genome.fa.s8958.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008958.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112289_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2490255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4576--4632	28	2.0	28	82	6	69	63	1	5	29	1.27
5330--5424	48	2.0	45	80	9	102	64	9	2	24	1.35
6218--6265	19	2.4	21	82	13	73	0	25	8	66	1.19
6226--6262	19	1.9	19	100	0	74	0	24	5	70	1.08
6701--6738	11	3.5	11	82	10	51	42	0	2	55	1.14
6734--6802	3	23.7	3	88	5	106	62	0	0	37	0.96
6736--6820	32	2.7	32	82	12	97	61	0	2	36	1.09
11024--11053	13	2.3	13	100	0	60	26	6	13	53	1.64
11069--11129	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
17166--17228	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
17168--17249	21	3.8	21	75	15	69	21	37	24	15	1.93
19522--19677	75	2.1	75	97	1	294	41	6	16	35	1.74
19712--19739	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
19755--19815	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
20812--20991	36	5.0	36	90	4	265	18	24	19	37	1.94
22224--22267	20	2.2	20	91	0	70	52	27	0	20	1.47
32246--32322	20	4.0	20	89	3	113	48	7	23	20	1.76
37041--37125	34	2.5	34	98	0	161	40	0	0	60	0.97
38656--38719	29	2.3	27	81	10	67	42	31	0	26	1.56
43896--43961	25	2.6	25	92	0	114	24	0	42	33	1.55
44784--44916	66	2.0	65	89	1	203	19	27	7	45	1.77
49724--50067	36	9.6	36	88	0	449	20	24	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51050--51079	12	2.5	12	94	0	51	16	26	30	26	1.97
53837--53890	28	2.0	27	89	10	83	51	5	3	38	1.43
53851--54024	36	4.7	36	78	11	172	47	6	5	40	1.51
53862--54013	40	4.0	37	80	8	171	46	6	5	40	1.54
54035--54111	36	2.1	36	81	11	95	44	3	6	45	1.48
53999--54117	35	3.4	37	78	14	110	40	4	7	47	1.51
54149--54194	3	15.7	3	84	13	60	30	0	4	65	1.12
54163--54223	12	5.2	11	81	14	52	21	4	3	70	1.21
54740--54782	21	2.1	20	91	4	68	62	30	6	0	1.21
55643--55671	11	2.5	12	94	5	51	41	3	0	55	1.17
56492--56529	19	2.0	19	100	0	76	36	10	26	26	1.89
56493--56542	19	2.6	19	87	6	57	38	14	24	24	1.92
59095--59179	42	2.0	41	95	2	152	30	22	10	36	1.88
59137--59512	109	3.5	110	91	3	618	34	22	16	26	1.95
59676--60171	84	6.0	84	77	7	457	30	24	20	24	1.99
60721--60798	31	2.5	32	77	18	85	44	3	8	42	1.54
60724--60835	34	3.4	33	78	9	104	45	6	7	41	1.57
60658--60863	34	6.0	34	72	13	95	46	4	8	40	1.55
60851--60939	34	2.8	32	75	13	92	44	5	3	46	1.43
61422--61460	18	2.1	19	85	4	53	56	33	10	0	1.33
61473--61604	64	2.0	67	95	4	243	43	14	23	18	1.87
63110--63152	23	1.9	22	85	4	59	51	4	2	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69702--69749	21	2.2	22	88	3	71	39	10	16	33	1.83
72712--72737	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
76117--76164	19	2.7	17	72	12	51	52	20	10	16	1.73
82693--82740	23	2.1	23	84	0	60	35	14	16	33	1.89
82945--83011	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
83157--83228	23	3.2	22	88	4	99	38	22	4	34	1.73
83649--83714	34	1.9	34	96	0	123	16	16	18	48	1.82
83986--84022	18	2.1	18	89	0	56	51	10	8	29	1.65
84433--84493	21	3.0	21	80	15	74	42	18	3	36	1.66
84433--84514	44	1.9	41	82	7	101	40	20	4	34	1.74
84444--84514	23	3.2	22	84	11	83	40	21	4	33	1.72
84530--84579	22	2.3	22	77	16	59	38	10	12	40	1.76
84851--84916	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
87383--87463	3	27.0	3	78	0	81	25	34	3	35	1.74
87387--87475	12	7.4	12	87	0	97	23	34	5	35	1.79
87387--87478	18	5.1	18	79	0	85	22	34	5	36	1.78
87399--87475	36	2.1	36	90	0	118	23	35	6	35	1.81
87387--87478	6	15.3	6	81	0	76	22	34	5	36	1.78
88924--89879	198	4.9	195	94	3	1583	31	15	15	37	1.89
89993--90037	19	2.4	19	92	0	72	57	11	2	28	1.45
91817--91882	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
91916--91980	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94204--94246	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
94209--94255	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
94386--94431	20	2.3	19	89	10	74	17	15	10	56	1.67
94176--94644	182	2.6	180	88	2	667	26	16	14	42	1.86
94711--95414	223	3.1	225	94	2	1229	39	7	8	44	1.62
106089--106555	234	2.0	234	96	0	864	45	15	16	22	1.85
119516--119549	17	1.9	18	88	5	52	50	2	5	41	1.42
133891--133954	21	3.0	21	93	2	101	40	28	12	18	1.87
136277--136396	64	1.9	63	84	1	159	35	22	17	24	1.95
137082--137142	23	2.7	23	92	0	104	18	27	27	26	1.98
143242--143403	63	2.5	64	82	6	170	33	21	19	25	1.96
144044--144102	23	2.6	23	83	8	75	22	27	23	27	1.99
148453--148510	26	2.2	26	100	0	116	43	18	6	31	1.77
151655--151713	29	2.0	29	93	0	100	55	8	11	23	1.63
158016--158074	29	2.0	29	90	6	93	50	11	13	23	1.74
160438--160469	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
170348--170432	29	2.8	30	87	5	118	40	16	8	35	1.78
170351--170432	32	2.7	29	86	5	110	39	17	7	36	1.77
175127--175188	29	2.2	29	80	13	67	61	1	6	30	1.31
176347--176406	3	19.7	3	80	10	68	66	0	0	33	0.92
176347--176413	15	4.4	15	85	10	82	67	0	0	32	0.91
176635--177081	114	3.9	114	89	2	643	29	18	15	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177083--177276	37	5.3	36	69	13	119	35	13	19	32	1.90
177107--177306	36	5.5	36	73	2	193	38	13	18	30	1.88
177087--177304	73	3.0	73	94	1	375	37	13	18	30	1.89
178013--178092	22	3.6	22	80	6	99	40	12	17	30	1.86
182652--182696	21	2.1	22	95	4	83	55	13	22	8	1.65
182925--183008	31	2.9	27	80	15	89	1	22	1	75	0.95
183298--183338	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
183298--183340	17	2.6	17	88	3	70	46	0	0	53	1.00
184273--184822	270	2.0	271	97	2	1052	24	19	20	35	1.96
186367--186420	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
187497--187555	28	2.1	28	84	9	75	59	1	5	33	1.29
187882--187989	54	2.0	54	96	3	200	27	20	23	28	1.99
188896--188958	27	2.3	27	97	0	117	25	23	14	36	1.93
189316--189368	21	2.6	21	93	3	90	28	22	24	24	2.00
191439--191464	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
193245--193332	10	9.0	10	78	12	85	12	21	28	37	1.90
193243--193356	9	11.9	9	75	12	102	13	21	29	35	1.92
193245--193356	19	5.8	19	82	6	109	13	22	28	35	1.92
204654--204692	14	2.9	13	88	7	60	28	20	23	28	1.99
205990--206048	30	2.0	30	83	6	75	33	22	22	22	1.97
208471--208530	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
211950--212018	23	3.0	23	76	0	75	33	24	23	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212501--212554	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
220776--220928	77	2.0	79	84	5	204	39	11	5	43	1.64
224843--224877	17	2.1	17	88	0	52	54	2	0	42	1.15
225777--225831	28	2.0	28	85	0	74	41	21	12	23	1.88
226282--226326	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
226426--226563	2	72.5	2	87	9	209	49	1	0	49	1.09
227497--227527	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
229042--229118	28	2.8	28	95	0	136	35	27	20	16	1.95
232518--232596	3	26.3	3	92	0	131	63	1	1	34	1.11
234164--234227	26	2.3	28	73	10	69	35	0	4	59	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11