genome.fa.s8824.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4603428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  11  of  19  ( 2203 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426722--2426775	28	1.9	28	88	0	81	50	18	0	31	1.48
2428210--2428281	21	3.4	21	74	14	76	20	19	34	25	1.96
2428189--2428287	42	2.4	42	78	10	112	23	19	32	25	1.97
2428431--2428476	4	11.5	4	80	0	56	67	2	2	28	1.14
2429910--2429952	22	2.0	22	90	0	68	23	13	34	27	1.93
2430093--2430131	20	2.0	20	89	0	60	23	15	20	41	1.90
2430101--2430143	20	2.2	20	91	8	70	18	16	25	39	1.91
2430150--2430204	20	2.8	20	75	10	67	29	14	29	27	1.95
2433660--2433714	12	4.7	12	73	13	51	45	10	0	43	1.39
2433647--2433764	35	3.3	35	81	10	132	43	10	0	45	1.43
2433655--2433718	23	2.7	23	69	13	58	43	9	1	45	1.45
2433744--2433783	18	2.2	19	86	4	55	45	5	0	50	1.23
2433728--2433861	45	2.9	45	71	8	117	43	8	0	48	1.33
2433756--2433817	28	2.3	26	86	8	81	43	4	0	51	1.23
2433801--2433825	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2433833--2433877	19	2.4	19	96	0	81	46	6	0	46	1.29
2434254--2435710	89	16.3	89	84	4	1783	31	18	18	30	1.95
2434321--2435710	440	3.1	442	89	3	1938	32	18	18	31	1.95
2442353--2442426	20	3.8	20	90	3	114	21	28	24	25	1.99
2442801--2442894	20	4.8	20	90	2	145	22	28	23	25	1.99
2448736--2448773	20	1.9	20	94	0	67	23	26	23	26	2.00
2452204--2452243	19	2.0	20	85	9	55	25	37	0	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458343--2458382	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2460465--2460503	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
2463692--2463727	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2463793--2463852	12	5.0	12	73	15	61	40	13	0	46	1.43
2463780--2463963	36	5.1	36	86	4	221	42	9	0	46	1.41
2463947--2463979	16	2.1	16	94	0	57	42	9	0	48	1.35
2463959--2464011	23	2.3	23	86	0	79	39	7	0	52	1.30
2463975--2464039	29	2.3	28	89	7	105	36	9	0	53	1.33
2463975--2464031	29	2.0	29	96	3	107	36	10	0	52	1.36
2464009--2464069	19	3.4	17	82	10	68	42	9	0	47	1.36
2464027--2464071	19	2.4	19	96	0	81	46	6	0	46	1.29
2466582--2466656	22	3.4	22	92	0	123	20	17	25	37	1.94
2466769--2466807	5	7.2	6	91	8	50	30	51	17	0	1.46
2467416--2467509	22	4.4	22	72	8	95	37	24	17	21	1.94
2467504--2467573	20	3.5	20	72	3	77	40	24	21	14	1.90
2467525--2467594	21	3.4	21	74	4	79	35	25	18	20	1.95
2467498--2467598	41	2.5	41	95	0	175	38	22	18	19	1.93
2473378--2473462	2	42.5	2	78	9	75	49	3	4	42	1.41
2474087--2474137	25	2.0	25	81	7	59	62	0	0	37	0.95
2474075--2474159	34	2.5	34	98	0	161	60	0	0	40	0.97
2475514--2475543	2	15.0	2	92	0	51	3	0	46	50	1.18
2482641--2482684	21	2.0	22	91	4	72	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491954--2491987	18	1.9	17	88	5	50	50	0	11	38	1.39
2492936--2493047	33	3.1	38	86	7	146	13	9	34	41	1.77
2492957--2493059	33	3.0	32	83	12	93	14	9	33	42	1.78
2495685--2495836	49	3.2	49	61	12	118	30	11	21	37	1.88
2495558--2495840	92	3.1	93	91	1	444	31	10	20	37	1.86
2495558--2495857	93	3.2	93	90	1	460	32	10	21	37	1.86
2495558--2495873	92	3.4	92	81	7	306	32	9	20	37	1.85
2496051--2496094	12	3.3	12	84	15	52	47	0	0	52	1.00
2497755--2497796	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
2497653--2497887	120	2.0	117	83	5	294	37	8	7	46	1.62
2500028--2500082	12	4.3	12	80	13	65	23	12	5	58	1.55
2500029--2500088	27	2.3	26	91	2	93	23	13	5	58	1.55
2502023--2502074	26	2.0	27	96	3	97	65	13	17	3	1.41
2502059--2502138	18	4.6	17	78	18	85	80	1	15	3	0.92
2502059--2502141	17	4.8	17	74	12	80	80	1	14	3	0.90
2504394--2504617	114	2.0	114	91	0	367	33	16	20	29	1.95
2507175--2507229	22	2.5	22	90	0	92	32	10	16	40	1.83
2509858--2510222	76	4.8	76	98	0	694	23	19	22	34	1.96
2510391--2510594	76	2.7	76	93	0	354	24	18	21	35	1.96
2510727--2510792	3	21.7	3	78	9	71	37	0	0	62	0.96
2510733--2510791	22	2.9	22	83	14	65	40	0	0	59	0.97
2510758--2510802	22	2.0	22	82	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512175--2512243	23	2.9	24	72	12	61	27	2	7	62	1.36
2512449--2512490	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
2512345--2512581	120	2.0	117	83	4	298	37	8	8	45	1.65
2516405--2516509	39	2.7	39	89	0	156	31	23	26	18	1.97
2517222--2517257	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
2517904--2517969	30	2.2	31	83	5	91	39	16	4	39	1.69
2523136--2523168	14	2.4	14	90	5	50	39	27	18	15	1.90
2523161--2523191	11	2.8	11	95	0	53	25	29	29	16	1.96
2526570--2528195	408	4.0	401	86	3	2176	44	15	16	23	1.86
2526570--2528195	399	4.0	402	85	4	2155	44	15	16	23	1.86
2529231--2529257	6	4.5	6	100	0	54	33	14	0	51	1.43
2534029--2534076	21	2.2	22	82	17	57	25	25	16	33	1.96
2535013--2535037	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2536194--2536753	280	2.0	280	100	0	1120	27	18	18	35	1.94
2543723--2543764	22	1.9	22	90	0	66	19	2	42	35	1.64
2544914--2544957	18	2.4	18	82	17	56	43	2	13	40	1.57
2544914--2544956	17	2.4	18	81	18	54	44	2	13	39	1.57
2545715--2545773	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
2547165--2547389	46	4.9	46	88	0	333	20	20	16	43	1.88
2553108--2553138	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2553128--2553186	27	2.3	26	82	5	66	20	8	0	71	1.12
2553184--2553229	2	23.5	2	80	12	51	41	4	2	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553258--2553382	27	4.9	27	70	15	95	25	5	1	67	1.22
2553318--2553361	17	2.6	16	82	13	52	29	2	0	68	1.02
2553318--2553362	18	2.6	17	82	3	54	28	2	0	68	1.01
2553349--2553446	39	2.7	35	79	16	94	21	5	5	68	1.29
2553575--2553600	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2553556--2553598	17	2.4	19	84	7	54	20	2	2	74	1.04
2553571--2553618	23	2.1	23	84	7	62	20	2	4	72	1.11
2556788--2556925	69	2.0	69	88	5	208	36	22	15	26	1.93
2558474--2558558	37	2.3	37	89	2	127	24	21	12	41	1.88
2558387--2558762	101	3.7	102	84	3	418	29	19	11	38	1.88
2558575--2558800	36	6.4	36	77	11	202	27	19	11	40	1.86
2558596--2558862	138	1.9	138	86	0	372	28	20	10	40	1.86
2558758--2558931	65	2.6	66	83	6	210	33	22	8	35	1.85
2559641--2559900	110	2.4	106	81	8	317	33	23	18	24	1.97
2560727--2560754	11	2.5	11	100	0	56	50	28	14	7	1.69
2561216--2561292	27	2.8	28	73	13	79	24	5	0	70	1.08
2561290--2561356	2	34.0	2	89	8	102	46	2	0	50	1.16
2561392--2561491	31	3.4	29	73	14	89	23	5	1	71	1.12
2561441--2561501	16	3.9	15	75	10	52	18	3	1	77	0.99
2561392--2561502	58	1.9	58	82	10	138	21	5	0	72	1.11
2561703--2561729	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2563509--2563674	46	3.6	46	88	0	251	20	22	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2577170--2577212	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2577394--2577442	21	2.3	21	89	6	73	32	2	24	40	1.67
2580170--2580244	36	2.1	37	92	2	125	28	14	16	41	1.87
2582244--2582351	43	2.7	42	84	9	136	50	1	0	47	1.11
2582254--2582316	28	2.4	24	80	17	72	50	0	0	49	1.00
2582244--2582329	9	10.1	9	71	18	60	51	0	0	48	1.00
2582258--2582332	34	2.1	36	82	4	91	52	0	0	48	1.00
2587552--2587595	22	2.0	22	81	0	52	75	4	4	15	1.14
2587548--2587599	27	1.9	27	88	0	77	73	3	5	17	1.19
2589277--2589347	3	23.0	3	89	2	106	66	2	0	30	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19