genome.fa.s8824.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4603428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893001--1893057	12	4.7	11	83	12	60	42	5	8	43	1.58
1893001--1893059	13	4.8	13	82	14	72	42	5	8	44	1.57
1893844--1893894	24	2.1	24	96	0	93	11	31	19	37	1.88
1894823--1894859	12	2.9	13	84	8	58	45	5	13	35	1.66
1894977--1895013	12	2.9	13	84	8	58	45	5	13	35	1.66
1894756--1895064	154	2.0	154	100	0	618	44	15	11	29	1.81
1899067--1899286	117	1.9	117	85	3	309	29	14	8	47	1.74
1900923--1900971	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
1900943--1901152	65	3.2	65	77	8	196	26	17	24	31	1.97
1902117--1903369	628	2.0	627	97	0	2344	33	16	19	29	1.94
1904074--1904153	22	3.6	22	77	5	90	23	23	26	26	2.00
1904081--1904172	42	2.1	42	86	7	123	23	21	27	27	1.99
1904081--1904172	21	4.3	21	77	9	80	23	21	27	27	1.99
1904914--1905018	23	4.6	23	80	4	122	30	18	20	30	1.96
1904931--1905018	46	1.9	46	90	0	140	32	19	18	29	1.95
1905235--1905339	23	4.6	23	80	4	122	30	18	20	30	1.96
1905252--1905339	46	1.9	46	90	0	140	32	19	18	29	1.95
1910390--1910444	13	4.2	13	79	9	67	25	18	16	40	1.91
1910416--1910581	85	2.0	85	82	7	203	31	19	17	31	1.95
1927260--1927299	19	2.1	19	86	9	55	42	5	25	27	1.75
1932316--1932374	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
1939746--1939821	37	2.0	38	97	2	145	23	13	2	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940552--1940677	50	2.5	50	83	3	148	46	15	11	26	1.81
1941617--1941671	24	2.2	25	90	6	85	38	0	0	61	0.96
1941727--1941790	31	2.1	31	84	0	83	53	1	7	37	1.40
1941750--1941855	27	3.6	30	73	13	96	51	0	2	44	1.22
1942111--1942526	208	2.0	208	100	0	832	39	21	11	27	1.88
1956825--1956875	16	3.2	16	75	10	59	13	1	21	62	1.40
1956863--1956899	16	2.5	15	91	8	58	24	0	13	62	1.31
1957942--1958028	44	2.0	44	97	0	165	27	18	11	42	1.85
1959469--1959502	17	2.1	16	94	5	59	61	17	11	8	1.54
1963484--1963509	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
1968888--1969053	46	3.6	46	84	4	219	24	19	13	41	1.88
1968877--1969053	92	1.9	92	87	2	257	23	19	14	42	1.87
1975533--1975809	46	6.0	46	92	0	448	19	21	16	42	1.89
1976309--1976364	21	2.7	21	97	0	103	33	16	14	35	1.88
1978599--1978867	130	2.1	130	88	1	396	34	10	15	39	1.81
1980145--1980259	45	2.6	45	94	0	194	24	24	6	44	1.78
1980509--1981109	55	10.9	55	90	0	880	26	19	20	34	1.96
1981518--1981560	22	2.0	22	85	0	59	37	23	11	27	1.89
1984295--1984491	98	2.0	98	95	0	358	20	17	21	40	1.92
1990807--1990841	13	2.7	13	95	0	61	42	22	8	25	1.82
1995948--1995997	19	2.6	19	100	0	100	26	18	34	22	1.96
1996454--1996621	59	2.9	58	83	3	203	32	13	19	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996993--1997314	81	4.0	80	84	4	373	36	13	22	27	1.91
2007617--2007680	14	4.8	13	78	16	51	76	6	12	4	1.13
2007639--2007685	19	2.5	19	86	6	60	78	8	10	2	1.04
2010141--2010188	23	2.1	23	100	0	96	33	16	22	27	1.96
2011248--2011289	22	2.0	22	95	4	77	88	11	0	0	0.53
2011248--2011288	7	5.9	7	88	11	66	87	12	0	0	0.53
2012093--2012461	135	2.7	134	80	3	391	28	22	17	31	1.97
2014766--2015131	131	2.8	131	84	2	459	35	9	15	39	1.80
2020829--2020873	22	2.0	22	86	0	63	51	15	2	31	1.56
2020917--2020952	16	2.2	16	100	0	72	58	13	0	27	1.36
2024747--2024880	62	2.2	62	88	0	196	30	14	12	42	1.82
2024833--2024926	46	2.0	46	100	0	188	28	13	10	46	1.77
2024985--2025048	21	3.1	21	67	26	55	31	6	6	56	1.49
2024979--2025075	41	2.4	41	81	6	117	30	5	9	54	1.54
2025390--2025448	10	5.7	10	76	7	64	47	3	22	27	1.67
2025392--2025449	21	2.8	21	100	0	116	48	3	18	29	1.65
2027187--2027236	21	2.4	21	100	0	100	32	8	6	54	1.54
2027491--2027554	29	2.2	29	83	8	76	39	4	12	43	1.63
2027581--2027625	22	2.0	22	87	8	65	44	15	6	33	1.73
2029177--2029248	17	4.2	17	76	5	65	36	15	8	40	1.77
2031128--2031185	29	2.0	30	86	3	82	34	8	22	34	1.85
2048185--2048220	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056373--2056427	2	26.5	2	92	7	92	49	3	0	47	1.19
2058274--2058298	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
2058360--2058412	3	17.3	3	81	11	63	35	1	0	62	1.06
2058359--2058411	20	2.5	21	87	9	72	35	1	0	62	1.06
2062307--2062346	21	1.9	21	94	0	71	17	32	15	35	1.91
2062915--2062952	7	5.6	7	96	3	69	0	0	10	89	0.49
2062947--2063007	22	2.7	22	80	14	63	13	11	1	73	1.16
2063716--2063758	18	2.4	18	92	0	68	20	20	11	46	1.82
2067684--2067732	20	2.5	20	96	0	89	20	22	20	36	1.95
2067684--2067748	20	3.2	20	89	4	78	16	21	23	38	1.93
2069476--2069506	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2083459--2083538	40	2.0	40	87	0	115	25	26	28	20	1.99
2099003--2099046	20	2.2	20	84	8	54	36	9	31	22	1.86
2099461--2099668	55	3.8	55	92	1	328	33	13	20	32	1.91
2099886--2100247	67	5.4	68	85	3	480	31	13	23	31	1.93
2099870--2100247	135	2.8	135	86	1	517	32	13	22	31	1.93
2100198--2100391	80	2.4	81	83	2	239	32	11	24	31	1.90
2106730--2106772	21	2.0	21	86	8	61	69	9	9	11	1.36
2108347--2108399	23	2.4	21	74	17	54	15	15	13	56	1.67
2114725--2114769	22	2.1	21	95	4	81	44	13	24	17	1.85
2126443--2126498	25	2.4	23	79	8	60	5	28	1	64	1.26
2135095--2135133	21	1.9	20	84	5	51	35	20	15	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145859--2145892	14	2.4	14	90	5	50	52	0	2	44	1.16
2147504--2147542	15	2.5	16	95	4	71	64	0	0	35	0.94
2156365--2156446	2	42.5	2	77	11	64	47	6	3	42	1.45
2156541--2156579	13	3.2	13	85	7	55	38	0	0	61	0.96
2159531--2159575	2	22.0	2	95	4	81	48	0	2	48	1.13
2161540--2161603	29	2.2	30	91	2	103	39	10	7	42	1.69
2161556--2161600	14	3.0	16	71	15	51	37	13	6	42	1.70
2161747--2161885	2	67.0	2	67	19	63	51	1	6	40	1.36
2161749--2161778	13	2.3	13	100	0	60	53	6	0	40	1.27
2161777--2161806	15	1.9	16	93	6	53	43	0	10	46	1.37
2161806--2161886	42	2.0	42	80	11	96	54	0	7	38	1.29
2161823--2161872	13	3.6	15	79	20	72	54	0	12	34	1.38
2161747--2161885	13	10.3	13	69	23	51	51	1	6	40	1.36
2162424--2162465	2	21.5	2	90	4	68	50	0	0	50	1.00
2164370--2164420	25	2.0	25	100	0	102	43	7	7	41	1.63
2167056--2167106	22	2.3	22	82	0	66	17	27	25	29	1.98
2169143--2169203	30	2.1	30	82	8	74	24	14	32	27	1.95
2169153--2169203	15	3.5	15	91	2	77	25	11	33	29	1.91
2173853--2173904	23	2.2	24	86	10	72	23	3	28	44	1.71
2177960--2178079	35	3.3	36	80	10	129	33	5	15	45	1.68
2178009--2178078	37	1.9	37	85	2	97	34	5	14	45	1.68
2179243--2179274	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182577--2182696	35	3.3	36	85	6	163	32	5	18	44	1.71
2183448--2183482	18	2.0	17	88	5	52	31	11	22	34	1.90
2183553--2183591	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
2183447--2183605	65	2.5	64	84	2	194	27	15	27	30	1.96
2184595--2184638	21	2.1	21	91	0	70	40	15	36	6	1.74
2185444--2185489	21	2.1	23	84	8	60	30	4	45	19	1.70
2190009--2190048	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2191983--2192034	19	2.7	19	100	0	104	17	21	30	30	1.96
2191937--2192101	83	2.0	84	86	3	235	25	16	27	29	1.97
2192064--2192114	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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