genome.fa.s8824.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4603428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193929--2193953	11	2.3	11	100	0	50	16	0	28	56	1.41
2194022--2194052	7	4.4	7	91	0	53	58	0	0	41	0.98
2194387--2194441	21	2.7	21	80	8	60	43	0	0	56	0.99
2194387--2194441	20	2.7	21	81	16	62	43	0	0	56	0.99
2194404--2194441	20	1.9	20	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2194401--2194447	20	2.6	18	81	15	60	48	0	0	51	1.00
2194695--2194745	19	2.7	19	78	6	59	39	1	0	58	1.09
2194697--2194738	13	3.2	13	78	15	50	40	0	0	59	0.97
2194691--2194755	30	2.3	27	78	10	76	47	1	0	50	1.10
2194805--2194829	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2194860--2194923	29	2.2	30	80	2	76	42	4	4	48	1.45
2194909--2194981	33	2.2	35	77	20	86	47	2	0	49	1.15
2195038--2195087	22	2.5	19	77	20	57	56	0	2	42	1.11
2195683--2195755	38	1.9	38	83	5	94	46	5	5	42	1.50
2199077--2199112	16	2.3	15	90	4	54	47	5	0	47	1.25
2201292--2201332	21	2.0	21	90	4	66	26	26	21	24	2.00
2204612--2204653	21	2.0	21	90	0	66	28	28	19	23	1.98
2208049--2208076	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
2211593--2211938	171	2.0	171	98	1	667	36	24	8	30	1.86
2212757--2212802	22	2.0	22	83	12	56	34	0	8	56	1.30
2216598--2216630	14	2.4	14	100	0	66	45	0	42	12	1.41
2218373--2218515	65	2.2	64	85	6	191	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219428--2219467	21	2.0	21	90	5	64	27	17	10	45	1.80
2220366--2220404	15	2.6	15	87	0	60	20	12	5	61	1.50
2225170--2225227	28	2.1	28	93	0	98	51	12	12	24	1.72
2225698--2225794	51	1.9	51	100	0	194	44	6	23	25	1.77
2226078--2226123	24	1.9	24	86	0	65	43	6	41	8	1.61
2229189--2229214	13	2.0	13	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2229947--2230004	20	2.9	20	100	0	116	24	29	10	36	1.88
2232221--2232274	27	2.0	27	96	0	99	24	22	24	29	1.99
2233001--2233053	22	2.5	21	84	3	70	24	20	18	35	1.95
2258382--2258434	23	2.3	23	86	0	70	20	30	22	26	1.98
2258915--2258951	13	2.7	14	91	8	67	43	8	5	43	1.57
2262123--2262326	5	40.8	5	100	0	408	40	0	19	40	1.52
2263468--2263507	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2267435--2267477	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
2274683--2274721	17	2.3	17	95	0	69	12	20	46	20	1.83
2274719--2274780	19	3.3	19	82	13	74	27	27	27	17	1.98
2274717--2274784	10	7.1	9	77	8	55	26	27	29	16	1.97
2274749--2274807	10	5.9	10	74	18	52	32	23	25	18	1.97
2274749--2274807	20	2.9	21	78	14	70	32	23	25	18	1.97
2281516--2281601	44	2.0	44	85	0	118	27	19	16	36	1.93
2281748--2281840	42	2.2	43	86	3	125	36	19	9	34	1.84
2281748--2281849	43	2.4	44	83	5	127	38	17	11	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282075--2282137	3	21.3	3	80	3	74	33	7	0	58	1.27
2283241--2283275	15	2.3	15	90	9	54	25	5	2	65	1.28
2289163--2289763	297	2.0	300	98	1	1165	30	14	14	40	1.86
2294921--2294957	3	12.3	3	88	0	56	32	5	0	62	1.18
2297932--2298016	29	3.0	28	96	3	152	15	38	28	17	1.90
2298941--2299017	22	3.3	22	75	19	84	42	0	12	44	1.43
2301217--2301327	17	6.1	17	71	13	69	46	11	0	41	1.40
2301218--2301338	10	12.8	10	69	24	50	46	12	0	41	1.41
2301534--2301591	17	3.3	17	73	15	55	50	12	0	37	1.40
2301708--2301742	17	2.1	17	88	0	52	0	28	2	68	1.04
2302027--2302102	21	3.6	21	67	15	57	48	10	0	40	1.38
2302464--2302503	21	1.9	21	89	0	62	32	25	25	17	1.97
2302663--2302804	29	4.9	29	92	0	230	19	35	26	18	1.95
2302819--2302891	36	2.0	36	97	0	137	17	39	24	17	1.91
2302934--2303015	29	2.8	29	94	0	128	8	24	36	30	1.85
2303279--2303462	92	2.0	92	100	0	368	33	10	18	36	1.86
2304614--2304784	49	3.5	49	90	0	270	38	16	19	25	1.93
2305387--2305552	83	2.0	83	100	0	332	26	14	27	31	1.95
2315348--2315398	25	2.0	25	100	0	102	23	23	15	37	1.93
2317724--2317771	22	2.2	22	100	0	96	41	12	18	27	1.86
2318576--2318614	14	2.8	14	100	0	78	46	5	0	48	1.24
2321935--2321994	28	2.1	28	93	0	102	51	30	5	13	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322052--2322130	33	2.4	32	85	4	104	44	34	6	15	1.71
2329370--2329542	29	6.0	29	88	3	242	47	16	2	34	1.59
2336637--2336830	85	2.3	85	80	7	207	27	15	6	50	1.70
2336681--2336833	42	3.6	43	74	6	130	26	17	7	49	1.72
2336797--2336861	29	2.2	29	94	0	112	23	16	4	55	1.60
2336828--2336934	44	2.4	44	87	3	144	27	17	3	51	1.62
2340326--2340552	117	1.9	117	88	2	339	23	20	16	39	1.92
2340525--2340620	44	2.2	44	81	3	104	29	16	22	31	1.96
2341642--2342574	54	17.1	52	80	8	838	42	18	9	29	1.82
2341642--2342574	108	8.6	108	82	5	1011	42	18	9	29	1.82
2341616--2342543	433	2.1	434	84	5	1178	42	18	9	29	1.82
2344658--2344725	22	3.2	21	80	13	68	0	27	1	70	0.96
2344654--2344730	24	3.3	23	75	18	63	2	24	1	71	1.06
2348137--2348211	29	2.6	29	91	0	123	44	16	13	26	1.84
2348486--2348560	29	2.6	29	72	14	66	61	5	10	22	1.49
2349313--2349356	22	2.0	22	90	0	70	31	18	36	13	1.90
2354273--2354433	65	2.5	64	87	7	220	27	18	21	31	1.97
2354444--2354481	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2354786--2354815	14	2.1	15	93	6	53	43	6	6	43	1.57
2357079--2357134	21	2.5	22	77	5	60	30	19	21	28	1.98
2357079--2357172	44	2.1	44	83	11	113	29	15	24	29	1.96
2365907--2365962	25	2.2	25	96	0	103	21	14	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372820--2372944	64	1.9	65	85	4	173	31	18	20	29	1.96
2373324--2373350	12	2.2	12	100	0	54	51	0	25	22	1.48
2378646--2378691	4	11.2	4	78	21	51	73	0	0	26	0.83
2378650--2378705	29	1.9	29	96	0	103	71	0	1	26	0.96
2380939--2381071	65	2.1	64	84	4	169	27	21	17	33	1.95
2380939--2381091	65	2.4	64	81	5	157	28	21	16	33	1.95
2386536--2386655	44	2.8	44	83	1	152	30	22	19	27	1.98
2386538--2386614	21	3.6	21	69	19	68	32	22	19	25	1.97
2386538--2386637	23	4.5	22	71	14	73	32	22	19	27	1.97
2387061--2387105	18	2.4	20	82	14	60	20	0	8	71	1.12
2389257--2389389	65	2.1	65	84	4	171	30	22	15	30	1.95
2393156--2393190	11	3.2	11	87	0	52	68	0	14	17	1.21
2393146--2393203	22	2.6	22	80	0	62	67	5	12	15	1.39
2397522--2397581	10	5.4	11	77	16	61	18	1	30	50	1.57
2397538--2397596	24	2.4	25	81	16	70	16	5	27	50	1.66
2402483--2402549	35	1.9	35	93	0	116	32	10	26	29	1.90
2404381--2404406	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2406064--2406114	2	25.5	2	95	0	93	50	0	0	49	1.00
2407806--2407843	18	2.1	18	95	0	67	21	13	10	55	1.67
2410789--2410851	31	2.0	32	87	3	92	30	15	25	28	1.96
2410953--2411078	36	3.4	36	79	9	105	32	18	15	34	1.92
2411145--2411388	65	3.8	64	79	6	260	23	19	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411145--2411388	130	1.9	130	82	5	305	23	19	14	41	1.89
2411810--2411880	3	23.7	3	85	5	99	36	0	0	63	0.95
2420293--2420339	24	1.9	25	86	4	69	40	10	21	27	1.86
2420292--2420348	24	2.3	25	75	6	62	45	8	19	26	1.79
2422912--2422958	21	2.2	21	88	0	76	23	25	14	36	1.93
2422828--2422964	20	6.8	20	72	8	73	29	26	15	28	1.96
2422968--2423037	20	3.6	20	86	7	83	40	17	11	31	1.85
2423782--2423815	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2426244--2426284	18	2.3	18	91	0	64	53	26	2	17	1.56
2426725--2426784	14	4.4	14	82	2	50	53	18	0	28	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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