genome.fa.s8958.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008958.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112289_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2490255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1956833--1956897	34	2.0	32	81	6	76	70	1	0	27	0.96
1958931--1958993	23	2.7	23	92	0	99	19	28	26	25	1.98
1962186--1962228	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
1962796--1962823	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1963857--1963924	23	3.0	23	82	8	77	20	25	26	27	1.99
1966428--1966500	19	3.5	19	68	20	56	16	2	27	53	1.57
1966410--1966505	44	2.2	44	100	0	192	18	2	27	52	1.57
1979997--1980121	25	5.5	25	63	27	71	68	8	5	17	1.36
1979908--1980119	43	4.9	44	83	7	247	66	8	6	18	1.40
1979908--1980119	88	2.4	85	84	8	268	66	8	6	18	1.40
1980498--1980603	21	5.0	21	83	0	131	21	10	36	31	1.87
1981329--1981377	18	2.6	18	84	12	55	61	8	0	30	1.25
1983995--1984120	63	2.0	63	100	0	252	38	28	4	28	1.77
1985525--1985559	18	1.9	18	88	0	52	65	2	2	28	1.21
1987273--1987377	53	2.0	53	98	0	201	45	10	7	36	1.67
1988310--1988367	20	2.8	21	82	12	75	34	8	20	36	1.84
1988334--1988828	187	2.6	184	83	8	593	38	13	16	30	1.88
1989299--1989323	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1990327--1990379	21	2.3	23	84	12	74	32	22	18	26	1.97
1990327--1990385	21	2.6	22	84	10	66	33	22	16	27	1.95
1993192--1993227	15	2.3	15	90	4	54	61	5	5	27	1.41
1993740--1993774	16	2.2	16	100	0	70	17	11	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1997251--1997459	103	2.0	103	99	0	409	36	21	5	36	1.76
1998426--1998475	25	2.0	25	84	4	64	24	2	8	66	1.29
1998583--1998712	46	2.8	47	83	5	183	43	5	17	33	1.72
2000183--2000266	34	2.5	33	82	5	105	55	1	3	39	1.25
2001180--2001207	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2004854--2005056	47	4.5	47	66	10	134	32	22	16	28	1.96
2005700--2005760	18	3.4	18	90	0	95	29	31	19	19	1.97
2005690--2005760	18	3.9	18	85	3	72	29	30	19	19	1.97
2006939--2007006	34	2.0	34	100	0	136	35	8	11	44	1.72
2007615--2007817	42	4.7	43	76	4	178	36	18	20	24	1.94
2007794--2007842	25	1.9	26	91	4	82	34	20	26	18	1.95
2009431--2009474	21	2.1	21	91	0	70	43	20	18	18	1.89
2011370--2011443	30	2.4	30	90	4	112	31	17	24	27	1.97
2011387--2011455	30	2.3	30	92	0	111	31	15	27	24	1.96
2022957--2023000	19	2.3	19	84	7	54	13	27	29	29	1.94
2023004--2023038	13	2.7	13	100	0	70	20	31	14	34	1.92
2033520--2033807	145	2.0	145	97	0	540	32	18	17	31	1.94
2034869--2034893	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2039324--2039497	93	1.9	93	87	0	258	43	20	10	25	1.84
2044947--2045015	27	2.6	27	77	13	79	69	1	13	15	1.26
2045168--2045223	22	2.5	22	78	16	62	69	0	7	23	1.12
2046637--2047423	105	7.5	105	93	0	1306	22	17	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047342--2047505	82	2.0	82	95	0	292	21	23	24	30	1.99
2047237--2047610	187	2.0	187	93	0	631	22	20	25	32	1.98
2047424--2047671	105	2.4	105	93	0	415	22	18	25	33	1.97
2048504--2048587	44	1.9	44	87	4	125	15	22	15	46	1.83
2059113--2059157	8	5.9	8	80	15	51	66	0	6	26	1.16
2059120--2059182	21	3.0	22	82	15	71	68	0	11	20	1.20
2059120--2059181	20	3.0	21	84	13	67	67	0	11	20	1.21
2064352--2064393	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
2064712--2064770	1	59.0	1	81	0	55	88	8	3	0	0.63
2064716--2064777	18	3.2	19	84	15	83	83	11	4	0	0.78
2064712--2064770	27	2.3	25	86	13	77	88	8	3	0	0.63
2069082--2069126	11	4.1	11	85	5	56	15	11	2	71	1.24
2069735--2070028	122	2.4	121	86	2	417	28	17	21	32	1.96
2070751--2071006	68	3.8	66	75	12	243	41	13	15	29	1.85
2070906--2071015	35	3.1	35	75	7	105	43	11	14	30	1.81
2070905--2071015	37	3.1	36	73	10	102	44	11	14	29	1.81
2072103--2072181	6	13.3	6	70	20	51	49	0	0	50	1.00
2072375--2072488	26	4.5	26	84	4	160	28	46	13	11	1.77
2073962--2074009	22	2.1	23	84	3	62	31	0	16	52	1.45
2074962--2075175	110	1.9	110	89	0	329	27	23	16	33	1.96
2085704--2086004	53	5.7	53	88	1	390	23	25	19	31	1.98
2086512--2086713	42	4.9	42	71	10	175	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086345--2086800	122	3.7	121	87	6	578	28	22	19	29	1.98
2086701--2086725	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
2086672--2086893	93	2.4	93	90	0	338	28	21	16	32	1.95
2099979--2100021	11	3.8	11	78	6	50	81	0	6	11	0.87
2101118--2102052	115	8.2	114	88	3	1324	30	21	16	31	1.95
2102319--2102362	14	3.1	14	81	18	56	45	0	0	54	0.99
2102587--2102700	26	4.5	26	82	4	151	29	44	13	12	1.80
2106713--2106824	7	15.6	7	92	2	134	0	18	0	80	0.77
2109758--2109809	14	3.7	14	73	0	50	59	7	15	17	1.58
2140601--2140625	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2140727--2140831	29	3.5	29	88	5	138	30	24	7	37	1.83
2143866--2143930	23	2.8	23	85	0	85	24	27	20	27	1.99
2150947--2151011	23	2.8	23	80	0	76	23	27	21	27	1.99
2159285--2159443	64	2.5	64	79	8	155	27	20	20	32	1.97
2163388--2163508	64	1.9	64	84	3	163	25	17	23	33	1.96
2165689--2165877	57	3.3	57	82	5	220	21	17	14	46	1.84
2165689--2165878	29	6.6	29	68	16	99	21	17	14	46	1.83
2169056--2169081	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2169859--2169972	29	3.9	29	79	13	128	20	15	17	46	1.84
2169808--2170024	58	3.7	59	78	13	173	17	16	18	47	1.84
2169859--2170034	58	3.1	56	82	8	194	19	15	17	47	1.82
2169865--2170010	29	5.1	29	75	10	113	19	15	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174729--2174787	31	1.9	31	92	0	100	20	22	23	33	1.97
2178037--2178068	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
2179236--2179296	31	2.0	31	87	3	88	19	21	24	34	1.96
2179287--2179345	31	1.9	31	100	0	118	32	20	20	27	1.97
2189572--2189622	21	2.5	20	83	3	57	33	35	5	25	1.80
2195386--2195452	34	1.9	34	82	14	84	20	11	19	47	1.81
2199414--2199458	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2204429--2204473	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2206296--2206340	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
2214304--2214348	14	3.3	13	85	14	56	53	17	15	13	1.73
2214452--2214492	21	1.9	22	85	5	57	21	2	7	68	1.26
2214599--2214637	10	3.9	10	89	0	60	56	12	12	17	1.67
2214581--2214639	20	2.7	23	79	17	79	54	15	15	15	1.72
2226765--2226810	22	2.3	19	82	14	56	4	23	2	69	1.17
2227334--2227369	3	11.3	3	88	11	54	63	0	0	36	0.94
2227554--2228043	131	3.7	131	83	1	543	26	16	30	26	1.97
2227554--2228043	262	1.9	263	83	3	646	26	16	30	26	1.97
2228122--2228161	21	2.0	20	85	5	53	45	15	17	22	1.85
2228128--2228235	36	3.2	34	67	20	82	37	16	23	22	1.93
2228148--2228249	30	3.2	30	67	24	82	33	15	27	23	1.95
2228048--2228435	66	5.9	66	83	4	403	38	13	21	26	1.90
2228914--2228944	16	1.9	16	100	0	62	16	0	25	58	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229979--2230005	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2235339--2235381	22	2.0	22	86	9	61	4	20	2	72	1.14
2235936--2236233	149	2.0	149	96	0	551	29	15	13	41	1.85
2238554--2238612	19	3.0	19	73	9	55	52	3	5	38	1.40
2238554--2238621	19	3.2	21	68	16	52	51	2	5	39	1.41
2245766--2245812	11	4.2	11	83	8	51	70	6	12	10	1.33
2245766--2245809	23	2.0	22	86	4	61	68	6	13	11	1.39
2252184--2252318	55	2.5	55	79	2	155	37	22	14	25	1.92
2255055--2255104	20	2.5	20	100	0	100	38	16	24	22	1.93
2256330--2256395	21	3.0	21	76	8	69	18	18	25	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11