genome.fa.s8824.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008824.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4603428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589882--2589964	27	3.1	27	63	13	73	55	25	9	9	1.62
2589868--2589974	52	2.1	52	100	0	214	55	23	12	9	1.65
2589875--2589955	25	3.2	25	63	13	65	58	22	12	7	1.59
2591342--2591437	38	2.5	38	91	0	147	44	9	21	23	1.81
2592304--2592328	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2592496--2592685	101	1.9	98	88	4	283	40	18	11	29	1.85
2597052--2597388	170	2.0	170	97	0	629	43	25	11	19	1.85
2599395--2599446	20	2.6	21	87	9	81	32	7	32	26	1.85
2604097--2604141	20	2.2	20	84	0	54	33	13	28	24	1.93
2604915--2604940	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2604997--2605236	118	2.1	116	91	1	381	40	6	10	42	1.65
2605588--2605682	30	3.2	30	96	0	172	27	28	26	17	1.98
2606891--2606962	30	2.4	30	95	0	126	25	30	16	27	1.97
2608190--2608284	42	2.3	41	81	5	109	24	20	26	29	1.99
2608228--2608282	21	2.7	20	83	8	65	23	20	29	27	1.99
2618428--2618488	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
2624578--2624624	23	2.1	21	88	7	67	14	8	4	72	1.24
2628763--2628809	20	2.5	19	86	6	60	29	12	29	27	1.93
2628834--2628884	19	2.5	21	87	9	70	37	15	17	29	1.91
2629320--2629703	54	7.2	54	92	0	603	33	11	19	35	1.88
2633481--2633547	3	22.0	3	87	3	98	32	1	2	62	1.19
2648316--2648370	19	2.9	19	100	0	110	32	10	9	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656723--2656755	15	2.1	17	88	11	52	12	6	6	75	1.16
2659451--2659489	20	1.9	21	89	5	62	23	15	33	28	1.95
2669733--2669791	2	29.0	2	89	3	91	50	3	0	45	1.18
2674831--2674881	21	2.5	21	90	6	79	33	11	7	47	1.69
2684809--2684917	21	5.2	21	70	18	66	54	22	0	22	1.51
2685248--2685290	15	2.9	15	79	6	52	62	11	0	25	1.29
2687481--2687730	102	2.5	102	82	5	274	28	15	24	32	1.95
2688973--2689042	20	3.3	20	71	26	63	44	4	2	48	1.37
2689004--2689180	90	2.0	89	92	1	291	46	5	10	37	1.61
2690305--2690360	23	2.4	23	87	0	85	19	50	16	14	1.79
2690337--2690366	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
2692806--2692920	24	4.8	24	86	4	160	25	13	20	40	1.88
2695946--2695981	17	2.1	18	89	5	56	50	2	13	33	1.57
2697554--2697685	48	2.8	48	84	2	158	27	11	19	41	1.86
2697554--2697668	24	4.8	24	84	4	151	26	13	19	40	1.88
2697549--2697685	72	1.9	72	84	3	186	27	10	19	42	1.85
2697605--2697685	24	3.4	24	84	0	99	25	9	20	43	1.83
2701144--2701367	95	2.4	95	84	6	276	35	13	24	26	1.93
2703229--2703336	29	3.8	29	80	7	123	43	12	5	37	1.67
2703214--2703372	28	5.5	28	75	10	106	41	15	4	38	1.67
2703229--2703364	57	2.4	57	80	4	150	42	13	5	38	1.67
2703385--2703446	19	3.3	19	93	0	106	17	24	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709485--2709689	74	2.8	75	83	9	244	23	31	23	21	1.98
2710377--2710409	14	2.2	16	89	10	52	48	24	3	24	1.65
2711670--2711932	86	3.0	86	76	10	234	45	15	4	34	1.66
2711677--2711976	58	5.2	58	80	8	254	45	17	4	34	1.67
2711670--2711977	29	10.6	29	76	10	218	45	17	3	33	1.67
2712011--2712060	20	2.5	20	86	0	73	12	24	38	26	1.90
2712964--2713411	56	8.0	57	86	4	601	35	17	20	26	1.95
2718102--2718155	20	2.7	20	100	0	108	29	16	27	25	1.97
2718004--2718246	115	2.1	114	81	8	296	34	16	23	24	1.95
2718580--2718696	57	2.1	57	88	1	173	38	17	19	23	1.93
2718411--2718979	283	2.0	284	98	1	1115	36	15	19	28	1.93
2718863--2719121	56	4.6	56	91	1	421	36	18	20	24	1.94
2720760--2720813	22	2.5	22	100	0	108	50	5	24	20	1.69
2721082--2721106	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
2724197--2724254	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2730987--2731019	15	2.2	15	100	0	66	39	15	12	33	1.84
2739346--2739385	6	6.7	6	91	0	53	62	2	5	30	1.29
2739591--2739641	22	2.3	22	89	3	75	43	19	11	25	1.85
2740530--2740656	62	2.0	62	100	0	254	29	26	12	31	1.93
2740760--2740937	94	1.9	94	98	0	347	35	16	7	40	1.77
2741791--2742789	98	10.2	97	75	9	633	42	12	12	32	1.80
2742092--2742135	23	1.9	23	90	0	70	52	4	9	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741836--2742790	99	9.7	96	74	9	313	41	12	13	32	1.81
2741838--2742797	391	2.4	393	80	4	994	41	12	13	32	1.81
2745227--2745263	19	1.9	19	94	0	65	21	27	24	27	1.99
2750090--2750137	18	2.7	17	77	6	51	16	6	0	77	0.97
2750185--2750265	42	1.9	42	84	0	108	32	22	22	23	1.98
2752269--2752519	28	8.3	28	78	16	202	45	31	7	16	1.75
2752270--2752528	33	8.3	32	78	16	278	44	31	8	16	1.77
2752269--2752519	61	4.1	57	80	15	267	45	31	7	16	1.75
2753839--2753939	31	3.3	31	69	20	102	5	16	13	63	1.49
2753826--2753943	62	1.9	62	100	0	236	5	15	15	64	1.45
2755826--2755923	36	2.7	36	84	3	126	47	10	17	24	1.78
2756024--2756086	20	3.2	20	66	20	51	15	25	12	46	1.82
2756022--2756112	39	2.3	39	86	3	121	16	25	13	45	1.83
2756099--2756335	116	2.0	116	80	1	260	26	19	15	37	1.92
2757443--2757520	37	2.1	38	90	4	122	20	30	10	38	1.86
2768959--2769017	29	2.0	31	83	6	77	45	5	15	33	1.68
2775542--2775598	20	2.9	20	86	2	71	28	17	31	22	1.97
2778780--2778814	18	1.9	18	88	0	52	22	42	17	17	1.88
2778763--2778827	31	2.1	31	88	0	94	20	43	18	18	1.89
2791433--2791504	21	3.5	21	73	3	83	20	19	26	33	1.97
2791432--2791522	41	2.2	41	96	0	164	17	19	25	37	1.94
2791454--2791522	20	3.4	20	72	4	66	14	21	24	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791934--2791985	21	2.5	21	93	0	95	30	30	15	23	1.95
2791704--2791940	41	5.8	41	94	0	420	39	24	21	14	1.91
2792720--2792765	18	2.7	17	93	6	76	32	6	32	28	1.83
2800974--2801017	11	4.0	11	93	0	79	15	0	29	54	1.42
2808854--2808888	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2809011--2809035	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2809975--2810102	60	2.1	60	81	2	150	30	15	17	35	1.92
2810550--2810576	5	5.4	5	100	0	54	40	0	40	18	1.51
2830968--2831068	31	3.3	30	78	9	98	43	5	1	48	1.38
2831050--2831106	24	2.3	25	90	6	89	42	8	1	47	1.45
2831074--2831306	37	6.2	38	75	15	177	42	7	3	45	1.50
2831085--2831307	38	6.0	37	75	17	144	43	6	4	45	1.49
2831201--2831307	36	3.0	34	77	11	99	43	5	4	45	1.48
2831125--2831307	72	2.5	72	79	13	173	43	7	4	44	1.51
2831321--2831361	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2831646--2832105	184	2.5	183	86	3	622	43	12	16	27	1.84
2837030--2837285	45	5.7	45	83	4	275	29	21	10	38	1.86
2837030--2837285	89	2.8	91	81	4	259	29	21	10	38	1.86
2837210--2837373	79	2.1	79	91	0	265	26	25	10	38	1.88
2837794--2837938	74	2.0	74	83	8	188	29	22	16	31	1.96
2839101--2839140	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
2839196--2839241	18	2.6	18	89	0	65	30	6	15	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844972--2845007	14	2.6	14	90	0	54	38	22	22	16	1.93
2848102--2848422	58	5.5	58	82	5	360	36	11	23	28	1.90
2848157--2848252	30	3.3	30	63	21	76	35	10	23	30	1.89
2848102--2848571	58	8.0	59	76	7	304	35	11	23	28	1.90
2848659--2848801	45	3.2	45	93	0	241	37	6	25	30	1.82
2857423--2857514	36	2.5	37	84	7	116	42	15	10	31	1.81
2858325--2858384	4	15.2	4	81	13	63	18	5	0	76	0.96
2858283--2858371	25	3.6	25	72	14	60	24	5	0	69	1.10
2858336--2858405	26	2.5	28	81	11	81	15	7	0	77	0.98
2858333--2858409	12	6.7	11	76	16	50	15	6	0	77	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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