	78	17	58	23	1	0	74	0.91
860074--860109	14	2.6	14	91	4	56	22	2	0	75	0.94
860068--860122	22	2.5	23	88	8	80	23	1	0	74	0.91
860067--860109	18	2.5	17	92	7	77	20	2	0	76	0.89
860354--860466	4	26.5	4	74	19	63	17	9	0	71	1.17
860352--860431	27	2.7	29	74	21	85	16	11	0	72	1.12
860364--860425	23	2.5	24	84	12	81	16	9	0	74	1.07
860382--860421	19	2.1	19	86	9	55	15	5	0	80	0.88
860380--860460	33	2.5	33	80	8	101	18	8	1	71	1.18
860472--860549	26	2.9	26	75	17	79	17	8	0	73	1.09
860401--860549	52	3.0	51	82	8	148	18	8	1	71	1.18
860505--860559	28	1.9	28	85	3	74	12	10	1	74	1.15
862161--862255	46	2.1	46	84	7	122	33	11	9	45	1.73
873812--873836	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
875070--875133	29	2.1	31	88	5	96	42	7	15	34	1.76
875078--875145	31	2.3	30	82	5	75	45	10	16	27	1.79
876561--876626	20	3.3	20	95	0	114	22	9	24	43	1.82
877314--877378	33	2.0	33	90	0	103	41	15	16	26	1.88
877538--877606	21	3.5	20	65	15	54	24	24	24	26	2.00
877559--877619	17	3.4	17	68	16	50	21	22	26	29	1.99
877530--877619	38	2.4	38	92	0	153	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877732--877791	30	2.0	30	86	0	84	45	10	13	31	1.76
877979--878025	24	2.0	24	95	0	85	38	0	23	38	1.55
877978--878017	18	2.2	18	90	0	62	37	0	22	40	1.54
880390--880449	21	2.8	20	85	12	75	81	0	16	1	0.77
880383--880449	10	6.6	10	77	14	57	82	1	14	1	0.82
880391--880449	22	2.7	22	86	5	84	81	0	16	1	0.78
884196--884260	33	2.0	33	96	0	121	43	13	15	27	1.85
884419--884483	17	3.6	17	71	15	58	16	20	33	29	1.95
884397--884485	38	2.3	38	90	0	142	20	22	31	25	1.98
884398--884466	21	3.5	21	71	15	65	20	24	30	24	1.99
887258--887291	13	2.5	13	95	4	59	91	0	8	0	0.43
888796--888858	29	2.1	31	80	11	78	38	9	14	38	1.78
890874--890971	33	3.0	33	98	0	187	42	14	15	27	1.85
891123--891223	38	2.7	38	90	0	157	25	19	26	27	1.99
891321--891383	30	2.1	30	84	0	81	41	12	17	28	1.86
892353--892386	3	11.7	3	87	6	52	61	0	2	35	1.11
892352--892386	14	2.4	14	90	4	52	60	0	2	37	1.12
893483--893612	21	6.0	22	82	14	155	40	25	10	23	1.86
895849--896122	138	2.0	138	86	2	381	21	17	27	33	1.96
896316--896623	95	3.1	95	77	13	284	39	12	17	30	1.86
897583--897663	40	2.0	40	95	0	144	29	16	12	41	1.84
898773--898810	20	2.0	19	90	10	60	50	10	21	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900354--900397	19	2.3	19	88	0	61	75	9	13	2	1.14
901122--901770	325	2.0	324	95	3	1175	26	9	5	58	1.51
901939--902007	30	2.3	31	80	12	81	27	23	5	43	1.76
903015--903169	29	5.4	29	79	10	158	35	5	19	39	1.76
903015--903180	56	2.9	55	70	13	122	36	5	18	39	1.74
909323--909347	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
909813--909870	3	19.0	3	82	10	73	34	0	0	65	0.93
910603--910700	48	2.0	50	96	4	182	18	30	25	25	1.98
915269--915300	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
922399--922459	19	3.2	19	86	11	81	83	0	16	0	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11